| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,567,023 | C→T | 45.9% | L259F (CTC→TTC) | yfeO → | predicted ion channel protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,567,023 | 0 | C | T | 45.9% | 6.0 / 38.1 | 50 | L259F (CTC→TTC) | yfeO | predicted ion channel protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (11/16); new base T (15/8); total (26/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.84e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CGCCGTATGGTGCTTACCACGGTTGCACGCGATGATGCATCAAATGAAAAATCCGGTGCTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATTGGTGGACCAGTTTCGCT > minE/1566965‑1567087 | cGCCGTATGGTGCTTACCACGGTTGCACGCGATGATGCATCAAATGAAAAATCCGGTGCTCGTGCTggg < 1:2063633/69‑1 (MQ=255)cGCCGTATGGTGCTTACCACGGTTGCACGCGATGATGCATCAAATGAAAAATCCGGTGCTCGTGCTggg < 1:2513836/69‑1 (MQ=255)cGCCGTATGGTGCTTACCACGGTTGCACGCGATGATGCATCAAATGAAAAATCCGGTGCTCGTGCTggg > 1:1801314/1‑69 (MQ=255)cGCCGTATGGTGCTTACCACGGTTGCACGCGATGATGCATCAAATGAAAAATCCGGTGCTCGTGCTggg < 1:161570/69‑1 (MQ=255) cGTATGGTGCTTACCACGGTTGCACGCGATGATGCATCAAATGAAAAATCCGGTGTTCGTGCTGGGTa < 1:2142599/68‑1 (MQ=255) cGTATGGTGCTTACCACGGTTGCACGCGATGATGCATCAAATGAAAAATCCGGTGTTCGTGCTGGGTa < 1:2730205/68‑1 (MQ=255) cGTATGGTGCTTACCACGGTTGCACGCGATGATGCATCAAATGAAAAATCCGGTGTTCGTGCTGGGTa < 1:2891077/68‑1 (MQ=255) cGTATGGTGCTTACCACGGTTGCACGCGATGATGCATCAAATGAAAAATCCGGTGTTCGTGCTGGGTa < 1:3430045/68‑1 (MQ=255) cGTATGGTGCTTACCACGGTTGCACGCGATGATGCATCAAATGAAAAATCCGGTGTTCGTGCTGGGTa < 1:3433758/68‑1 (MQ=255) cGTATGGTGCTTACCACGGTTGCACGCGATGATGCATCAAATGAAAAATCCGGTGTTCGTGCTGGGTa < 1:2238889/68‑1 (MQ=255) cGTATGGTGCTTACCACGGTTGCACGCGATGATGCATCAAATGAAAAATCCGGTGTTCGTGCTGGGTa < 1:1172813/68‑1 (MQ=255) cGTATGGTGCTTACCACGGTTGCACGCGATGATGCATCAAATGAAAAATCCGGTGTTCGTGCTGGGTa < 1:791817/68‑1 (MQ=255) tGGTGCTTACCACGGTTGCACGCGATGATGCATCAAATGAAAAATCCGGTGCTCGTGCTGGGTATTgg > 1:755836/1‑68 (MQ=255) tGGTGCTTACCACGGTTGCACGCGATGATGCATCAAATGAAAAATCCGGTGCTCGTGCTGGGTATTgg > 1:2298037/1‑68 (MQ=255) tGGTGCTTACCACGGTTGCACGCGATGATGCATCAAATGAAAAATCCGGTGCTCGTGCTGGGTATTgg > 1:2138100/1‑68 (MQ=255) tGGTGCTTACCACGGTTGCACGCGATGATGCATAAAATGAAAAATCCGGTGCTCGTGCTGGGTATTgg > 1:390921/1‑68 (MQ=255) gTGCTTACCACGGTTGCACGCGATGATGCATCAAATGAAAAATCCGGTGCTCGTGCTGGGTATTGGCgg > 1:2198277/1‑69 (MQ=255) gTGCTTACCACGGTTGCACGCGATGATGCATCAAATGAAAAATCCGGTGCTCGTGCTGGGTATTGGCgg > 1:2071278/1‑69 (MQ=255) tGCACGCGATGATGCATCAAATGAAAAATCCGGTGCTCGTGGTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGt > 1:3168849/1‑68 (MQ=255) tGCACGCGATGATGCATCAAATGAAAAATCCGGTGCTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTa > 1:1679915/1‑69 (MQ=255) gCACGCGATGATGCATCAAATGAAAAATCCGGTGCTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTAt > 1:880892/1‑69 (MQ=255) atgatgCATCAAATGAAAAATCCGGTGCTCGTGCTggg < 1:2463590/38‑1 (MQ=255) gatgCATCAAATGAAAAATCCGGTGCTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGt < 1:1286121/69‑1 (MQ=255) tCAAATGAAAAATCCGGTGCTCGTGCTGGTTATTGGCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATtgg < 1:1152258/69‑1 (MQ=255) tCAAATGAAAAATCCGGTGCTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATtgg < 1:1314417/69‑1 (MQ=255) tCAAATGAAAAATCCGGTGCTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATtgg < 1:2880596/69‑1 (MQ=255) tCAAATGAAAAATCCGGTGCTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATtgg < 1:3258748/69‑1 (MQ=255) tCAAATGAAAAATCCGGTGCTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATtgg < 1:1546876/69‑1 (MQ=255) cAAATGAAAAATCCGGTGCTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATtgg < 1:2640885/68‑1 (MQ=255) caaTGAAAAATCCGGTGTTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATtggtg > 1:1152749/2‑69 (MQ=255) aaaTGAAAAATCCGGTGTTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTAtt > 1:68641/1‑44 (MQ=255) aaaTGAAAAATCCGGTGTTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTAt > 1:650993/1‑43 (MQ=255) aaaTGAAAAATCCGGTGTTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATtggtg > 1:3145924/1‑69 (MQ=255) aaaTGAAAAATCCGGTGTTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATtggtg > 1:1197524/1‑69 (MQ=255) aaaTGAAAAATCCGGTGTTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATtggtg > 1:682332/1‑69 (MQ=255) aaaTGAAAAATCCGGTGTTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATtggtg > 1:1509430/1‑69 (MQ=255) aaaTGAAAAATCCGGTGTTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATtggtg > 1:3172613/1‑69 (MQ=255) aaaTGAAAAATCCGGTGTTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATtggtg > 1:2953724/1‑69 (MQ=255) aaaTGAAAAATCCGGTGTTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATtggtg > 1:2894608/1‑69 (MQ=255) aaaTGAAAAATCCGGTGTTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATtggtg > 1:1646272/1‑69 (MQ=255) aaaTGAAAAATCCGGTGTTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATtggtg > 1:1033083/1‑69 (MQ=255) aaaTGAAAAATCCGGTGTTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATtggtg > 1:2529725/1‑69 (MQ=255) aaaTGAAAAATCCGGTGTTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATtggtg > 1:204361/1‑69 (MQ=255) aaaTGAAAAATCCGGTGTTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATtggtg > 1:2311452/1‑69 (MQ=255) aaaTGAAAAATCCGGTGCTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATtggtg < 1:185399/69‑1 (MQ=255) aaaTGAAAAATCCGGTGCTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATtggtg > 1:71533/1‑69 (MQ=255) gTGCTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATTGGTGGACCAGTTTCGCt < 1:893891/68‑1 (MQ=255) gTGCTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATTGGTGGACCAGTTTCGCt < 1:1485686/68‑1 (MQ=255) gTGCTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATTGGTGGACCAGTTTCGCt < 1:2854140/68‑1 (MQ=255) gTGCTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATTGGTGGACCAGTTTCGCt < 1:2169044/68‑1 (MQ=255) | CGCCGTATGGTGCTTACCACGGTTGCACGCGATGATGCATCAAATGAAAAATCCGGTGCTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATTGGTGGACCAGTTTCGCT > minE/1566965‑1567087 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |