| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,578,568 | C→T | 12.2% | H128H (CAC→CAT) | yfeN → | conserved outer membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,578,568 | 0 | C | T | 12.2% | 182.9 / 10.0 | 98 | H128H (CAC→CAT) | yfeN | conserved outer membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (59/25); new base T (3/9); total (64/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.60e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.28e-01 | |||||||||||
Only 100 of 107 total aligned reads displayed.
ACCGGATTTAATCTCTACTTGCATGCGTATGGCACCTACGGTTCTGCGAATCGCGTGAATTTCCACGACGATATGTTCCTGTACGGTATCGGCTACAATTTCACCGGCAGCGGTTGGTGGTTCAAACCG > minE/1578503‑1578631 | acCGGATTTAATCTCTACTTGCATGCGTATGGCACCTACGGTTCTGCGAATCGCGTGAATTTCCacgac > 1:378077/1‑69 (MQ=255)acCGGATTTAATCTCTACTTGCATGCGTATGGCACCTACGGTTCTGCGAATCGCGTGAATTTCCacgac > 1:585556/1‑69 (MQ=255) ccGGATTTAATCTCTACTTGCATGCGTATGGCACCTACGGTTCTGCGAATCGCGTGAATTTCCacgac > 1:2801401/1‑68 (MQ=255) ccGGATTTAATCTCTACTTGCATGCGTATGGCACCTACGGTTCTGCGAATCGCGTGAATTTCCacgac > 1:2800624/1‑68 (MQ=255) ccGGATTTAATCTCTACTTGCATGCGTATGGCACCTACGGTTCTGCGAATCGCGTGAATTTCCacgac > 1:1778518/1‑68 (MQ=255) cGGATTTAATCTCTACTTGCATGCGTATGGCACCTACGGTTCTGCGAATCGCGTGAATTTCCAcgacga < 1:2642786/69‑1 (MQ=255) cGGATTTAATCTCTACTTGCATGCGTATGGCACCTACGGTTCTGCGAATCGCGTGAATTTCCAcgacga < 1:1999115/69‑1 (MQ=255) ggATTTAATCTCTACTTGCATGCGTATGGCACCTACGGTTCTGCGAATCGCGTGAATTTCCACGACGat > 1:2531476/1‑69 (MQ=255) ggATTTAATCTCTACTTGCATGCGTATGGCACCTACGGTTCTGCGAATCGCGTGAATTTCCAAGACGat > 1:67665/1‑69 (MQ=255) tttAATCTCTACTTGCATGCGTATGGCACCTACGGTTCTGCGAATCGTGTGAATTTCCATGACGATATg < 1:433252/69‑1 (MQ=255) tttAATCTCTACTTGCATGCGTATGGCACCTACGGTTCTGCGAATCGTGTGAATTTCCATGACGATATg < 1:2382129/69‑1 (MQ=255) tttAATCTCTACTTGCATGCGTATGGCACCTACGGTTCTGCGAATCGTGTGAATTTCCATGACGATATg < 1:3406199/69‑1 (MQ=255) tttAATCTCTACTTGCATGCGTATGGCACCTACGGTTCTGCGAATCGTGTGAATTTCCATGACGATATg < 1:202948/69‑1 (MQ=255) tttAATCTCTACTTGCATGCGTATGGCACCTACGGTTCTGCGAATCGTGTGAATTTCCATGACGATATg < 1:492089/69‑1 (MQ=255) tttAATCTCTACTTGCATGCGTATGGCACCTACGGTTCTGCGAATCGTGTGAATTTCCATGACGATATg < 1:1190271/69‑1 (MQ=255) tttAATCTCTACTTGCATGCGTATGGCACCTACGGTTCTGCGAATCGTGTGAATTTCCATGACGATATg < 1:1477173/69‑1 (MQ=255) tttAATCTCTACTTGCATGCGTATGGCACCTACGGTTCTGCGAATCGTGTGAATTTCCATGACGATATg < 1:816810/69‑1 (MQ=255) tttAATCTCTACTTGCATGCGTATGGCACCTACGGTTCTGCGAATCGCGTGAATTTCCACGACGATATg < 1:1879416/69‑1 (MQ=255) tctACTTGCATGCGTATGGCACCTACGGTTCTGCGAATCGCGTGAATTTCCACGACGATATGTTCCtct > 1:2488816/1‑67 (MQ=255) tctACTTGCATGCGTATGGCACCTACGGTTCTGCGAATCGCGTGAATTTCCACGACGATATGTTCCTGt > 1:3266859/1‑69 (MQ=255) tGCATGCGTATGGCACCTACGGTTCTGCGAATCGCGTGAATTTCCACGACGATATGTTCCTGTACGGt < 1:1682452/68‑1 (MQ=255) tGCATGCGTATGGCACCTACGGTTCTGCGAATCGCGTGAATTTCCACGACGATATGTTCCTGTACGGt < 1:3322097/68‑1 (MQ=255) tGCATGCGTATGGCACCTACGGTTCTGCGAATCGCGTGAATTTCCACGACGATATGTTCCTGTACGGt < 1:2768792/68‑1 (MQ=255) tGCATGCGTATGGCACCTACGGTTCTGCGAATCGCGTGAATTTCCACGACGATATGTTCCTGTACGGt < 1:3072601/68‑1 (MQ=255) cGTATGGCACCTACGGTTCTGCGAATCGCGTGAATTTCCACGACGATATGTTCCTGTACGGTATCGGc > 1:873268/1‑68 (MQ=255) cGTATGGCACCTACGGTTCTGCGAATCGCGTGAATTTCCACGACGATATGTTCCTGTACGGTATCGGc > 1:3072727/1‑68 (MQ=255) cGTATGGCACCTACGGTTCTGCGAATCGCGTGAATTTCCACGACGATATGTTCCTGTACGGTATCGGc > 1:3157978/1‑68 (MQ=255) ccTACGGTTCTGCGAATCGCGTGAATTTCCACGACGATATGTTCCTGTACGGTATCGGCTACAATTTCa > 1:1949943/1‑69 (MQ=255) tACGGTTCTGCGAATCGCGTGAATTTCCACGACGATATGTTCCTGTACGGTATCGGCTACAATTTCAcc > 1:810273/1‑69 (MQ=255) 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tACGGTTCTGCGAATCGCGTGAATTTCCACGACGATATGTTCCTGTACGGTATCGGCTACAATTTCAcc > 1:2558218/1‑69 (MQ=255) tACGGTTCTGCGAATCGCGTGAATTTCCACGACGATATGTTCCTGTACGGTATCGGCTACAATTTCAcc > 1:3075106/1‑69 (MQ=255) tACGGTTCTGCGAATCGCGTGAATTTCCACGACGATATGTTCCTGTACGGTATCCGCTACAATTTCa > 1:1819495/1‑67 (MQ=255) tACGGTTCTGCGAATCGAGTGAATTTCCACGACGATATGTTCCTGTACGGTATCGGCTACAATTTCAcc > 1:728977/1‑69 (MQ=255) aCGGTTCTTCGAATCGCGTGAATTTCCACGACGATATGt > 1:2833473/1‑39 (MQ=255) aCGGTTCTGCGAATCGCGTGAATTTCCACGACGATATg > 1:1022693/1‑38 (MQ=255) aCGGTTCTGCGAATCGCGTGAATTTCCACGACGATATg > 1:1185630/1‑38 (MQ=255) aCGGTTCTGCGAATCGCGTGAATTTCCACGACGATATg > 1:270140/1‑38 (MQ=255) aCGGTTCTGCGAATCGCGTGAATTTCCACGACGATATGt > 1:2832943/1‑39 (MQ=255) aCGGTTCTGCGAATCGCGTGAATTTCCACGACGATATGt > 1:1017611/1‑39 (MQ=255) aCGGTTCTGCGAATCGCGTGAATTTCCACGACGATATGt > 1:3141686/1‑39 (MQ=255) aCGGTTCTGCGAATCGCGTGAATTTCCACGACGATATGt > 1:3432717/1‑39 (MQ=255) aCGGTTCTGCGAATCGCGTGAATTTCCACGACGATATGt > 1:45613/1‑39 (MQ=255) 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1:2155242/69‑1 (MQ=255) aTCGCGTGAATTTCCACGACGATATGTTCCTGTACGGTATCGGCTACAATTTCACCGGCAGCGGTtgg < 1:1360996/68‑1 (MQ=255) aTCGCGTGAATTTCCACGACGATATGTTCCTGTACGGTATCGGCTACAATTTCACCGGCAGCGGTtgg < 1:2701092/68‑1 (MQ=255) tCGCGTGAATTTCCACGACGATATGTTCCTGTACGGTATCGGCTACAATTTCACCGGCAGCGGTtggtg < 1:748868/69‑1 (MQ=255) tCGCGTGAATTTCCACGACGATATGTTCCTGTACGGTATCGGCTACAATTTCACCGGCAGCGGTtggtg < 1:9371/69‑1 (MQ=255) cgcgTGAATTTCCAGGACGATATGTTCCTGTACGGTATCGGCTACAATTTCACCGGCAGCGGTtggtgg > 1:2550550/1‑69 (MQ=255) cgcgTGAATTTCCACGACGATATGTTCCTGTACGGTATCGGCTACAATTTCACCGTCAGCGGTtggtg < 1:1848739/68‑1 (MQ=255) cgcgTGAATTTCCACGACGATATGTTCCTGTACGGTATCGGCTACAATTTCACCGGCAGCGGTtggtgg > 1:1808663/1‑69 (MQ=255) cgcgTGAATTTCCACGACGATATGTTCCTGTACGGTATCGGCTACAATTTCACCGGCAGCGGTtggtgg > 1:662690/1‑69 (MQ=255) cgcgTGAATTTCCACGACGATATGTTCCTGTACGGTATCGGCTACAATTTCACCGGCAGCGGTtggtgg > 1:1253522/1‑69 (MQ=255) cgcgTGAATTTCCACGACGATATGTTCCTGTACGGTATCGGCTACAATTTCACCGGCAGCGGTtggtgg > 1:678268/1‑69 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |