| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,570,455 | C→T | 67.4% | A265A (GCC→GCT) | nupC → | nucleoside (except guanosine) transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,570,455 | 0 | C | T | 67.4% | 107.4 / 73.6 | 136 | A265A (GCC→GCT) | nupC | nucleoside (except guanosine) transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (34/10); new base T (72/19); total (106/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.26e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
Only 100 of 136 total aligned reads displayed.
GGTTTCAAAGTTGCCATTATCGTTGCCGCGATGCTGATTGGCTTTATCGCCCTGATCGCCGCGCTGAACGCACTGTTTGCCACCGTTACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAGGG > minE/1570396‑1570517 | gTTTCAAAGTTGCCATTATCGTTGCCGCGATGCTGATTGGCTTTATCGCCCTGATCGCCGCGCTGAACg > 1:1602064/1‑69 (MQ=255) gTTTCAAAGTTGCCATTATCGTTGCCGCGATGCTGATTGGCTTTATCGCCCTGATCGCCGCGCTGAACg > 1:2098509/1‑69 (MQ=255) gTTTCAAAGTTGCCATTATCGTTGCCGCGATGCTGATTGGCTTTATCGCCCTGATCGCCGCGCTGAACg > 1:1153482/1‑69 (MQ=255) gTTTCAAAGTTGCCATTATCGTTGCCGCGATGCTGATTGGCTTTATCGCCCTGATCGCCGCGCTGAACg > 1:338876/1‑69 (MQ=255) gTTTCAAAGTTGCCATTATCGTTGCCGCGATGCTGATTGGCTTTATCGCCCTGATCGCCGCGCTGAACg > 1:1234628/1‑69 (MQ=255) gTTTCAAAGTTGCCATTATCGTTGCCGCGATGCTGATTGGCTTTATCGCCCTGATCGCCGCGCTGAACg > 1:2291938/1‑69 (MQ=255) ttCAAAGTTGCCATTATCGTTGCCGCGATGCTGATTGGCTTTATCGCCCTGATCGCCGCGCTGAACGCa > 1:283621/1‑69 (MQ=255) tCAAAGTTGCCATTATCGTTGCCGCGATGCTGATTGGCTTTATCGCCCTGATCGCCGCGCTGAACGCAc > 1:2132322/1‑69 (MQ=255) tCAAAGTTGCCATTATCGTTGCCGCGATGCTGATTGGCTTTATCGCCCTGATCGCCGCGCTGAACGCAc > 1:206613/1‑69 (MQ=255) tCAAAGTTGCCATTATCGTTGCCGCGATGCTGATTGGCTTTATCGCCCTGATCGCCGCGCTGAACGCAc > 1:324472/1‑69 (MQ=255) tCAAAGTTGCCATTATCGTTGCCGCGATGCTGATTGGCTTTATCGCCCTGATCGCCGCGCTGAACGCAc > 1:544225/1‑69 (MQ=255) tATCGTTGCCGCGATGCTGATTGGCTTTATCGCCCTGATCGCCGCGCTGTACGCACTGTTTGCCACCGt < 1:604222/69‑1 (MQ=255) tATCGTTGCCGCGATGCTGATTGGCTTTATCGCCCTGATCGCCGCGCTGAATGCACTGTTTGCCACCGt < 1:1197700/69‑1 (MQ=255) tATCGTTGCCGCGATGCTGATTGGCTTTATCGCCCTGATCGCCGCGCTGAACGCACTGTTTGCCACCGt < 1:1392839/69‑1 (MQ=255) tATCGTTGCCGCGATGCTGATTGGCTTTATCGCCCTGATCGCCGCGCTGAACGCACTGTTTGCCACCGt < 1:2420585/69‑1 (MQ=255) aTCGTTGCCGCGATGCTGATTGGCTTTATCGCCCTGATCGCCGCGCTGAACGCACTGTTTGc > 1:1523192/1‑62 (MQ=255) aTCGTTGCCGCGATGCTGATTGGCTTTATCGCCCTGATCGCCGCGCTGAACGCACTGTTTGCCACCGtt > 1:2178886/1‑69 (MQ=255) aTCGTTGCCGCGATGCTGATTGGCTTTATCGCCCTGATCGCCGCGCTGAACGCACTGTTTGCCACCGtt < 1:759169/69‑1 (MQ=255) cTGATTGGCTTTATCGCCCTGATCGCCGCGCTGAACGCACTGTTTGCCACCGTTACTGGCTGGTTTGGc < 1:3034744/69‑1 (MQ=255) tttATCGCCCTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTAcc > 1:2527348/1‑42 (MQ=25) tttATCGCCCTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTAcc > 1:2829374/1‑42 (MQ=25) tttATCGCCCTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTAcc > 1:2133143/1‑42 (MQ=25) tttATCGCCCTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTAcc > 1:86805/1‑42 (MQ=25) tttATCGCCCTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTAcc > 1:847618/1‑42 (MQ=25) tttATCGCCCTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTAcc > 1:2854810/1‑42 (MQ=25) tttATCGCCCTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTAcc > 1:2485381/1‑42 (MQ=25) tttATCGCCCTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTAcc > 1:2007355/1‑42 (MQ=25) tttATCGCCCTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTAcc > 1:218686/1‑42 (MQ=25) tttATCGCCCTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTAcc > 1:2223618/1‑42 (MQ=25) tttATCGCCCTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTAcc > 1:3089040/1‑42 (MQ=25) tttATCGCCCTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTAcc > 1:1868553/1‑42 (MQ=25) tttATCGCCCTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTAcc > 1:26480/1‑42 (MQ=25) tttATCGCCCTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTAcc > 1:410431/1‑42 (MQ=25) tttATCGCCCTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTAcc > 1:3424291/1‑42 (MQ=25) 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cGCCCTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCt > 1:1031452/1‑68 (MQ=255) cGCCCTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCt > 1:1038666/1‑68 (MQ=255) cGCCCTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCt > 1:1411120/1‑68 (MQ=255) cGCCCTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCt > 1:1580967/1‑68 (MQ=255) cGCCCTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCt > 1:1705213/1‑68 (MQ=255) cGCCCTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCt > 1:212510/1‑68 (MQ=255) cGCCCTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCt > 1:2159720/1‑68 (MQ=255) cGCCCTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCt > 1:2249152/1‑68 (MQ=255) cGCCCTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCt > 1:2264164/1‑68 (MQ=255) ccTGATCGCTGCATTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCa < 1:855434/69‑1 (MQ=255) ccTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCa < 1:751048/69‑1 (MQ=255) ccTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCa < 1:1624449/69‑1 (MQ=255) ccTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCa < 1:1680707/69‑1 (MQ=255) ccTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCa < 1:1359640/69‑1 (MQ=255) ccTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCa < 1:3202483/69‑1 (MQ=255) ccTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCa < 1:3096375/69‑1 (MQ=255) ccTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCa < 1:3002974/69‑1 (MQ=255) ccTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCa < 1:2964696/69‑1 (MQ=255) ccTGATCGCCGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCa < 1:1455502/69‑1 (MQ=255) cTGATCTCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAg > 1:390164/1‑69 (MQ=255) cTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTg > 1:816104/1‑49 (MQ=25) cTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCa < 1:1942650/68‑1 (MQ=255) cTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAg > 1:80355/1‑69 (MQ=255) cTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAg > 1:3281763/1‑69 (MQ=255) cTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAg > 1:659935/1‑69 (MQ=255) cTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAg > 1:126098/1‑69 (MQ=255) cTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAg > 1:816713/1‑69 (MQ=255) cTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAg > 1:1071476/1‑69 (MQ=255) cTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAg > 1:446454/1‑69 (MQ=255) cTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAg > 1:2490730/1‑69 (MQ=255) cTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAg > 1:938942/1‑69 (MQ=255) cTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAg > 1:2574350/1‑69 (MQ=255) cTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAg > 1:243636/1‑69 (MQ=255) cTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAg > 1:3337454/1‑69 (MQ=255) cTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAg > 1:2770400/1‑69 (MQ=255) cTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAg > 1:2800024/1‑69 (MQ=255) cTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAg > 1:2817319/1‑69 (MQ=255) cTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAg > 1:2648778/1‑69 (MQ=255) cTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAg > 1:2845071/1‑69 (MQ=255) cTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAg > 1:1974190/1‑69 (MQ=255) cTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAg > 1:1928690/1‑69 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |