| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,560,410 | A→T | 24.7% | K139N (AAA→AAT) | evgS → | hybrid sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with EvgA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,560,410 | 0 | A | T | 24.7% | 127.9 / 39.9 | 81 | K139N (AAA→AAT) | evgS | hybrid sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with EvgA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (35/26); new base T (6/14); total (41/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.15e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.80e-01 | |||||||||||
AAGTCGATATAGTGTTATCACATTTAGTTACTTCGCCGCCTCTTAATAATGACATTGCTGCAACCAAACCATTGATAATTACCTTTCCGGCGCTGGTAACCACCCTTCACGACTCAATGCGACCGCTTACCTC > minE/1560343‑1560475 | aaGTCGATATAGTGTTATCACATTTAGTTACTTCGCCGCCTCTTAATAATGACATTGCTGCaaccaaac < 1:2036661/69‑1 (MQ=255)aaGTCGATATAGTGTTATCACATTTAGTTACTTCGCCGCCTCTTAATAATGACATTGCTGCaaccaaac < 1:3019047/69‑1 (MQ=255)aaGTCGATATAGTGTTATCACATTTAGTTACTTCGCCGCCTCTTAATAATGACATTGCTGCaaccaaac < 1:2706697/69‑1 (MQ=255) gTCGATATAGTGTTATCACATTTAGTTACTTCGCCGCCTCTTAATAATGACATTGCTGCaaccaaacca < 1:547996/69‑1 (MQ=255) gTCGATATAGTGTTATCACATTTAGTTACTTCGCCGCCTCTTAATAATGACATTGCTGCaaccaaacca < 1:2194420/69‑1 (MQ=255) gTCGATATAGTGTTATCACATTTAGTTACTTCGCCGCCTCTTAATAATGACATTGCTGCaaccaaac < 1:2566511/67‑1 (MQ=255) gATATAGTGTTATCACATTTAGTTACTTCGCCGCCTCTTAATAATGACATTGCTGCAACCAAACCAtt > 1:1066472/1‑68 (MQ=255) gATATAGTGTTATCACATTTAGTTACTTCGCCGCCTCTTAATAATGACATTGCTGCAACCAAACCATTg < 1:2856705/69‑1 (MQ=255) gATATAGTGTTATCACATTTAGTTACTTCGCCGCCTCTTAATAATGACATTGCTGCAACCAAACCATTg < 1:786171/69‑1 (MQ=255) gATATAGTGTTATCACATTTAGTTACTTCGCCGCCTCTTAATAATGACATTGCTGCAACCAAACCATTg < 1:3428047/69‑1 (MQ=255) gATATAGTGTTATCACATTTAGTTACTTCGCCGCCTCTTAATAATGACATTGCTGCAACCAAACCATTg < 1:3232335/69‑1 (MQ=255) gATATAGTGTTATCACATTTAGTTACTTCGCCGCCTCTTAATAATGACATTGCTGCAACCAAACCATTg < 1:692491/69‑1 (MQ=255) atatAGTGTTATCACATTTAGTTACTTCGCCGCCTCTTAATAATGACATTGCTGCAACCAAACCATTg < 1:2436847/68‑1 (MQ=255) tataGTGTTATCACATTTAGTTACTTCGCCGCCTCTTAATAATGACATTGCTGCAACCAAACCATTGAt < 1:2963419/69‑1 (MQ=255) tataGTGTTATCACATTTAGTTACTTCGCCGCCTCTTAATAATGACATTGCTGCAACCAAACCATTGAt < 1:2685064/69‑1 (MQ=255) tataGTGTTATCACATTTAGTTACTTCGCCGCCTCTTAATAATGACATTGCTGCAACCAAACCATTGAt < 1:33207/69‑1 (MQ=255) tataGTGTTATCACATTTAGTTACTTCGCCGCCTCTTAATAATGACATTGCTGCAACCAAACCATTGAt < 1:541466/69‑1 (MQ=255) tataGTGTTATCACATTTAGTTACTTCGCCGCCTCTTAATAATGACATTGCTGCAACCAAACCATTGAt < 1:1707980/69‑1 (MQ=255) gtgtTATCACATTTAGTTACTTCGCCGCCTCTTAATAATGACATTGCTGCAACCAAACCATTGATAAtt > 1:2898276/1‑69 (MQ=255) ttATCACATTTAGTTACTTCGCCGCCTCTTAATAATGACATTGCTGCAACCAAACCATTGATAATTAcc > 1:2472257/1‑69 (MQ=255) ttATCACATTTAGTTACTTCGCCGCCTCTTAATAATGACATTGCTGCAACCAAACCATTGATAATTAcc > 1:2271895/1‑69 (MQ=255) ttATCACATTTAGTTACTTCGCCGCCTCTTAATAATGACATTGCTGCAACCAAACCATTGATAATTAcc > 1:3196637/1‑69 (MQ=255) ttATCACATTTAGTTACTTCGCCGCCTCTTAATAATGACATTGCTGCAACCAAACCATTGATAATTAcc > 1:1715403/1‑69 (MQ=255) ttATCACATTTAGTTACTTCGCCGCCTCTTAATAATGACATTGCTGCAACCAAACCATTGATAATTAcc > 1:777748/1‑69 (MQ=255) ttATCACATTTAGTTACTTCGCCGCCTCTTAATAATGACATTGCTGCAACCAAACCATTGATAATTAcc > 1:1229893/1‑69 (MQ=255) ttATCACATTTAGTTACTTCGCCGCCTCTTAATAATGACATTGCTGCAACCAAACCATTGATAATTAcc > 1:1600036/1‑69 (MQ=255) aTTTAGTTGCTTCGCCGCCTCTTAATGATTACATTGCTGCAACTAATCCTCTGATAATTACCTTTCCgg < 1:1451483/69‑1 (MQ=255) aTTTAGTTGCTTCGCCGCCTCTTAATGATGACATTGCTGCAACTAATCCTCTTATAATTACCTTTCCgg < 1:1362709/69‑1 (MQ=255) aTTTAGTTGCTTCGCCGCCTCTTAATGATGACATTGCTGCAACTAATCCTCTGATAATTACCTTTCCgg < 1:1404590/69‑1 (MQ=255) aTTTAGTTGCTTCGCCGCCTCTTAATGATGACATTGCTGCAACTAATCCTCTGATAATTACCTTTCCgg < 1:2893105/69‑1 (MQ=255) aTTTAGTTGCTTCGCCGCCTCTTAATGATGACATTGCTGCAACTAATCCTCTGATAATTACCTTTCCgg < 1:776585/69‑1 (MQ=255) aTTTAGTTGCTTCGCCGCCTCTTAATGATGACATTGCTGCAACTAATCCTCTGATAATTACCTTTCCgg < 1:2406511/69‑1 (MQ=255) aTTTAGTTGCTTCGCCGCCTCTTAATGATGACATTGCTGCAACTAATCCTCTGATAATTACCTTTCCgg < 1:812807/69‑1 (MQ=255) aTTTAGTTGCTTCGCCGCCTCTTAATGATGACATTGCTGCAACTAATCCTCTGATAATTACCTTTCCgg < 1:3284385/69‑1 (MQ=255) aTTTAGTTGCTTCGCCGCCTCTTAATGATGACATTGCTGCAACTAATCCTCTGATAATTACCTTTCCgg < 1:2014876/69‑1 (MQ=255) aTTTAGTTGCTTCGCCGCCTCTTAATGATGACATTGCTGCAACTAATCCTCTGATAATTACCTTTCCgg < 1:1084148/69‑1 (MQ=255) aTTTAGTTGCTTCGCCGCCTCTTAATGATGACATTGCTGCAACTAATCCTCTGATAATTACCTTTCCgg < 1:527599/69‑1 (MQ=255) aTTTAGTTGCTTCGCCGCCTCTTAATGATGACATTGCTGCAACTAATCCTCTGATAATTACCTTTCCgg < 1:1690143/69‑1 (MQ=255) aTTTAGTTGCTTCGCCGCCTCTTAATGATGACATTGCTGCAACTAATCCTCTGATAATTACCTTTCCgg < 1:1895882/69‑1 (MQ=255) aTTTAGTTCCTTCGCCGCCTCTTAATGATGACATTGCTGCAACTAATCCTCTGATAATTACCTTTCCgg < 1:623250/69‑1 (MQ=255) aCTTCGCCGCCTCTTAATAATGACATTGCTGCAACCAAACCATTGATAATTACCtt > 1:1410282/1‑56 (MQ=255) aCTTCGCCGCCTCTTAATAATGACATTGCTGCAACCAAACCATTGATAATTACCTTTCCGGCGCTGGTa > 1:3036438/1‑69 (MQ=255) aCTTCGCCGCCTCTTAATAATGACATTGCTGCAACCAAACCATTGATAATTACCTTTCCGGCGCTGGTa > 1:1197372/1‑69 (MQ=255) aCTTCGCCGCCTCTTAATAATGACATTGCTGCAACCAAACCATTGATAATTACCTTTCCGGCGCTGGTa > 1:3113352/1‑69 (MQ=255) aCTTCGCCGCCTCTTAATAATGACATTGCTGCAACCAAACCATTGATAATTACCTTTCCGGCGCTGGTa > 1:2943834/1‑69 (MQ=255) aCTTCGCCGCCTCTTAATAATGACATTGCTGCAACCAAACCATTGATAATTACCTTTCCGGCGCTGGTa > 1:2573017/1‑69 (MQ=255) aCTTCGCCGCCTCTTAATAATGACATTGCTGCAACCAAACCATTGATAATTACCTTTCCGGCGCTGGTa > 1:195247/1‑69 (MQ=255) aCTTCGCCGCCTCTTAATAATGACATTGCTGCAACCAAACCATTGATAATTACCTTTCCGGCGCTGGTa > 1:1415699/1‑69 (MQ=255) aCTTCGCCGCCTCTTAATAATGACATTGCTGCAACCAAACCATTGATAATTACCTTTCCGGCGCTGGTa > 1:1560251/1‑69 (MQ=255) tCGCCGCCTCTTAATAATGACATTGCTGCAACCAAACCATTGATAATTACCTTTCCGGCGCTGGTAacc > 1:2724846/1‑69 (MQ=255) tCGCCGCCTCTTAATAATGACATTGCTGCAACCAAACCATTGATAATTACCTTTCCGGCGCTGGTAacc > 1:846277/1‑69 (MQ=255) tCGCCGCCTCTTAATAATGACATTGCTGCAACCAAACCATTGATAATTACCTTTCCGGCGCTGGTAacc > 1:760449/1‑69 (MQ=255) tCGCCGCCTCTTAATAATGACATTGCTGCAACCAAACCATTGATAATTACCTTTCCGGCGCTGGTAacc > 1:3079193/1‑69 (MQ=255) tCGCCGCCTCTTAATAATGACATTGCTGCAACCAAACCATTGATAATTACCTTTCCGGCGCTGGTAacc > 1:3059634/1‑69 (MQ=255) tCGCCGCCTCTTAATAATGACATTGCTGCAACCAAACCATTGATAATTACCTTTCCGGCGCTGGTAacc > 1:2308821/1‑69 (MQ=255) tCGCCGCCTCTTAATAATGACATTGCTGCAACCAAACCATTGATAATTACCTTTCCGGCGCTGGTAacc > 1:2464606/1‑69 (MQ=255) tCGCCGCCTCTTAATAATGACATTGCTGCAACCAAACCATTGATAATTACCTTTCCGGCGCTGGTAacc > 1:382197/1‑69 (MQ=255) ccgccTCTTAATAATGACATTGCTGCAACCAAACCATTGATAATTACCTTTCCGGCGCTGGTAacca < 1:2117696/67‑1 (MQ=255) ccgccTCTTAATAATGACATTGCTGCAACCAAACCATTGATAATTACCTTTCCGGCGCTGGTAacca < 1:3139262/67‑1 (MQ=255) cgccTCTTAATGATGACATTGCTGCAACTAATCCTCTGATAAt > 1:384140/1‑43 (MQ=19) cgccTCTTAATGATGACATTGCTGCAACTAATCCTCTGATAAt > 1:405501/1‑43 (MQ=19) cgccTCTTAATGATGACATTGCTGCAACTAATCCTCTGATAAt > 1:358164/1‑43 (MQ=19) cgccTCTTAATGATGACATTGCTGCAACTAATCCTCTGATAAt > 1:1071745/1‑43 (MQ=19) cgccTCTTAATGATGACATTGCTGCAACTAATCCTCTGATAAt > 1:3091974/1‑43 (MQ=19) cgccTCTTAATGATGACATTGCTGCAACTAATCCTCTGATAAt > 1:276565/1‑43 (MQ=19) cgccTCTTAATAATGACATTGCTGCAACCAAACCATTGATAATTACCTTTCCGGCGCTGGTAacca < 1:449320/66‑1 (MQ=255) tctTAATAATGACATTGCTGCAACCAAACCATTGATAATTACCTTTCCGGCGCTGGTAACCACCCTTc > 1:1551237/1‑68 (MQ=255) tctTAATAATGACATTGCTGCAACCAAACCATTGATAATTACCTTTCCGGCGCTGGTAACCACCCTTc > 1:1919997/1‑68 (MQ=255) tctTAATAATGACATTGCTGCAACCAAACCATTGATAATTACCTTTCCGGCGCTGGTAACCACCCTTc > 1:143559/1‑68 (MQ=255) tctTAATAATGACATTGCTGCAACCAAACCATTGATAATTACCTTTCCGGCGCTGGTAACCACCCTTc > 1:1243945/1‑68 (MQ=255) aatGACATTGCTGCAACCAAACCATTGATAATTACCTTTCCGGCGCTGGTAACCACCCTTCACGACTc < 1:1610961/68‑1 (MQ=255) aatGACATTGCTGCAACCAAACCATTGATAATTACCTTTCCGGCGCTGGTAACCACCCTTCACGACTc < 1:1417385/68‑1 (MQ=255) aatGACATTGCTGCAACCAAACCATTGATAATTACCTTTCCGGCGCTGGTAACCACCCTTCACGACTc < 1:2015156/68‑1 (MQ=255) aatGACATTGCTGCAACCAAACCATTGATAATTACCTTTCCGGCGCTGGTAACCACCCTTCACGACTc < 1:3193163/68‑1 (MQ=255) aatGACATTGCTGCAACCAAACCATTGATAATTACCTTTCCGGCGCTGGTAACCACCCTTCACGACTc < 1:2483642/68‑1 (MQ=255) aatGACATTGCTGCAACCAAACCATTGATAATTACCTTTCCGGCGCTGGTAACCACCCTTCACGACTc < 1:3161870/68‑1 (MQ=255) aatGACATTGCTGCAACCAAACCATTGATAATTACCTTTCCGGCGCTGGTAACCACCCTTCACGACTc < 1:3170854/68‑1 (MQ=255) aatGACATTGCTGCAACCAAACCATTGATAATTACCTTTCCGGCGCTGGTAACCACCCTTCACGACTc < 1:3177761/68‑1 (MQ=255) gctgcAACCAAACCATTGATAATTACCTTTCCGGCGCTGGTAACCACCCTTCACGACTc < 1:92757/59‑1 (MQ=255) gctgcAACCAAACCATTGATAATTACCTTTCCGGCGCTGGTAACCACCCTTCACGACTCAATGCGACCg > 1:823025/1‑69 (MQ=255) gctgcAACCAAACCATTGATAATTACCTTTCCGGCGCTGGTAACCACCCTTCACGACTCAATGCGACCg > 1:939730/1‑69 (MQ=255) gctgcAACCAAACCATTGATAATTACCTTTCCGGCGCTGGTAACCACCCTTCACGACTCAATGCGACCg > 1:567434/1‑69 (MQ=255) gctgcAACCAAACCATTGATAATTACCTTTCCGGCGCTGGTAACCACCCTTCACGACTCAATGCGACCg < 1:552823/69‑1 (MQ=255) gctgcAACCAAACCATTGATAATTACCTTTCCGGCGCTGGTAACCACCCTTCACGACTCAATGCGACCg > 1:521051/1‑69 (MQ=255) gctgcAACCAAACCATTGATAATTACCTTTCCGGCGCTGGTAACCACCCTTCACGACTCAATGCGACCg < 1:469417/69‑1 (MQ=255) gctgcAACCAAACCATTGATAATTACCTTTCCGGCGCTGGTAACCACCCTTCACGACTCAATGCGACCg > 1:2197171/1‑69 (MQ=255) gcAACCAAACCATTGATAATTACCTTTCCGGCGCTGGTAACCACCCTTCACGACTCAATGCGACCGCt < 1:1927321/68‑1 (MQ=255) ccaaaccaTTGATAATTACCTTTCCGGCGCTGGTAACCACCCTTCACGACTCAATGCGACCGCTTACCt < 1:1864890/69‑1 (MQ=255) ccaaaccaTTGATAATTACCTTTCCGGCGCTGGTAACCACCCTTCACGACTCAATGCGACCGCTTACCt < 1:1652477/69‑1 (MQ=255) caaaccaTTGATAATTACCTTTCCGGCGCTGGTAACCACCCTTCACGACTc < 1:193095/51‑1 (MQ=255) caaaccaTTGATAATTACCTTTCCGGCGCTGGTAACCACCCTTCACGACTCAATGCGACCGCTTACCTc > 1:1180384/1‑69 (MQ=255) ataccaTTGATAATTACCTTTCCGGCGCTGGTAACCACCCTTCACGACTCAATGCGACCGCTTACCt < 1:526939/65‑1 (MQ=255) | AAGTCGATATAGTGTTATCACATTTAGTTACTTCGCCGCCTCTTAATAATGACATTGCTGCAACCAAACCATTGATAATTACCTTTCCGGCGCTGGTAACCACCCTTCACGACTCAATGCGACCGCTTACCTC > minE/1560343‑1560475 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |