| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,556,777 | T→C | 29.3% | intergenic (+627/+636) | dsdA → / ← emrY | D‑serine ammonia‑lyase/predicted multidrug efflux system |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,556,777 | 0 | T | C | 29.3% | 79.4 / 38.6 | 85 | intergenic (+627/+636) | dsdA/emrY | D‑serine ammonia‑lyase/predicted multidrug efflux system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (22/38); new base C (9/16); total (31/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.36e-01 | |||||||||||
ACGCCAGTAATAGCAAACCGCATACATCAAAAAACTAAATGTCACTAACAACCGCATGTCTATTTTGTTGCCATAACGTCCTATCAAAGGTGAAATTAATAGTGG > minE/1556732‑1556836 | aCGCCAGTAATAGCAAACCGCATACATCAAAAAACTAAATGTCACCaac < 1:126947/49‑1 (MQ=255)aCGCCAGTAATAGCAAACCGCATACATCAAAAAACTAAATGTCACCaac < 1:1377597/49‑1 (MQ=255)aCGCCAGTAATAGCAAACCGCATACATCAAAAAACTAAATGTCACCaac < 1:2970348/49‑1 (MQ=255)aCGCCAGTAATAGCAAACCGCATACATCAAAAAACTAAATGTCACCaac < 1:433479/49‑1 (MQ=255)aCGCCAGTAATAGCAAACCGCATACATCAAAAAACTAAATGTCACCaac < 1:3214120/49‑1 (MQ=255)aCGCCAGTAATAGCAAACCGCATACATCAAAAAACTAAATGTCACCaac < 1:2211043/49‑1 (MQ=255)aCGCCAGTAATAGCAAACCGCATACATCAAAAAACTAAATGTCACCaac < 1:2274814/49‑1 (MQ=255)aCGCCAGTAATAGCAAACCGCATACATCAAAAAACTAAATGTCACCaac < 1:589445/49‑1 (MQ=255)aCGCCAGTAATAGCAAACCGCATACATCAAAAAACTAAATGTCACCaac < 1:233705/49‑1 (MQ=255)aCGCCAGTAATAGCAAACCGCATACATCAAAAAACTAAATGTCACCaac < 1:626874/49‑1 (MQ=255)aCGCCAGTAATAGCAAACCGCATACATCAAAAAACTAAATGTCACCaac < 1:658558/49‑1 (MQ=255)aCGCCAGTAATAGCAAACCGCATACATCAAAAAACTAAATGTCACCaac < 1:2497434/49‑1 (MQ=255)aCGCCAGTAATAGCAAACCGCATACATCAAAAAACTAAATGTCACCaac < 1:2942168/49‑1 (MQ=255)aCGCCAGTAATAGCAAACCGCATACATCAAAAAACTAAATGTCACCaac < 1:1503860/49‑1 (MQ=255)aCGCCAGTAATAGCAAACCGCATACATCAAAAAACTAAATGTCACCaac < 1:3378364/49‑1 (MQ=255)aCGCCAGTAATAGCAAACCGCATACAT‑AAAAAACTAAATGTCACCaac < 1:252539/48‑1 (MQ=255) aGTAATAGCAAACCGCATACATCAAAAAACTAAATGTCACTAACAACCGCATGTCTATTTTGTTGCCAt < 1:2650427/69‑1 (MQ=255) aGTAATAGCAAACCGCATACATCAAAAAACTAAATGTCACTAACAACCGCATGTCTATTTTGTTGCCAt < 1:143014/69‑1 (MQ=255) aGTAATAGCAAACCGCATACATCAAAAAACTAAATGTCACTAACAACCGCATGTCTATTTTGTTGCCAt < 1:245852/69‑1 (MQ=255) aaTAGCAAACCGCATACATCAAAAAACTAAATGTCACTAACAACCGCATGTCTAt < 1:155313/55‑1 (MQ=255) aaTAGCAAACCGCATACATCAAAAAACTAAATGTCACTAACAACCGCATGTCTATTTTGTTGCCAt > 1:461924/1‑66 (MQ=255) aaTAGCAAACCGCATACATCAAAAAACTAAATGTCACTAACAACCGCATGTCTATTTTGTTGCCATAAc > 1:1972268/1‑69 (MQ=255) aaTAGCAAACCGCATACATCAAAAAACTAAATGTCACTAACAACCGCATGTCTATTTTGTTGCCATAAc > 1:2833064/1‑69 (MQ=255) 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minE/1556732‑1556836 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |