Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | minE | 1,677,666 | A→C | 24.4% | intergenic (‑116/+33) | ndk ← / ← pbpC | multifunctional nucleoside diphosphate kinase, apyrimidinic endonuclease, and 3'‑phosphodiesterase/fused transglycosylase and transpeptidase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | minE | 1,677,666 | 0 | A | C | 24.4% | 111.8 / 39.8 | 82 | intergenic (‑116/+33) | ndk/pbpC | multifunctional nucleoside diphosphate kinase, apyrimidinic endonuclease, and 3'‑phosphodiesterase/fused transglycosylase and transpeptidase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (47/15); new base C (9/11); total (56/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.40e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GGCGCGGATTATAATGAGCAACAGGGCCGTTGACTATTGATGAAGGTAACATTTTTTTAAAATAAAATGAGTTTTAGCAACAATCAGGGACAAAACAGACTATTGCATGACAAATTTCACTGTCGCG > minE/1677600‑1677726 | ggCGCGGATTATAATGAGCAACAGGGCCGTTGACTATTGATGAAGGTAACATTTTTTTAAAATAAAATg > 1:2498854/1‑69 (MQ=255) ggCGCGGATTATAATGAGCAACAGGGCCGTTGACTATTGATGAAGGTAACATTTTTTTAAAATAAAATg > 1:3083134/1‑69 (MQ=255) ggATTATAATGAGCAACAGGGCCGTTGACTATTGATGAAGGTAACATTTTTTTAAAATAAAATGAGttt < 1:3344957/69‑1 (MQ=255) ggATTATAATGAGCAACAGGGCCGTTGACTATTGATGAAGGTAACATTTTTTTAAAATAAAATGAGttt < 1:346763/69‑1 (MQ=255) ggATTATAATGAGCAACAGGGCCGTTGACTATTGATGAAGGTAACATTTTTTTAAAATAAAATGAGttt < 1:46959/69‑1 (MQ=255) ggATTATAATGAGCAACAGGGCCGTTGACTATTGATGAAGGTAACATTTTTTTAAAATAAAATGAGttt < 1:2653852/69‑1 (MQ=255) ggATTATAATGAGCAACAGGGCCGTTGACTATTGATGAAGGTAACATTTTTTTAAAATAAAATGAGttt < 1:2776193/69‑1 (MQ=255) ggATTATAATGAGCAACAGGGCCGTTGACTATTGATGAAGGTAACATTTTTTTAAAATAAAATGAGttt < 1:3070661/69‑1 (MQ=255) ggATTATAATGAGCAACAGGGCCGTTGACTATTGATGAAGGTAACATTTTTTTAAAATAAAATGAGttt < 1:2043335/69‑1 (MQ=255) ggATTATAATGAGCAACAGGGCCGTTGACTATTGATGAAGGTAACATTTTTTTAAAATAAAATGAGttt < 1:1932502/69‑1 (MQ=255) ttATAATGGGCAACAGGGCCGTTGACTATTGATGAAGGTAACATTTTTTTAAAATAAAATGAGtttt > 1:499679/1‑67 (MQ=255) ttATAATGAGCAACAGGGCCGTTGACTATTGATGAAGGTAACATTTTTTTAAAATAAAATGAGtttt > 1:501978/1‑67 (MQ=255) ttATAATGAGCAACAGGGCCGTTGACTATTGATGAAGGTAACATTTTTTTAAAATAAAATGAGTTTTa > 1:87949/1‑68 (MQ=255) ttATAATGAGCAACAGGGCCGTTGACTATTGATGAAGGTAACATTTTTTTAAAATAAAATGAGTTTTa > 1:1493715/1‑68 (MQ=255) ttATAATGAGCAACAGGGCCGTTGACTATTGATGAAGGTAACATTTTTTTAAAATAAAATGAGTTTTa > 1:1700574/1‑68 (MQ=255) ttATAATGAGCAACAGGGCCGTTGACTATTGATGAAGGTAACATTTTTTTAAAATAAAATGAGTTTTa > 1:242154/1‑68 (MQ=255) ttATAATGAGCAACAGGGCCGTTGACTATTGATGAAGGTAACATTTTTTTAAAATAAAATGAGTTTTa > 1:3213578/1‑68 (MQ=255) taATGAGCAACAGGGCCGTTGACTATTGATGAAGGTAACATTTTTTTAAAATAAAATGAGTTTTAGca > 1:2412538/1‑68 (MQ=255) taATGAGCAACAGGGCCGTTGACTATTGATGAAGGTAACATTTTTTTAAAATAAAATGAGTTTTAGca > 1:1807691/1‑68 (MQ=255) 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atgaAGGTAACATTTTTTTAAAATAAACCCAGTTTAAGCAACAATCAGGGACAAAATAGACTATTGCAt > 1:1129687/1‑69 (MQ=255) atgaAGGTAACATTTTTTTAAAATAAACCCAGTTTAAGCAACAATCAGGGACAAAATAGACTATTGCAt > 1:455723/1‑69 (MQ=255) atgaAGGTAACATTTTTTTAAAATAAACCCAGTTTAAGCAACAATCAGGGACAAAATAGACTATTGCAt > 1:1947377/1‑69 (MQ=255) atgaAGGTAACATTTTTTTAAAATAAACCCAGTTTAAGCAACAATCAGGGACAAAATAGACTATTGCAt > 1:3040194/1‑69 (MQ=255) atgaAGGTAACATTTTTTTAAAATAAACCCAGTTTAAGCAACAATCAGGGACAAAATAGACTATTGCAt > 1:738721/1‑69 (MQ=255) atgaAGGTAACATTTTTTTAAAATAAACCCAGTTTAAGCAACAATCAGGGACAAAATAGACTATTGCAt > 1:877961/1‑69 (MQ=255) atgaAGGTAACATTTTTTTAAAATAAACCCAGTTTAAGCAACAATCAGGGACAAAATAGACTATTGCAt > 1:2708636/1‑69 (MQ=255) gaAGGTAAGATTTTTTTAAAATAAACCCAGTTTAAGCAACAATCAGGGACAAAATAGACTATTGCATg < 1:1304734/68‑1 (MQ=255) gaAGGTAACATTTTTTTAAAATAAACCCAGTTTAAGCAATAATCAGGGACAAAATAGACTATTGCATg < 1:1373284/68‑1 (MQ=255) gaAGGTAACATTTTTTTAAAATAAACCCAGTTTAAGCAACAATCAGGGACAAAATAGACTATTGCATg < 1:519358/68‑1 (MQ=255) gaAGGTAACATTTTTTTAAAATAAACCCAGTTTAAGCAACAATCAGGGACAAAATAGACTATTGCATg < 1:1170142/68‑1 (MQ=255) gaAGGTAACATTTTTTTAAAATAAACCCAGTTTAAGCAACAATCAGGGACAAAATAGACTATTGCATg < 1:1396696/68‑1 (MQ=255) gaAGGTAACATTTTTTTAAAATAAACCCAGTTTAAGCAACAATCAGGGACAAAATAGACTATTGCATg < 1:1442507/68‑1 (MQ=255) gaAGGTAACATTTTTTTAAAATAAACCCAGTTTAAGCAACAATCAGGGACAAAATAGACTATTGCATg < 1:1041968/68‑1 (MQ=255) gaAGGTAACATTTTTTTAAAATAAACCCAGTTTAAGCAACAATCAGGGACAAAATAGACTATTGCATg < 1:2477835/68‑1 (MQ=255) gaAGGTAACATTTTTTTAAAATAAACCCAGTTTAAGCAACAATCAGGGACAAAATAGACTATTGCATg < 1:2385201/68‑1 (MQ=255) gaAGGTAACATTTTTTTAAAATAAACCCAGTTTAAGCAACAATCAGGGACAAAATAGACTATTGCATg < 1:2270984/68‑1 (MQ=255) gaAGGTAACATTTTTTTAAAATAAACCCAGTTTAAGCAACAATCAGGGACAAAATAGACTATTGCATg < 1:2712709/68‑1 (MQ=255) aCATTTTTTTAAAATAAAATGAGTTTTAGCAACAATCa > 1:3133769/1‑38 (MQ=255) aCATTTTTTTAAAATAAAATGAGTTTTAGCAACAATCAg > 1:1030701/1‑39 (MQ=255) aCATTTTTTTAAAATAAAATGAGTTTTAGCAACAATCAGGGACAAAACAGACTATTGCATGACAAAttt > 1:289673/1‑69 (MQ=255) aCATTTTTTTAAAATAAAATGAGTTTTAGCAACAATCAGGGACAAAACAGACTATTGCATGACAAAttt > 1:1729967/1‑69 (MQ=255) aCATTTTTTTAAAATAAAATGAGTTTTAGCAACAATCAGGGACAAAACAGACTATTGCATGACAAAttt > 1:319035/1‑69 (MQ=255) aCATTTTTTTAAAATAAAATGAGTTTTAGCAACAATCAGGGACAAAACAGACTATTGCATGACAAAtt > 1:504789/1‑68 (MQ=255) aTTTTTTTAAAATAAAATGAGTTTTAGCAACAATCAGGGACAAAACAGACTATTGCATGACAAATTTc < 1:2064139/68‑1 (MQ=255) aTTTTTTTAAAATAAAATGAGTTTTAGCAACAATCAGGGACAAAACAGACTATTGCATGACAAATTTc < 1:2766049/68‑1 (MQ=255) aTTTTTTTAAAATAAAATGAGTTTTAGCAACAATCAGGGACAAAACAGACTATTGCATGACAAATTTc < 1:3123394/68‑1 (MQ=255) aTTTTTTTAAAATAAAATGAGTTTTAGCAACAATCAGGGACAAAACAGACTATTGCATGACAAATTTc < 1:3331267/68‑1 (MQ=255) aTTTTTTTAAAATAAAATGAGTTTTAGCAACAATCAGGGACAAAACAGACTATTGCATGACAAATTTCa > 1:2146993/1‑69 (MQ=255) aTTTTTTTAAAATAAAATGAGTTTTAGCAACAATCAGGGACAAAACAGACTATTGCATGACAAATTTCa > 1:2747902/1‑69 (MQ=255) aTTTTTTTAAAATAAAATGAGTTTTAGCAACAATCAGGGACAAAACAGACTAATGCATGACAAATTTc < 1:1362472/68‑1 (MQ=255) tttttttAAAATAAAATGAGTTTTAGCAACAATCAGGGACAAAACAGACTATTGCATGACAAATTTCAc > 1:2076212/1‑69 (MQ=255) tttttttAAAATAAAATGAGTTTTAGCAACAATCAGGGACAAAACAGACTATTGCATGACAAATTTCAc > 1:2811241/1‑69 (MQ=255) aaataaaatGAGTTTTAGCAACAATCAGGGACAAAACAGACTATTGCATGACAAATTTCACTGTcgcg < 1:656741/68‑1 (MQ=255) | GGCGCGGATTATAATGAGCAACAGGGCCGTTGACTATTGATGAAGGTAACATTTTTTTAAAATAAAATGAGTTTTAGCAACAATCAGGGACAAAACAGACTATTGCATGACAAATTTCACTGTCGCG > minE/1677600‑1677726 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |