| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 21,481 | T→C | 60.4% | G471G (GGT→GGC) | ileS → | isoleucyl‑tRNA synthetase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 21,481 | 0 | T | C | 60.4% | 67.5 / 88.8 | 131 | G471G (GGT→GGC) | ileS | isoleucyl‑tRNA synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (9/43); new base C (47/32); total (56/75) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.83e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
Only 100 of 133 total aligned reads displayed.
GCGTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTACCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACGGAAGAGCTGCATCCGCGTACCCTTGAACTGAT > minE/21418‑21546 | gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGcc < 1:249041/69‑1 (MQ=38)gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGcc < 1:1675637/69‑1 (MQ=38)gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGcc < 1:817050/69‑1 (MQ=38)gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGcc < 1:408499/69‑1 (MQ=38)gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGcc < 1:871391/69‑1 (MQ=38)gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGcc < 1:1802046/69‑1 (MQ=38)gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGcc < 1:2782573/69‑1 (MQ=38)gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGcc < 1:1840875/69‑1 (MQ=38)gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGcc < 1:1886328/69‑1 (MQ=38)gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGcc < 1:1324655/69‑1 (MQ=38)gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGcc < 1:2912528/69‑1 (MQ=38)gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGcc < 1:2567171/69‑1 (MQ=38)gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGcc < 1:2224736/69‑1 (MQ=38)gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGcc < 1:658816/69‑1 (MQ=38)gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGcc < 1:3428798/69‑1 (MQ=38)gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGcc < 1:1159921/69‑1 (MQ=38)gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGcc < 1:3176928/69‑1 (MQ=38)gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGcc < 1:1143012/69‑1 (MQ=38)gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGcc < 1:590913/69‑1 (MQ=38)gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGcc < 1:1104551/69‑1 (MQ=38)gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGcc < 1:21258/69‑1 (MQ=38)gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGcc < 1:1046239/69‑1 (MQ=38)gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTAcc < 1:237135/69‑1 (MQ=255)gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTAcc < 1:2152460/69‑1 (MQ=255)gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTAcc < 1:1630927/69‑1 (MQ=255)gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTAcc < 1:277849/69‑1 (MQ=255)gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTAcc < 1:2899545/69‑1 (MQ=255)gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGATGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTAcc < 1:1292905/69‑1 (MQ=255)gcgAATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGcc < 1:105765/69‑1 (MQ=37) tCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTACCGATGt < 1:1764199/69‑1 (MQ=255) tCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTACCGATGt < 1:1839570/69‑1 (MQ=255) tCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTACCGATGt < 1:2818039/69‑1 (MQ=255) tCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTACCGATGt < 1:2260690/69‑1 (MQ=255) tCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTACCGATGt < 1:2067886/69‑1 (MQ=255) tCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTACCGATGt < 1:932446/69‑1 (MQ=255) tCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTACCGATGt < 1:3089452/69‑1 (MQ=255) gAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGcc < 1:1875960/62‑1 (MQ=37) gAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTACCGATGTCa > 1:2966220/1‑69 (MQ=255) gAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTACCGATGTCa > 1:547309/1‑69 (MQ=255) gAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTACCGATGTCa > 1:1134596/1‑69 (MQ=255) gTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTACCGATGTCAc < 1:277016/68‑1 (MQ=255) gTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTACCGATGTCAc < 1:2369488/68‑1 (MQ=255) gTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTACCGATGTCAc < 1:1022809/68‑1 (MQ=255) gTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTACCGATGTCAc < 1:987523/68‑1 (MQ=255) gTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTACCGATGTCAc < 1:3377562/68‑1 (MQ=255) gTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTACCGATGTCAc < 1:2189033/68‑1 (MQ=255) gTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTACCGATGTCAc < 1:959689/68‑1 (MQ=255) gTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTACCGATGTCAc < 1:903318/68‑1 (MQ=255) gCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGCCGATGTCACTGTTCGTGca > 1:3102914/1‑68 (MQ=38) gCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGCCGATGTCACTGTTCGTGca > 1:307206/1‑68 (MQ=38) gCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGCCGATGTCACTGTTCGTGca > 1:3160688/1‑68 (MQ=38) gCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGCCGATGTCACTGTTCGTGca > 1:1321058/1‑68 (MQ=38) gCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGCCGATGTCACTGTTCGTGca > 1:2910066/1‑68 (MQ=38) gCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGCCGATGTCACTGTTCGTGca > 1:1437593/1‑68 (MQ=38) gCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGCCGATGTCACTGTTCGTGca > 1:1440830/1‑68 (MQ=38) gCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGCCGATGTCACTGTTCGTGca > 1:1512637/1‑68 (MQ=38) gCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGCCGATGTCACTGTTCGTGca > 1:2703630/1‑68 (MQ=38) gCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGCCGATGTCACTGTTCGTGca > 1:743010/1‑68 (MQ=38) gCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGCCGATGTCACTGTTCGTGca > 1:32420/1‑68 (MQ=38) gCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGCCGATGTCACTGTTCGTGca > 1:2072655/1‑68 (MQ=38) gCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGCCGATGTCACTGTTCGTGca > 1:2408248/1‑68 (MQ=38) gCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGCCGATGTCACTGTTCGTGc > 1:2689967/1‑67 (MQ=38) aaCCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTACCGATGTCACTGTTCGTGCACaaa < 1:1163101/69‑1 (MQ=255) tCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGcc < 1:1921995/42‑1 (MQ=18) tctcCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTACCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACGGAAGAGCTGCATc > 1:1158733/1‑69 (MQ=255) tctcCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTACCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACGGAAGAGCTGCATc > 1:2161995/1‑69 (MQ=255) cACCTGGGGTGTACCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACGGAAGAGCTGCATCCGCGTACCCTTg < 1:2429531/68‑1 (MQ=255) ccTGGGGCGTGCCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGa > 1:2535682/1‑37 (MQ=38) ccTGGGGCGTGCCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACAGAAGAACTGCATCCGCGt > 1:3230271/1‑59 (MQ=255) ccTGGGGCGTGCCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACAGAAGAACTGCATCCGCGTa > 1:1440075/1‑60 (MQ=255) ccTGGGGCGTGCCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACAGAAGAACTGCATCCGCGTAc > 1:399324/1‑61 (MQ=255) ccTGGGGCGTGCCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACAGAAGAACTGCATCCGCGTAc > 1:516987/1‑61 (MQ=255) ccTGGGGCGTGCCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACAGAAGAACTGCATCCGCGTAc > 1:86549/1‑61 (MQ=255) ccTGGGGCGTGCCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACAGAAGAACTGCATCCGCGTAc > 1:813406/1‑61 (MQ=255) ccTGGGGCGTGCCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACAGAAGAACTGCATCCGCGTAc > 1:430782/1‑61 (MQ=255) ccTGGGGCGTGCCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACAGAAGAACTGCATCCGCGTAc > 1:2452393/1‑61 (MQ=255) ccTGGGGCGTGCCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACAGAAGAACTGCATCCGCGTAc > 1:336470/1‑61 (MQ=255) ccTGGGGCGTGCCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACAGAAGAACTGCATCCGCGTAc > 1:3348440/1‑61 (MQ=255) ccTGGGGCGTGCCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACAGAAGAACTGCATCCGCGTAc > 1:1253571/1‑61 (MQ=255) ccTGGGGCGTGCCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACAGAAGAACTGCATCCGCGTAc > 1:1594664/1‑61 (MQ=255) ccTGGGGCGTGCCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACAGAAGAACTGCATCCGCGTAc > 1:1688707/1‑61 (MQ=255) ccTGGGGCGTGCCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACAGAAGAACTGCATCCGCGTAc > 1:2279261/1‑61 (MQ=255) ccTGGGGCGTGCCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACAGAAGAACTGCATCCGCGTAc > 1:2122357/1‑61 (MQ=255) ccTGGGGCGTGCCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACAGAAGAACTGCATCCGCGTAc > 1:1769936/1‑61 (MQ=255) ccTGGGGCGTGCCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACAGAAGAACTGCATCCGCGTAc > 1:2103476/1‑61 (MQ=255) cTGGGGTGTACCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACGGAAGAGCTGCATCCGCGTACCCTTGAACt < 1:3254784/69‑1 (MQ=255) cTGGGGTGTACCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACGGAAGAGCTGCATCCGCGTACCCTTGAACt < 1:1034988/69‑1 (MQ=255) cTGGGGTGTACCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACGGAAGAGCTGCATCCGCGTACCCTTGAACt < 1:1283538/69‑1 (MQ=255) cTGGGGTGTACCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACGGAAGAGCTGCATCCGCGTACCCTTGAACt < 1:1302675/69‑1 (MQ=255) cTGGGGTGTACCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACGGAAGAGCTGCATCCGCGTACCCTTGAACt < 1:1672705/69‑1 (MQ=255) cTGGGGTGTACCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACGGAAGAGCTGCATCCGCGTACCCTTGAACt < 1:1914394/69‑1 (MQ=255) cTGGGGTGTACCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACGGAAGAGCTGCATCCGCGTACCCTTGAACt < 1:2287326/69‑1 (MQ=255) cTGGGGTGTACCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACGGAAGAGCTGCATCCGCGTACCCTTGAACt < 1:459185/69‑1 (MQ=255) cTGGGGTGTACCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACGGAAGAGCTGCATCCGCGTACCCTTGAACt < 1:2948627/69‑1 (MQ=255) cTGGGGTGTACCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACGGAAGAGCTGCATCCGCGTACCCTTGAACt < 1:3168679/69‑1 (MQ=255) tGGGGTGTACCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACGGAAGAGCTTCATCCGCGTACCCTTGAACTg < 1:2546387/69‑1 (MQ=255) tGGGGTGTACCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACGGAAGAGCTGCATCCGCGTACCCTTGAACTg < 1:630574/69‑1 (MQ=255) ggTGTACCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACGGAAGAGCTGCATCCGCGTACCCTTGAACTg < 1:463372/66‑1 (MQ=255) tgtACCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACGGAAGAGCTGCATCCGCGTACCCTTGAACTg > 1:628209/1‑64 (MQ=255) tgtACCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACGGAAGAGCTGCATCCGCGTACCCTTGAACTGAt > 1:2726320/1‑66 (MQ=255) | GCGTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTACCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACGGAAGAGCTGCATCCGCGTACCCTTGAACTGAT > minE/21418‑21546 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |