| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,570,467 | A→T | 73.6% | A269A (GCA→GCT) | nupC → | nucleoside (except guanosine) transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,570,467 | 0 | A | T | 73.6% | 170.7 / 69.9 | 125 | A269A (GCA→GCT) | nupC | nucleoside (except guanosine) transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (23/10); new base T (72/20); total (95/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.48e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.56e-01 | |||||||||||
Only 100 of 126 total aligned reads displayed.
TTCAAAGTTGCCATTATCGTTGCCGCGATGCTGATTGGCTTTATCGCCCTGATCGCCGCGCTGAACGCACTGTTTGCCACCGTTACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAGGG > minE/1570399‑1570517 | tCAAAGTTGCCATTATCGTTGCCGCGATGCTGATTGGCTTTATCGCCCTGATCGCCGCGCTGAACGCAc > 1:2132322/1‑69 (MQ=255) tCAAAGTTGCCATTATCGTTGCCGCGATGCTGATTGGCTTTATCGCCCTGATCGCCGCGCTGAACGCAc > 1:324472/1‑69 (MQ=255) tCAAAGTTGCCATTATCGTTGCCGCGATGCTGATTGGCTTTATCGCCCTGATCGCCGCGCTGAACGCAc > 1:206613/1‑69 (MQ=255) tATCGTTGCCGCGATGCTGATTGGCTTTATCGCCCTGATCGCCGCGCTGTACGCACTGTTTGCCACCGt < 1:604222/69‑1 (MQ=255) tATCGTTGCCGCGATGCTGATTGGCTTTATCGCCCTGATCGCCGCGCTGAATGCACTGTTTGCCACCGt < 1:1197700/69‑1 (MQ=255) tATCGTTGCCGCGATGCTGATTGGCTTTATCGCCCTGATCGCCGCGCTGAACGCACTGTTTGCCACCGt < 1:1392839/69‑1 (MQ=255) tATCGTTGCCGCGATGCTGATTGGCTTTATCGCCCTGATCGCCGCGCTGAACGCACTGTTTGCCACCGt < 1:2936538/69‑1 (MQ=255) tATCGTTGCCGCGATGCTGATTGGCTTTATCGCCCTGATCGCCGCGCTGAACGCACTGTTTGCCACCGt < 1:2420585/69‑1 (MQ=255) tATCGTTGCCGCGATGCTGATTGGCTTTATCGCCCTGATCGCAGCGCTGAACGCACTGTTTGCCACCGt < 1:1687066/69‑1 (MQ=255) aTCGTTGCCGCGATGCTGATTGGCTTTATCGCCCTGATCGCCGCGCTGAACGCACTGTTTGc > 1:1523192/1‑62 (MQ=255) aTCGTTGCCGCGATGCTGATTGGCTTTATCGCCCTGATCGCCGCGCTGAACGCACTGTTTGCCACCGtt < 1:759169/69‑1 (MQ=255) aTCGTTGCCGCGATGCTGATTGGCTTTATCGCCCTGATCGCCGCGCTGAACGCACTGTTTGCCACCGtt > 1:3235778/1‑69 (MQ=255) tttATCGCCCTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTAcc > 1:1868553/1‑42 (MQ=25) tttATCGCCCTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTAcc > 1:2527348/1‑42 (MQ=25) tttATCGCCCTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTAcc > 1:2485381/1‑42 (MQ=25) tttATCGCCCTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTAcc > 1:193471/1‑42 (MQ=25) tttATCGCCCTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTAcc > 1:2223618/1‑42 (MQ=25) tttATCGCCCTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTAcc > 1:2854810/1‑42 (MQ=25) tttATCGCCCTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTAcc > 1:218686/1‑42 (MQ=25) tttATCGCCCTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTAcc > 1:2133143/1‑42 (MQ=25) tttATCGCCCTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTAcc > 1:2124630/1‑42 (MQ=25) tttATCGCCCTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTAcc > 1:26480/1‑42 (MQ=25) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |