| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,551,242 | T→C | 100% | H230H (CAT→CAC) | yfdC → | predicted inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,551,242 | 0 | T | C | 76.5% | 57.4 / 11.9 | 47 | H230H (CAT→CAC) | yfdC | predicted inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (10/1); new base C (19/16); total (30/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.56e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
TATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCATATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCAT > minE/1551200‑1551310 | tataTTGATGAGCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTTGt > 1:1894895/1‑51 (MQ=38)tataTTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGttg > 1:1977061/1‑48 (MQ=39)tataTTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTTGt > 1:1087062/1‑51 (MQ=39)tataTTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTTGt > 1:3007646/1‑51 (MQ=39)tataTTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTTGt > 1:3097568/1‑51 (MQ=39)tataTTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTTGt > 1:287287/1‑51 (MQ=39)tataTTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTTGt > 1:2852831/1‑51 (MQ=39)tataTTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTTGt > 1:2840042/1‑51 (MQ=39)tataTTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTTGt > 1:3284843/1‑51 (MQ=39)tataTTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTTGt > 1:2559541/1‑51 (MQ=39)tataTTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTTGt > 1:618341/1‑51 (MQ=39)tataTTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTTGt > 1:2070151/1‑51 (MQ=39)tataTTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTTGt > 1:197238/1‑51 (MQ=39)tataTTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTTGt > 1:187541/1‑51 (MQ=39)tataTTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTTGt > 1:1762538/1‑51 (MQ=39)tataTTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTTGt > 1:1644222/1‑51 (MQ=39)tataTTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTTGt > 1:1557538/1‑51 (MQ=39)tataTTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTTGt > 1:770646/1‑51 (MQ=39)tataTTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCAAATCGTTGt > 1:1837768/1‑51 (MQ=255)tataTTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGAAACCACCCACATCGTTGt > 1:3125813/1‑51 (MQ=255) gatgaCCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCATATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATc > 1:1199766/1‑68 (MQ=255) gatgaCCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCATATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCt > 1:1559411/1‑69 (MQ=255) gatgaCCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACAACACCCATATCGTGGTAGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCt > 1:1420383/1‑69 (MQ=255) tGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTTGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGttt < 1:1768102/69‑1 (MQ=255) tGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTTGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGttt < 1:3068350/69‑1 (MQ=255) tGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTTGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGttt < 1:869956/69‑1 (MQ=255) tGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTTGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGttt < 1:1198337/69‑1 (MQ=255) tGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTTGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGttt < 1:3272536/69‑1 (MQ=255) tGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTTGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGttt < 1:2751828/69‑1 (MQ=255) tGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTTGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGttt < 1:790027/69‑1 (MQ=255) tGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTTGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGttt < 1:3356695/69‑1 (MQ=255) tGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTTGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGttt < 1:2444940/69‑1 (MQ=255) tGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTTGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGttt < 1:2431014/69‑1 (MQ=255) tGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTTGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGttt < 1:423297/69‑1 (MQ=255) tGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTTGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGttt < 1:2330743/69‑1 (MQ=255) tGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTTGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGttt < 1:2088766/69‑1 (MQ=255) tGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTTGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGttt < 1:2007928/69‑1 (MQ=255) tGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTTGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGttt < 1:1985536/69‑1 (MQ=255) tGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTTGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGttt < 1:667460/69‑1 (MQ=255) acacCACCCATATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCctct > 1:629903/1‑39 (MQ=255) acacCACCCATATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCctct > 1:1030465/1‑39 (MQ=255) acacCACCCATATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCctct > 1:979711/1‑39 (MQ=255) acacCACCCATATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCctct > 1:2625398/1‑39 (MQ=255) acacCACCCATATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCctct > 1:250337/1‑39 (MQ=255) acacCACCCATATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCctct > 1:2182528/1‑39 (MQ=255) acacCACCCATATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCctc > 1:2816390/1‑38 (MQ=255) accCATATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGAt < 1:2945211/69‑1 (MQ=255) atatCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAAc > 1:374321/1‑44 (MQ=255) atatCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAAc > 1:1137546/1‑44 (MQ=255) atatCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAAc > 1:473340/1‑44 (MQ=255) atatCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAAc > 1:2411801/1‑44 (MQ=255) atatCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAAc > 1:1954337/1‑44 (MQ=255) atatCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAAc > 1:1399915/1‑44 (MQ=255) atatCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAAc > 1:861980/1‑44 (MQ=255) atatCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCa < 1:289458/69‑1 (MQ=255) atatCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCa < 1:58421/69‑1 (MQ=255) atatCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCa < 1:1305873/69‑1 (MQ=255) tatCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCAt < 1:2913032/69‑1 (MQ=255) tatCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCAt < 1:2424055/69‑1 (MQ=255) tatCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCT‑GTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCAt < 1:1113104/68‑1 (MQ=255) | TATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCATATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCAT > minE/1551200‑1551310 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |