| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,566,518 | G→T | 72.5% | L90L (CTG→CTT) | yfeO → | predicted ion channel protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,566,518 | 0 | G | T | 72.5% | 43.2 / 21.5 | 40 | L90L (CTG→CTT) | yfeO | predicted ion channel protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (7/4); new base T (18/11); total (25/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.38e-01 | |||||||||||
GGGGTTGGTTATCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGACCCCGCCTGTGAACCGCTGATCGGCGCACCGGTTCCGCCCTCTGCGCTACCTGGACTTATCGTAGCA > minE/1566458‑1566566 | ggggTTGGTTATCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGACCCCGCCTGTGAACCGCTGATCGgcgc > 1:187484/1‑69 (MQ=255) gttggttATCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGACCCCGCCTGTGAACCGCTGATCGGCGCAcc > 1:1470530/1‑69 (MQ=255) gttggttATCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGACCCCGCCTGTGAACCGCTGATCGGCGCAcc > 1:1217746/1‑69 (MQ=255) gttggttATCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGACCCCGCCTGTGAACCGCTGATCGGCGCAcc > 1:246528/1‑69 (MQ=255) gttggttATCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGACCCCGCCTGTGAACCGCTGATCGGCGCAcc > 1:1859532/1‑69 (MQ=255) ggttATCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGATCCCGCCTGTGAACCGCTTATCGGCGCACCgat < 1:1231517/69‑3 (MQ=255) ggttATCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGATCCCGCCTGTGAACCGCTTATCGGCGCACCgat < 1:3308381/69‑3 (MQ=255) ggttATCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGATCCCGCCTGTGAACCGCTTATCGGCGCACCgat < 1:320511/69‑3 (MQ=255) ggttATCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGATCCCGCCTGTGAACCGCTTATCGGCGCACCgat < 1:404531/69‑3 (MQ=255) ggttATCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGATCCCGCCTGTGAACCGCTTATCGGCGCACCgat < 1:2757073/69‑3 (MQ=255) ggttATCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGATCCCGCCTGTGAACCGCTTATCGGCGCACCgat < 1:2705389/69‑3 (MQ=255) ggttATCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGATCCCGCCTGTGAACCGCTTATCGGCGCACCgat < 1:2328132/69‑3 (MQ=255) ggttATCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGATCCCGCCTGTGAACCGCTTATCGGCGCACCgat < 1:1991202/69‑3 (MQ=255) ggttATCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGATCCCGCCTGTGAACCGCTTATCGGCGCACCgat < 1:1771499/69‑3 (MQ=255) ggttATCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGATCCCGCCTGTGAACCGCTTATCGGCGCACCgat < 1:1765757/69‑3 (MQ=255) ggttATCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGATCCCGCCTGTGAACCGCTTATCGGCGCACCgat < 1:1407204/69‑3 (MQ=255) aTCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGATCCCGCCTGTGAACCGCTTATCGGCGCACCGATTCCg > 1:1918265/1‑69 (MQ=255) aTCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGATCCCGCCTGTGAACCGCTTATCGGCGCACCGATTCCg > 1:2028885/1‑69 (MQ=255) aTCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGATCCCGCCTGTGAACCGCTTATCGGCGCACCGATTCCg > 1:2279659/1‑69 (MQ=255) aTCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGATCCCGCCTGTGAACCGCTTATCGGCGCACCGATTCCg > 1:2286124/1‑69 (MQ=255) aTCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGATCCCGCCTGTGAACCGCTTATCGGCGCACCGATTCCg > 1:2299191/1‑69 (MQ=255) aTCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGATCCCGCCTGTGAACCGCTTATCGGCGCACCGATTCCg > 1:477499/1‑69 (MQ=255) aTCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGATCCCGCCTGTGAACCGCTTATCGGCGCACCGATTCCg > 1:504947/1‑69 (MQ=255) aTCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGATCCCGCCTGTGAACCGCTTATCGGCGCACCGATTCCg > 1:2698243/1‑69 (MQ=255) aTCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGATCCCGCCTGTGAACCGCTTATCGGCGCACCGATTCCg > 1:308161/1‑69 (MQ=255) aTCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGATCCCGCCTGTGAACCGCTTATCGGCGCACCGATTCCg > 1:3391899/1‑69 (MQ=255) aTCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGATCCCGCCTGTGAACCGCTTATCGGCGCACCGATTCCg > 1:1324305/1‑69 (MQ=255) ccAGGGTCATGCCGGACCAGACCCCGCCTGTGAACCGCTGATCGGCGCACCGGTTCCGCCCTCTGCGCt < 1:801913/69‑1 (MQ=255) ccAGGGTCATGCCGGACCAGACCCCGCCTGTGAACCGCTGATCGGCGCACCGGTTCCGCCCTCTGCGCt < 1:247947/69‑1 (MQ=255) ccAGGGGCATGCCGGACCAGACCCCGCCTGTGAACCGCTGATCGGCGCACCGGTTCCGCCCTCTGCGCt < 1:928169/69‑1 (MQ=255) tCATGCCGGACCAGACCCCGCCTGTGAACCGCTGATCGGCGCACCGGTTCCGCCCTCTGCGCTACCTgg > 1:587722/1‑69 (MQ=255) tCATGCCGGACCAGACCCCGCCTGTGAACCGCTGATCGGCGCACCGGTTCCGCCCTCTGCGCTACCTgg > 1:138858/1‑69 (MQ=255) gCCGGACCAGACCCCGCCTGTGAACCGCTGATCGGCGCACCGGTTCCGCCCTCTGCGCTACCTGGACtt < 1:3415428/69‑1 (MQ=255) atcccGCCTGTGACCCGCTTATCGGCGCACCGATTCCGCCCTCTGCGCTACCAGGACTTATCGTAGc > 1:1774654/3‑67 (MQ=255) atcccGCCTGTGAACCGCTTATCGGCGCACCGATTCCGCCCTCTGCGCTACCAGGACTTATCGTAGc > 1:1810186/3‑67 (MQ=255) atcccGCCTGTGAACCGCTTATCGGCGCACCGATTCCGCCCTCTGCGCTACCAGGACTTATCGTAGCa > 1:3096220/3‑68 (MQ=255) atcccGCCTGTGAACCGCTTATCGGCGCACCGATTCCGCCCTCTGCGCTACCAGGACTTATCGTAGCa > 1:364293/3‑68 (MQ=255) atcccGCCTGTGAACCGCTTATCGGCGCACCGATTCCGCCCTCTGCGCTACCAGGACTTATCGTAGCa > 1:3035786/3‑68 (MQ=255) atcccGCCTGTGAACCGCTTATCGGCGCACCGATTCCGCCCTCTGCGCTACCAGGACTTATCGTAGCa > 1:412936/3‑68 (MQ=255) atcccGCCTGTGAACCGCTTATCGGCGCACCGATTCCGCCCTCTGCGCTACCAGGACTTATCGTAGCa > 1:667311/3‑68 (MQ=255) | GGGGTTGGTTATCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGACCCCGCCTGTGAACCGCTGATCGGCGCACCGGTTCCGCCCTCTGCGCTACCTGGACTTATCGTAGCA > minE/1566458‑1566566 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |