| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,570,476 | C→T | 76.8% | A272A (GCC→GCT) | nupC → | nucleoside (except guanosine) transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,570,476 | 0 | C | T | 76.8% | 152.4 / 40.1 | 120 | A272A (GCC→GCT) | nupC | nucleoside (except guanosine) transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (18/10); new base T (72/20); total (90/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.43e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
TATCGTTGCCGCGATGCTGATTGGCTTTATCGCCCTGATCGCCGCGCTGAACGCACTGTTTGCCACCGTTACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAGGG > minE/1570413‑1570517 | tATCGTTGCCGCGATGCTGATTGGCTTTATCGCCCTGATCGCCGCGCTGTACGCACTGTTTGCCACCGt < 1:604222/69‑1 (MQ=255)tATCGTTGCCGCGATGCTGATTGGCTTTATCGCCCTGATCGCCGCGCTGAATGCACTGTTTGCCACCGt < 1:1197700/69‑1 (MQ=255)tATCGTTGCCGCGATGCTGATTGGCTTTATCGCCCTGATCGCCGCGCTGAACGCACTGTTTGCCACCGt < 1:1308714/69‑1 (MQ=255)tATCGTTGCCGCGATGCTGATTGGCTTTATCGCCCTGATCGCCGCGCTGAACGCACTGTTTGCCACCGt < 1:2936538/69‑1 (MQ=255)tATCGTTGCCGCGATGCTGATTGGCTTTATCGCCCTGATCGCCGCGCTGAACGCACTGTTTGCCACCGt < 1:2420585/69‑1 (MQ=255)tATCGTTGCCGCGATGCTGATTGGCTTTATCGCCCTGATCGCAGCGCTGAACGCACTGTTTGCCACCGt < 1:1687066/69‑1 (MQ=255) aTCGTTGCCGCGATGCTGATTGGCTTTATCGCCCTGATCGCCGCGCTGAACGCACTGTTTGCCACCGtt > 1:2178886/1‑69 (MQ=255) aTCGTTGCCGCGATGCTGATTGGCTTTATCGCCCTGATCGCCGCGCTGAACGCACTGTTTGCCACCGtt > 1:3235778/1‑69 (MQ=255) cTGATTGGCTTTATCGCCCTGATCGCCGCGCTGAACGCACTGTTTGCCACCGTTACTGGCTGGTTTGGc < 1:3034744/69‑1 (MQ=255) tttATCGCCCTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTAcc > 1:2854810/1‑42 (MQ=25) tttATCGCCCTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTAcc > 1:2007355/1‑42 (MQ=25) tttATCGCCCTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTAcc > 1:2133143/1‑42 (MQ=25) tttATCGCCCTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTAcc > 1:1868553/1‑42 (MQ=25) tttATCGCCCTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTAcc > 1:2223618/1‑42 (MQ=25) tttATCGCCCTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTAcc > 1:2527348/1‑42 (MQ=25) tttATCGCCCTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTAcc > 1:26480/1‑42 (MQ=25) tttATCGCCCTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTAcc > 1:2814213/1‑42 (MQ=25) tttATCGCCCTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTAcc > 1:2829374/1‑42 (MQ=25) tttATCGCCCTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTAcc > 1:3089040/1‑42 (MQ=25) tttATCGCCCTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTAcc > 1:3383803/1‑42 (MQ=25) tttATCGCCCTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTAcc > 1:410431/1‑42 (MQ=25) tttATCGCCCTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTAcc > 1:600987/1‑42 (MQ=25) tttATCGCCCTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTAcc > 1:86805/1‑42 (MQ=25) tttATCGCCCTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTAc > 1:949205/1‑41 (MQ=21) tttATCGCCCTGATCGCTGCACTGAACGATCTGTTTGCTAcc > 1:1677962/1‑42 (MQ=16) ttATCGCCCTGATCGCCGCGCTGAACGCACTGTTTGCCACCGtt < 1:931616/44‑1 (MQ=255) tCGCCCTGATCGCCGCGCTGAACGCACTGTTTGCCACCGt > 1:181251/1‑40 (MQ=255) cGCCCTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCt > 1:1580967/1‑68 (MQ=255) cGCCCTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCt > 1:2739212/1‑68 (MQ=255) cGCCCTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCt > 1:2982123/1‑68 (MQ=255) cGCCCTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCt > 1:1411120/1‑68 (MQ=255) cGCCCTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCt > 1:2500772/1‑68 (MQ=255) cGCCCTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCt > 1:2455547/1‑68 (MQ=255) cGCCCTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCt > 1:3267729/1‑68 (MQ=255) cGCCCTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCt > 1:2958476/1‑68 (MQ=255) 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ccTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCa < 1:269176/69‑1 (MQ=255) ccTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCa < 1:2036395/69‑1 (MQ=255) ccTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCa < 1:1359640/69‑1 (MQ=255) ccTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCa < 1:3096375/69‑1 (MQ=255) ccTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCa < 1:2251970/69‑1 (MQ=255) ccTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCa < 1:1532824/69‑1 (MQ=255) ccTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCa < 1:3202483/69‑1 (MQ=255) ccTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCa < 1:188518/69‑1 (MQ=255) ccTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCa < 1:751048/69‑1 (MQ=255) ccTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCa < 1:1680707/69‑1 (MQ=255) ccTGATCGCCGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCa < 1:1455502/69‑1 (MQ=255) cTGATCTCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAg > 1:390164/1‑69 (MQ=255) cTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTg > 1:816104/1‑49 (MQ=25) cTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCa > 1:1415318/1‑68 (MQ=255) cTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCa < 1:1942650/68‑1 (MQ=255) cTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAg > 1:2817319/1‑69 (MQ=255) cTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAg > 1:1027171/1‑69 (MQ=255) cTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAg > 1:938942/1‑69 (MQ=255) cTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAg > 1:1928690/1‑69 (MQ=255) cTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAg > 1:1974190/1‑69 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |