| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,680,201 | A→T | 68.4% | I1591I (ATT→ATA) | yfhM ← | conserved hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,680,201 | 0 | A | T | 68.4% | 106.0 / 67.7 | 95 | I1591I (ATT→ATA) | yfhM | conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (27/3); new base T (35/30); total (62/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.68e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 | |||||||||||
TACACCAGCGTTACCGGTTGGTATTCATCAACGGCAACCGCCGCCACAAAGCGATCGTCACGGAACTCAATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGTAAGTTCTGCACTTCGCCACCACTTTGCTCCA > minE/1680133‑1680268 | tACACCAGCGTTACCGGTTGGTATTCATCAACGGCAACCGCCGCCACAAAGCGATCGTCACGGAACTCa > 1:2566242/1‑69 (MQ=255)tACACCAGCGTTACCGGTTGGTATTCATCAACGGCAACCGCCGCCACAAAGCGATCGTCACGGAACTCa > 1:3273110/1‑69 (MQ=255)tACACCAGCGTTACCGGTTGGTATTCATCAACGGCAACCGCCGCCACAAAGCGATCGTCACGGAACTCa > 1:420584/1‑69 (MQ=255) acacCAGCGTTACCGGTTGGTATTCATCAACGGCAACCGCCGCCACAAAGCGATCGTCACGGAACTCaa < 1:6017/69‑1 (MQ=255) cacCAGCGTTACCGGTTGGTATTCATCAACGGCAACCGCCGCCACAAAGCGATCGTCACGGAACTCAAt > 1:2739590/1‑69 (MQ=255) cacCAGCGTTACCGGTTGGTATTCATCAACGGCAACCGCCGCCACAAAGCGATCGTCACGGAACTCAAt > 1:2106185/1‑69 (MQ=255) cacCAGCGTTACCGGTTGGTATTCATCAACGGCAACCGCCGCCACAAAGCGATCGTCACGGAACTCAAt > 1:2051967/1‑69 (MQ=255) cacCAGCGTTACCGGTTGGTATTCATCAACGGCAACCGCCGCCACAAAGCGATCGTCACGGAACTCAAt > 1:3098054/1‑69 (MQ=255) catcaACGGCAACCGCCGCCACAAAGCGATCGTCACGGAACTCAATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCa > 1:1087780/1‑69 (MQ=255) catcaACGGCAACCGCCGCCACAAAGCGATCGTCACGGAACTCAATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCa > 1:2614678/1‑69 (MQ=255) catcaACGGCAACCGCCGCCACAAAGCGATCGTCACGGAACTCAATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCa > 1:949913/1‑69 (MQ=255) ccgccgCCACAAAGCGATCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAgca < 1:620292/69‑3 (MQ=255) ccgccgCCACAAAGCGATCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAgca < 1:2354214/69‑3 (MQ=255) ccgccgCCACAAAGCGATCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAgca < 1:2422016/69‑3 (MQ=255) ccgccgCCACAAAGCGATCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAgca < 1:2503363/69‑3 (MQ=255) ccgccgCCACAAAGCGATCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAgca < 1:121550/69‑3 (MQ=255) ccgccgCCACAAAGCGATCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAgca < 1:2766215/69‑3 (MQ=255) ccgccgCCACAAAGCGATCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAgca < 1:2792515/69‑3 (MQ=255) ccgccgCCACAAAGCGATCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAgca < 1:1816933/69‑3 (MQ=255) ccgccgCCACAAAGCGATCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAgca < 1:311915/69‑3 (MQ=255) ccgccgCCACAAAGCGATCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAgca < 1:3212875/69‑3 (MQ=255) ccgccgCCACAAAGCGATCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAgca < 1:1730462/69‑3 (MQ=255) ccgccgCCACAAAGCGATCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAgca < 1:1332962/69‑3 (MQ=255) ccgccgCCACAAAGCGATCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAgca < 1:840574/69‑3 (MQ=255) ccgccgCCACAAAGCGATCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAgca < 1:836126/69‑3 (MQ=255) gccgccACAAAGCGATCGTCACGGAACTCAATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTTGTTCAGTAAg < 1:3267076/69‑1 (MQ=255) cgccACAAAGCGATCGTCACGGAACTCTATGTGCTTGATg < 1:451747/40‑1 (MQ=255) cgccACAAAGCGATCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATg < 1:1705240/40‑1 (MQ=255) cgccACAAAGCGATCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATg < 1:2310557/40‑1 (MQ=255) cgccACAAAGCGATCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATg < 1:2274628/40‑1 (MQ=255) cgccACAAAGCGATCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATg < 1:2564657/40‑1 (MQ=255) cgccACAAAGCGATCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATg < 1:2712181/40‑1 (MQ=255) cgccACAAAGCGATCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATg < 1:2191420/40‑1 (MQ=255) cgccACAAAGCGATCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATg < 1:1202849/40‑1 (MQ=255) cgccACAAAGCGATCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATg < 1:215714/40‑1 (MQ=255) cgccACAAAGCGATCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATg < 1:2070194/40‑1 (MQ=255) cgccACAAAGCGATCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATg < 1:2063584/40‑1 (MQ=255) cgccACAAAGCGATCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATg < 1:1993932/40‑1 (MQ=255) cgccACAAAGCGATCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATg < 1:1271404/40‑1 (MQ=255) aaaGCGATCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAgca < 1:146967/59‑3 (MQ=255) aaGCGATCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGCAAGTTCTGCAc > 1:2056146/1‑68 (MQ=255) aaGCGATCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGCAAGTTCTGCAc > 1:1180308/1‑68 (MQ=255) aaGCGATCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGCAAGTTCTGCAc > 1:2568641/1‑68 (MQ=255) aaGCGATCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGCAAGTTCTGCAc > 1:151016/1‑68 (MQ=255) aaGCGATCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGCAAGTTCTGCAc > 1:1658185/1‑68 (MQ=255) aaGCGATCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGCAAGTTCTGCAc > 1:812414/1‑68 (MQ=255) gATCGTCACGGAACTCAATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGTAAGTTCTGCACTTCGc < 1:96482/69‑1 (MQ=255) gATCGTCACGGAACTCAATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGTAAGTTCTGCACTTCGc < 1:2393351/69‑1 (MQ=255) tCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGCAAGTTCTg > 1:759622/1‑59 (MQ=255) tCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGCAAGTTCTg > 1:447374/1‑59 (MQ=255) tCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGCAAGTTCTg > 1:444936/1‑59 (MQ=255) tCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGCAAGTTCTg > 1:475720/1‑59 (MQ=255) tCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGCAAGTTCTg > 1:536854/1‑59 (MQ=255) tCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGCAAGTTCTg > 1:401474/1‑59 (MQ=255) tCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGCAAGTTCTg > 1:159753/1‑59 (MQ=255) tCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGCAAGTTCTg > 1:1427398/1‑59 (MQ=255) tCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGCAAGTTCTg > 1:3159002/1‑59 (MQ=255) tCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGCAAGTTCTg > 1:1775461/1‑59 (MQ=255) tCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGCAAGTTCTg > 1:747994/1‑59 (MQ=255) tCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGCAAGTTCTg > 1:3010565/1‑59 (MQ=255) tCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGCAAGTTCTg > 1:2993538/1‑59 (MQ=255) tCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGCAAGTTCTg > 1:2781185/1‑59 (MQ=255) tCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGCAAGTTCTg > 1:205015/1‑59 (MQ=255) tCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGCAAGTTCTg > 1:2202651/1‑59 (MQ=255) tCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGCAAGTTCTg > 1:2305107/1‑59 (MQ=255) tCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGCAAGTTCTg > 1:2492266/1‑59 (MQ=255) tCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGCAAGTTCTg > 1:227210/1‑59 (MQ=255) tCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGCAAGTTCTg > 1:2512260/1‑59 (MQ=255) tCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGCAAGTTCTg > 1:2363980/1‑59 (MQ=255) tCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGCAAGTTCTg > 1:2244123/1‑59 (MQ=255) tCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGCAAGTTCTg > 1:2227350/1‑59 (MQ=255) tCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGCAAGTTCTg > 1:121505/1‑59 (MQ=255) tCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGCAAGTTCTg > 1:2210219/1‑59 (MQ=255) tCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGCAAGTTCTg > 1:2644979/1‑59 (MQ=255) tCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGCAAGTTCTg > 1:2654559/1‑59 (MQ=255) tCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGCAAGTTCTg > 1:1284052/1‑59 (MQ=255) tCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGCAAGTTCTg > 1:1343555/1‑59 (MQ=255) aCGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAgca < 1:2798668/47‑3 (MQ=39) gAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAgca < 1:3094514/44‑3 (MQ=38) aCTCAATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTTCATCTGGTTCAGTa > 1:134641/1‑42 (MQ=255) aCTCAATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGTa > 1:735926/1‑42 (MQ=255) aCTCAATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGTa > 1:627219/1‑42 (MQ=255) aCTCAATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGTa > 1:1144165/1‑42 (MQ=255) aCTCAATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGTa > 1:444536/1‑42 (MQ=255) aCTCAATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGTa > 1:1558539/1‑42 (MQ=255) aCTCAATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGTa > 1:1678707/1‑42 (MQ=255) aCTCAATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGTa > 1:3106978/1‑42 (MQ=255) aCTCAATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGTa > 1:2548682/1‑42 (MQ=255) aCTCAATGTGCTTAATGCTAGCCTGCTGCATCTGGTTCAGTa > 1:1871224/1‑42 (MQ=255) cAATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGTAAGTTCTGCACTTCGCCACCACTTTGCTCCa > 1:1502586/1‑69 (MQ=255) cAATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGTAAGTTCTGCACTTCGCCACCACTTTGCTCCa > 1:543139/1‑69 (MQ=255) cAATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGTAAGTTCTGCACTTCGCCACCACTTTGCTCCa > 1:561145/1‑69 (MQ=255) cAATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGTAAGTTCTGCACTTCGCCACCACTTTGCTCCa > 1:1756467/1‑69 (MQ=255) cAATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGTAAGTTCTGCACTTCGCCACCACTTTGCTCCa > 1:1774554/1‑69 (MQ=255) cAATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGTAAGTTCTGCACTTCGCCACCACTTTGCTCCa > 1:3089120/1‑69 (MQ=255) cAATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGTAAGTTCTGCACTTCGCCACCACTTTGCTCCa > 1:2161848/1‑69 (MQ=255) cAATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGTAAGTTCTGCACTTCGCCACCACTTTGCTCCa > 1:2692020/1‑69 (MQ=255) cAATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGTAAGTTCTGCACTTCGCCACCACTTTGCTCCa > 1:1282366/1‑69 (MQ=255) cAATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGTAAGTTCTGCACTTCGCCACCACTTTGCTCCa > 1:2211158/1‑69 (MQ=255) | TACACCAGCGTTACCGGTTGGTATTCATCAACGGCAACCGCCGCCACAAAGCGATCGTCACGGAACTCAATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGTAAGTTCTGCACTTCGCCACCACTTTGCTCCA > minE/1680133‑1680268 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |