| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,569,367 | T→C | 21.5% | intergenic (‑42/‑294) | mntH ← / → nupC | manganese/divalent cation transporter/nucleoside (except guanosine) transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,569,367 | 0 | T | C | 21.5% | 211.9 / 44.7 | 148 | intergenic (‑42/‑294) | mntH/nupC | manganese/divalent cation transporter/nucleoside (except guanosine) transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (74/42); new base C (11/21); total (85/63) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.32e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.79e-01 | |||||||||||
Only 100 of 148 total aligned reads displayed.
CTCTCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGATT > minE/1569303‑1569434 | ctctCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCa > 1:1070164/1‑69 (MQ=255) cgcgATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACgag < 1:2862237/68‑1 (MQ=255) cgcgATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACgag < 1:57348/68‑1 (MQ=255) cgcgATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACgag < 1:1875734/68‑1 (MQ=255) cgcgATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACgag < 1:187572/68‑1 (MQ=255) aTAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATg > 1:1812342/1‑68 (MQ=255) aTCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAAtt > 1:3056469/1‑69 (MQ=255) aTCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAAtt > 1:661934/1‑69 (MQ=255) aTCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAAtt > 1:3366704/1‑69 (MQ=255) aTCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAAtt > 1:2145162/1‑69 (MQ=255) aTCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAAtt > 1:864160/1‑69 (MQ=255) cTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGACAAACGAGAATGATTATCAAATTCa > 1:1184116/1‑69 (MQ=255) ttGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCa > 1:1302944/1‑62 (MQ=255) ttGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCa > 1:3240407/1‑68 (MQ=255) ttGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCa > 1:248616/1‑68 (MQ=255) ttGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCa > 1:2038899/1‑68 (MQ=255) ttGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCa > 1:903031/1‑68 (MQ=255) ttGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCa > 1:2816057/1‑68 (MQ=255) ttGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCa > 1:2764630/1‑68 (MQ=255) ttGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCa > 1:2611832/1‑68 (MQ=255) ttGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCa > 1:734842/1‑68 (MQ=255) ttGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCa > 1:373056/1‑68 (MQ=255) ttGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCa > 1:933557/1‑68 (MQ=255) ttGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCa > 1:613757/1‑68 (MQ=255) ttGTGACTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCa > 1:2304185/1‑68 (MQ=255) tgtgCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCAt > 1:1659377/1‑68 (MQ=255) tgtgCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCAt > 1:2358350/1‑68 (MQ=255) tgtgCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCAt > 1:91012/1‑68 (MQ=255) tgtgCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCAt > 1:626832/1‑68 (MQ=255) tgtgCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCAt > 1:1272899/1‑68 (MQ=255) ctAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATgg < 1:1637723/69‑1 (MQ=255) ctAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATgg < 1:2798690/69‑1 (MQ=255) ctAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATgg < 1:12837/69‑1 (MQ=255) ctAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATgg < 1:1959709/69‑1 (MQ=255) aaaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATgggt > 1:468726/1‑67 (MQ=255) aaaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATgggt > 1:2860186/1‑67 (MQ=255) aaaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATgggt > 1:3247538/1‑67 (MQ=255) aaaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATgggt > 1:761329/1‑67 (MQ=255) aaaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATgggt > 1:2651015/1‑67 (MQ=255) aaaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATgggt > 1:2511659/1‑67 (MQ=255) aaaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATggg > 1:838766/1‑67 (MQ=255) aaaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATggg > 1:2566835/1‑67 (MQ=255) aaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGAtt > 1:1633603/1‑69 (MQ=255) aaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATggg < 1:743742/67‑2 (MQ=255) aaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATggg < 1:1184053/67‑2 (MQ=255) aaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATggg < 1:1040400/67‑2 (MQ=255) aaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATggg < 1:1691155/67‑2 (MQ=255) aaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATggg < 1:1303250/67‑2 (MQ=255) aaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATggg < 1:945307/67‑2 (MQ=255) aaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATggg < 1:3408834/67‑2 (MQ=255) aaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATggg < 1:3047850/67‑2 (MQ=255) aaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATggg < 1:3316101/67‑2 (MQ=255) aaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATggg < 1:1682017/67‑2 (MQ=255) aaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATggg < 1:3171159/67‑2 (MQ=255) cATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATtgtg < 1:3401306/69‑1 (MQ=255) cATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATtgtg < 1:2939747/69‑1 (MQ=255) gCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGa > 1:892332/1‑69 (MQ=255) gCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGa > 1:1619182/1‑69 (MQ=255) gCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGa > 1:642629/1‑69 (MQ=255) gCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGa > 1:671242/1‑69 (MQ=255) gCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGa > 1:2234114/1‑69 (MQ=255) cTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATggg < 1:802516/58‑2 (MQ=255) aTGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGa < 1:355535/69‑1 (MQ=255) tGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTgtggt < 1:2655206/57‑1 (MQ=255) tGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTgtggt < 1:3436166/57‑1 (MQ=255) tCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAg > 1:392934/1‑67 (MQ=255) tCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAg > 1:392244/1‑67 (MQ=255) tCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAg > 1:1605911/1‑67 (MQ=255) tCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAg > 1:362667/1‑67 (MQ=255) tCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAg > 1:2905784/1‑67 (MQ=255) tCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAg > 1:2951029/1‑67 (MQ=255) gCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAgg < 1:488983/69‑1 (MQ=255) gCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAgg < 1:2392392/69‑1 (MQ=255) gCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAgg < 1:2536643/69‑1 (MQ=255) gCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAgg > 1:2989850/1‑69 (MQ=255) gCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAgg < 1:1254589/69‑1 (MQ=255) gCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAgg < 1:764775/69‑1 (MQ=255) gCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAgg > 1:234400/1‑69 (MQ=255) gCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAgg < 1:803303/69‑1 (MQ=255) gCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAgg > 1:169374/1‑69 (MQ=255) gCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAgg > 1:181000/1‑69 (MQ=255) gCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAgg < 1:2185579/69‑1 (MQ=255) gCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGAGGTGATTTCTCTGATAGACCAgg < 1:3119029/69‑1 (MQ=255) gCTATGCAAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAgg > 1:1533596/1‑69 (MQ=255) cTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAgg < 1:2718882/68‑1 (MQ=255) aTGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGa > 1:1993202/1‑67 (MQ=255) aTGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGAtt > 1:971833/1‑69 (MQ=255) aTGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGAtt < 1:963598/69‑1 (MQ=255) aTGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGAtt < 1:848180/69‑1 (MQ=255) aTGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGAtt < 1:474236/69‑1 (MQ=255) aTGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGAtt < 1:3161022/69‑1 (MQ=255) aTGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGAtt > 1:3101831/1‑69 (MQ=255) aTGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGAtt > 1:2836892/1‑69 (MQ=255) aTGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGAtt < 1:2149595/69‑1 (MQ=255) aTGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGAtt < 1:134856/69‑1 (MQ=255) aTGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGAtt > 1:1339156/1‑69 (MQ=255) aTGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGAtt > 1:1263117/1‑69 (MQ=255) aTGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGAtt < 1:1137533/69‑1 (MQ=255) aTGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGAt > 1:2517279/1‑68 (MQ=255) aTGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGAt > 1:1517601/1‑68 (MQ=255) | CTCTCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGATT > minE/1569303‑1569434 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |