| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,584,700 | T→G | 35.9% | T60T (ACT→ACG) | cysZ → | predicted inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,584,700 | 0 | T | G | 35.9% | 58.2 / 79.4 | 92 | T60T (ACT→ACG) | cysZ | predicted inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (37/22); new base G (28/5); total (65/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.20e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.96e-01 | |||||||||||
TTTTGTTGATGGGGGGCGCATTCTGGTGGCTCTTTACACAGCTCGATGTCTGGATCCCGACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACAATGGCTGAGTTATCTGTTGTGGCCTCTGGCTGTCATC > minE/1584639‑1584766 | ttttGTTGATGGGGGGCGCATTCTGGTGGCTCTTTACACAGCTCGATGTCTGGATCCCGACTCTCATGa > 1:3368169/1‑69 (MQ=255)ttttGTTGATGGGGGGCGCATTCTGGTGGCTCTTTACACAGCTCGATGTCTGGATCCCGACTCTCATGa > 1:1656710/1‑69 (MQ=255) gttgATGGGGGGCGCATTCTGGTGGCTCTTTACACAGCTCGATGTCTGGATCCCGACTCTCATGAGtt < 1:3393248/68‑1 (MQ=255) gttgATGGGGGGCGCATTCTGGTGGCTCTTTACACAGCTCGATGTCTGGATCCCGACTCTCATGAGtt < 1:3233477/68‑1 (MQ=255) gttgATGGGGGGCGCATTCTGGTGGCTCTTTACACAGCTCGATGTCTGGATCCCGACTCTCATGAGtt < 1:1501015/68‑1 (MQ=255) gttgATGGGGGGCGCATTCTGGTGGCTCTTTACACAGCTCGATGTCTGGATCCCGACTCTCATGAGtt < 1:2109739/68‑1 (MQ=255) gttgATGGGGGGCGCATTCTGGTGGCTCTTTACACAGCTCGATGTCTGGATCCCGACTCTCATGAGtt < 1:1540765/68‑1 (MQ=255) cATTCTGGTGGCTCTTTACACAGCTCGATGTCTGGATCCCGACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTgg > 1:1351790/1‑68 (MQ=255) cATTCTGGTGGCTCTTTACACAGCTCGATGTCTGGATCCCGACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGc > 1:99375/1‑69 (MQ=255) cATTCTGGTGGCTCTTTACACAGCTCGATGTCTGGATCCCGACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGc > 1:3102091/1‑69 (MQ=255) cATTCTGGTGGCTCTTTACACAGCTCGATGTCTGGATCCCGACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGc > 1:3083086/1‑69 (MQ=255) cATTCTGGTGGCTCTTTACACAGCTCGATGTCTGGATCCCGACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGc > 1:2791060/1‑69 (MQ=255) cATTCTGGTGGCTCTTTACACAGCTCGATGTCTGGATCCCGACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGc > 1:2633070/1‑69 (MQ=255) cATTCTGGTGGCTCTTTACACAGCTCGATGTCTGGATCCCGACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGc > 1:2467445/1‑69 (MQ=255) cATTCTGGTGGCTCTTTACACAGCTCGATGTCAGGATCACGACTCTCAtca > 1:2568951/1‑49 (MQ=255) tCTGGTGGCTCTTTACACAGCTCGATGTCTGGATCCCGACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTAc < 1:1347821/69‑1 (MQ=255) cTGGTGGCTCTTTACACAGCTCGATGTCTGGATCCCGACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACa > 1:1098697/1‑69 (MQ=255) cTGGTGGCTCTTTACACAGCTCGATGTCTGGATCCCGACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACa > 1:2608994/1‑69 (MQ=255) cTGGTGGCTCTTTACACAGCTCGATGTCTGGATCCCGACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACa > 1:2653982/1‑69 (MQ=255) cTGGTGGCTCTTTACACAGCTCGATGTCTGGATCCCGACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACa > 1:2465096/1‑69 (MQ=255) cTGGTGGCTCTTTACACAGCTCGATGTCTGGATCCCGACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACa > 1:2349106/1‑69 (MQ=255) cTGGTGGCTCTTTACACAGCTCGATGTCTGGATCCCGACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACa > 1:276991/1‑69 (MQ=255) cTGGTGGCTCTTTACACAGCTCGATGTCTGGATCCCGACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACa > 1:2155589/1‑69 (MQ=255) cTGGTGGCTCTTTACACAGCTCGATGTCTGGATCCCGACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACa > 1:2060367/1‑69 (MQ=255) cTGGTGGCTCTTTACACAGCTCGATGTCTGGATCCCGACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACa > 1:569570/1‑69 (MQ=255) cTGGTGGCTCTTTACACAGCTCGATGTCTGGATCCCGACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACa > 1:3011016/1‑69 (MQ=255) cTGGTGGCTCTTTACACAGCTCGATGTCTGGATCCCGACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACa > 1:1258968/1‑69 (MQ=255) cTGGTGGCTCTTTACACAGCTCGATGTCTGGATCCCGACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACa > 1:681218/1‑69 (MQ=255) cTGGTGGCTCTTTACACAGCTCGATGTCTGGATCCCGACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACa > 1:3200632/1‑69 (MQ=255) 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cTCGATGTCTGGATCCCGACGCTCATGAGTTATGTTCCGGACTGGTTACAATGGCTGAGCTATCtgtt < 1:1631636/68‑1 (MQ=255) tGTCTGGATCCCGACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACAATGGCTGAGTTATCTGTTGTGGc < 1:2876874/68‑1 (MQ=255) tGTCTGGATCCCGACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACAATGGCTGAGTTATCTGTTGTGGc < 1:2895446/68‑1 (MQ=255) tGTCTGGATCCCGACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACAATGGCTGAGTTATCTGTTGTGGc < 1:3013761/68‑1 (MQ=255) tGGATCCCGACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACAATGGCTGAGTTATCTGTTGTGGCCTCTg > 1:2313864/1‑69 (MQ=255) tGGATCCCGACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACAATGGCTGAGTTATCTGTTGTGGCCTCTg > 1:2309420/1‑69 (MQ=255) tGGATCCCGACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACAATGGCTGAGTTATCTGTTGTGGCCTCTg > 1:3186400/1‑69 (MQ=255) tGGATCCCGACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACAATGGCTGAGTTATCTGTTGTGGCCTCTg > 1:1512148/1‑69 (MQ=255) tGGATCCCGACTCACATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACAATGGCTGAGTTATCTGTTGTGGCctct > 1:1599402/1‑68 (MQ=255) taTCCCGACGCTCATGAGTTATGTTCCGGACTGGTTACAATGGCTGAGCTATCTGTTGTGGCCCCTGGc > 1:1823269/2‑69 (MQ=255) 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aCTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACAATGGCTGAGTTATCTGTTGTGGCCTCTGGCTGTCAt < 1:3216630/68‑1 (MQ=255) tctcATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACAATGGCTGAGTTATCTGTTGTGGCCTCTGGCTGTCAt < 1:1630439/66‑1 (MQ=255) | TTTTGTTGATGGGGGGCGCATTCTGGTGGCTCTTTACACAGCTCGATGTCTGGATCCCGACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACAATGGCTGAGTTATCTGTTGTGGCCTCTGGCTGTCATC > minE/1584639‑1584766 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |