| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,558,506 | T→C | 40.7% | T152A (ACG→GCG) | emrK ← | EmrKY‑TolC multidrug resistance efflux pump, membrane fusion protein component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,558,506 | 0 | T | C | 40.7% | 19.9 / 40.9 | 59 | T152A (ACG→GCG) | emrK | EmrKY‑TolC multidrug resistance efflux pump, membrane fusion protein component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (26/9); new base C (15/9); total (41/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.95e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.11e-01 | |||||||||||
CGGCATTCAATGCCGCTTTGCTACTTATTAACGTATCTTTGGTATGCTCCAGCGTTTCTTTTGAAATAACCCCCTGCTTCGCTAACGGCACTCGACGGTTATAATCTTCTAAAGA > minE/1558452‑1558566 | cGGCATTCAATGCCGCTTTGCTACTTATTAACGTATCTTTGGTATGCTCCAGCGTTTCTTTTGAAATaa > 1:2013716/1‑69 (MQ=255) agCATTCAATGCCGCTTTGCTACTTATTAACGTATCTTTGGTATGCTCCAGCGCTTCTTTTGAAATAAc < 1:3191644/68‑1 (MQ=255) agCATTCAATGCCGCTTTGCTACTTATTAACGTATCTTTGGTATGCTCCAGCGCTTCTTTTGAAATAAc < 1:2866975/68‑1 (MQ=255) cAATGCCGCTTTGCTACTTATTAACGTATCTTTGGTATGCTCCAGCGTTTCTTTTGAAATAACCCCCTg > 1:1286397/1‑69 (MQ=255) cAATGCCGCTTTGCTACTTATTAACGTATCTTTGGTATGCTCCAGCGTTTCTTTTGAAATAACCCCCTg > 1:983448/1‑69 (MQ=255) cAATGCCGCTTTGCTACTTATTAACGTATCTTTGGTATGCTCCAGCGTTTCTTTTGAAATAACCCCCTg > 1:552348/1‑69 (MQ=255) cAATGCCGCTTTGCTACTTATTAACGTATCTTTGGTATGCTCCAGCGTTTCTTTTGAAATAACCCCCTg > 1:2677321/1‑69 (MQ=255) cAATGCCGCTTTGCTACTTATTAACGTATCTTTGGTATGCTCCAGCGTTTCTTTTGAAATAACCCCCTg > 1:1868670/1‑69 (MQ=255) cAATGCCGCTTTGCTACTTATTAACGTATCTTTGGTATGCTCCAGCGTTTCTTTTGAAATAACCCCCTg > 1:185161/1‑69 (MQ=255) cAATGCCGCTTTGCTACTTATTAACGTATCTTTGGTATGCTCCAGCGTTTCTTTTGAAATAACCCCCTg > 1:1643350/1‑69 (MQ=255) gCCGCTTTTCTACTTATTAACGTATCTTTGGTATGCTCCAGCGCTTCTTTTGAAATAACCCCTTGCTTc > 1:2027565/1‑69 (MQ=255) gCCGCTTTGCTACTTATTAACGTATCTTTGGTATGCTCCAGCGTTTCTTTTGAAATAACCCCCTGCtt > 1:2661004/1‑68 (MQ=255) gCCGCTTTGCTACTTATTAACGTATCTTTGGTATGCTCCAGCGTTTCTTTTGAAATAACCCCCTGCTTc > 1:2161306/1‑69 (MQ=255) gCCGCTTTGCTACTTATTAACGTATCTTTGGTATGCTCCAGCGCTTCTTTTGAAATAACCCCTTGCTTc > 1:940789/1‑69 (MQ=255) gCCGCTTTGCTACTTATTAACGTATCTTTGGTATGCTCCAGCGCTTCTTTTGAAATAACCCCTTGCTTc > 1:1517317/1‑69 (MQ=255) gCCGCTTTGCTACTTATTAACGTATCTTTGGTATGCTCCAGCGCTTCTTTTGAAATAACCCCTTGCTTc > 1:2464033/1‑69 (MQ=255) gCCGCTTTGCTACTTATTAACGTATCTTTGGTATGCTCCAGCGCTTCTTTTGAAATAACCCCTTGCTTc > 1:3126635/1‑69 (MQ=255) gCCGCTTTGCTACTTATTAACGTATCTTTGGTATGCTCCAGCGCTTCTTTTGAAATAACCCCTTGCTTc > 1:59070/1‑69 (MQ=255) gCCGCTTTGCTACTTATTAACGTATCTTTGGTATGCTCCAGCGCTTCTTTTGAAATAACCCCTTGCTTc > 1:837680/1‑69 (MQ=255) gCCGCTATGCTACTTATTAACGTATCTTTGGTATGCTCCAGCGCTTCTTTTGAAATAACCCCTTGCTTc > 1:442071/1‑69 (MQ=255) gCTTTGCTACTTATTAACGTATCTTTGGTATGCTCCAGCGTTTCTTTTGAAATAACCCCCTGCTTCGCt < 1:3004834/69‑1 (MQ=255) gCTTTGCTACTTATTAACGTATCTTTGGTATGCTCCAGCGTTTCTTTTGAAATAACCCCCTGCTTCGCt < 1:2903579/69‑1 (MQ=255) aCTTATTAACGTATCTTTGGTATGCTCCAGCGTTTCTTTTGAAATAACCCCCTGCTTCGCTAACGGCa < 1:3420410/68‑1 (MQ=255) aCTTATTAACGTATCTTTGGTATGCTCCAGCGTTTCTTTTGAAATAACCCCCTGCTTCGCTAACGGCa < 1:2926422/68‑1 (MQ=255) aCTTATTAACGTATCTTTGGTATGCTCCAGCGTTTCTTTTGAAATAACCCCCTGCTTCGCTAACGGCa < 1:2385677/68‑1 (MQ=255) tattaACGTATCTTTGGTATGCTCCAGCGTTTCTTTTGAAATAACCCCCTGCTTCGCTAACGGCACTc < 1:137985/68‑1 (MQ=255) tattaACGTATCTTTGGTATGCTCCAGCGTTTCTTTTGAAATAACCCCCTGCTTCGCTAACGGCACTc < 1:2603351/68‑1 (MQ=255) tattaACGTATCTTTGGTATGCTCCAGCGCTTCTTTTGAAATAACCCCTTGCTTCGCTAAAGGCAcac < 1:1329654/68‑3 (MQ=255) tattaACGTATCTTTGGTATGCTCCAGCGCTTCTTTTGAAATAACCCCTTGCTTCGCTAAAGGCAcac < 1:2925479/68‑3 (MQ=255) tattaACGTATCTTTGGTATGCTCCAGCGCTTCTTTTGAAATAACCCCTTGCTTCGCTAAAGGCAcac < 1:593801/68‑3 (MQ=255) tattaACGTATCTTTGGTATGCTCCAGCGCTTCTTTTGAAATAACCCCTTGCTTCGCTAAAGGCAcac < 1:1673087/68‑3 (MQ=255) tattaACGTATCTTTGGTATGCTCCAGCGCTTCTTTTGAAATAACCCCTTGCTTCGCTAAAGGCAcac < 1:2532172/68‑3 (MQ=255) tattaACGTATCTTTGGTATGCTCCAGCGCTTCTTTTGAAATAACCCCTTGCTTCGCTAAAGGCAcac < 1:1861090/68‑3 (MQ=255) tattaACGTATCTTTGGTATGCTCCAGCGCTTCTTTTGAAATAACCCCTTGCTTCGCTAAAGGCAcac < 1:2226633/68‑3 (MQ=255) aaCGTATCTTTGGTATGCTCCAGCGTTTCTTTTGaa > 1:720505/1‑36 (MQ=255) aaCGTATCTTTGGTATGCTCCAGCGTTTCTTTTGAAATAACCCCCTGCTTCGCTAACgg > 1:2688921/1‑59 (MQ=255) aaCGTATCTTTGGTATGCTCCAGCGTTTCTTTTGAAATAACCCCCTGCTTCGCTAACgg > 1:979809/1‑59 (MQ=255) aaCGTATCTTTGGTATGCTCCAGCGTTTCTTTTGAAATAACCCCCTGCTTCGCTAACgg > 1:3153439/1‑59 (MQ=255) aaCGTATCTTTGGTATGCTCCAGCGTTTCTTTTGAAATAACCCCCTGCTTCGCTAACgg > 1:3087051/1‑59 (MQ=255) aaCGTATCTTTGGTATGCTCCAGCGTTTCTTTTGAAATAACCCCCTGCTTCGCTAACgg > 1:2411394/1‑59 (MQ=255) aaCGTATCTTTGGTATGCTCCAGCGTTTCTTTTGAAATAACCCCCTGCTTCGCTAACgg > 1:1530326/1‑59 (MQ=255) aaCGTATCTTTGGTATGCTCCAGCGTTTCTTTTGAAATAACCCCCTGCTTCGCTAACgg > 1:3084039/1‑59 (MQ=255) aaCGTATCTTTGGTATGCTCCAGCGTTTCTTTTGAAATAACCCCCTGCTTCGCTAACGGCACTCGACg > 1:1839692/1‑68 (MQ=255) aaCGTATCTTTGGTATGCTCCAGCGTTTCTTTTGAAATAACCCCCTGCTTCGCTAACGGCACTCGACg > 1:2304429/1‑68 (MQ=255) aaCGTATCTTTGGTATGCTCCAGCGTTTCTTTTGAAATAACCCCCTGCTTCGCTAACGGCACTCGACg > 1:1843721/1‑68 (MQ=255) aaCGTATCTTTGGTATGCTCCAGCGTTTCTTTTGAAATAACCCCCTGCTTCGCTAACGGCACTCGACg > 1:1646379/1‑68 (MQ=255) aTCTTTGGTATGCTCCAGGGCTTCTTTTGAAATAACCCCTTGCTTCGCTAAAGGCACACGACGGTtata > 1:304207/1‑69 (MQ=255) aTCTTTGGTATGCTCCAGCGCTTCTTTTGAAATAACCCCTTGCTTCGCTAAAGGc > 1:1863320/1‑55 (MQ=255) aTCTTTGGTATGCTCCAGCGCTTCTTTTGAAATAACCCCTTGCTTCGCTAAAGGCACACGATGGTtat > 1:1660258/1‑68 (MQ=255) aTCTTTGGTATGCTCCAGCGCTTCTTTTGAAATAACCCCTTGCTTCGCTAAAGGCACACGACGGTtata > 1:2379192/1‑69 (MQ=255) aTCTTTGGTATGCTCCAGCGCTTCTTTTGAAATAACCCCTTGCTTCGCTAAAGGCACACGACGGTtat > 1:641910/1‑68 (MQ=255) aTCTTTGGTATGCTCCAGCGCTTCTTTTGAAATAACCCCTTGCTTCGCTAAAGGCACACGACGGTtat > 1:794306/1‑68 (MQ=255) aTCTTTCGTATGCTCCAGCGCTTCTTTTGAAATAACCCCTTGCTTCGCTAAAGGCACACGACGGTtat > 1:438027/1‑68 (MQ=255) cTCCAGCGTTTCTTTTGAAATAACCCCCTGCTTCGCTAACGGCACTCGACGGTTATAATCTTCTAAAg < 1:2246930/68‑1 (MQ=255) cTCCAGCGTTTCTTTTGAAATAACCCCCTGCTTCGCTAACGGCACTCGACGGTTATAATCTTCTAAAg < 1:884130/68‑1 (MQ=255) cTCCAGCGTTTCTTTTGAAATAACCCCCTGCTTCGCTAACGGCACTCGACGGTTATAATCTTCTAAAGa > 1:10865/1‑69 (MQ=255) cTCCAGCGTTTCTTTTGAAATAACCCCCTGCTTCGCTAACGGCACTCGACGGTTATAATCTTCTAAAGa > 1:428407/1‑69 (MQ=255) cTCCAGCGTTTCTTTTGAAATAACCCCCTGCTTCGCTAACGGCACTCGACGGTTATAATCTTCTAAAGa > 1:164577/1‑69 (MQ=255) cTCCAGCGTTTCTTTTGAAATAACCCCCTGCTTCGCTAACGGCACTCGACGGTTATAATCTTCTAAAGa > 1:2415576/1‑69 (MQ=255) | CGGCATTCAATGCCGCTTTGCTACTTATTAACGTATCTTTGGTATGCTCCAGCGTTTCTTTTGAAATAACCCCCTGCTTCGCTAACGGCACTCGACGGTTATAATCTTCTAAAGA > minE/1558452‑1558566 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |