| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 129,773 | G→A | 56.3% | intergenic (+16/‑48) | yadI → / → yadE | predicted PTS Enzyme IIA/predicted polysaccharide deacetylase lipoprotein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 129,773 | 0 | G | A | 56.3% | 17.4 / 62.2 | 80 | intergenic (+16/‑48) | yadI/yadE | predicted PTS Enzyme IIA/predicted polysaccharide deacetylase lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (25/10); new base A (33/12); total (58/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.25e-01 | |||||||||||
AACAACAAAAAAATCCGCCTTTCGTCCTCAAACATAATTTGTATGAGTATTAACCCGCGATTCTGATGGCGCTTTTGCTACAATAAAAGCGTTGTTTCACCCTCGGTTATTTTTTCATGTACAAACAAGCTGT > minE/129705‑129837 | aacaacaaAAAAATCCGCCTTTCGTCCTCAAACATAATTTGTATGAGTATTAACCCGCGATTCTGATgg > 1:861118/1‑69 (MQ=255)aacaacaaAAAAATCCGCCTTTCGTCCTCAAACATAATTTGTATGAGTATTAACCCGCGATTCTGATgg > 1:3049305/1‑69 (MQ=255)aacaacaaAAAAATCCGCCTTTCGTCCTCAAACATAATTTGTATGAGTATTAACCCGCGATTCTGATgg > 1:2056509/1‑69 (MQ=255)aacaacaaAAAAATCCGCCTTTCGTCCTCAAACATAATTTGTATGAGTATTAACCCGCGATTCTGATgg > 1:1581404/1‑69 (MQ=255)aacaacaaAAAAATCCGCCTTTCGTCCTCAAACATAATTTGTATGAGTATTAACCCGCGATTCTGATgg > 1:479157/1‑69 (MQ=255) acaaAAAAATCCGCGTTTCGTCCTCAAACATAATTTGTATGAGTATTAACCCGCGATTCTGATGACGCt > 1:3075992/1‑69 (MQ=255) acaaAAAAATCCGCCTTTCGTCCTCAAACATAATTTGTATGAGTATTAACCCGCGATTCTGATGGCGCt > 1:3249264/1‑69 (MQ=255) acaaAAAAATCCGCCTTTCGTCCTCAAACATAATTTGTATGAGTATTAACCCGCGATTCTGATGGCGCt > 1:1880046/1‑69 (MQ=255) acaaAAAAATCCGCCTTTCGTCCTCAAACATAATTTGTATGAGTATTAACCCGCGATTCTGATGACGCt > 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acaaAAAAATCCGCCTTTCGTCCTCAAACATAATTTGTATGAGTATTAACCCGCGATTCTGATGACGCt > 1:2881852/1‑69 (MQ=255) acaaAAAAATCCGCCTTTCGTCCTCAAACATAATTTGTATGAGTATTAACCCGCGATTCTGATGACGCt > 1:2867237/1‑69 (MQ=255) acaaAAAAATCCGCCTTTCGTCCTCAAACATAATTTGTATGAGTATTAACCCGCGATTCTGATGACGCt > 1:2845084/1‑69 (MQ=255) acaaAAAAATCCGCCTTTCGTCCTCAAACATAATTTGTATGAGTATTAACCCGCGATTCTGATGACGCt > 1:2562799/1‑69 (MQ=255) acaaAAAAATCCGCCTTTCGTCCTCAAACATAATTTGTATGAGTATTAACCCGCGATTCTGATGACGCt > 1:2585963/1‑69 (MQ=255) acaaAAAAATCCGCCTTTCGTCCTCAAACATAATTTGTATGAGTATTAACCCGCGATTCTGATGACGCt > 1:2597841/1‑69 (MQ=255) acaaAAAAATCCGCCTTTCGTCCTCAAACATAATTTGTATGAGTATTAACCCGCGATTCTGATGACGCt > 1:1035961/1‑69 (MQ=255) acaaAAAAATCCGCCTTTCGTCCTCAAACATAATTTGTATGAGTATTAACCCGCGATTCTGATGACGCt > 1:748775/1‑69 (MQ=255) acaaAAAAATCCGCCTTTCGTCCTCAAACATAATTTGTATGAGTATTAACCCGCGATTCTGATGACGCt > 1:1328205/1‑69 (MQ=255) acaaAAAAATCCGCCTTTCGTCCTCAAACATAATTTGTATGAGTATTAACCCGCGATTCTGATGACGCt > 1:1427927/1‑69 (MQ=255) acaaAAAAATCCGCCTTTCGTCCTCAAACATAATTTGTATGAGTATTAACCCGCGATTCTGATGACGCt > 1:143507/1‑69 (MQ=255) acaaAAAAATCCGCCTTTCGTCCTCAAACATAATTTGTATGAGTATTAACCCGCGATTCTGATGACGCt > 1:769250/1‑69 (MQ=255) acaaAAAAATCCGCCTTTCGTCCTCAAACATAATTTGTATGAGTATTAACCCGCGATTCTGATGACGCt > 1:343418/1‑69 (MQ=255) acaaAAAAATCCGCCTTTCGTCCTCAAACATAATTTGTATGAGTATTAACCCGCGATTCTGATGACGCt > 1:3403285/1‑69 (MQ=255) acaaAAAAATCCGCCTTTCGTCCTCAAACATAATTTGTATGAGTATTAACCCGCGATTCTGATGACGCt > 1:1054016/1‑69 (MQ=255) acaaAAAAATCCGCCTTTCGTCCTCAAACATAATTTGTATGAGTATTAACCCGCGATTCTGATGACGCt > 1:3278727/1‑69 (MQ=255) acaaAAAAATCCGCCTTTCGTCCTCAAACATAATTTGTATGAGTATTAACCCGCGATTCTGATGACGCt > 1:1695355/1‑69 (MQ=255) acaaAAAAATCCGCCTTTCGTCCTCAAACATAATTTGTATGAGTATTAACCCGCGATTCTGATGACGCt > 1:3266750/1‑69 (MQ=255) acaaAAAAATCCGCCTTTCGTCCTCAAACATAATTTGTATGAGTATTAACCCGCGATTCTGATGACGCt > 1:2008387/1‑69 (MQ=255) acaaAAAAATCCGCCTTTCGTCCTCAAACATAATTTGTATGAGTATTAACCCGCGATTCTGATGACGCt > 1:2034954/1‑69 (MQ=255) acaaAAAAATCCGCCTTTCGTCCTCAAACATAATTTGTATGAGTATTAACCCGCGATACTGATGACGCt > 1:718042/1‑69 (MQ=255) aTCCGCCTTTCGTCCTCAAACATAATTTGTATGAGTATTAACCCGCGATTCTGATGGCGCTTTTGCTAc < 1:1861420/69‑1 (MQ=255) aTCCGCCTTTCGTCCTCAAACATAATTTGTATGAGTATTAACCCGCGATTCTGATGGCGCTTTTGCTAc < 1:2805174/69‑1 (MQ=255) gaaaCATAATTTGTATGAGTATTAACCCGCGATTCTGATGGCGCTTTTGGTACAATAAAAGCGTTGttt > 1:2060607/2‑69 (MQ=255) cAAACATAATTTGTATGAGTATTAACCCGCGATTCTGATgg > 1:2825613/1‑41 (MQ=255) cAAACATAATTTGTATGAGTATTAACCCGCGATTCTGATGGCGCTTTTGCTACAATAAAAGCgttgtt > 1:2618399/1‑68 (MQ=255) cAAACATAATTTGTATGAGTATTAACCCGCGATTCTGATGGCGCTTTTGCTACAATAAAAGCGTTGttt > 1:903310/1‑69 (MQ=255) cAAACATAATTTGTATGAGTATTAACCCGCGATTCTGATGGCGCTTTTGCTACAATAAAAGCGTTGttt > 1:557456/1‑69 (MQ=255) cAAACATAATTTGTATGAGTATTAACCCGCGATTCTGATGGCGCTTTTGCTACAATAAAAGCGTTGttt > 1:101201/1‑69 (MQ=255) cAAACATAATTTGTATGAGTATTAACCCGCGATTCTGATGGCGCTTTTGCTACAATAAAAGCGTTGttt > 1:11155/1‑69 (MQ=255) cAAACATAATTTGTATGAGTATTAACCCGCGATTCTGATGGCGCTTTTGCTACAATAAAAGCGTTGttt > 1:143841/1‑69 (MQ=255) cAAACATAATTTGTATGAGTATTAACCCGCGATTCTGATGGCGCTTTTGCTACAATAAAAGCGTTGttt > 1:2376138/1‑69 (MQ=255) cAAACATAATTTGTATGAGTATTAACCCGCGATTCTGATGGCGCTTTTGCTACAATAAAAGCGTTGttt > 1:236395/1‑69 (MQ=255) cAAACATAATTTGTATGAGTATTAACCCGCGATTCTGATGGCGCTTTTGCTACAATAAAAGCGTTGttt > 1:1617652/1‑69 (MQ=255) cAAACATAATTTGTATGAGTATTAACCCGCGATTCTGATGGCGCTTTTGCTACAATAAAAGCGTTGttt > 1:230692/1‑69 (MQ=255) aaaaCATAATTTGTATGAGTATTAACCCGCGATTCTGATGGCGCTTTTGCTACAATAAAAGCGTTGttt > 1:877204/2‑69 (MQ=255) aGTATTAACCCGCGATTCTGATGGCGCTTTTGCTACAATAAAAGCGTTGTTTCACCCTCGGTTAtttt < 1:3193871/68‑1 (MQ=255) ttAACCCGCGATTCTGATGGCGCTTTTGCTACAATAAAAGCgt < 1:1006496/43‑1 (MQ=255) ttAACCCGCGATTCTGATGGCGCTTTTGCTACAATAAAAGCgt < 1:1473826/43‑1 (MQ=255) ttAACCCGCGATTCTGATGGCGCTTTTGCTACAATAAAAGCgt < 1:349360/43‑1 (MQ=255) ttAACCCGCGATTCTGATGGCGCTTTTGCTACAATAAAAGCgt < 1:3426416/43‑1 (MQ=255) ttAACCCACGATTCTGATGGCGCTTTTGCTACAATAAAAGCgt < 1:2446325/43‑1 (MQ=255) tAACCCGCGATTCTGATGGCGCTTTTGCTACAATAAAAGCgt < 1:2278312/42‑1 (MQ=255) tAACCCGCGATTCTGATGGCGCTTTTGCTACAATAAAAGCgt < 1:2683622/42‑1 (MQ=255) aaCCCGCGATTCTGATGGCGCTTTTGCTACAATAAAAGCGTTGTTTCACCCTCGGTTATTTTTTCATg > 1:2261925/1‑68 (MQ=255) aaCCCGCGATTCTGATGGCGCTTTTGCTACAATAAAAGCGTTGTTTCACCCTCGGTTATTTTTTCATg > 1:2657750/1‑68 (MQ=255) aaCCCGCGATTCTGATGGCGCTTTTGCTACAATAAAAGCGTTGTTTCACCCTCGGTTATTTTTTCATg > 1:1507052/1‑68 (MQ=255) aaCCCGCGATTCTGATGGCGCTTTTGCTACAATAAAAGCGTTGTTTCACCCTCGGTTATTTTTTCATg > 1:3429218/1‑68 (MQ=255) aaCCCGCGATTCTGATGGCGCTTTTGCTACAATAAAAGCGTTGTTTCACCCTCGGTTATTTTTTCATg > 1:3294570/1‑68 (MQ=255) aaCCCGCGATTCTGATGGCGCTTTTGCTACAATAAAAGCGTTGTTTCACCCTCGGTTATTTTTTCATg > 1:2939231/1‑68 (MQ=255) aaCCCGCGATTCTGATGGCGCTTTTGCTACAATAAAAGCGTTGTTTCACCCTCGGTTATTTTTTCATg > 1:2070471/1‑68 (MQ=255) aaCCCGCGATTCTGATGGCGCTTTTGCTACAATAAAAGCGTTGTTTCACCCTCGGTTATTTTTTCATg > 1:2120731/1‑68 (MQ=255) aaCCCGCGATTCTGATGGCGCTTTTGCTACAATAAAAGCGTTGTTTCACCCTCGGTTATTTTTTCATg > 1:2175925/1‑68 (MQ=255) cTGATGGCGCTTTTGCTACAATAAAAGCGTTGTTTCACCCTCGGTTATTTTTTCATGTACAAACAAGCt > 1:3172127/1‑69 (MQ=255) cTGATGGCGCTTTTGCTACAATAAAAGCGTTGTTTCACCCTCGGTTATTTTTTCATGTACAAACAAGCt > 1:2767984/1‑69 (MQ=255) cTGATGACGCTTTTGCTACAATAAAAGCGTTGTTTCACCCTCGGTTATTTTTTCATGTACAAACAAgat < 1:2619873/69‑3 (MQ=255) cTGATGACGCTTTTGCTACAATAAAAGCGTTGTTTCACCCTCGGTTATTTTTTCATGTACAAACAAGCt < 1:216435/69‑1 (MQ=255) cTGATGACGCTTTTGCTACAATAAAAGCGTTGTTTCACCCTCGGTTATTTTTTCATGTACAAACAAGCt < 1:1559945/69‑1 (MQ=255) cTGATGACGCTTTTGCTACAATAAAAGCGTTGTTTCACCCTCGGTTATTTTTTCATGTACAAACAAGCt < 1:836637/69‑1 (MQ=255) cTGATGACGCTTTTGCTACAATAAAAGCGTTGTTTCACCCTCGGTTATTTTTTCATGTACAAACAAGCt < 1:2359626/69‑1 (MQ=255) cTGATGACGCTTTTGCTACAATAAAAGCGTTGTTTCACCCTCGGTTATTTTTTCATGTACAAACAAGCt < 1:768973/69‑1 (MQ=255) cTGATGACGCTTTTGCTACAATAAAAGCGTTGTTTCACCCTCGGTTATTTTTTCATGTACAAACAAGCt < 1:720596/69‑1 (MQ=255) cTGATGACGCTTTTGCTACAATAAAAGCGTTGTTTCACCCTCGGTTATTTTTTCATGTACAAACAAGCt < 1:572686/69‑1 (MQ=255) cTGATGACGCTTTTGCTACAATAAAAGCGTTGTTTCACCCTCGGTTATTTTTTCATGTACAAACAAGCt < 1:2481554/69‑1 (MQ=255) cTGATGACGCTTTTGCTACAATAAAAGCGTTGTTTCACCCTCGGTTATTTTTTCATGTACAAACAAGCt < 1:35590/69‑1 (MQ=255) cTGATGACGCTTTTGCTACAATAAAAGCGTTGTTTCACCCTCGGTTATTTTTTCATGTACAAACAAGCt < 1:2862628/69‑1 (MQ=255) cTGATGACGCTTTTGCTACAATAAAAGCGTTGTTTCACCCTCGGTTATTTTTTCATGTACAAACAAGCt < 1:3211126/69‑1 (MQ=255) tgatgaCGCTTTTGCTACAATAAAAGCGTTGTTTCACCCTCGGTTATTTTTTCATGTACAAACAAGCt < 1:2334179/68‑1 (MQ=255) ggCGCTTTTGCTACAATAAAAGCGTTGTTTCACCCTCGGTTATTTTTTCATGTACAAACAAGCTGt < 1:1379143/66‑1 (MQ=255) ggCGCTTTTGCTACAATAAAAGCGTTGTTTCACCCTCGGTTATTTTTTCATGTACAAACAAGCTGt < 1:1157199/66‑1 (MQ=255) ggCGCTTTTGCTACAATAAAAGCGTTGTTTCACCCTCGGTTATTTTTTCATGTACAAACAAGCTGt < 1:765394/66‑1 (MQ=255) ggCGCTTTTGCTACAATAAAAGCGTTGTTTCACCCTCGGTTATTTTTTCATGTACAAACAAGCTGt < 1:3407287/66‑1 (MQ=255) ggCGCTTTTGCTACAATAAAAGCGTTGTTTCACCCTCGGTTATTTTTTCATGTACAAACAAGCTGt < 1:3428505/66‑1 (MQ=255) ggCGCTTTTGCTACAATAAAAGCGTTGTTTCACCCTCGGTTATTTTTTCATGTACAAACAAGCTGt < 1:1699864/66‑1 (MQ=255) | AACAACAAAAAAATCCGCCTTTCGTCCTCAAACATAATTTGTATGAGTATTAACCCGCGATTCTGATGGCGCTTTTGCTACAATAAAAGCGTTGTTTCACCCTCGGTTATTTTTTCATGTACAAACAAGCTGT > minE/129705‑129837 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |