| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,611,483 | G→A | 47.3% | Y85Y (TAC→TAT) | eutB ← | ethanolamine ammonia‑lyase, large subunit, heavy chain |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,611,483 | 0 | G | A | 47.3% | 8.9 / 79.5 | 93 | Y85Y (TAC→TAT) | eutB | ethanolamine ammonia‑lyase, large subunit, heavy chain |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (33/16); new base A (16/28); total (49/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.66e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.26e-01 | |||||||||||
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
CCACGCTGGTTTCATCGCTCAGCACATACTCACGCAGTTCGCTGATGCTCCAGTTTTTAATCTGGTTGTAGGCCGTTTCGTTAACATCGTCCTGAATCAGCCGCGTCACGCAGTCATCTTCATAGGCAAT > minE/1611416‑1611545 | ccACGCTGGTTTCATCGCTCAGCACATACTCACGCAGTTCGCTGATGCTCCAGTTTTTAATCTGGTTg < 1:1847624/68‑1 (MQ=255)ccACGCTGGTTTCATCGCTCAGCACATACTCACGCAGTTCGCTGATGCTCCAGTTTTTAATCTGGTTg < 1:1755019/68‑1 (MQ=255)ccACGCTGGTTTCATCGCTCAGCACATACTCACGCAGTTCGCTGATGCTCCAGTTTTTAATCTGGTTg < 1:2505592/68‑1 (MQ=255)ccACGCTGGTTTCATCGCTCAGCACATACTCACGCAGTTCGCTGATGCTCCAGTTTTTAATCTGGTTg < 1:2407905/68‑1 (MQ=255)ccACGCTGGTTTCATCGCTCAGCACATACTCACGCAGTTCGCTGATGCTCCAGTTTTTAATCTGGTTg < 1:3390996/68‑1 (MQ=255)ccACGCTGGTTTCATCGCTCAGCACATACTCACGCAGTTCGCTGATGCTCCAGTTTTTAATCTGGTTg < 1:562776/68‑1 (MQ=255)ccACGCTGGTTTCATCGCTCAGCACATACTCACGCAGTTCGCTGATGCTCCAGTTTTTAATCTGGTTg < 1:2074611/68‑1 (MQ=255) ttCATCGCTCAGCACATACTCACGCAGTTCGCTGATGCTCCAGTTTTTAATCTGGTTg > 1:1562858/1‑58 (MQ=255) ttCATCGCTCAGCACATACTCACGCAGTTCGCTGATGCTCCAGTTTTTAATCTGGTTg > 1:2591843/1‑58 (MQ=255) 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> 1:2281395/1‑69 (MQ=255) tCGCTGATGCTCCAGTTTTTAATCTGGTTGTAGGCCGTTTCGTTAACATCGTCCTGAATCAGCCGCGt > 1:2073365/1‑68 (MQ=255) tCGCTGATGCTCCAGTTTTTAATCTGGTTGTAGGCCGTTTCGTTAACATCGTCCTGAATCAGCCGCGt > 1:2722794/1‑68 (MQ=255) tCGCTGATGCTCCAGTTTTTAATCTGGTTGTAGGCCGTTTCGTTAACATCGTCCTGAATCAGCCGCGt > 1:3009566/1‑68 (MQ=255) tCGCTGATGCTCCAGTTTTTAATCTGGTTGTAGGCCGTTTCGTTAACATCGTCCTGAATCAGCCGCGt > 1:165508/1‑68 (MQ=255) tCGCTGATGCTCCAGTTTTTAATCTGGTTGTAGGCCGTTTCGTTAACATCGTCCTGAATCAGCCGCGt > 1:3241459/1‑68 (MQ=255) tCGCTGATGCTCCAGTTTTTAATCTGGTTGTAGGCCGTTTCGTTAACATCGTCCTGAATCAGCCGCGt > 1:409482/1‑68 (MQ=255) tCGCTGATGCTCCAGTTTTTAATCTGGTTGTAGGCCGTTTCGTTAACATCGTCCTGAATCAGCCGCGTc > 1:3164064/1‑69 (MQ=255) tCGCTGATGCTCCAGTTTTTAATCTGGTTGTAGGCCGTTTCGTTAACATCGTCCTGAATCAGCCGCGTc > 1:1135682/1‑69 (MQ=255) tCGCTGATGCTCCAGTTTTTAATCTGCTTGTAGGCCGTTTCGTTAACATCGTCCTGAATCAGCCGCGTc > 1:1442588/1‑69 (MQ=255) tCGCTGATGCTCCAGTATTTAATCTGGTTGTAGGCCGTTTCGTTAACATCGTCCTGAATCAGCCGCGt > 1:927425/1‑68 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |