| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,566,500 | C→T | 65.8% | D84D (GAC→GAT) | yfeO → | predicted ion channel protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,566,500 | 0 | C | T | 65.8% | 20.3 / 16.6 | 35 | D84D (GAC→GAT) | yfeO | predicted ion channel protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (7/5); new base T (12/11); total (19/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.88e-01 | |||||||||||
TTAACGCTAACGGGTATTGCGGTGGGGTTGGTTATCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGACCCCGCCTGTGAACCGCTGATCGGCGCACCGGTTCCGCCCTCTGCGCTACCTGGACTT > minE/1566435‑1566557 | ttAACGCTAACGGGTATTGCGGTGGGGTTGGTTATCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGAcccc > 1:2360711/1‑69 (MQ=255)ttAACGCTAACGGGTATTGCGGTGGGGTTGGTTATCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGAcccc > 1:909137/1‑69 (MQ=255)ttAACGCTAACGGGTATTGCGGTGGGGTTGGTTATCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGAcccc > 1:514939/1‑69 (MQ=255)ttAACGCTAACGGGTATTGCGGTGGGGTTGGTTATCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGAcccc > 1:2026808/1‑69 (MQ=255)ttAACGCTAACGGGTATTGCGGTGGGGTTGGTTATCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGAcccc > 1:2802496/1‑69 (MQ=255) gCTAACGGGTATTGCGGTGGGGTTGGTTATCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGACCCCGCCtg < 1:1705780/69‑1 (MQ=255) ggggTTGGTTATCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGACCCCGCCTGTGAACCGCTGATCGgcgc > 1:187484/1‑69 (MQ=255) gttggttATCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGAcccc > 1:3417662/1‑43 (MQ=255) gttggttATCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGACCCCGCCTGTGAACCGCTGATCGGCGCAcc > 1:1859532/1‑69 (MQ=255) gttggttATCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGACCCCGCCTGTGAACCGCTGATCGGCGCAcc > 1:246528/1‑69 (MQ=255) gttggttATCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGACCCCGCCTGTGAACCGCTGATCGGCGCAcc > 1:1470530/1‑69 (MQ=255) gttggttATCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGACCCCGCCTGTGAACCGCTGATCGGCGCAcc > 1:1217746/1‑69 (MQ=255) ggttATCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGATCCCGCCTGTGAACCGCTTATCGGCGCACCgat < 1:1231517/69‑3 (MQ=255) ggttATCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGATCCCGCCTGTGAACCGCTTATCGGCGCACCgat < 1:320511/69‑3 (MQ=255) ggttATCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGATCCCGCCTGTGAACCGCTTATCGGCGCACCgat < 1:3308381/69‑3 (MQ=255) ggttATCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGATCCCGCCTGTGAACCGCTTATCGGCGCACCgat < 1:2757073/69‑3 (MQ=255) ggttATCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGATCCCGCCTGTGAACCGCTTATCGGCGCACCgat < 1:2705389/69‑3 (MQ=255) ggttATCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGATCCCGCCTGTGAACCGCTTATCGGCGCACCgat < 1:404531/69‑3 (MQ=255) ggttATCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGATCCCGCCTGTGAACCGCTTATCGGCGCACCgat < 1:2328132/69‑3 (MQ=255) ggttATCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGATCCCGCCTGTGAACCGCTTATCGGCGCACCgat < 1:1407204/69‑3 (MQ=255) ggttATCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGATCCCGCCTGTGAACCGCTTATCGGCGCACCgat < 1:1765757/69‑3 (MQ=255) ggttATCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGATCCCGCCTGTGAACCGCTTATCGGCGCACCgat < 1:1991202/69‑3 (MQ=255) ggttATCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGATCCCGCCTGTGAACCGCTTATCGGCGCACCgat < 1:1771499/69‑3 (MQ=255) aTCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGATCCCGCCtgtg > 1:2620221/1‑43 (MQ=255) aTCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGATCCCGCCTGTGAACCGCTTATCGGCGCACCGATTCCg > 1:2299191/1‑69 (MQ=255) aTCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGATCCCGCCTGTGAACCGCTTATCGGCGCACCGATTCCg > 1:1324305/1‑69 (MQ=255) aTCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGATCCCGCCTGTGAACCGCTTATCGGCGCACCGATTCCg > 1:504947/1‑69 (MQ=255) aTCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGATCCCGCCTGTGAACCGCTTATCGGCGCACCGATTCCg > 1:477499/1‑69 (MQ=255) aTCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGATCCCGCCTGTGAACCGCTTATCGGCGCACCGATTCCg > 1:3391899/1‑69 (MQ=255) aTCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGATCCCGCCTGTGAACCGCTTATCGGCGCACCGATTCCg > 1:1918265/1‑69 (MQ=255) aTCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGATCCCGCCTGTGAACCGCTTATCGGCGCACCGATTCCg > 1:308161/1‑69 (MQ=255) aTCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGATCCCGCCTGTGAACCGCTTATCGGCGCACCGATTCCg > 1:2028885/1‑69 (MQ=255) aTCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGATCCCGCCTGTGAACCGCTTATCGGCGCACCGATTCCg > 1:2279659/1‑69 (MQ=255) aTCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGATCCCGCCTGTGAACCGCTTATCGGCGCACCGATTCCg > 1:2698243/1‑69 (MQ=255) aTCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGATCCCGCCTGTGAACCGCTTATCGGCGCACCGATTCCg > 1:2286124/1‑69 (MQ=255) ccAGGGTCATGCCGGACCAGACCCCGCCTGTGAACCGCTGATCGGCGCACCGGTTCCGCCCTCTGCGCt < 1:247947/69‑1 (MQ=255) ccAGGGTCATGCCGGACCAGACCCCGCCTGTGAACCGCTGATCGGCGCACCGGTTCCGCCCTCTGCGCt < 1:801913/69‑1 (MQ=255) ccAGGGGCATGCCGGACCAGACCCCGCCTGTGAACCGCTGATCGGCGCACCGGTTCCGCCCTCTGCGCt < 1:928169/69‑1 (MQ=255) tCATGCCGGACCAGACCCCGCCTGTGAACCGCTGATCGGCGCACCGGTTCCGCCCTCTGCGCTACCTgg > 1:138858/1‑69 (MQ=255) tCATGCCGGACCAGACCCCGCCTGTGAACCGCTGATCGGCGCACCGGTTCCGCCCTCTGCGCTACCTgg > 1:587722/1‑69 (MQ=255) gCCGGACCAGACCCCGCCTGTGAACCGCTGATCGGCGCACCGGTTCCGCCCTCTGCGCTACCTGGACtt < 1:3415428/69‑1 (MQ=255) | TTAACGCTAACGGGTATTGCGGTGGGGTTGGTTATCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGACCCCGCCTGTGAACCGCTGATCGGCGCACCGGTTCCGCCCTCTGCGCTACCTGGACTT > minE/1566435‑1566557 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |