Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | minE | 122,446 | C→T | 23.1% | G208G (GGC→GGT) | cueO → | multicopper oxidase (laccase) |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | minE | 122,446 | 0 | C | T | 23.1% | 35.7 / 5.4 | 30 | G208G (GGC→GGT) | cueO | multicopper oxidase (laccase) |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (15/8); new base T (5/2); total (20/10) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.22e-01 |
AGAAATTTAGCGCCGACGGGCAGATTGATTATCAACTGGATGTGATGACCGCCGCCGTGGGCTGGTTTGGCGATACGTTGCTGACCAACGGTGCAATCTACCCGCAACACGCTGCCCCGCGTGGT > minE/122385‑122509 | aGAAATTTAGCGCCGACGGGCAGATTGATTATCAACTGGATGTGATGACCGCCGCCGTGGGCTGGTTTg < 1:883869/69‑1 (MQ=255) aGAAATTTAGCGCCGACGGGCAGATTGATTATCAACTGGATGTGATGACCGCCGCCGTGGGCTGGTTTg < 1:353830/69‑1 (MQ=255) aGAAATTTAGCGCCGACGGGCAGATTGATTATCAACTGGATGTGATGACCGCCGCCGTGGGCTGGTTTg < 1:2779892/69‑1 (MQ=255) aTTTAACGCTGACGGGCAGATTGATTATCAACTGGATGTGATGACCGCCGCTGTGGGTTGGTTTGGCGa > 1:2313563/1‑69 (MQ=255) aTTTAACGCTGACGGGCAGATTGATTATCAACTGGATGTGATGACCGCCGCTGTGGGTTGGTTTGGCGa > 1:792481/1‑69 (MQ=255) aTTTAACGCTGACGGGCAGATTGATTATCAACTGGATGTGATGACCGCCGCTGTGGGTTGGTTTGGCGa > 1:2934983/1‑69 (MQ=255) aTTTAACGCTGACGGGCAGATTGATTATCAACTGGATGTGATGACCGCCGCTGTGGGTTGGTTTGGCGa > 1:1948117/1‑69 (MQ=255) aTTTAACGCTGACGGGCAGATTGATTATCAACTGGATGTGATGACCGCCGCTGTGGGTTGGTTTGGCGa > 1:124062/1‑69 (MQ=255) ttAGCGCCGACGGGCAGATTGATTATCAACTGGATGTGATGACCGCCGCCGTGGGCTGGTTTGGCGATa > 1:1584523/1‑69 (MQ=255) ttAGCGCCGACGGGCAGATTGATTATCAACTGGATGTGATGACCGCCGCCGTGGGCTGGTTTGGCGATa > 1:2969962/1‑69 (MQ=255) ttgattATCAACTGGATGTGATGACCGCCGCCGTGGGCTGGTTTGGCGATACGTTGCTGACCACCGGt > 1:2719759/1‑68 (MQ=255) ttgattATCAACTGGATGTGATGACCGCCGCCGTGGGCTGGTTTGGCGATACGTTGCTGACCAACGGt > 1:842583/1‑68 (MQ=255) ttgattATCAACTGGATGTGATGACCGCCGCCGTGGGCTGGTTTGGCGATACGTTGCTGACCAACGGt > 1:678607/1‑68 (MQ=255) ttgattATCAACTGGATGTGATGACCGCCGCCGTGGGCTGGTTTGGCGATACGTTGCTGACCAACGGt > 1:1576074/1‑68 (MQ=255) ttgattATCAACTGGATGTGATGACCGCCGCCGTGGGCTGGTTTGGCGATACGTTGCTGACCAACGGt > 1:2164394/1‑68 (MQ=255) tgattATCAACTGGATGTGATGACCGCCGCCGTGGGCTgg < 1:160962/40‑1 (MQ=255) tgattATCAACTGGATGTGATGACCGCCGCCGTGGGCTgg < 1:3104307/40‑1 (MQ=255) tgattATCAACTGGATGTGATGACCGCCGCCGTGGGCTgg < 1:1019753/40‑1 (MQ=255) tgattATCAACTGGATGTGATGACCGCCGCCGTGGGCTgg < 1:2213750/40‑1 (MQ=255) tgattATCAACTGGATGTGATGACCGCCGCCGTGGGCTgg < 1:2125439/40‑1 (MQ=255) ggATGTGATGACCGCCGCTGTGGGTTGGTTTGGCGATACGTTGCTGACCAACGGTGCAATCTACCCGCa < 1:1873106/69‑1 (MQ=255) gATGTGATGACCGCCGCTGTGGGTTGGTTTGGCGATACGTTGCTGACCAACGGTGCAATCTACCCGCa < 1:1551183/68‑1 (MQ=255) gTGGGCTGGTTTGGCGATACGTTGCTTACCAACGGTGCAATCTACCCGCAACACGCTGCCCCGCGTGGt > 1:1057918/1‑69 (MQ=255) gTGGGCTGGTTTGGCGATACGTTGCTGACCAACGGTGCAATCTACCCGCAACACGCTGCCCCGCGTGGt > 1:2406846/1‑69 (MQ=255) gTGGGCTGGTTTGGCGATACGTTGCTGACCAACGGTGCAATCTACCCGCAACACGCTGCCCCGCGTGGt > 1:2339457/1‑69 (MQ=255) gTGGGCTGGTTTGGCGATACGTTGCTGACCAACGGTGCAATCTACCCGCAACACGCTGCCCCGCGTGGt > 1:1484901/1‑69 (MQ=255) gTGGGCTGGTTTGGCGATACGTTGCTGACCAACGGTGCAATCTACCCGCAACACGCTGCCCCGCGTGGt > 1:2976817/1‑69 (MQ=255) gTGGGCTGGTTTGGCGATACGTTGCTGACCAACGGTGCAATCTACCCGCAACACGCTGCCCCGCGTGGt > 1:320850/1‑69 (MQ=255) gTGGGCTGGTTTGGCGATACGTTGCTGACCAACGGTGCAATCTACCCGCAACACGCTGCCCCGCGTGGt > 1:194255/1‑69 (MQ=255) gTGGGCTGGTTTGGCGATACGTTGCTGACCAACGGTGCAATCTACCCGCAACACGCTGCCCCGCGTGGt > 1:1210944/1‑69 (MQ=255) | AGAAATTTAGCGCCGACGGGCAGATTGATTATCAACTGGATGTGATGACCGCCGCCGTGGGCTGGTTTGGCGATACGTTGCTGACCAACGGTGCAATCTACCCGCAACACGCTGCCCCGCGTGGT > minE/122385‑122509 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |