| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,584,725 | C→T | 31.8% | L69L (CTA→TTA) | cysZ → | predicted inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,584,725 | 0 | C | T | 31.8% | 63.1 / 33.6 | 72 | L69L (CTA→TTA) | cysZ | predicted inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (27/22); new base T (18/5); total (45/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.14e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.67e-01 | |||||||||||
CATTCTGGTGGCTCTTTACACAGCTCGATGTCTGGATCCCGACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACAATGGCTGAGTTATCTGTTGTGGCCTCTGGCTGTCATCTCTGTGCTGTTAGTG > minE/1584657‑1584781 | cATTCTGGTGGCTCTTTACACAGCTCGATGTCTGGATCCCGACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGc > 1:99375/1‑69 (MQ=255)cATTCTGGTGGCTCTTTACACAGCTCGATGTCTGGATCCCGACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGc > 1:2467445/1‑69 (MQ=255)cATTCTGGTGGCTCTTTACACAGCTCGATGTCTGGATCCCGACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGc > 1:2633070/1‑69 (MQ=255)cATTCTGGTGGCTCTTTACACAGCTCGATGTCTGGATCCCGACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGc > 1:2791060/1‑69 (MQ=255)cATTCTGGTGGCTCTTTACACAGCTCGATGTCTGGATCCCGACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGc > 1:3083086/1‑69 (MQ=255)cATTCTGGTGGCTCTTTACACAGCTCGATGTCTGGATCCCGACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGc > 1:3102091/1‑69 (MQ=255) tCTGGTGGCTCTTTACACAGCTCGATGTCTGGATCCCGACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTAc < 1:1347821/69‑1 (MQ=255) cTGGTGGCTCTTTACACAGCTCGATGTCTGGATCCCGACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACa > 1:2060367/1‑69 (MQ=255) cTGGTGGCTCTTTACACAGCTCGATGTCTGGATCCCGACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACa > 1:1258968/1‑69 (MQ=255) cTGGTGGCTCTTTACACAGCTCGATGTCTGGATCCCGACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACa > 1:2155589/1‑69 (MQ=255) cTGGTGGCTCTTTACACAGCTCGATGTCTGGATCCCGACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACa > 1:2349106/1‑69 (MQ=255) cTGGTGGCTCTTTACACAGCTCGATGTCTGGATCCCGACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACa > 1:2465096/1‑69 (MQ=255) cTGGTGGCTCTTTACACAGCTCGATGTCTGGATCCCGACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACa > 1:2608994/1‑69 (MQ=255) cTGGTGGCTCTTTACACAGCTCGATGTCTGGATCCCGACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACa > 1:681218/1‑69 (MQ=255) cTGGTGGCTCTTTACACAGCTCGATGTCTGGATCCCGACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACa > 1:2653982/1‑69 (MQ=255) cTGGTGGCTCTTTACACAGCTCGATGTCTGGATCCCGACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACa > 1:276991/1‑69 (MQ=255) cTGGTGGCTCTTTACACAGCTCGATGTCTGGATCCCGACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACa > 1:569570/1‑69 (MQ=255) cTGGTGGCTCTTTACACAGCTCGATGTCTGGATCCCGACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACa > 1:3011016/1‑69 (MQ=255) cTGGTGGCTCTTTACACAGCTCGATGTCTGGATCCCGACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACa > 1:1098697/1‑69 (MQ=255) cTGGTGGCTCTTTACACAGCTCGATGTCTGGATCCCGACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACa > 1:3200632/1‑69 (MQ=255) cTGGTGGCTCTTTACACAGCTCGATGTCTGGATCCCGACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACa > 1:3250385/1‑69 (MQ=255) gCTCTTTACACAGCTCGATGTCTGGATCCCGACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACAATgg > 1:2868340/1‑67 (MQ=255) gCTCTTTACACAGCTCGATGTCTGGATCCCGACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACAATgg > 1:2500654/1‑67 (MQ=255) gCTCTTTACACAGCTCGATGTCTGGATCCCGACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACAATgg > 1:500619/1‑67 (MQ=255) gCTCTTTACACAGCTCGATGTCTGGATCCCGACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACAATgg > 1:3260482/1‑67 (MQ=255) gCTCTTTACACAGCTCGATGTCTGGATCCCGACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACAATgg > 1:1060213/1‑67 (MQ=255) ctTTACACAGCTCGATGTCTGGATCCCGACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACAATGGCTGa > 1:1054691/1‑68 (MQ=255) ctTTACACAGCTCGATGTCTGGATCCCGACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACAATGGCTGa > 1:2495943/1‑68 (MQ=255) acTCGATGTCTGGATCCCGACGCTCATGAGTTATGTTCCGGACTGGTTACAATGGCTGAGCTATCtgtt < 1:1645628/68‑1 (MQ=255) acTCGATGTCTGGATCCCGACGCTCATGAGTTATGTTCCGGACTGGTTACAATGGCTGAGCTATCtgtt < 1:2552903/68‑1 (MQ=255) acTCGATGTCTGGATCCCGACGCTCATGAGTTATGTTCCGGACTGGTTACAATGGCTGAGCTATCtgtt < 1:2475477/68‑1 (MQ=255) cTCGATGTCTGGATCCCGACGCTCATGAGTTATGTTCCGGACTGGTTACAATGGCTGAGCTATCtgtt < 1:1631636/68‑1 (MQ=255) cTCGATGTCTGGATCCCGACGCTCATGAGTTATGTTCCGGACTGGTTACAATGGCTGAGCTATCtgtt < 1:476562/68‑1 (MQ=255) tGTCTGGATCCCGACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACAATGGCTGAGTTATCTGTTGTGGc < 1:3013761/68‑1 (MQ=255) tGTCTGGATCCCGACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACAATGGCTGAGTTATCTGTTGTGGc < 1:2895446/68‑1 (MQ=255) tGTCTGGATCCCGACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACAATGGCTGAGTTATCTGTTGTGGc < 1:2876874/68‑1 (MQ=255) tGGATCCCGACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACAATGGCTGAGTTATCTGTTGTGGCCTCTg > 1:1512148/1‑69 (MQ=255) tGGATCCCGACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACAATGGCTGAGTTATCTGTTGTGGCCTCTg > 1:3186400/1‑69 (MQ=255) tGGATCCCGACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACAATGGCTGAGTTATCTGTTGTGGCCTCTg > 1:2313864/1‑69 (MQ=255) tGGATCCCGACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACAATGGCTGAGTTATCTGTTGTGGCCTCTg > 1:2309420/1‑69 (MQ=255) tGGATCCCGACTCACATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACAATGGCTGAGTTATCTGTTGTGGCctct > 1:1599402/1‑68 (MQ=255) taTCCCGACGCTCATGAGTTATGTTCCGGACTGGTTACAATGGCTGAGCTATCTGTTGTGGCCCCTGGc > 1:1823269/2‑69 (MQ=255) gATCCCGACGCTCATGAGTTATGTTCCGGACTGGTTACAATGGCTGAGCTATCtgt > 1:2885525/1‑56 (MQ=255) gATCCCGACGCTCATGAGTTATGTTCCGGACTGGTTACAATGGCTGAGCTATCTGTTGTGGCCCCTgg > 1:1405565/1‑68 (MQ=255) gATCCCGACGCTCATGAGTTATGTTCCGGACTGGTTACAATGGCTGAGCTATCTGTTGTGGCCCCTgg > 1:1656231/1‑68 (MQ=255) gATCCCGACGCTCATGAGTTATGTTCCGGACTGGTTACAATGGCTGAGCTATCTGTTGTGGCCCCTGGc > 1:2936995/1‑69 (MQ=255) gATCCCGACGCTCATGAGTTATGTTCCGGACTGGTTACAATGGCTGAGCTATCTGTTGTGGCCCCTGGc > 1:1030209/1‑69 (MQ=255) gATCCCGACGCTCATGAGTTATGTTCCGGACTGGTTACAATGGCTGAGCTATCTGTTGTGGCCCCTGGc > 1:3093523/1‑69 (MQ=255) gATCCCGACGCTCATGAGTTATGTTCCGGACTGGTTACAATGGCTGAGCTATCTGTTGTGGCCCCTGGc > 1:1527644/1‑69 (MQ=255) gATCCCGACGCTCATGAGTTATGTTCCGGACTGGTTACAATGGCTGAGCTATCTGTTGTGGCCCCTGGc > 1:3261801/1‑69 (MQ=255) gATCCCGACGCTCATGAGTTATGTTCCGGACTGGTTACAATGGCTGAGCTATCTGTTGTGGCCCCTGGc > 1:509850/1‑69 (MQ=255) gATCCCGACGCTCATGAGTTATGTTCCGGACTGGTTACAATGGCTGAGCTATCTGTTGTGGCCCCTGGc > 1:584755/1‑69 (MQ=255) gATCCCGACGCTCATGAGTTATGTTCCGGACTGGTTACAATGGCTGAGCTATCTGTTGTGGCCCCTGGc > 1:2130018/1‑69 (MQ=255) gATCCCGACGCTCATGAGTTATGTTCCGGACTGGTTACAATGGCTGAGCTATCTGTTGTGGCCCCTGGc > 1:2931278/1‑69 (MQ=255) gATCCCGACGCTCATGAGTTATGTTCCGGACTGGTTACAATGGCTGAGCTATCTGTTGTGGCCCCTGGc > 1:1645437/1‑69 (MQ=255) gATCCCGACGCTCATGAGTTATGTTCCGGACTGGTTACAATGGCTGAGCTATCTGTTGTGGCCCCTGGc > 1:2290194/1‑69 (MQ=255) gATCCCGACGCTCATGAGTTATGTTCCGGACTGGTTACAATGGCTGAGCTATCTGTTGTGGCCCCTGGc > 1:1903735/1‑69 (MQ=255) gATCCCGACGCTCATGAGTTATGTTCCGGACTGGTTACAATGGCTGAGCTATCTGTTGTGGCCCCTGGc > 1:1912344/1‑69 (MQ=255) gATCCCGACGCTCATGAGTTATGTTCCGGACTGGTTACAATGGCTGAGCTATCTGTTGTGGCCCCTGGc > 1:1029222/1‑69 (MQ=255) cccGACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACAATGGCTGAGTTATCTGTTGTGGCCTCTGGCTGt > 1:1875702/1‑69 (MQ=255) gACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACAATGGCTGAGTTATCTGTTGTGGCCTCTGGCTGTCAt < 1:3258972/69‑1 (MQ=255) gACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACAATGGCTGAGTTATCTGTTGTGGCCTCTGGCTGTCAt < 1:2513585/69‑1 (MQ=255) gACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACAATGGCTGAGTTATCTGTTGTGGCCTCTGGCTGTCAt < 1:409736/69‑1 (MQ=255) gACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACAATGGCTGAGTTATCTGTTGTGGCCTCTGGCTGTCAt < 1:867232/69‑1 (MQ=255) gACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACAATGGCTGAGTTATCTGTTGTGGCCTCTGGCTGTCAt < 1:793840/69‑1 (MQ=255) gACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACAATGGCTGAGTTATCTGTTGTGGCCTCTGGCTGTCAt < 1:2332980/69‑1 (MQ=255) aCTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACAATGGCTGAGTTATCTGTTGTGGCCTCTGGCTGTCAtc < 1:2472598/69‑1 (MQ=255) aCTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACAATGGCTGAGTTATCTGTTGTGGCCTCTGGCTGTCAtc < 1:3245384/69‑1 (MQ=255) aCTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACAATGGCTGAGTTATCTGTTGTGGCCTCTGGCTGTCAtc < 1:1731478/69‑1 (MQ=255) aCTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACAATGGCTGAGTTATCTGTTGTGGCCTCTGGCTGTCAtc < 1:3400058/69‑1 (MQ=255) aCTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACAATGGCTGAGTTATCTGTTGTGGCCTCTGGCTGTCAtc < 1:1180467/69‑1 (MQ=255) aCTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACAATGGCTGAGTTATCTGTTGTGGCCTCTGGCTGTCAtc < 1:2721406/69‑1 (MQ=255) aCTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACAATGGCTGAGTTATCTGTTGTGGCCTCTGGCTGTCAt < 1:3216630/68‑1 (MQ=255) tctcATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACAATGGCTGAGTTATCTGTTGTGGCCTCTGGCTGTCAt < 1:1630439/66‑1 (MQ=255) aTGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACAATGGCTGAGTTATCTGTTGTGGCCTCTGGCTGTCAtc < 1:2346903/63‑1 (MQ=255) ttACGTTCCGGACTGGCTACAATGGCTGAGTTATCTGTTGTGGCCTCTGGCTGTCATCTCTGTGCTGtt < 1:1365534/69‑1 (MQ=255) ttCCGGACTGGCTACAATGGCTGAGTTATCTGTTGTGGCCTCTGGCTGTCATCTCTGTGCTGTTAgtg < 1:1910280/68‑1 (MQ=255) ggCTACAATGGCTGAGTTATCTGTTGTGGCCTCTGGCTGTCAt < 1:2353068/43‑1 (MQ=255) | CATTCTGGTGGCTCTTTACACAGCTCGATGTCTGGATCCCGACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACAATGGCTGAGTTATCTGTTGTGGCCTCTGGCTGTCATCTCTGTGCTGTTAGTG > minE/1584657‑1584781 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |