| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 130,303 | A→G | 36.9% | A161A (GCA→GCG) | yadE → | predicted polysaccharide deacetylase lipoprotein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 130,303 | 0 | A | G | 36.9% | 64.8 / 70.9 | 111 | A161A (GCA→GCG) | yadE | predicted polysaccharide deacetylase lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (40/30); new base G (27/14); total (67/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.24e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
AGACAGGTTAAATCAAACCTGGTATCAGATCCGTATTGGCGATCGACTGGCCTATATCAGCGCACTGGATGCCCAACCCGATAATGGCCTGTCGGTGCTAACCTATCACCATATTCTGCGCGACGAAGAA > minE/130240‑130369 | aGACAGGTTAAATCAAACCTGGTATCAGATCCGTATTGGCGATCGACTGGCCTATATCAGCGCACTg < 1:2875446/67‑1 (MQ=255)aGACAGGTTAAATCAAACCTGGTATCAGATCCGTATTGGCGATCGACTGGCCTATATCAGCGCACTg < 1:3029660/67‑1 (MQ=255)aGACAGGTTAAATCAAACCTGGTATCAGATCCGTATTGGCGATCGACTGGCCTATATCAGCGCACTg < 1:1687725/67‑1 (MQ=255) gACAGGTTAAATCAAACCTGGTATCAGATCCGCATTGGCGATCGACTGGCCTATATCAGCGCGCTGGAt < 1:614645/69‑1 (MQ=255) gACAGGTTAAATCAAACCTGGTATCAGATCCGCATTGGCGATCGACTGGCCTATATCAGCGCGCTGGAt < 1:2554413/69‑1 (MQ=255) gACAGGTTAAATCAAACCTGGTATCAGATCCGCATTGGCGATCGACTGGCCTATATCAGCGCGCTGGAt < 1:1896813/69‑1 (MQ=255) gACAGGTTAAATCAAACCTGGTATCAGATCCGCATTGGCGATCGACTGGCCTATATCAGCGCGCTGGAt < 1:244011/69‑1 (MQ=255) gACAGGTTAAATCAAACCTGGTATCAGATCCGCATTGGCGATCGACTGGCCTATATCAGCGCGCTGGAt < 1:181427/69‑1 (MQ=255) gACAGGTTAAATCAAACCTGGTATCAGATCCGCATTGGCGATCGACTGGCCTATATCAGCGCGCTGGAt < 1:1759986/69‑1 (MQ=255) gACAGGTTAAATCAAACCTGGTATCAGATCCGCATTGGCGATCGACTGGCCTATATCAGCGCGCTGGAt < 1:1692162/69‑1 (MQ=255) gACAGGTTAAATCAAACCTGGTATCAGATCCGCATTGGCGATCGACTGGCCTATATCAGCGCGCTGGAt < 1:2898610/69‑1 (MQ=255) gACAGGTTAAATCAAACCTGGTATCAGATCCGCATTGGCGATCGACTGGCCTATATCAGCGCGCTGGAt < 1:678606/69‑1 (MQ=255) gACAGGTTAAATCAAACCTGGTATCAGATCCGCATTGGCGATCGACTGGCCTATATCAGCGCGCTGGAt < 1:2791610/69‑1 (MQ=255) ggTTAAATCAAACCTGGTATCAGATCCGTATTGGCGATCGACTGGCCTATATCAGCGCACTGGATGccc < 1:64686/69‑1 (MQ=255) ggTTAAATCAAACCTGGTATCAGATCCGTATTGGCGATCGACTGGCCTATATCAGCGCACTGGATGccc < 1:529372/69‑1 (MQ=255) ggTTAAATCAAACCTGGTATCAGATCCGTATTGGCGATCGACTGGCCTATATCAGCGCACTGGATGccc < 1:2053839/69‑1 (MQ=255) ggTTAAATCAAACCTGGTATCAGATCCGTATTGGCGATCGACTGGCCTATATCAGCGCACTGGATGccc < 1:263303/69‑1 (MQ=255) ggTTAAATCAAACCTGGTATCAGATCCGTATTGGCGATCGACTGGCCTATATCAGCGCACTGGATGccc < 1:1252250/69‑1 (MQ=255) ggTTAAATCAAACCTGGTATCAGATCCGTATTGGCGATCGACTGGCCTATATCAGCGCACTGGATGccc < 1:1579322/69‑1 (MQ=255) ggTTAAATCAAACCTGGTATCAGATCCGTATTGGCGATCGACTGGCCTATATCAGCGCACTGGATGccc < 1:1271423/69‑1 (MQ=255) tAAATCAAACCTGGTATCAGATCCGTATTGGTGATCGACTGGCCTATATCAGCGCACTg < 1:2007297/59‑1 (MQ=255) tAAATCAAACCTGGTATCAGATCCGTATTGGCGATCGACTGGCCTATATCAGCGCACTg < 1:1466912/59‑1 (MQ=255) tAAATCAAACCTGGTATCAGATCCGTATTGGCGATCGACTGGCCTATATCAGCGCACTg < 1:787609/59‑1 (MQ=255) tAAATCAAACCTGGTATCAGATCCGTATTGGCGATCGACTGGCCTATATCAGCGCACTg > 1:3033763/1‑59 (MQ=255) tAAATCAAACCTGGTATCAGATCCGTATTGGCGATCGACTGGCCTATATCAGCGCACTg > 1:1427378/1‑59 (MQ=255) tAAATCAAACCTGGTATCAGATCCGTATTGGCGATCGACTGGCCTATATCAGCGCACTg < 1:1206409/59‑1 (MQ=255) tAAATCAAACCTGGTATCAGATCCGTATTGGCGATCGACTGGCCTATATCAGCGCACTg < 1:2740051/59‑1 (MQ=255) tAAATCAAACCTGGTATCAGATCCGTATTGGCGATCGACTGGCCTATATCAGCGCACTg > 1:2290996/1‑59 (MQ=255) tAAATCAAACCTGGTATCAGATCCGTATTGGCGATCGACTGGCCTATATCAGCGCACTg > 1:1336944/1‑59 (MQ=255) tAAATCAAACCTGGTATCAGATCCGTATTGGCGATCGACTGGCCTATATCAGCGCACTg > 1:2855795/1‑59 (MQ=255) tCAAACCTGGTATCAGATCCGTATTGGCGATCGACTGGCCTATATCAGCGCACTGGATGCCCAAccc > 1:308057/1‑67 (MQ=255) tCAAACCTGGTATCAGATCCGTATTGGCGATCGACTGGCCTATATCAGCGCACTGGATGCCCAACCCg > 1:116096/1‑68 (MQ=255) tCAAACCTGGTATCAGATCCGTATTGGCGATCGACTGGCCTATATCAGCGCACTGGATGCCCAACCCg > 1:1047159/1‑68 (MQ=255) tCAAACCTGGTATCAGATCCGTATTGGCGATCGACTGGCCTATATCAGCGCACTGGATGCCCAACCCg > 1:144731/1‑68 (MQ=255) tCAAACCTGGTATCAGATCCGTATTGGCGATCGACTGGCCTATATCAGCGCACTGGATGCCCAACCCg > 1:1681967/1‑68 (MQ=255) tCAAACCTGGTATCAGATCCGTATTGGCGATCGACTGGCCTATATCAGCGCACTGGATGCCCAACCCg > 1:2079526/1‑68 (MQ=255) gTATCAGATCCGTATTGGCGATCGACTGGCCTATATCAGCGCACTg < 1:386599/46‑1 (MQ=255) aGATCCGTATTGGCGATCGACTGGCCTATATCAGCGCACTGGATGCCCAACCCGATAATGGCCTGTc > 1:12943/1‑67 (MQ=255) aGATCCGTATTGGCGATCGACTGGCCTATATCAGCGCACTGGATGCCCAACCCGATAATGGCCTGTCgg > 1:3067800/1‑69 (MQ=255) aGATCCGTATTGGCGATCGACTGGCCTATATCAGCGCACTGGATGCCCAACCCGATAATGGCCTGTCgg > 1:2219335/1‑69 (MQ=255) aGATCCGTATTGGCGATCGACTGGCCTATATCAGCGCACTGGATGCCCAACCCGATAATGGCCTGTCgg > 1:3379014/1‑69 (MQ=255) aGATCCGTATTGGCGATCGACTGGCCTATATCAGCGCACTGGATGCCCAACCCGATAATGGCCTGTCgg > 1:600225/1‑69 (MQ=255) aGATCCGTATTGGCGATCGACTGGCCTATATCAGCGCACTGGATGCCCAACCCGATAATGGCCTGTCgg > 1:1818761/1‑69 (MQ=255) aGATCCGTATTGGCGATCGACTGGCCTATATCAGCGCACTGGATGCCCAACCCGATAATGGCCTGTCgg > 1:265488/1‑69 (MQ=255) aGATCCGTATTGGCGATCGACTGGCCTATATCAGCGCACTGGATGCCCAACCCGATAATGGCCTGTCgg > 1:1651314/1‑69 (MQ=255) aGATCCGTATTGGCGATCGACTGGCCTATATCAGCGCACTGGATGCCCAACCCGATAATGGCCTGTCgg > 1:1346405/1‑69 (MQ=255) aGATCCGTATTGGCGATCGACTGGCCTATATCAGCGCACTGGATGCCCAACCCGATAATGGCCTGTCg > 1:429585/1‑68 (MQ=255) aGATCCGTATTGGCGATCGACTGGCCTATATCAGCGCACTGGATGCCCAACCCGATAATGGCCTGTCg > 1:3222502/1‑68 (MQ=255) aGATCCGTATTGGCGATCGACTGGCCTATATCAGCGCACTGGATGACCAACCCGATAATGGCCTGTCgg > 1:2471876/1‑69 (MQ=255) aGAACCGTATTGGCGATCGACTGGCCTATATCAGCGCACTGGATGCCCAACCCGATAATGGCCTGTCgg > 1:1655647/1‑69 (MQ=255) tCCGCATTGGCGATCGACTGGCCTATATCAGCGCGCTGGAt < 1:2176763/41‑1 (MQ=38) ccGCATTGGCGATCGACTGGCCTATATCAGCGCGCTGGATGCCCAACCCGAt > 1:2043754/1‑52 (MQ=39) ccGCATTGGCGATCGACTGGCCTATATCAGCGCGCTGGATGCCCAACCCGATa > 1:1924378/1‑53 (MQ=39) ccGCATTGGCGATCGACTGGCCTATATCAGCGCGCTGGATGCCCAACCCGATa > 1:1019252/1‑53 (MQ=39) ccGCATTGGCGATCGACTGGCCTATATCAGCGCGCTGGATGCCCAACCCGATa > 1:1095118/1‑53 (MQ=39) ccGCATTGGCGATCGACTGGCCTATATCAGCGCGCTGGATGCCCAACCCGATa > 1:2832394/1‑53 (MQ=39) ccGCATTGGCGATCGACTGGCCTATATCAGCGCGCTGGATGCCCAACCCGATa > 1:123388/1‑53 (MQ=39) ccGCATTGGCGATCGACTGGCCTATATCAGCGCGCTGGATGCCCAACCCGATa > 1:1384940/1‑53 (MQ=39) ccGCATTGGCGATCGACTGGCCTATATCAGCGCGCTGGATGCCCAACCCGATa > 1:1549916/1‑53 (MQ=39) ccGCATTGGCGATCGACTGGCCTATATCAGCGCGCTGGATGCCCAACCCGATa > 1:1724589/1‑53 (MQ=39) ccGCATTGGCGATCGACTGGCCTATATCAGCGCGCTGGATGCCCAACCCGATa > 1:2901336/1‑53 (MQ=39) ccGCATTGGCGATCGACTGGCCTATATCAGCGCGCTGGATGCCCAACCCGATa > 1:3051796/1‑53 (MQ=39) ccGCATTGGCGATCGACTGGCCTATATCAGCGCGCTGGATGCCCAACCCGATa > 1:3353830/1‑53 (MQ=39) ccGCATTGGCGATCGACTGGCCTATATCAGCGCGCTGGATGCCCAACCCGATa > 1:2392896/1‑53 (MQ=39) ccGCATTGGCGATCGACTGGCCTATATCAGCGCGCTGGATGCCCAACCCGATa > 1:2369371/1‑53 (MQ=39) ccGCATTGGCGATCGACTGGCCTATATCAGCGCGCTGGATGCCCAACCCGATa > 1:2323648/1‑53 (MQ=39) cGACTGGCCTATATCAGCGCACTGGATGCCCAACCCGATAATGGc > 1:1892543/1‑45 (MQ=255) cGACTGGCCTATATCAGCGCACTGGATGCCCAACCCGATAATGGCCTGTCGGTGCTAACCTATCACCat > 1:919550/1‑69 (MQ=255) cGACTGGCCTATATCAGCGCACTGGATGCCCAACCCGATAATGGCCTGTCGGTGCTAACCTATCACCat > 1:3296243/1‑69 (MQ=255) cGACTGGCCTATATCAGCGCACTGGATGCCCAACCCGATAATGGCCTGTCGGTGCTAACCTATCACCat > 1:3124422/1‑69 (MQ=255) cGACTGGCCTATATCAGCGCACTGGATGCCCAACCCGATAATGGCCTGTCGGTGCTAACCTATCACCat < 1:1999882/69‑1 (MQ=255) tataTCAGCGCGCTGGATGCCCAACCCGATAATGGCTTGCCGGTGCTAACCTATCACCa > 1:2063089/1‑59 (MQ=255) tataTCAGCGCGCTGGATGCCCAACCCGATAATGGCTTGCCGGTGCTAACCTATCACCa > 1:2599019/1‑59 (MQ=255) tataTCAGCGCGCTGGATGCCCAACCCGATAATGGCTTGCCGGTGCTAACCTATCACCa > 1:1868820/1‑59 (MQ=255) tataTCAGCGCGCTGGATGCCCAACCCGATAATGGCTTGCCGGTGCTAACCTATCACCa > 1:2514854/1‑59 (MQ=255) tataTCAGCGCGCTGGATGCCCAACCCGATAATGGCTTGCCGGTGCTAACCTATCACCa > 1:685877/1‑59 (MQ=255) tataTCAGCGCGCTGGATGCCCAACCCGATAATGGCTTGCCGGTGCTAACCTATCACCa > 1:1853694/1‑59 (MQ=255) tataTCAGCGCGCTGGATGCCCAACCCGATAATGGCTTGCCGGTGCTAACCTATCACCa > 1:328457/1‑59 (MQ=255) tataTCAGCGCGCTGGATGCCCAACCCGATAATGGCTTGCCGGTGCTAACCTATCACCa > 1:227683/1‑59 (MQ=255) tataTCAGCGCGCTGGATGCCCAACCCGATAATGGCTTGCCGGTGCTAACCTATCACCa > 1:2094645/1‑59 (MQ=255) tataTCAGCGCGCTGGATGCCCAACCCCATAATGGCTTGCCGGTGCTAACCTATCACCa > 1:3209548/1‑59 (MQ=255) tCAGCGCACTGTATGCCCAACCCGATAATGGCCTGTCGGTGCTAACCTATCACCATATTCTGCGcga > 1:2382144/1‑67 (MQ=255) tCAGCGCACTGGATGCCCAACCCGATAATGGCCTGTCGGTGCt > 1:1040581/1‑43 (MQ=255) tCAGCGCACTGGATGCCCAACCCGATAATGGCCTGTCGGTGCTAACCTATCACCATATTCTGCGcga > 1:881946/1‑67 (MQ=255) tCAGCGCACTGGATGCCCAACCCGATAATGGCCTGTCGGTGCTAACCTATCACCATATTCTGCGcga > 1:1906892/1‑67 (MQ=255) aGCGCACTGGATGCCCAACCCGATAATGGCCTGTCGGTGCTAACCTATCACCATATTCTGCGcgacga > 1:2781566/1‑68 (MQ=255) aGCGCACTGGATGCCCAACCCGATAATGGCCTGTCGGTGCTAACCTATCACCATATTCTGCGcgacga > 1:103169/1‑68 (MQ=255) aGCGCACTGGATGCCCAACCCGATAATGGCCTGTCGGTGCTAACCTATCACCATATTCTGCGcgacga > 1:3072640/1‑68 (MQ=255) aGCGCACTGGATGCCCAACCCGATAATGGCCTGTCGGTGCTAACCTATCACCATATTCTGCGcgacg > 1:333827/1‑67 (MQ=255) gcACTTGATGCCCAACCCGATAATGGCCTGTCGGTGCTAACCTATCACCATATTCTGCGCGACgaagaa < 1:1571666/69‑1 (MQ=255) gcACTGGATGCCCAACCCGATAATGGCCTGTCGGTGCTAACCTATCACCATATTCTGCGCGACgaagaa < 1:2040710/69‑1 (MQ=255) gcACTGGATGCCCAACCCGATAATGGCCTGTCGGTGCTAACCTATCACCATATTCTGCGCGACgaagaa < 1:1964894/69‑1 (MQ=255) gcACTGGATGCCCAACCCGATAATGGCCTGTCGGTGCTAACCTATCACCATATTCTGCGCGACgaagaa < 1:429886/69‑1 (MQ=255) gcACTGGATGCCCAACCCGATAATGGCCTGTCGGTGCTAACCTATCACCATATTCTGCGCGACgaagaa < 1:1312853/69‑1 (MQ=255) gcACTGGATGCCCAACCCGATAATGGCCTGTCGGTGCTAACCTATCACCATATTCTGCGCGACgaagaa < 1:2496282/69‑1 (MQ=255) gcACTGGATGCCCAACCCGATAATGGCCTGTCGGTGCTAACCTATCACCATATTCTGCGCGACgaagaa < 1:2558755/69‑1 (MQ=255) gcACTGGATGCCCAACCCGATAATGGCCTGTCGGTGCTAACCTATCACCATATTCTGCGCGACgaagaa < 1:2623946/69‑1 (MQ=255) gcACTGGATGCCCAACCCGATAATGGCCTGTCGGTGCTAACCTATCACCATATTCTGCGCGACgaagaa < 1:2863074/69‑1 (MQ=255) cACTGGATGCCCAACCCGATAATGGCCTGTCGGTGCTAACCTATCACCATATTCTGCGCGACgaagaa < 1:3289587/68‑1 (MQ=255) cACTGGATGCCCAACACGATAATGGCCTGTCGGTGCTAACCTATCACCATATTCTGCGCGACgaagaa < 1:1149820/68‑1 (MQ=255) | AGACAGGTTAAATCAAACCTGGTATCAGATCCGTATTGGCGATCGACTGGCCTATATCAGCGCACTGGATGCCCAACCCGATAATGGCCTGTCGGTGCTAACCTATCACCATATTCTGCGCGACGAAGAA > minE/130240‑130369 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |