Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	freq	annotation	gene	description
RA	minE	1,550,155	G→A	46.6%	F35F (TTC→TTT)	vacJ ←	predicted lipoprotein

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	minE	1,550,155	0	G	A	46.6%	12.2 / 75.4	90	F35F (TTC→TTT)	vacJ	predicted lipoprotein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (13/35);  new base A (21/21);  total (34/56)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.08e-02
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.13e-01

GCGACAGCGACCGGTCGAACAATATACGGGTCTAATACATTGAAGTTGAAGTTGTACATGGTGCGGTTGAACCCTTCTAACGGGTCAGAACGCCCTTGCTGATCTGTACCGGAACTCGCACACCCC  >  minE/1550087‑1550212                                                                     |                                                          gCGACAGCGACCGGTCGAACAATATACGGGTCTAATACATTGAAGTTGAAGTTGTACATGGTGCGGTTg                                                           <  1:1390217/69‑1 (MQ=255)     cAGCGACCGGTCGAACAATATACGGGTCTAATACATTGAAGTTGAAGTTGTACATGGTGCGGTTGAAcc                                                       <  1:694796/69‑1 (MQ=255)          aCCGGTCGAACAATATACGGGTCCAATACATTGAAGTTGAAGTTGTACATGGTGCGGTTGAACCCTTCt                                                  <  1:610355/69‑1 (MQ=255)               tCGAACAATATACGGGTCTAATACATTGAAGTTGAAGTTGTACATAGTGCGGTTAAACCCTTCTAACgg                                             >  1:1754118/1‑69 (MQ=255)               tCGAACAATATACGGGTCTAATACATTGAAGTTGAAGTTGTACATAGTGCGGTTAAACCCTTCTAACgg                                             >  1:170727/1‑69 (MQ=255)               tCGAACAATATACGGGTCTAATACATTGAAGTTGAAGTTGTACATAGTGCGGTTAAACCCTTCTAACgg                                             >  1:620306/1‑69 (MQ=255)               tCGAACAATATACGGGTCTAATACATTGAAGTTGAAGTTGTACATAGTGCGGTTAAACCCTTCTAACgg                                             >  1:678669/1‑69 (MQ=255)               tCGAACAATATACGGGTCTAATACATTGAAGTTGAAGTTGTACATAGTGCGGTTAAACCCTTCTAACgg                                             >  1:1538414/1‑69 (MQ=255)               tCGAACAATATACGGGTCTAATACATTGAAGTTGAAGTTGTACATAGTGCGGTTAAACCCTTCTAACgg                                             >  1:2053742/1‑69 (MQ=255)               tCGAACAATATACGGGTCTAATACATTGAAGTTGAAGTTGTACATAGTGCGGTTAAACCCTTCTAACgg                                             >  1:2219231/1‑69 (MQ=255)               tCGAACAATATACGGGTCTAATACATTGAAGTTGAAGTTGTACATAGTGCGGTTAAACCCTTCTAACgg                                             >  1:390147/1‑69 (MQ=255)               tCGAACAATATACGGGTCTAATACATTGAAGTTGAAGTTGTACATAGTGCGGTTAAACCCTTCTAACgg                                             >  1:142559/1‑69 (MQ=255)               tCGAACAATATACGGGTCTAATACATTGAAGTTGAAGTTGTACATAGTGCGGTTAAACCCTTCTAACgg                                             >  1:2664424/1‑69 (MQ=255)               tCGAACAATATACGGGTCTAATACATTGAAGTTGAAGTTGTACATAGTGCGGTTAAACCCTTCTAACgg                                             >  1:276267/1‑69 (MQ=255)               tCGAACAATATACGGGTCTAATACATTGAAGTTGAAGTTGTACATAGTGCGGTTAAACCCTTCTAACgg                                             >  1:1342045/1‑69 (MQ=255)               tCGAACAATATACGGGTCTAATACATTGAAGTTGAAGTTGTACATAGTGCGGTTAAACCCTTCTAACgg                                             >  1:1313508/1‑69 (MQ=255) 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              tCGAACAATATACGGGTCTAATACATTGAAGTTGAAGTTGTACATAGTGCGGTTAAACCCTTCTAACg                                              >  1:3429790/1‑68 (MQ=255)               tCGAACAATATACGGGTCTAATACATTGAAGTTGAAGTTGTACATAGTGCGGTTAAACCCTTCTAACg                                              >  1:3060189/1‑68 (MQ=255)                   aCAATATACGGGTCTAATACATTGAAGTTGAAGTTGTACATGGTGCGGTTGAACCCTTCTAACGGGt                                           >  1:857442/1‑67 (MQ=255)                   aCAATATACGGGTCTAATACATTGAAGTTGAAGTTGTACATGGTGCGGTTGAACCCTTCTAACGGGTc                                          >  1:575626/1‑68 (MQ=255)                   aCAATATACGGGTCTAATACATTGAAGTTGAAGTTGTACATGGTGCGGTTGAACCCTTCTAACGGGTc                                          >  1:1922784/1‑68 (MQ=255)                   aCAATATACGGGTCTAATACATTGAAGTTGAAGTTGTACATGGTGCGGTTGAACCCTTCTAACGGGTc                                          >  1:3327860/1‑68 (MQ=255)                      atatACGGGTCTAATACATTGAAGTTGAAGTTGTACATGGTGCGGTTGAACCCTTCTAACGGGTCAGaa                                      >  1:2108636/1‑69 (MQ=255)                         taCGGGTCTAATACATTGAAGTTGGAGTTGTACATGGTGCGGTTGAACCCTTCTAACGGGTCAGAACg                                    >  1:888379/1‑68 (MQ=255)                         taCGGGTCTAATACATTGAAGTTGAAGTTGTACATGGTGCGGTTGAACCCTTCTAACGGGTCAGAACGc                                   >  1:788693/1‑69 (MQ=255)                           cGGGTCTAATACATTGAAGTTGAAGTTGTACATGGTGCGGTTGAACCCTTCTAACGGGTCAGAACGcc                                  <  1:3416508/68‑1 (MQ=255)                           cGGGGCTAATACATTGAAGTTGAAGTTGTACATGGTGCGGTTGAACCCTTCTAACGGGTCAGAACGcc                                  <  1:3059717/68‑1 (MQ=255)                                     aCATTGAAGTTGAAGTTGTACATGGTGCGGTTGAACCCTTCTAACGGGTCAGAACGCCCTTGCTGATc                        <  1:1841297/68‑1 (MQ=255)                                     aCATTGAAGTTGAAGTTGTACATGGTGCGGTTGAACCCTTCTAACGGGTCAGAACGCCCTTGCTGATc                        <  1:525986/68‑1 (MQ=255)                                     aCATTGAAGTTGAAGTTGTACATGGTGCGGTTGAACCCTTCTAACGGGTCAGAACGCCCTTGCTGATc                        <  1:789092/68‑1 (MQ=255)                                     aCATTGAAGTTGAAGTTGTACATGGTGCGGTTGAACCCTTCTAACGGGTCAGAACGCCCTTGCTGATc                        <  1:2551098/68‑1 (MQ=255)                                     aCATTGAAGTTGAAGTTGTACATGGTGCGGTTGAACCCTTCTAACGGGTCAGAACGCCCTTGCTGATc                        <  1:361447/68‑1 (MQ=255)                                      cATTGAAGTTGAAGTTGTACATGGTGCGGTTGAACCCTTCTAACGGGTCAGAACGCCCTTGCTGATCTg                      <  1:2196635/69‑1 (MQ=255)                                      cATTGAAGTTGAAGTTGTACATGGTGCGGTTGAACCCTTCTAACGGGTCAGAACGCCCTTGCTGATCTg                      <  1:1442311/69‑1 (MQ=255)                                        ttgaagttgaagTTGTACATGGTGCGGTTGAACCCTTCTAACGGGTCAGAACGCCCTTGCTGATCTGt                     <  1:2850635/68‑1 (MQ=255)                                        ttgaagttgaagTTGTACATGGTGCGGTTGAACCCTTCTAACGGGTCAGAACGCCCTTGCTGATCTGt                     <  1:1171539/68‑1 (MQ=255)                                        ttgaagttgaagTTGTACATGGTGCGGTTGAACCCTTCTAACGGGTCAGAACGCCCTTGCTGATCTGt                     <  1:1363094/68‑1 (MQ=255)                                        ttgaagttgaagTTGTACATGGTGCGGTTGAACCCTTCTAACGGGTCAGAACGCCCTTGCTGATCTGt                     <  1:1376976/68‑1 (MQ=255)                                        ttgaagttgaagTTGTACATGGTGCGGTTGAACCCTTCTAACGGGTCAGAACGCCCTTGCTGATCTGt                     <  1:3345997/68‑1 (MQ=255)                                        ttgaagttgaagTTGTACATGGTGCGGTTGAACCCTTCTAACGGGTCAGAACGCCCTTGCTGATCTGt                     <  1:3021414/68‑1 (MQ=255) 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                                        tgaagttgaagtTGTACATGGTGCGGTTGAACCCTTCTAACGGGTCAGAACGCCCTTGCTGATCTGt                     <  1:661535/67‑1 (MQ=255)                                         tgaagttgaagtTGTACATAGTGCGGTTAAACCCTTCTAACGGGTCAGAACGCCCTTGCTGATCTGt                     <  1:353339/67‑1 (MQ=255)                                         tgaagttgaagtTGTACATAGTGCGGTTAAACCCTTCTAACGGGTCAGAACGCCCTTGCTGATCTGt                     <  1:3140897/67‑1 (MQ=255)                                         tgaagttgaagtTGTACATAGTGCGGTTAAACCCTTCTAACGGGTCAGAACGCCCTTGCTGATCTGt                     <  1:514919/67‑1 (MQ=255)                                         tgaagttgaagtTGTACATAGTGCGGTTAAACCCTTCTAACGGGTCAGAACGCCCTTGCTGATCTGt                     <  1:2544125/67‑1 (MQ=255)                                         tgaagttgaagtTGTACATAGTGCGGTTAAACCCTTCTAACGGGTCAGAACGCCCTTGCTGATCTGt                     <  1:2396033/67‑1 (MQ=255)                                         tgaagttgaagtTGTACATAGTGCGGTTAAACCCTTCTAACGGGTCAGAACGCCCTTGCTGATCTGt                     <  1:1520661/67‑1 (MQ=255)                                         tgaagttgaagtTGTACATAGTGCGGTTAAACCCTTCTAACGGGTCAGAACGCCCTTGCTGATCTGt                     <  1:1557076/67‑1 (MQ=255)                                         tgaagttgaagtTGTACATAGTGCGGTTAAACCCTTCTAACGGGTCAGAACGCCCTTGCTGATCTGt                     <  1:1619983/67‑1 (MQ=255)                                         tgaagttgaagtTGTACATAGTGCGGTTAAACCCTTCTAACGGGTCAGAACGCCCTTGCTGATCTGt                     <  1:1630989/67‑1 (MQ=255)                                         tgaagttgaagtTGTACATAGTGCGGTTAAACCCTTCTAACGGGTCAGAACGCCCTTGCTGATCTGt                     <  1:1758684/67‑1 (MQ=255)                                         tgaagttgaagtTGTACATAGTGCGGTTAAACCCTTCTAACGGGTCAGAACGCCCTTGCTGATCTGt                     <  1:1833118/67‑1 (MQ=255) 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                                        tgaagttgaagtTGTACATAGTGCGGTTAAACCCTTCTAACGGGTCAGAACGCCCTTGCTGATCTGt                     <  1:861498/67‑1 (MQ=255)                                         tgaagttgaagtTGTACATAGTGCGGTTAAACCCTTCTAACGGGTCAGAACGCCCTTGCTGATCTGt                     <  1:2889724/67‑1 (MQ=255)                                         tgaagttgaagtTGTACATAGTGCGGTTAAACCCTTCTAACGGGTCAGAACGCCCTTGCTGATCTGt                     <  1:1409170/67‑1 (MQ=255)                                         tgaagttgaagtTGTACATAGTGCGGTTAAACCCTTCTAACGGGTCAGAACGCCCTTGCTGATCTGt                     <  1:1218516/67‑1 (MQ=255)                                                gaagttgTACATGGTGCGGTTGAACCCTTCTAACGGGTCAGAACGCCCTTGCTGATCTGTACCGGAACt            >  1:2324517/1‑69 (MQ=255)                                                   gttgTACATGGTGCGGTTGAACCCTTCTAACGGGTCAGAACGCCCTTGCTGATCTGTACCGGAACTCg          <  1:1022534/68‑1 (MQ=255)                                                   gttgTACATGGTGCGGTTGAACCCTTCTAACGGGTCAGAACGCCCTTGCTGATCTGTACCGGAACTCg          <  1:3112253/68‑1 (MQ=255)                                                   gttgTACATGGTGCGGTTGAACCCTTCTAACGGGTCAGAACGCCCTTGCTGATCTGTACCGGAACTCg          <  1:3301444/68‑1 (MQ=255)                                                   gttgTACATGGTGCGGTTGAACCCTTCTAACGGGTCAGAACGCCCTTGCTGATCTGTACCGGAACTCg          <  1:2993312/68‑1 (MQ=255)                                                   gttgTACATGGTGCGGTTGAACCCTTCTAACGGGTCAGAACGCCCTTGCTGATCTGTACCGGAACTCg          <  1:3065807/68‑1 (MQ=255)                                                     tgTACATGGTGCGGTTGAACCCTTCTAACGGGTCAGAACGCCCTTGCTGATCTGTACCGGAACTCg          <  1:1023839/66‑1 (MQ=255)                                                           tGGTGCGGTTGAACCCTTCTAACGGGTCAGAACGCCCTTGCTGATCTGTACCGGAACTCGCCCAcccc  >  1:2345693/1‑68 (MQ=255)                                                           tGGTGCGGTTGAACCCTTCTAACGGGTCAGAACGCCCTTGCTGATCTGTACCGGAACTCGCACAcccc  >  1:2853151/1‑68 (MQ=255)                                                           tGGTGCGGTTGAACCCTTCTAACGGGTCAGAACGCCCTTGCTGATCTGTACCGGAACTCGCACAcccc  >  1:909599/1‑68 (MQ=255)                                                                    tGAACCCTTCTAACGGGTCAGAACGCCCTTGCTGATCTGTACCGGaa              >  1:1103284/1‑47 (MQ=255)                                                                     |                                                          GCGACAGCGACCGGTCGAACAATATACGGGTCTAATACATTGAAGTTGAAGTTGTACATGGTGCGGTTGAACCCTTCTAACGGGTCAGAACGCCCTTGCTGATCTGTACCGGAACTCGCACACCCC  >  minE/1550087‑1550212

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑