| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,631,650 | T→C | 43.5% | Q48Q (CAA→CAG) | aegA ← | fused predicted FeS binding subunit and predicted NAD/FAD‑binding subunit of oxidoreductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,631,650 | 0 | T | C | 43.5% | 43.3 / 130.4 | 161 | Q48Q (CAA→CAG) | aegA | fused predicted FeS binding subunit and predicted NAD/FAD‑binding subunit of oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (50/41); new base C (52/18); total (102/59) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.35e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 | |||||||||||
Only 100 of 161 total aligned reads displayed.
AGGGCAGCTACGGGCGCAGGGCGCATCTTCACAATGGTGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTGTTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGGTGTTGGCTCAGGACATGTTGCTCATCAT > minE/1631587‑1631714 | aGGGCAGCTACGGGCGCAGGGCGCATCTTCACAATGGTGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTGTTGATg > 1:754348/1‑69 (MQ=255) gCTACGGGCGCAGGGCGCATCTTCACAATGGTGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTGTTGATGTTTGAt > 1:1353006/1‑69 (MQ=255) gcgcagggcgcaTCTTCACAATGGTGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTGCTGAt > 1:2123406/1‑55 (MQ=255) gcgcagggcgcaTCTTCACAATGGTGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTGCTGATGTTTGATAACCGTa > 1:1483418/1‑69 (MQ=255) gcgcagggcgcaTCTTCACAATGGTGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTGCTGATGTTTGATAACCGTa > 1:1932603/1‑69 (MQ=255) gcgcagggcgcaTCTTCACAATGGTGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTGCTGATGTTTGATAACCGTa > 1:296281/1‑69 (MQ=255) gcgcagggcgcaTCTTCACAATGGTGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTGCTGATGTTTGATAACCGTa > 1:2825931/1‑69 (MQ=255) gcgcagggcgcaTCTTCACAATGGTGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTGCTGATGTTTGATAACCGTa > 1:1581244/1‑69 (MQ=255) gcgcagggcgcaTCTTCACAATGGTGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTGCTGATGTTTGATAACCGTa > 1:3110851/1‑69 (MQ=255) gcgcagggcgcaTCTTCACAATGGTGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTGCTGATGTTTGATAACCGTa > 1:534336/1‑69 (MQ=255) gcgcagggcgcaTCTTCACAATGGTGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTGCTGATGTTTGATAACCGTa > 1:1166575/1‑69 (MQ=255) gcgcagggcgcaTCTTCACAATGGTGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTGCTGATGTTTGATAACCGTa > 1:592635/1‑69 (MQ=255) gcgcagggcgcaTCTTCACAATGGTGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTGCTGATGTTTGATAACCGTa > 1:706226/1‑69 (MQ=255) gcgcagggcgcaTCTTCACAATGGTGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTGCTGATGTTTGATAACCGTa > 1:717088/1‑69 (MQ=255) gcgcagggcgcaTCTTCACAATGGTGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTGCTGATGTTTGATAACCGTa > 1:1785277/1‑69 (MQ=255) gcgcagggcgcaTCTTCACAATGGTGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTGCTGATGTTTGATAACCGTa > 1:1855075/1‑69 (MQ=255) ttCACAATGGTGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTTCTGATGTTTg < 1:1756814/46‑1 (MQ=38) ttCACAATGGTGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTGTTGATGTTTGATAACCg > 1:972681/1‑53 (MQ=255) ttCACAATGGTGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTGTTGATGTTTGATAACCGt > 1:1942075/1‑54 (MQ=255) ttCACAATGGTGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTGTTGATGTTTGATAACCGt > 1:1901540/1‑54 (MQ=255) ttCACAATGGTGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTGTTGATGTTTGATAACCGt > 1:2990811/1‑54 (MQ=255) ttCACAATGGTGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTGTTGATGTTTGATAACCGt > 1:2453443/1‑54 (MQ=255) ttCACAATGGTGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTGTTGATGTTTGATAACCGt > 1:1796357/1‑54 (MQ=255) ttCACAATGGTGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTGTTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGaaa > 1:1547967/1‑69 (MQ=255) ttCACAATGGTGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTGTTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGaaa > 1:135165/1‑69 (MQ=255) ttCACAATGGTGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTGCTGATGTTTg < 1:1990753/46‑1 (MQ=255) ttCACAATGGTGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTGCTGATGTTTg < 1:301668/46‑1 (MQ=255) ttCACAATGGTGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTGCTGATGTTTg < 1:2746830/46‑1 (MQ=255) ttCACAATGGTGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTGCTGATGTTTg < 1:2582680/46‑1 (MQ=255) ttCACAATGGTGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTGCTGATGTTTg < 1:2344187/46‑1 (MQ=255) ttCACAATGGTGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTGCTGATGTTTg < 1:3216990/46‑1 (MQ=255) ttCACAATGGTGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTGCTGATGTTTg < 1:1110648/46‑1 (MQ=255) ttCACAATGGTGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTGCTGATGTTTg < 1:1495965/46‑1 (MQ=255) ttCACAATGGTGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTGCTGATGTTTg < 1:1133412/46‑1 (MQ=255) ttCACAATGGTGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTGCTGATGTTTg < 1:500379/46‑1 (MQ=255) ttCACAATGGTGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTGCTGATGTTTg < 1:554765/46‑1 (MQ=255) aTGGTGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTGCTGATGttt > 1:156853/1‑39 (MQ=255) aTGGTGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTGCTGATGTTTGAt > 1:368790/1‑42 (MQ=255) aTGGTGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTGCTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGgtg > 1:2497731/1‑69 (MQ=255) aTGGTGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTGCTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGgtg > 1:3059060/1‑69 (MQ=255) aTGGTGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTGCTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGgtg > 1:1010189/1‑69 (MQ=255) aTGGTGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTGCTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGgtg > 1:2670860/1‑69 (MQ=255) aTGGTGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTGCTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGgtg > 1:2695340/1‑69 (MQ=255) aTGGTGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTGCTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGgtg > 1:411123/1‑69 (MQ=255) aTGGTGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTGCTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGgtg > 1:393050/1‑69 (MQ=255) aTGGTGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTGCTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGgtg > 1:3418142/1‑69 (MQ=255) aTGGTGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTGCTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGgtg > 1:3327329/1‑69 (MQ=255) aTGGTGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTGCTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGgtg > 1:1867226/1‑69 (MQ=255) aTGGTGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTGCTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGgtg > 1:1671949/1‑69 (MQ=255) aTGGTGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTGCTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGgtg > 1:1712596/1‑69 (MQ=255) aTGGTGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTGCTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGgtg > 1:1253638/1‑69 (MQ=255) aTGGTGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTGCTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGgtg > 1:1838134/1‑69 (MQ=255) aTGGTGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTGCTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGgtg > 1:1165788/1‑69 (MQ=255) aTGGTGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTGCTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGgtg > 1:2051156/1‑69 (MQ=255) aTGGTGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTGCTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGgtg > 1:2281341/1‑69 (MQ=255) aTGGTGACAGGTCACTGAACTACGTTGCTGCTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGgtg > 1:333591/1‑69 (MQ=255) tGGTGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTGTTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGgtgt > 1:2451353/1‑69 (MQ=255) tGGTGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTGTTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGgtgt > 1:3099585/1‑69 (MQ=255) tGGTGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTGTTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGgtgt > 1:3007820/1‑69 (MQ=255) tGGTGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTGTTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGgtgt > 1:297841/1‑69 (MQ=255) cACTGCACTACGTTGCTGTTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGGTGTTGGCTCAGGAc > 1:3086940/1‑69 (MQ=255) tGCACTACGTTGGTGTTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGGTGTTGGCTCAGGAGATg > 1:1859414/1‑69 (MQ=255) tGCACTACGTTGCTGTTGATGTTTGATAACCGTAATTCgggg > 1:265828/1‑42 (MQ=255) tGCACTACGTTGCTGTTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGGTGTTGGCTCAGGACAt > 1:1744364/1‑68 (MQ=255) tGCACTACGTTGCTGTTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGGTGTTGGCTCAGGACATg > 1:354694/1‑69 (MQ=255) tGCACTACGTTGCTGTTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGGTGTTGGCTCAGGACATg > 1:3057666/1‑69 (MQ=255) tGCACTACGTTGCTGTTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGGTGTTGGCTCAGGACATg > 1:1209244/1‑69 (MQ=255) cTACGTTGCTGTTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAATTGGTGTTGGCTCAGGACATGTTg < 1:1729663/68‑1 (MQ=255) cTACGTTGCTGTTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGGTGTTGGCTCAGGACATGTTg < 1:2286337/68‑1 (MQ=255) cTACGTTGCTGTTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGGTGTTGGCTCAGGACATGTTg < 1:2214346/68‑1 (MQ=255) cTACGTTGCTGTTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGGTGTTGGCTCAGGACATGTTg < 1:3280271/68‑1 (MQ=255) cTACGTTGCTGTTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGGTGTTGGCTCAGGACATGTTg < 1:1373113/68‑1 (MQ=255) cTACGTTGCTGTTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGGTGTTGGCTCAGGACATGTTg < 1:1148389/68‑1 (MQ=255) cTACGTTGCTGTTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGGTGTTGGCTCAGGACATGTTg < 1:656229/68‑1 (MQ=255) cTACGTTGCTGTTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGGTGTTGGCTCAGGACATGTTg < 1:682822/68‑1 (MQ=255) 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ttGCTGTTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGGTGTTGGCTCAGGACAt < 1:2793452/59‑1 (MQ=255) ttGCTGTTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGGTGTTGGCTCAGGACAt < 1:3410330/59‑1 (MQ=255) ttGCTGTTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGGTGTTGGCTCAGGACATGTTGCtcatc > 1:2863461/1‑69 (MQ=255) ttGCTGTTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGGTGTTGGCTCAGGACATGTTGCtcatc > 1:801676/1‑69 (MQ=255) ttGCTGTTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGGTGTTGGCTCAGGACATGTTGCtcatc > 1:1087990/1‑69 (MQ=255) tGCTGTTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGGTGTTGGCTCAGGACAt < 1:3083735/58‑1 (MQ=255) gCTGTTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGGTGTTGGCTCAGGACATGTTGCTcatcat < 1:1904853/69‑1 (MQ=255) gCTGTTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGGTGTTGGCTCAGGACATGTTGCTcatcat < 1:2585051/69‑1 (MQ=255) gCTGTTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGGTGTTGGCTCAGGACATGTTGCTcatcat < 1:3089564/69‑1 (MQ=255) gCTGTTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGGTGTTGGCTCAGGACATGTTGCTcatcat < 1:3147114/69‑1 (MQ=255) gCTGTTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGGTGTTGGCTCAGGACATGTTGCTcatcat < 1:2294845/69‑1 (MQ=255) gCTGTTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGGTGTTGGCTCAGGACATGTTGCTcatcat < 1:1395526/69‑1 (MQ=255) gCTGTTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGGTGTTGGCTCAGGACATGTTGCTcatcat < 1:3384469/69‑1 (MQ=255) gCTGTTGATGTTTGATAACCGCAATTCGGGGATGAAAATGGTGTTGGCTCAGGACATGTTGCTcatcat < 1:2076224/69‑1 (MQ=255) | AGGGCAGCTACGGGCGCAGGGCGCATCTTCACAATGGTGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTGTTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGGTGTTGGCTCAGGACATGTTGCTCATCAT > minE/1631587‑1631714 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |