| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 21,484 | A→G | 54.1% | V472V (GTA→GTG) | ileS → | isoleucyl‑tRNA synthetase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 21,484 | 0 | A | G | 54.1% | 27.3 / 124.1 | 146 | V472V (GTA→GTG) | ileS | isoleucyl‑tRNA synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (20/47); new base G (47/32); total (67/79) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.44e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.62e-01 | |||||||||||
Only 100 of 148 total aligned reads displayed.
GCGTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTACCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACGGAAGAGCTGCATCCGCGTACCCTTGAACTGATGGAAG > minE/21418‑21551 | gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGcc < 1:1324655/69‑1 (MQ=38)gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGcc < 1:1802046/69‑1 (MQ=38)gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGcc < 1:1817947/69‑1 (MQ=38)gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGcc < 1:2912528/69‑1 (MQ=38)gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGcc < 1:1675637/69‑1 (MQ=38)gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGcc < 1:1840875/69‑1 (MQ=38)gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGcc < 1:1886328/69‑1 (MQ=38)gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGcc < 1:2567171/69‑1 (MQ=38)gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGcc < 1:3202012/69‑1 (MQ=38)gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGcc < 1:249041/69‑1 (MQ=38)gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGcc < 1:3428798/69‑1 (MQ=38)gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGcc < 1:2409932/69‑1 (MQ=38)gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGcc < 1:590913/69‑1 (MQ=38)gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGcc < 1:817050/69‑1 (MQ=38)gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGcc < 1:871391/69‑1 (MQ=38)gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGcc < 1:928334/69‑1 (MQ=38)gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGcc < 1:21258/69‑1 (MQ=38)gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGcc < 1:1159921/69‑1 (MQ=38)gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGcc < 1:2234142/69‑1 (MQ=38)gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGcc < 1:1143012/69‑1 (MQ=38)gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGcc < 1:1104551/69‑1 (MQ=38)gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGcc < 1:1086622/69‑1 (MQ=38)gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGcc < 1:1046239/69‑1 (MQ=38)gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGcc < 1:2224736/69‑1 (MQ=38)gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTAcc < 1:1630927/69‑1 (MQ=255)gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTAcc < 1:277849/69‑1 (MQ=255)gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTAcc < 1:2899545/69‑1 (MQ=255) tCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTACCGATGt < 1:2818039/69‑1 (MQ=255) tCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTACCGATGt < 1:3089452/69‑1 (MQ=255) gAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGcc < 1:1875960/62‑1 (MQ=37) gAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTACCGATGTc > 1:1445910/1‑68 (MQ=255) gAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTACCGATGTCa > 1:2966220/1‑69 (MQ=255) gAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTACCGATGTCa > 1:1157099/1‑69 (MQ=255) gTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTACCGATGTCAc < 1:987523/68‑1 (MQ=255) gTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTACCGATGTCAc < 1:2783944/68‑1 (MQ=255) gTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTACCGATGTCAc < 1:277016/68‑1 (MQ=255) gTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTACCGATGTCAc < 1:3377562/68‑1 (MQ=255) gTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTACCGATGTCAc < 1:426680/68‑1 (MQ=255) gTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTACCGATGTCAc < 1:959689/68‑1 (MQ=255) gTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTACCGATGTCAc < 1:2369488/68‑1 (MQ=255) gTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTACCGATGTCAc < 1:1022809/68‑1 (MQ=255) gCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGCCGATGTCACTGTTCGTGca > 1:730264/1‑68 (MQ=38) gCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGCCGATGTCACTGTTCGTGca > 1:2910066/1‑68 (MQ=38) gCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGCCGATGTCACTGTTCGTGca > 1:1297247/1‑68 (MQ=38) gCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGCCGATGTCACTGTTCGTGca > 1:3102914/1‑68 (MQ=38) gCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGCCGATGTCACTGTTCGTGca > 1:2703630/1‑68 (MQ=38) gCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGCCGATGTCACTGTTCGTGca > 1:2072655/1‑68 (MQ=38) gCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGCCGATGTCACTGTTCGTGca > 1:2494989/1‑68 (MQ=38) gCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGCCGATGTCACTGTTCGTGca > 1:3160688/1‑68 (MQ=38) gCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGCCGATGTCACTGTTCGTGca > 1:1440830/1‑68 (MQ=38) gCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGCCGATGTCACTGTTCGTGca > 1:2408248/1‑68 (MQ=38) gCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGCCGATGTCACTGTTCGTGca > 1:743010/1‑68 (MQ=38) gCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGCCGATGTCACTGTTCGTGca > 1:1437593/1‑68 (MQ=38) gCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCCTCAGCGTACCTGGGGCGTGCCGATGTCACTGTTCGTGc > 1:2661162/1‑67 (MQ=255) aaCCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTACCGATGTCACTGTTCGTGCACaaa < 1:1163101/69‑1 (MQ=255) cTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTACCGATGTCAc < 1:1926143/48‑1 (MQ=255) tctcCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTACCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACGGAAGAGCTGCATc > 1:2161995/1‑69 (MQ=255) tctcCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTACCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACGGAAGAGCTGCATc > 1:2339801/1‑69 (MQ=255) tctcCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTACCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACGGAAGAGCTGCATc > 1:1753556/1‑69 (MQ=255) cACCTGGGGTGTACCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACGGAAGAGCTGCATCCGCGTACCCTTg < 1:2429531/68‑1 (MQ=255) ccTGGGGCGTGCCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGa > 1:2535682/1‑37 (MQ=38) ccTGGGGCGTGCCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACAGAAGAACTGc > 1:494775/1‑51 (MQ=255) ccTGGGGCGTGCCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACAGAAGAACTGCATCCGCGt > 1:3230271/1‑59 (MQ=255) ccTGGGGCGTGCCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACAGAAGAACTGCATCCGCGTa > 1:2996985/1‑60 (MQ=255) ccTGGGGCGTGCCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACAGAAGAACTGCATCCGCGTAc > 1:1688707/1‑61 (MQ=255) ccTGGGGCGTGCCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACAGAAGAACTGCATCCGCGTAc > 1:595943/1‑61 (MQ=255) ccTGGGGCGTGCCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACAGAAGAACTGCATCCGCGTAc > 1:430782/1‑61 (MQ=255) ccTGGGGCGTGCCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACAGAAGAACTGCATCCGCGTAc > 1:1350445/1‑61 (MQ=255) ccTGGGGCGTGCCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACAGAAGAACTGCATCCGCGTAc > 1:399324/1‑61 (MQ=255) ccTGGGGCGTGCCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACAGAAGAACTGCATCCGCGTAc > 1:2279261/1‑61 (MQ=255) ccTGGGGCGTGCCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACAGAAGAACTGCATCCGCGTAc > 1:336470/1‑61 (MQ=255) ccTGGGGCGTGCCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACAGAAGAACTGCATCCGCGTAc > 1:3348440/1‑61 (MQ=255) ccTGGGGCGTGCCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACAGAAGAACTGCATCCGCGTAc > 1:2156136/1‑61 (MQ=255) ccTGGGGCGTGCCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACAGAAGAACTGCATCCGCGTAc > 1:813406/1‑61 (MQ=255) ccTGGGGCGTGCCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACAGAAGAACTGCATCCGCGTAc > 1:2122357/1‑61 (MQ=255) ccTGGGGCGTGCCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACAGAAGAACTGCATCCGCGTAc > 1:2452393/1‑61 (MQ=255) ccTGGGGCGTGCCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACAGAAGAACTGCATCCGCGTAc > 1:2103476/1‑61 (MQ=255) ccTGGGGCGTGCCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACAGAAGAACTGCATCCGCGTAc > 1:1253571/1‑61 (MQ=255) ccTGGGGCGTGCCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACAGAAGAACTGCATCCGCGTAc > 1:1594664/1‑61 (MQ=255) ccTGGGGCGTGCCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACAGAAGAACTGCATCCGCGTAc > 1:516987/1‑61 (MQ=255) ccTGGGGCGTGCCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACAGAAGAACTGCATCCGCGTAc > 1:86549/1‑61 (MQ=255) ccTGGGGCGTGCCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACAGAAGAACTGCATCCGCGTAc > 1:1769936/1‑61 (MQ=255) cTGGGGTGTACCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACGGAAGAGCTGCATCCGCGTACCCTTGAACt < 1:3168679/69‑1 (MQ=255) cTGGGGTGTACCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACGGAAGAGCTGCATCCGCGTACCCTTGAACt < 1:1302675/69‑1 (MQ=255) cTGGGGTGTACCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACGGAAGAGCTGCATCCGCGTACCCTTGAACt < 1:1283538/69‑1 (MQ=255) cTGGGGTGTACCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACGGAAGAGCTGCATCCGCGTACCCTTGAACt < 1:1034988/69‑1 (MQ=255) cTGGGGTGTACCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACGGAAGAGCTGCATCCGCGTACCCTTGAACt < 1:3254784/69‑1 (MQ=255) cTGGGGTGTACCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACGGAAGAGCTGCATCCGCGTACCCTTGAACt < 1:1672705/69‑1 (MQ=255) cTGGGGTGTACCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACGGAAGAGCTGCATCCGCGTACCCTTGAACt < 1:2948627/69‑1 (MQ=255) cTGGGGTGTACCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACGGAAGAGCTGCATCCGCGTACCCTTGAACt < 1:1914394/69‑1 (MQ=255) tGGGGTGTACCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACGGAAGAGCTGCATCCGCGTACCCTTGAACTg < 1:630574/69‑1 (MQ=255) ggTGTACCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACGGAAGAGCTGCATCCGCGTACCCTTGAACTg < 1:463372/66‑1 (MQ=255) tgtACCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACGGAAGAGCTGCATCCGCGTACCCTTGAACTGAt > 1:2726320/1‑66 (MQ=255) tACCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACGGAAGAGCTGCATCCGCGTACCCTTGAACTGATGgaag < 1:533156/69‑1 (MQ=255) tACCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACGGAAGAGCTGCATCCGCGTACCCTTGAACTGATGgaag < 1:2264271/69‑1 (MQ=255) tACCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACGGAAGAGCTGCATCCGCGTACCCTTGAACTGATGga > 1:651498/1‑67 (MQ=255) tACCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACGGAAGAGCTGCATCCGCGTACCCTTGAACTGATGga > 1:1392556/1‑67 (MQ=255) tACCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACGGAAGAGCTGCATCCGCGTACCCTTGAACTGATGga > 1:3314107/1‑67 (MQ=255) tACCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACGGAAGAGCTGCATCCGCGTACCCTTGAACTGATGga > 1:918846/1‑67 (MQ=255) tACCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACGGAAGAGCTGCATCCGCGTACCCTTGAACTGATGga > 1:2048193/1‑67 (MQ=255) | GCGTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTACCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACGGAAGAGCTGCATCCGCGTACCCTTGAACTGATGGAAG > minE/21418‑21551 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |