| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,567,424 | T→C | 34.5% | L392L (CTT→CTC) | yfeO → | predicted ion channel protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,567,424 | 0 | T | C | 34.5% | 120.8 / 100.7 | 168 | L392L (CTT→CTC) | yfeO | predicted ion channel protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (46/64); new base C (30/28); total (76/92) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.55e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.45e-01 | |||||||||||
Only 100 of 168 total aligned reads displayed.
TTTTTATGGCGGCAGTCGTTGTACCCAATACCACATTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGC > minE/1567360‑1567485 | tttttATGGCGGCAGTCGTTGTACCCAATACCACATTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCgg < 1:2488997/69‑1 (MQ=255)tttttATGGCGGCAGTCGTTGTACCCAATACCACATTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCgg < 1:1981442/69‑1 (MQ=255)tttttATGGCGGCAGTCGTTGTACCCAATACCACATTGCTACAGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCgg < 1:1117266/69‑1 (MQ=255) tATGGCGGCAGTCGTTGTACCCAATACCACATTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGc < 1:1883830/66‑1 (MQ=255) cGTTGTACCCAATACCACATTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGc > 1:2750165/1‑69 (MQ=255) cGTTGTACCCAATACCACATTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGc > 1:2364646/1‑69 (MQ=255) cGTTGTACCCAATACCACATTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGc > 1:505384/1‑69 (MQ=255) cGTTGTACCCAATACCACATTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGc > 1:1132941/1‑69 (MQ=255) cGTTGTACCCAATACCACATTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGc > 1:3191090/1‑69 (MQ=255) gTACCCAATACCACATTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGt > 1:3424326/1‑58 (MQ=255) gTACCCAATACCACATTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGt > 1:2933140/1‑58 (MQ=255) gTACCCAATACCACATTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGt > 1:2269242/1‑58 (MQ=255) gTACCCAATACCACATTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGt > 1:1936856/1‑58 (MQ=255) gTACCCAATACCACATTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGt > 1:1552547/1‑58 (MQ=255) gTACCCAATACCACATTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGt > 1:1084537/1‑58 (MQ=255) gTACCCAATACCACATTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGt > 1:1091646/1‑58 (MQ=255) cccAATACCACATTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAg < 1:3306955/69‑1 (MQ=255) cccAATACCACATTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAg < 1:2889404/69‑1 (MQ=255) cccAATACCACATTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAg < 1:2730326/69‑1 (MQ=255) cccAATACCACATTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAg < 1:107599/69‑1 (MQ=255) cccAATACCACATTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAg < 1:774963/69‑1 (MQ=255) cccAATACCACATTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAg < 1:726052/69‑1 (MQ=255) ctaTACCACATTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGcc < 1:2871850/67‑1 (MQ=255) ccACATTGCTACCTCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGcc < 1:1352462/64‑1 (MQ=255) ccACATTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGcc < 1:482041/64‑1 (MQ=255) ccACATTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGcc < 1:1040005/64‑1 (MQ=255) ccACATTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCgatg > 1:2546269/1‑68 (MQ=255) ccACATTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCgat > 1:3292088/1‑67 (MQ=255) acaTTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCgatgat < 1:2641941/68‑1 (MQ=255) caTTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTCCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCgatgatga > 1:694116/1‑69 (MQ=255) caTTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTCCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCgatgatga > 1:235782/1‑69 (MQ=255) caTTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTCCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCgatgatga > 1:1450052/1‑69 (MQ=255) caTTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTCCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCgatgatga > 1:2443305/1‑69 (MQ=255) caTTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTCCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCgatgatga > 1:2935860/1‑69 (MQ=255) caTTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTCCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCgatgatga > 1:1318857/1‑69 (MQ=255) caTTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTCCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCgatgatga > 1:2135756/1‑69 (MQ=255) caTTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTCCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCgatgatga > 1:2096169/1‑69 (MQ=255) caTTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTCCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCgatgatga > 1:1453015/1‑69 (MQ=255) caTTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTCCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCgatgatga > 1:2686634/1‑69 (MQ=255) caTTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTCCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCgatgatga > 1:1881823/1‑69 (MQ=255) caTTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTCCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCgatgatga > 1:386165/1‑69 (MQ=255) caTTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTCCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCgatgatga > 1:747613/1‑69 (MQ=255) caTTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTCCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCgatgatga > 1:1743089/1‑69 (MQ=255) caTTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTCCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCgatgatga > 1:2802643/1‑69 (MQ=255) caTTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTCCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCgatgatga > 1:3206059/1‑69 (MQ=255) tGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGatgatgatg > 1:3221550/1‑68 (MQ=255) tGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGatgatgatg > 1:1409907/1‑68 (MQ=255) tGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGatgatgatg > 1:697874/1‑68 (MQ=255) gCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATgg > 1:2289901/1‑68 (MQ=255) gCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATgg > 1:1662053/1‑68 (MQ=255) gCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATgg > 1:2731957/1‑68 (MQ=255) gCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATCGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATgg > 1:3320878/1‑68 (MQ=255) aCCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGcc > 1:2163585/1‑54 (MQ=255) aCCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCaa > 1:152791/1‑69 (MQ=255) aCCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCaa > 1:1185281/1‑69 (MQ=255) aCCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCaa > 1:2602461/1‑69 (MQ=255) tgctCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTc < 1:2537167/69‑1 (MQ=255) tgctCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTc < 1:2554482/69‑1 (MQ=255) tgctCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTc < 1:3075442/69‑1 (MQ=255) tgctCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTc < 1:2186080/69‑1 (MQ=255) tgctCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTc < 1:145997/69‑1 (MQ=255) tgctCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTc < 1:2257806/69‑1 (MQ=255) tgctCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTc < 1:521201/69‑1 (MQ=255) tgctCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTc < 1:793549/69‑1 (MQ=255) tgctCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTc < 1:2772143/69‑1 (MQ=255) tgctCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTc < 1:1701595/69‑1 (MQ=255) tgctCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTc < 1:3271375/69‑1 (MQ=255) gctCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTc < 1:2300960/68‑1 (MQ=255) tCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGc < 1:3348567/66‑1 (MQ=255) tCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGc < 1:2906683/66‑1 (MQ=255) tCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGc < 1:2846455/66‑1 (MQ=255) tCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGc < 1:1975435/66‑1 (MQ=255) tCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGc < 1:1755509/66‑1 (MQ=255) tCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGc < 1:1533814/66‑1 (MQ=255) tCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGc < 1:1493243/66‑1 (MQ=255) tCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGc < 1:1472555/66‑1 (MQ=255) tCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGc < 1:1393922/66‑1 (MQ=255) tCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGc < 1:879411/66‑1 (MQ=255) tCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAAc > 1:259196/1‑69 (MQ=255) tCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAAc > 1:89196/1‑69 (MQ=255) tCGTCATGCTCCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCAGAAGc < 1:362808/66‑1 (MQ=255) tCGTCATGCTCCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCAGAAGc < 1:585967/66‑1 (MQ=255) tCGTCATGCTCCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCAGAAGc < 1:962128/66‑1 (MQ=255) tCGTCATGCTCCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCAGAAGc < 1:2334795/66‑1 (MQ=255) tCGTCATGCTCCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCAGAAGc < 1:2263592/66‑1 (MQ=255) tCGTCATGCTCCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCAGAAGc < 1:1072810/66‑1 (MQ=255) tCGTCATGCTCCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCAGAAGc < 1:1147469/66‑1 (MQ=255) tCGTCATGCTCCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCAGAAGc < 1:334077/66‑1 (MQ=255) gTCATGCTCCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCAGAAGCAACa < 1:1474091/68‑1 (MQ=255) gTCATGCTCCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCAGAAGCAACa < 1:1001105/68‑1 (MQ=255) gTCATGCTCCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCAGAAGCAACa < 1:106983/68‑1 (MQ=255) gTCATGCTCCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCAGAAGCAACa < 1:857067/68‑1 (MQ=255) gTCATGCTCCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCAGAAGCAACa < 1:1416534/68‑1 (MQ=255) gTCATGCTCCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCAGAAGCAACa < 1:1640454/68‑1 (MQ=255) gTCATGCTCCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCAGAAGCAACa < 1:1777788/68‑1 (MQ=255) gTCATGCTCCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCAGAAGCAACa < 1:2305587/68‑1 (MQ=255) gTCATGCTCCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCAGAAGCAACa < 1:24992/68‑1 (MQ=255) tCATGCTCCCGGCATGGCTGTTATTACCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCAGAAGCAACa < 1:1258347/67‑1 (MQ=255) cATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGc < 1:1635759/68‑1 (MQ=255) cATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGGCAATCGTCCGAAGCAACAGc < 1:1021201/68‑1 (MQ=255) | TTTTTATGGCGGCAGTCGTTGTACCCAATACCACATTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGC > minE/1567360‑1567485 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |