| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,646,236 | T→A | 40.0% | I21I (ATT→ATA) | gcvR → | DNA‑binding transcriptional repressor, regulatory protein accessory to GcvA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,646,236 | 0 | T | A | 40.0% | 67.2 / 111.8 | 115 | I21I (ATT→ATA) | gcvR | DNA‑binding transcriptional repressor, regulatory protein accessory to GcvA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (36/33); new base A (5/41); total (41/74) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.72e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 | |||||||||||
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
AGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGATCACTGCGTTGGGTGCCGATCGCCCTGGAATTGTGAACACCATCACCCGTCATGTCAGTAGTTGCGGCTGTAATATTGAAGACAGTCGCCTGGCGAT > minE/1646171‑1646301 | aGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGATCACTGCGTTGGGTGCCGATCGCCCTGGAATtgtg < 1:3412527/69‑1 (MQ=255)aGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGATCACTGCGTTGGGTGCCGATCGCCCTGGAATtgtg < 1:3270127/69‑1 (MQ=255)aGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGATCACTGCGTTGGGTGCCGATCGCCCTGGAATtgtg < 1:741978/69‑1 (MQ=255)aGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGATCACTGCGTTGGGTGCCGATCGCCCTGGAATtgtg < 1:1940638/69‑1 (MQ=255) gTTTGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGATCACTGCGTTGGGTGCCGATCGCCCTGGAATtgtg < 1:2189805/68‑1 (MQ=255) tttGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGATCACTGCGTTGGGTGCCGATCGCCCTGGAATTGTGaa < 1:604845/69‑1 (MQ=255) tttGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGATCACTGCGTTGGGTGCCGATCGCCCTGGAATTGTGaa < 1:825286/69‑1 (MQ=255) tttGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGATCACTGCGTTGGGTGCCGATCGCCCTGGAATTGTGaa < 1:1188122/69‑1 (MQ=255) tttGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGATCACTGCGTTGGGTGCCGATCGCCCTGGAATTGTGaa < 1:1283396/69‑1 (MQ=255) tttGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGATCACTGCGTTGGGTGCCGATCGCCCTGGAATTGTGaa < 1:1851683/69‑1 (MQ=255) tttGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGATCACTGCGTTGGGTGCCGATCGCCCTGGAATTGTGaa < 1:157811/69‑1 (MQ=255) ttGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGATCACTGCGTTGGGTGCCGATCGCCCTGGAATtg > 1:2075461/1‑64 (MQ=255) ttGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGATCACTGCGTTGGGTGCCGATCGCCCTGGAATTGTGaa < 1:452372/68‑1 (MQ=255) ttGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGATCACTGCGTTGGGTGCCGATCGCCCTGGAATTGTGAac > 1:3061093/1‑69 (MQ=255) ttGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGATCACTGCGTTGGGTGCCGATCGCCCTGGAATTGTGAac > 1:1960870/1‑69 (MQ=255) tGTCATCGCAACATTATCTGGTGATCACTGCGTTGGGTGCCGATCGCCCTGGAATTGTGAACACCATCa < 1:1758846/69‑1 (MQ=255) aTCGCAACATTATCTGGTGATCACTGCGTTGGGTGCCGATCGCCCTGGAATTGTGAACACCATCAccc > 1:1945786/1‑68 (MQ=255) gCAACATTATCTGGTGATCACTGCGTTGTGTGCCGATCGCCCTGGAATTGTGAacac > 1:2568068/1‑57 (MQ=255) gCAACATTATCTGGTGATCACTGCGTTGGGTGCCGATCGCCCTGGAATTGTGAacac > 1:1421205/1‑57 (MQ=255) gCAACATTATCTGGTGATCACTGCGTTGGGTGCCGATCGCCCTGGAATTGTGAacac > 1:988449/1‑57 (MQ=255) gCAACATTATCTGGTGATCACTGCGTTGGGTGCCGATCGCCCTGGAATTGTGAacac > 1:3388220/1‑57 (MQ=255) gCAACATTATCTGGTGATCACTGCGTTGGGTGCCGATCGCCCTGGAATTGTGAacac > 1:3122236/1‑57 (MQ=255) gCAACATTATCTGGTGATCACTGCGTTGGGTGCCGATCGCCCTGGAATTGTGAacac > 1:2828110/1‑57 (MQ=255) gCAACATTATCTGGTGATCACTGCGTTGGGTGCCGATCGCCCTGGAATTGTGAacac > 1:2759829/1‑57 (MQ=255) gCAACATTATCTGGTGATCACTGCGTTGGGTGCCGATCGCCCTGGAATTGTGAacac > 1:2397979/1‑57 (MQ=255) gCAACATTATCTGGTGATCACTGCGTTGGGTGCCGATCGCCCTGGAATTGTGAacac > 1:2348683/1‑57 (MQ=255) gCAACATTATCTGGTGATCACTGCGTTGGGTGCCGATCGCCCTGGAATTGTGAacac > 1:2042738/1‑57 (MQ=255) gCAACATTATCTGGTGATCACTGCGTTGGGTGCCGATCGCCCTGGAATTGTGAacac > 1:1155075/1‑57 (MQ=255) gCAACATTATCTGGTGATCACTGCGTTGGGTGCCGATCGCCCTGGAATTGTGAacac > 1:1318289/1‑57 (MQ=255) gCAACATTATCTGGTGATCACTGCGTTGGGTGCCGATCGCCCTGGAATTGTGAacac > 1:917117/1‑57 (MQ=255) ttATCTGGTGATCACTGCGTTGGGTGCCGATCGCCCTGGAATAGTGAACACCATCAGCCGTCTTGTCag < 1:440564/69‑1 (MQ=255) ttATCTGGTGATCACTGCGTTGGGTGCCGATCGCCCTGGAATAGTGAACACCATCACCCGTCATGTCag < 1:949148/69‑1 (MQ=255) ttATCTGGTGATCACTGCGTTGGGTGCCGATCGCCCTGGAATAGTGAACACCATCACCCGTCATGTCag < 1:415839/69‑1 (MQ=255) ttATCTGGTGATCACTGCGTTGGGTGCCGATCGCCCTGGAATAGTGAACACCATCACCCGTCATGTCag < 1:3412681/69‑1 (MQ=255) ttATCTGGTGATCACTGCGTTGGGTGCCGATCGCCCTGGAATAGTGAACACCATCACCCGTCATGTCag < 1:1393151/69‑1 (MQ=255) ttATCTGGTGATCACTGCGTTGGGTGCCGATCGCCCTGGAATAGTGAACACCATCACCCGTCATGTCag < 1:459487/69‑1 (MQ=255) ttATCTGGTGATCACTGCGTTGGGTGCCGATCGCCCTGGAATAGTGAACACCATCACCCGTCATGTCag < 1:9545/69‑1 (MQ=255) ttATCTGGTGATCACTGCGTTGGGTGCCGATCGCCCTGGAATAGTGAACACCATCACCCGTCATGTCag < 1:1541572/69‑1 (MQ=255) ttATCTGGTGATCACTGCGTTGGGTGCCGATCGCCCTGGAATAGTGAACACCATCACCCGTCATGTCag < 1:505230/69‑1 (MQ=255) ttATCTGGTGATCACTGCGTTGGGTGCCGATCGCCCTGGAATAGTGAACACCATCACCCGTCATGTCag < 1:590648/69‑1 (MQ=255) ttATCTGGTGATCACTGCGTTGGGTGCCGATCGCCCTGGAATAGTGAACACCATCACCCGTCATGTCag < 1:2701785/69‑1 (MQ=255) ttATCTGGTGATCACTGCGTTGGGTGCCGATCGCCCTGGAATAGTGAACACCATCACCCGTCATGTCag < 1:2607912/69‑1 (MQ=255) ttATCTGGTGATCACTGCGTTGGGTGCCGATCGCCCTGGAATAGTGAACACCATCACCCGTCATGTCag < 1:647272/69‑1 (MQ=255) ttATCTGGTGATCACTGCGTTGGGTGCCGATCGCCCTGGAATAGTGAACACCATCACCCGTCATGTCag < 1:171483/69‑1 (MQ=255) ttATCTGGTGATCACTGCGTTGGGTGCCGATCGCCCTGGAATAGTGAACACCATCACCCGTCATGTCag < 1:1916405/69‑1 (MQ=255) ttATCTGGTGATCACTGCGTTGGGTGCCGATCGCCCTGGAATAGTGAACACCATCACCCGTCATGTCag < 1:911826/69‑1 (MQ=255) ttATCTGGTGATCACTGCGTTGGGTGCCGATCGCCCTGGAATAGTGAACACCATCACCCGTCATGTCag < 1:2328594/69‑1 (MQ=255) ttATCTGGTGATCACTGCGTTGGGTGCCGATCGCCCTGGAATAGTGAACACCATCACCCGTCATGTCag < 1:2325926/69‑1 (MQ=255) ttATCTGGTGATCACTGCGTTGGGTGCCGATCGCCCTGGAATAGTGAACACCATCACCCGTCATGTCag < 1:1126840/69‑1 (MQ=255) ttATCTGGTGATCACTGCGTTGGGGGCCGATCGCCCTGGAATAGTGAACACCATCACCCGTCATGTCag < 1:3211794/69‑1 (MQ=255) aTCTGGTGATCACTGCGTTGGGTGCCGATCGCCCTGGAATTGTGAACACCATCACCCGTCATGTCagta < 1:832335/69‑1 (MQ=255) aTCTGGTGATCACTGCGTTGGGTGCCGATCGCCCTGGAATTGTGAACACCATCACCCGTCATGTCagta < 1:1303263/69‑1 (MQ=255) aTCTGGTGATCACTGCGTTGGGTGCCGATCGCCCTGGAATTGTGAACACCATCACCCGTCATGTCagta < 1:1786031/69‑1 (MQ=255) cACTGCGTTGGGTGCCGATCGCCCTGGAATTGTGAACACCATCACCCGTCATGTCAGTAGTTGCGGCt > 1:349042/1‑68 (MQ=255) aCTGCGTTGGGTGCCGATCGCCCTGGAATTGTGaa < 1:2774238/35‑1 (MQ=255) gCGTTGGGTGCCGATCGCCCTGGAATTGTGAACACCATCACCCGTCATGTCAGTAGTTGCGGCTGTaa > 1:2892448/1‑68 (MQ=255) gCGTTGGGTGCCGATCGCCCTGGAATTGTGAACACCATCACCCGTCATGTCAGTAGTTGCGGCTGTaa > 1:540842/1‑68 (MQ=255) gCGTTGGGTGCCGATCGCCCTGGAATTGTGAACACCATCACCCGTCATGTCAGTAGTTGCGGCTGTaa > 1:3237447/1‑68 (MQ=255) gCGTTGGGTGCCGATCGCCCTGGAATTGTGAACACCATCACCCGTCATGTCAGTAGTTGCGGCTGTaa > 1:2376773/1‑68 (MQ=255) gCGTTGGGTGCCGATCGCCCTGGAATTGTGAACACCATCACCCGTCATGTCAGTAGTTGCGGCTGTAat > 1:2899168/1‑69 (MQ=255) gCGTTGGGTGCCGATCGCCCTGGAATTGTGAACACCATCACCCGTCATGTCAGTAGTTGCGGCTGTAat > 1:2377245/1‑69 (MQ=255) gCGTTGGGTGCCGATCGCCCTGGAATTGTGAACACCATCACCCGTCATGTCAGTAGTTGCGGCTGTAat > 1:1004369/1‑69 (MQ=255) ttGGGTGCCGATCGCCCTGGAATTGTGAACACCATCACCCGTCATGTCAGTAGTTGCGGCTGTAatat < 1:2163244/68‑1 (MQ=255) ttGGGTGCCGATCGCCCTGGAATTGTGAACACCATCACCCGTCATGTCAGTAGTTGCGGCTGTAatat < 1:2374290/68‑1 (MQ=255) ttGGGTGCCGATCGCCCTGGAATTGTGAACACCATCACCCGTCATGTCAGTAGTTGCGGCTGTAatat < 1:1970147/68‑1 (MQ=255) ttGGGTGCCGATCGCCCTGGAATTGTGAACACCATCACCCGTCATGTCAGTAGTTGCGGCTGTAatat < 1:15469/68‑1 (MQ=255) ttGGGTGCCGATCGCCCTGGAATTGTGAACACCATCACCCGTCATGTCAGTAGTTGCGGCTGTAatat < 1:1116312/68‑1 (MQ=255) gTGCCGATCGCCCTGGAATTGTGAACACCATCACCCGTCATGTCAGTAGTTGCGGCTGTAATATTGaa < 1:2783354/68‑1 (MQ=255) ccGATCGGCCTGGAATTGTGAACACCATCACCCGTCCTGGCAGTAGTTGCGGCTGTAATATTGaa < 1:2708692/65‑1 (MQ=255) cGATCGCCCTGGAATAGTGAACACCATCACCCGTCATGTCAGTAGTTGCGGCTGTAATATTGAAGa > 1:1605232/1‑66 (MQ=255) cGATCGCCCTGGAATAGTGAACACCATCACCCGTCATGTCAGTAGTTGCGGCTGTAATATTGAAGa > 1:463483/1‑66 (MQ=255) cGATCGCCCTGGAATAGTGAACACCATCACCCGTCATGTCAGTAGTTGCGGCTGTAATATTGAAGa > 1:1063911/1‑66 (MQ=255) cGATCGCCCTGGAATAGTGAACACCATCACCCGTCATGTCAGTAGTTGCGGCTGTAATATTGAAGa > 1:869036/1‑66 (MQ=255) cGATCGCCCTGGAATAGTGAACACCATCACCCGTCATGTCAGTAGTTGCGGCTGTAATATTGAAGa > 1:44883/1‑66 (MQ=255) aTCTCCCTGGAATAGTGAACACCATCACCCGTCATGTCAGTAGTTGCGGCTGTAata < 1:1059915/57‑1 (MQ=255) aTCGCCCTGGAATAGTGAACTCCATCACCCGTCATGTCAGTAGTTGCGGCTGTAata < 1:866473/57‑1 (MQ=255) aTCGCCCTGGAATAGTGAACACCATCACCCGTCATGTCAGTAGTTGCGGCTGTAata < 1:920301/57‑1 (MQ=255) aTCGCCCTGGAATAGTGAACACCATCACCCGTCATGTCAGTAGTTGCGGCTGTAata < 1:623374/57‑1 (MQ=255) aTCGCCCTGGAATAGTGAACACCATCACCCGTCATGTCAGTAGTTGCGGCTGTAata < 1:2524938/57‑1 (MQ=255) aTCGCCCTGGAATAGTGAACACCATCACCCGTCATGTCAGTAGTTGCGGCTGTAata < 1:1004899/57‑1 (MQ=255) aTCGCCCTGGAATAGTGAACACCATCACCCGTCATGTCAGTAGTTGCGGCTGTAata < 1:1668265/57‑1 (MQ=255) aTCGCCCTGGAATAGTGAACACCATCACCCGTCATGTCAGTAGTTGCGGCTGTAata < 1:2516020/57‑1 (MQ=255) aTCGCCCTGGAATAGTGAACACCATCACCCGTCATGTCAGTAGTTGCGGCTGTAata < 1:1878877/57‑1 (MQ=255) aTCGCCCTGGAATAGTGAACACCATCACCCGTCATGTCAGTAGTTGCGGCTCTAata < 1:951003/57‑1 (MQ=255) cGCCCTGGAATTGTGAACACCATCACCCGTCATGTCAGTAGTTGCGGCTGTAATATTGAAGACAGTCGc > 1:1991860/1‑69 (MQ=255) cGCCCTGGAATTGTGAACACCATCACCCGTCATGTCAGTAGTTGCGGCTGTAATATTGAAGACAGTCGc > 1:1025578/1‑69 (MQ=255) cGCCCTGGAATTGTGAACACCATCACCCGTCATGTCAGTAGTTGCGGCTGTAATATTGAAGACAGTCGc > 1:792322/1‑69 (MQ=255) cGCCCTGGAATTGTGAACACCATCACCCGTCATGTCAGTAGTTGCGGCTGTAATATTGAAGACAGTCGc > 1:2406738/1‑69 (MQ=255) cGCCCTGGAATTGTGAACACCATCACCCGTCATGTCAGTAGTTGCGGCTGTAATATTGAAGACAGTCGc > 1:2885919/1‑69 (MQ=255) ccTGGAATTGTGAACACCATCACCCGTCATGTCAGTAGTTGCGGCTGTAATATTGAAGACAGTCGCCTg < 1:2110244/69‑1 (MQ=255) ccTGGAATTGTGAACACCATCACCCGTCATGTCAGTAGTTGCGGCTGTAATATTGAAGACAGTCGCCTg < 1:1932914/69‑1 (MQ=255) ccTGGAATTGTGAACACCATCACCCGTCATGTCAGTAGTTGCGGCTGTAATATTGAAGACAGTCGCCTg < 1:2473368/69‑1 (MQ=255) ccTGGAATTGTGAACACCATCACCCGTCATGTCAGTAGTTGCGGCTGTAATATTGAAGACAGTCGCCTg < 1:172790/69‑1 (MQ=255) ccTGGAATTGTGAACACCATCACCCGTCATGTCAGTAGTTGCGGCTGTAATATTGAAGACAGTCGCCTg < 1:1449004/69‑1 (MQ=255) ccTGGAATTGTGAACACCATCACCCGTCATGTCAGTAGTTGCGGCTGTAATATTGAAGACAGTCGCCTg < 1:1291183/69‑1 (MQ=255) ccTGGAATTGTGAACACCATCACCCGTCATGTCAGTAGTTGCGGCTGTAATATTGAAGACAGTCGCCTg < 1:3039185/69‑1 (MQ=255) ccTGGAATTGTGAACACCATCACCCGTCATGTCAGTAGTTGCGGCTGTAATATTGAAGACAGTCGCCTg < 1:3130811/69‑1 (MQ=255) aaTAGTGAACACCATCACCCGTCATGTCAGTAGTTGCGGCTGTAtta < 1:336502/47‑1 (MQ=255) aTTGTGAACACCATCACCCGTCATGTCAGTAGTTGCGGCTGTAATATTGAAGACAGTCGCCTGGCGAt < 1:1968519/68‑1 (MQ=255) aTTGTGAACACCATCACCCGTCATGTCAGTAGTTGCGGCTGTAATATTGAAGACAGTCGCCTGGCGAt < 1:3083714/68‑1 (MQ=255) | AGTTTGACACTGTCATCGCAACATTATCTGGTGATCACTGCGTTGGGTGCCGATCGCCCTGGAATTGTGAACACCATCACCCGTCATGTCAGTAGTTGCGGCTGTAATATTGAAGACAGTCGCCTGGCGAT > minE/1646171‑1646301 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |