| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,584,739 | T→C | 37.7% | S73S (AGT→AGC) | cysZ → | predicted inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,584,739 | 0 | T | C | 37.7% | 30.0 / 37.8 | 61 | S73S (AGT→AGC) | cysZ | predicted inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (6/32); new base C (18/5); total (24/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.80e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.80e-01 | |||||||||||
GCTCGATGTCTGGATCCCGACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACAATGGCTGAGTTATCTGTTGTGGCCTCTGGCTGTCATCTCTGTGCTGTTAGTG > minE/1584679‑1584781 | acTCGATGTCTGGATCCCGACGCTCATGAGTTATGTTCCGGACTGGTTACAATGGCTGAGCTATCtgtt < 1:2475477/68‑1 (MQ=255)acTCGATGTCTGGATCCCGACGCTCATGAGTTATGTTCCGGACTGGTTACAATGGCTGAGCTATCtgtt < 1:2552903/68‑1 (MQ=255)acTCGATGTCTGGATCCCGACGCTCATGAGTTATGTTCCGGACTGGTTACAATGGCTGAGCTATCtgtt < 1:1645628/68‑1 (MQ=255) cTCGATGTCTGGATCCCGACGCTCATGAGTTATGTTCCGGACTGGTTACAATGGCTGAGCTATCtgtt < 1:476562/68‑1 (MQ=255) cTCGATGTCTGGATCCCGACGCTCATGAGTTATGTTCCGGACTGGTTACAATGGCTGAGCTATCtgtt < 1:1631636/68‑1 (MQ=255) tGTCTGGATCCCGACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACAATGGCTGAGTTATCTGTTGTGGc < 1:3013761/68‑1 (MQ=255) tGTCTGGATCCCGACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACAATGGCTGAGTTATCTGTTGTGGc < 1:2876874/68‑1 (MQ=255) tGTCTGGATCCCGACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACAATGGCTGAGTTATCTGTTGTGGc < 1:2895446/68‑1 (MQ=255) tGGATCCCGACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACAATGGCTGAGTTATCTGTTGTGGCCTCTg > 1:3186400/1‑69 (MQ=255) tGGATCCCGACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACAATGGCTGAGTTATCTGTTGTGGCCTCTg > 1:2309420/1‑69 (MQ=255) tGGATCCCGACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACAATGGCTGAGTTATCTGTTGTGGCCTCTg > 1:2313864/1‑69 (MQ=255) tGGATCCCGACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACAATGGCTGAGTTATCTGTTGTGGCCTCTg > 1:1512148/1‑69 (MQ=255) tGGATCCCGACTCACATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACAATGGCTGAGTTATCTGTTGTGGCctct > 1:1599402/1‑68 (MQ=255) taTCCCGACGCTCATGAGTTATGTTCCGGACTGGTTACAATGGCTGAGCTATCTGTTGTGGCCCCTGGc > 1:1823269/2‑69 (MQ=255) gATCCCGACGCTCATGAGTTATGTTCCGGACTGGTTACAATGGCTGAGCTATCtgt > 1:2885525/1‑56 (MQ=255) gATCCCGACGCTCATGAGTTATGTTCCGGACTGGTTACAATGGCTGAGCTATCTGTTGTGGCCCCTgg > 1:1656231/1‑68 (MQ=255) gATCCCGACGCTCATGAGTTATGTTCCGGACTGGTTACAATGGCTGAGCTATCTGTTGTGGCCCCTgg > 1:1405565/1‑68 (MQ=255) gATCCCGACGCTCATGAGTTATGTTCCGGACTGGTTACAATGGCTGAGCTATCTGTTGTGGCCCCTGGc > 1:2931278/1‑69 (MQ=255) gATCCCGACGCTCATGAGTTATGTTCCGGACTGGTTACAATGGCTGAGCTATCTGTTGTGGCCCCTGGc > 1:1029222/1‑69 (MQ=255) gATCCCGACGCTCATGAGTTATGTTCCGGACTGGTTACAATGGCTGAGCTATCTGTTGTGGCCCCTGGc > 1:3261801/1‑69 (MQ=255) gATCCCGACGCTCATGAGTTATGTTCCGGACTGGTTACAATGGCTGAGCTATCTGTTGTGGCCCCTGGc > 1:2936995/1‑69 (MQ=255) gATCCCGACGCTCATGAGTTATGTTCCGGACTGGTTACAATGGCTGAGCTATCTGTTGTGGCCCCTGGc > 1:3093523/1‑69 (MQ=255) gATCCCGACGCTCATGAGTTATGTTCCGGACTGGTTACAATGGCTGAGCTATCTGTTGTGGCCCCTGGc > 1:1030209/1‑69 (MQ=255) gATCCCGACGCTCATGAGTTATGTTCCGGACTGGTTACAATGGCTGAGCTATCTGTTGTGGCCCCTGGc > 1:2290194/1‑69 (MQ=255) gATCCCGACGCTCATGAGTTATGTTCCGGACTGGTTACAATGGCTGAGCTATCTGTTGTGGCCCCTGGc > 1:2130018/1‑69 (MQ=255) gATCCCGACGCTCATGAGTTATGTTCCGGACTGGTTACAATGGCTGAGCTATCTGTTGTGGCCCCTGGc > 1:1912344/1‑69 (MQ=255) gATCCCGACGCTCATGAGTTATGTTCCGGACTGGTTACAATGGCTGAGCTATCTGTTGTGGCCCCTGGc > 1:509850/1‑69 (MQ=255) gATCCCGACGCTCATGAGTTATGTTCCGGACTGGTTACAATGGCTGAGCTATCTGTTGTGGCCCCTGGc > 1:1903735/1‑69 (MQ=255) gATCCCGACGCTCATGAGTTATGTTCCGGACTGGTTACAATGGCTGAGCTATCTGTTGTGGCCCCTGGc > 1:1527644/1‑69 (MQ=255) gATCCCGACGCTCATGAGTTATGTTCCGGACTGGTTACAATGGCTGAGCTATCTGTTGTGGCCCCTGGc > 1:584755/1‑69 (MQ=255) gATCCCGACGCTCATGAGTTATGTTCCGGACTGGTTACAATGGCTGAGCTATCTGTTGTGGCCCCTGGc > 1:1645437/1‑69 (MQ=255) cccGACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACAATGGCTGAGTTATCTGTTGTGGCCTCTGGCTGt > 1:1875702/1‑69 (MQ=255) gACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACAATGGCTGAGTTATCTGTTGTGGCCTCTGGCTGTCAt < 1:409736/69‑1 (MQ=255) gACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACAATGGCTGAGTTATCTGTTGTGGCCTCTGGCTGTCAt < 1:867232/69‑1 (MQ=255) gACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACAATGGCTGAGTTATCTGTTGTGGCCTCTGGCTGTCAt < 1:793840/69‑1 (MQ=255) gACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACAATGGCTGAGTTATCTGTTGTGGCCTCTGGCTGTCAt < 1:2513585/69‑1 (MQ=255) gACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACAATGGCTGAGTTATCTGTTGTGGCCTCTGGCTGTCAt < 1:3258972/69‑1 (MQ=255) gACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACAATGGCTGAGTTATCTGTTGTGGCCTCTGGCTGTCAt < 1:2332980/69‑1 (MQ=255) aCTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACAATGGCTGAGTTATCTGTTGTGGCCTCTGGCTGTCAtc < 1:1731478/69‑1 (MQ=255) aCTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACAATGGCTGAGTTATCTGTTGTGGCCTCTGGCTGTCAtc < 1:2721406/69‑1 (MQ=255) aCTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACAATGGCTGAGTTATCTGTTGTGGCCTCTGGCTGTCAtc < 1:2472598/69‑1 (MQ=255) aCTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACAATGGCTGAGTTATCTGTTGTGGCCTCTGGCTGTCAtc < 1:3245384/69‑1 (MQ=255) aCTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACAATGGCTGAGTTATCTGTTGTGGCCTCTGGCTGTCAtc < 1:3400058/69‑1 (MQ=255) aCTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACAATGGCTGAGTTATCTGTTGTGGCCTCTGGCTGTCAtc < 1:1180467/69‑1 (MQ=255) aCTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACAATGGCTGAGTTATCTGTTGTGGCCTCTGGCTGTCAt < 1:3216630/68‑1 (MQ=255) tctcATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACAATGGCTGAGTTATCTGTTGTGGCCTCTGGCTGTCAt < 1:1630439/66‑1 (MQ=255) aTGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACAATGGCTGAGTTATCTGTTGTGGCCTCTGGCTGTCAtc < 1:2346903/63‑1 (MQ=255) ttACGTTCCGGACTGGCTACAATGGCTGAGTTATCTGTTGTGGCCTCTGGCTGTCATCTCTGTGCTGtt < 1:1365534/69‑1 (MQ=255) ttCCGGACTGGCTACAATGGCTGAGTTATCTGTTGTGGCCTCTGGCTGTCATCTCTGTGCTGTTAgtg < 1:1910280/68‑1 (MQ=255) ggCTACAATGGCTGAGTTATCTGTTGTGGCCTCTGGCTGTCAt < 1:2353068/43‑1 (MQ=255) tACAATGGCTGAGTTATCTGTTGTTGCCTCTGGCTGTCATCTCTGTGCTGt < 1:2435834/51‑1 (MQ=255) tACAATGGCTGAGTTATCTGTTGTGGCCTCTGGCTGTCATCTCTGTGCttt < 1:457044/51‑3 (MQ=255) tACAATGGCTGAGTTATCTGTTGTGGCCTCTGGCTGTCATCTCTGTGCTGt < 1:2992482/51‑1 (MQ=255) tACAATGGCTGAGTTATCTGTTGTGGCCTCTGGCTGTCATCTCTGTGCTGt < 1:2320672/51‑1 (MQ=255) tACAATGGCTGAGTTATCTGTTGTGGCCTCTGGCTGTCATCTCTGTGCTGt < 1:3292410/51‑1 (MQ=255) tACAATGGCTGAGTTATCTGTTGTGGCCTCTGGCTGTCATCTCTGTGCTGt < 1:2237124/51‑1 (MQ=255) tACAATGGCTGAGTTATCTGTTGTGGCCTCTGGCTGTCATCTCTGTGCTGt < 1:2218767/51‑1 (MQ=255) tACAATGGCTGAGTTATCTGTTGTGGCCTCTGGCTGTCATCTCTGTGCTGt < 1:2037225/51‑1 (MQ=255) tACAATGGCTGAGTTATCTGTTGTGGCCTCTGGCTGTCATCTCTGTGCTGt < 1:1623357/51‑1 (MQ=255) tACAATGGCTGAGTTATCTGTTGTGGCCTCTGGCTGTCATCTCTGTGCTGt < 1:1275435/51‑1 (MQ=255) tACAATGGCTGAGTTATCTGTTGTGGCCTCTGGCTGTCATCTCTGTGCTGt < 1:909903/51‑1 (MQ=255) | GCTCGATGTCTGGATCCCGACTCTCATGAGTTACGTTCCGGACTGGCTACAATGGCTGAGTTATCTGTTGTGGCCTCTGGCTGTCATCTCTGTGCTGTTAGTG > minE/1584679‑1584781 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |