| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,629,190 | G→A | 57.0% | T186M (ACG→ATG) | yffH ← | predicted NUDIX hydrolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,629,190 | 0 | G | A | 57.0% | 30.3 / 88.2 | 113 | T186M (ACG→ATG) | yffH | predicted NUDIX hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (23/25); new base A (27/37); total (51/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.70e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.86e-01 | |||||||||||
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
TTTGTCGGATTGAGCCAATAATAAACAACGAAATATTATTGTTATTTTTCAGTCCATTAAATGTGACGTTTGCAAATAGTTAAGCAATAACACCGTCTTACCGTCACGTATCTCGCCGGTTTTGATCATCTCCAGC > minE/1629123‑1629258 | tttGTCGGATTGAGCCAATAATAAACAACGAAATATTATTGTTATTTTTCAGTCCATTAAATGTGACGt > 1:1945816/1‑69 (MQ=255)tttGTCGGATTGAGCCAATAATAAACAACGAAATATTATTGTTATTTTTCAGTCCATTAAATGTGACGt > 1:1199348/1‑69 (MQ=255)tttGTCGGATTGAGCCAATAATAAACAACGAAATATTATTGTTATTTTTCAGTCCATTAAATGTGACGt > 1:1544495/1‑69 (MQ=255) tGTCGGATTGAGCGAATAATAAACAACGAAATATTATTGTTATTTTTCAGTCCATTAAATGTGACAttt < 1:2867453/69‑1 (MQ=255) tGTCGGATTGAGCCAATAATAAACAACGAAATATTATTGTTATTTTTCAGTCCATTAAATGTGACAttt < 1:2321416/69‑1 (MQ=255) tGTCGGATTGAGCCAATAATAAACAACGAAATATTATTGTTATTTTTCAGTCCATTAAATGTGACAttt < 1:2726963/69‑1 (MQ=255) tGTCGGATTGAGCCAATAATAAACAACGAAATATTATTGTTATTTTTCAGTCCATTAAATGTGACAttt < 1:65699/69‑1 (MQ=255) tGTCGGATTGAGCCAATAATAAACAACGAAATATTATTGTTATTTTTCAGTCCATTAAATGTGACAttt < 1:1552167/69‑1 (MQ=255) tGTCGGATTGAGCCAATAATAAACAACGAAATATTATTGTTATTTTTCAGTCCATTAAATGTGACAttt < 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> minE/1629123‑1629258 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |