| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,616,820 | G→A | 42.2% | N400N (AAC→AAT) | eutE ← | predicted aldehyde dehydrogenase, ethanolamine utilization protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,616,820 | 0 | G | A | 42.2% | 24.3 / 50.5 | 71 | N400N (AAC→AAT) | eutE | predicted aldehyde dehydrogenase, ethanolamine utilization protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (25/16); new base A (14/16); total (39/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.34e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.80e-01 | |||||||||||
CACGGTCCGTTCTTAACGAAAATGCTGGTATCAATAGCATTCGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATGTTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAGTTTCACCGCTAGCGCAATGG > minE/1616755‑1616884 | cACGGTCCGTTCTTAACGAAAATGCTGGTATCAATAGCATTCGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATGtt > 1:2342863/1‑68 (MQ=255)cACGGTCCGTTCTTAACGAAAATGCTGGTATCAATAGCATTCGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATGTTg > 1:1252758/1‑69 (MQ=255)cACGGTCCGTTCTTAACGAAAATGCTGGTATCAATAGCATTCGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATGTTg > 1:2836044/1‑69 (MQ=255)cACGGTCCGTTCTTAACGAAAATGCTGGTATCAATAGCATTCGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATGTTg > 1:2596444/1‑69 (MQ=255) ccGTTCTTAACGAAAATGCTGGTATCAATAGCATTCGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATGTTGCGCGAg > 1:569351/1‑69 (MQ=255) ccGTTCTTAACGAAAATGCTGGTATCAATAGCATTCGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATGTTGCGCGAg > 1:894611/1‑69 (MQ=255) ccGTTCTTAACGAAAATGCTGGTATCAATAGCATTCGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATGTTGCGCGAg > 1:1009141/1‑69 (MQ=255) cGTTCTTAACGAAAATGCTGGTATCAATAGCATTCGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATGTTGCGCGAg > 1:2975501/1‑68 (MQ=255) cGTTCTTAACGAAAATGCTGGTATCAATAGCATTCGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATGTTGCGCGAg > 1:2030139/1‑68 (MQ=255) cGTTCTTAACGAAAATGCTGGTATCAATAGCATTCGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATGTTGCGCGAg > 1:409423/1‑68 (MQ=255) aCGAAAATGCTGGTATCAATAGCATTCGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATGTTGCGCGAGTGCATTgcc > 1:2114002/1‑69 (MQ=255) aCGAAAATGCTGGTATCAATAGCATTCGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATGTTGCGCGAGTGCATTgcc > 1:1740/1‑69 (MQ=255) aCGAAAATGCTGGTATCAATAGCATTCGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATGTTGCGCGAGTGCATTgcc > 1:406291/1‑69 (MQ=255) aCGAAAATGCTGGTATCAATAGCATTCGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATGTTGCGCGAGTGCATTgcc > 1:42080/1‑69 (MQ=255) gTATCAATGGCGTTCGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATATTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTgtggtg > 1:2063560/1‑68 (MQ=255) gTATCAATGGCGTTCGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATATTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTgtggtg > 1:410201/1‑68 (MQ=255) gTATCAATGGCGTTCGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATATTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTgtggtg > 1:2583376/1‑68 (MQ=255) gTATCAATGGCGTTCGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATATTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTgtggtg > 1:353609/1‑68 (MQ=255) gTATCAATGGCGTTCGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATATTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTgtggtg > 1:59157/1‑68 (MQ=255) gTATCAATGGCGTTCGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATATTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTgtggtg > 1:2660220/1‑68 (MQ=255) gTATCAATGGCGTTCGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATATTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTgtggtg > 1:639393/1‑68 (MQ=255) gTATCAATGGCGTTCGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATATTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTgtggtg > 1:1435990/1‑68 (MQ=255) gTATCAATGGCGTTCGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATATTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTgtggtg > 1:2765657/1‑68 (MQ=255) gTATCAATGGCGTTCGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATATTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTgtggtg > 1:3025239/1‑68 (MQ=255) gTATCAATGGCGTTCGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATATTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTgtggtg > 1:133711/1‑68 (MQ=255) gTATCAATGGCGTTCGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATATTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTgtggtg > 1:869154/1‑68 (MQ=255) gTATCAATGGCGTTCGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATATTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTgtggt > 1:306980/1‑67 (MQ=255) gTATCAATGGCGTTCGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATATTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTgtggt > 1:899438/1‑67 (MQ=255) tCAATAGCATTCGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATGTTGCGCGAGTg > 1:2381292/1‑47 (MQ=255) cGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATGTTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAg > 1:2458952/1‑69 (MQ=255) cGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATGTTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAg > 1:366100/1‑69 (MQ=255) cGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATGTTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAg > 1:2058865/1‑69 (MQ=255) cGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATGTTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAg > 1:1885287/1‑69 (MQ=255) cGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATGTTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAg > 1:1849369/1‑69 (MQ=255) cGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATGTTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAg > 1:1352433/1‑69 (MQ=255) tCTGGTTCATGTTTTCGATGTTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAGTTTCa < 1:1577152/69‑1 (MQ=255) tGGTTCATGTTTTCGATGTTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAGTTTCAcc > 1:3325775/1‑69 (MQ=255) tGGTTCATGTTTTCGATGTTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAGTTTCAc > 1:1384478/1‑68 (MQ=255) gTTCATGTTTTCGATGTTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAGTTTCAcc > 1:645615/1‑67 (MQ=255) ttCATGTTTTCGATATTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAGTTTCACCGc < 1:2752539/68‑1 (MQ=255) tCATGTTTTCGATGTTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAGTTTCAcc < 1:3178746/65‑1 (MQ=255) tCATGTTTTCGATGTTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAGTTTCAcc < 1:1197080/65‑1 (MQ=255) tCATGTTTTCGATGTTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAGTTTCAcc < 1:1908690/65‑1 (MQ=255) tCATGTTTTCGATGTTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAGTTTCAcc < 1:3359745/65‑1 (MQ=255) tCATGTTTTCGATGTTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAGTTTCAcc < 1:877617/65‑1 (MQ=255) tCATGTTTTCGATGTTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAGTTTCAcc < 1:588470/65‑1 (MQ=255) tCATGTTTTCGATGTTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAGTTTCAcc < 1:1219829/65‑1 (MQ=255) tCATGTTTTCGATGTTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAGTTTCAcc < 1:2007521/65‑1 (MQ=255) tCATGTTTTCGATGTTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAGTTTCAcc < 1:782572/65‑1 (MQ=255) tCATGTTTTCGATGTTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAGTTTCAcc < 1:747710/65‑1 (MQ=255) tCATGTTTTCGATGTTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAGTTTCAcc < 1:2045029/65‑1 (MQ=255) tCATGTTTTCGATGTTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAGTTTCAcc < 1:532795/65‑1 (MQ=255) tCATGTTTTCGATGTTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAGTTTCAcc < 1:477354/65‑1 (MQ=255) tCATGTTTTCGATATTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAGTTTCACCGc < 1:1383227/67‑1 (MQ=255) tCATGTTTTCGATATTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAGTTTCACCGc < 1:1054444/67‑1 (MQ=255) tCATGTTTTCGATATTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAGTTTCACCGc < 1:698810/67‑1 (MQ=255) tCATGTTTTCGATATTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAGTTTCACCGc < 1:821680/67‑1 (MQ=255) tCATGTTTTCGATATTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAGTTTCACCGc < 1:869749/67‑1 (MQ=255) tCATGTTTTCGATATTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAGTTTCACCGc < 1:893212/67‑1 (MQ=255) tCATGTTTTCGATATTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAGTTTCACCGc < 1:2821562/67‑1 (MQ=255) tCATGTTTTCGATATTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAGTTTCACCGc < 1:1769986/67‑1 (MQ=255) tCATGTTTTCGATATTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAGTTTCACCGc < 1:2010858/67‑1 (MQ=255) tCATGTTTTCGATATTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAGTTTCACCGc < 1:2111044/67‑1 (MQ=255) tCATGTTTTCGATATTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAGTTTCACCGc < 1:399423/67‑1 (MQ=255) tCATGTTTTCGATATTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAGTTTCACCGc < 1:2513729/67‑1 (MQ=255) tCATGTTTTCGATATTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAGTTTCACCGc < 1:3353209/67‑1 (MQ=255) tCATGTTTTCGATATTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAGTTTCACCGc < 1:2591534/67‑1 (MQ=255) cATGTTTTCGATGTTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAGTTTCAcc < 1:2366646/64‑1 (MQ=255) cATGTTTTCGATGTTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAGTTTCAcc < 1:2711359/64‑1 (MQ=255) cATGTTTTCGATATTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAGTTTCACCGc < 1:2117294/66‑1 (MQ=255) cGATGTTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAGTTTCACCGCTAGCGCAATgg > 1:3390997/1‑69 (MQ=255) | CACGGTCCGTTCTTAACGAAAATGCTGGTATCAATAGCATTCGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATGTTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAGTTTCACCGCTAGCGCAATGG > minE/1616755‑1616884 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |