| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,646,159 | A→G | 53.5% | intergenic (‑131/‑15) | dapA ← / → gcvR | dihydrodipicolinate synthase/DNA‑binding transcriptional repressor, regulatory protein accessory to GcvA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,646,159 | 0 | A | G | 53.5% | 18.3 / 97.8 | 116 | intergenic (‑131/‑15) | dapA/gcvR | dihydrodipicolinate synthase/DNA‑binding transcriptional repressor, regulatory protein accessory to GcvA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (8/46); new base G (43/19); total (51/65) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.48e-09 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
CTGATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGATCACTGCGTTG > minE/1646104‑1646215 | cTGATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTGAAGGAATAACGAg < 1:950865/69‑1 (MQ=255)cTGATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTGAAGGAATAACCAg < 1:1071568/69‑1 (MQ=255)cTGATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTGAAGGAATAACCAg < 1:785027/69‑1 (MQ=255)cTGATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTGAAGGAATAACCAg < 1:745168/69‑1 (MQ=255)cTGATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTGAAGGAATAACCAg < 1:625069/69‑1 (MQ=255)cTGATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTGAAGGAATAACCAg < 1:536226/69‑1 (MQ=255)cTGATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTGAAGGAATAACCAg < 1:468285/69‑1 (MQ=255)cTGATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTGAAGGAATAACCAg < 1:359402/69‑1 (MQ=255)cTGATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTGAAGGAATAACCAg < 1:35041/69‑1 (MQ=255)cTGATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTGAAGGAATAACCAg < 1:3193095/69‑1 (MQ=255)cTGATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTGAAGGAATAACCAg < 1:289235/69‑1 (MQ=255)cTGATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTGAAGGAATAACCAg < 1:2713070/69‑1 (MQ=255)cTGATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTGAAGGAATAACCAg < 1:2709163/69‑1 (MQ=255)cTGATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTGAAGGAATAACCAg < 1:258495/69‑1 (MQ=255)cTGATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTGAAGGAATAACCAg < 1:2420406/69‑1 (MQ=255)cTGATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTGAAGGAATAACCAg < 1:174061/69‑1 (MQ=255)cTGATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTGAAGGAATAACCAg < 1:1376731/69‑1 (MQ=255)cTGATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAg < 1:2400392/69‑1 (MQ=255)cTGATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAg > 1:510994/1‑69 (MQ=255)cTGATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAg < 1:483795/69‑1 (MQ=255)cTGATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCACTTAAAGGAATAACCAg > 1:1712789/1‑69 (MQ=255) tgttgtATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGttt < 1:2595340/67‑1 (MQ=255) tgttgtATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGttt < 1:1702818/67‑1 (MQ=255) tgttgtATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGa < 1:2505582/69‑1 (MQ=255) tgttgtATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGa < 1:632922/69‑1 (MQ=255) gttgtATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGa < 1:3051586/68‑1 (MQ=255) cATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCa > 1:1032159/1‑54 (MQ=255) cATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCa > 1:3294973/1‑54 (MQ=255) cATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCa > 1:857101/1‑54 (MQ=255) cATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCa > 1:1818748/1‑54 (MQ=255) cATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCa > 1:152316/1‑54 (MQ=255) cATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGac < 1:2914563/61‑1 (MQ=255) cATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGac < 1:2499761/61‑1 (MQ=255) cATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGac < 1:1791858/61‑1 (MQ=255) cATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGac < 1:2199261/61‑1 (MQ=255) cATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGac < 1:225980/61‑1 (MQ=255) gTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCCCCCCTTGAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGc > 1:2091305/1‑69 (MQ=255) gTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTGAAGGAATAACCAg > 1:691058/1‑52 (MQ=255) gTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTGAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCg > 1:896555/1‑68 (MQ=255) gTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTGAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGc > 1:2907676/1‑69 (MQ=255) gTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTGAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGc > 1:2750447/1‑69 (MQ=255) gTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTGAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGc > 1:3201444/1‑69 (MQ=255) gTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTGAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGc > 1:1812405/1‑69 (MQ=255) gTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTGAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGc > 1:1617246/1‑69 (MQ=255) gTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTGAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGc > 1:3210745/1‑69 (MQ=255) gTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTGAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGc > 1:920728/1‑69 (MQ=255) gTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTGAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGc > 1:2602645/1‑69 (MQ=255) gTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTGAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGc > 1:2018625/1‑69 (MQ=255) gTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTGAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGc > 1:658076/1‑69 (MQ=255) gTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTGAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGc > 1:56591/1‑69 (MQ=255) gTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTGAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGc > 1:2352552/1‑69 (MQ=255) gTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTGAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGc > 1:2331596/1‑69 (MQ=255) gTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTGAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGc > 1:540750/1‑69 (MQ=255) gTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTGAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGc > 1:2277688/1‑69 (MQ=255) gTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTGAAGGAATAACCAGTTTGACAATGTCATCGc > 1:3423098/1‑69 (MQ=255) ttttttttATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACt < 1:977655/60‑1 (MQ=255) ttttttttATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACt < 1:1883736/60‑1 (MQ=255) ttttttttATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACt < 1:223593/60‑1 (MQ=255) ttttttttATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACt < 1:1897594/60‑1 (MQ=255) ttttttttATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACt < 1:2053277/60‑1 (MQ=255) ttttttttATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACt < 1:1657729/60‑1 (MQ=255) aTGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTGAAGGa > 1:393130/1‑35 (MQ=255) aTGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTGAAGGAATAACCAGTTTGaca > 1:659234/1‑50 (MQ=255) aTGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTGAAGGAATAACCAGTTTGaca > 1:2115642/1‑50 (MQ=255) aTGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTGAAGGAATAACCAGTTTGaca > 1:810678/1‑50 (MQ=255) aTGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTGAAGGAATAACCAGTTTGaca > 1:1295089/1‑50 (MQ=255) aTGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTGAAGGAATAACCAGTTTGaca > 1:1674611/1‑50 (MQ=255) aTGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTGAAGGAATAACCAGTTTGaca > 1:675048/1‑50 (MQ=255) aTGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTGAAGGAATAACCAGTTTGaca > 1:396829/1‑50 (MQ=255) aTGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTGAAGGAATAACCAGTTTGaca > 1:1422549/1‑50 (MQ=255) aTGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTGAAGGAATAACCAGTTTGaca > 1:1440454/1‑50 (MQ=255) aTGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTGAAGGAATAACCAGTTTGaca > 1:30175/1‑50 (MQ=255) aTGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTGAAGGAATAACCAGTTTGaca > 1:3068630/1‑50 (MQ=255) aTGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTGAAGGAATAACCAGTTTGaca > 1:3192710/1‑50 (MQ=255) aTGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTGAAGGAATAACCAGTTTGaca > 1:1451966/1‑50 (MQ=255) aTGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTGAAGGAATAACCAGTTTGaca > 1:2742422/1‑50 (MQ=255) aTGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTGAAGGAATAACCAGTTTGaca > 1:3202589/1‑50 (MQ=255) aTGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTGAAGGAATAACCAGTTTGaca > 1:2645905/1‑50 (MQ=255) aTGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTGAAGGAATAACCAGTTTGaca > 1:358521/1‑50 (MQ=255) aTGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTGAAGGAATAACCAGTATGaca > 1:513095/1‑50 (MQ=255) tGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATc < 1:477965/68‑1 (MQ=255) tGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATc < 1:2405104/68‑1 (MQ=255) tGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATc < 1:343479/68‑1 (MQ=255) cTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGAt < 1:2029773/68‑1 (MQ=255) ttAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGATc < 1:908850/68‑1 (MQ=255) ttAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGATc < 1:2628896/68‑1 (MQ=255) tAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGATCAc < 1:744498/69‑1 (MQ=255) tAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGATCAc < 1:1411492/69‑1 (MQ=255) tAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGATCAc < 1:424964/69‑1 (MQ=255) aacTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGATCACTGCGTTg < 1:1494426/69‑1 (MQ=255) tAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGATCACTGCGtt < 1:1183165/57‑1 (MQ=255) tAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGATCACTGCGtt < 1:1122952/57‑1 (MQ=255) tAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGATCACTGCGtt < 1:2170781/57‑1 (MQ=255) tAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGATCACTGCGtt < 1:838297/57‑1 (MQ=255) tAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGATCACTGCGtt < 1:2287149/57‑1 (MQ=255) tAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGATCACTGCGtt < 1:2028376/57‑1 (MQ=255) tAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGATCACTGCGtt < 1:2423641/57‑1 (MQ=255) tAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGATCACTGCGtt < 1:3164780/57‑1 (MQ=255) tAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGATCACTGCGtt < 1:1866266/57‑1 (MQ=255) aaaGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGATCACTGCGtt < 1:486107/56‑1 (MQ=255) | CTGATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGATCACTGCGTTG > minE/1646104‑1646215 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |