| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,680,544 | C→G | 44.2% | S1477T (AGC→ACC) | yfhM ← | conserved hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,680,544 | 0 | C | G | 44.2% | 20.6 / 84.1 | 77 | S1477T (AGC→ACC) | yfhM | conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (23/20); new base G (14/20); total (37/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.60e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.31e-01 | |||||||||||
AAAGGTGCGGATTGCGGATAACCGCTGGCATCCATACGCAACCATAACGGCTGATCGCCACTGTTGCTCACCTGCAAGGTGACAAGTTGATCGCTATTCAGATTGCTGTTTTGCG > minE/1680478‑1680592 | aaaGGTGCGGATTGCGGATAACCGCTGGCATCCATACGCAACCATAACGGCTGATCGCCACTGTTGCTc > 1:2783794/1‑69 (MQ=255) gcggatAACCGCTGGCATCCATACGCAACCATAACGGCTGATCGCCACTGTTGCTCACCTGCAAGGTg > 1:1748521/1‑68 (MQ=255) gcggatAACCGCTGGCATCCATACGCAACCATAACGGCTGATCGCCACTGTTGCTCACCTGCAAGGTg > 1:1543480/1‑68 (MQ=255) gcggatAACCGCTGGCATCCATACGCAACCATAACGGCTGATCGCCACTGTTGCTCACCTGCAAGGTg > 1:2793164/1‑68 (MQ=255) gcggatAACCGCTGGCATCCATACGCAACCATAACGGCTGATCGCCACTGTTGCTCACCTGCAAGGTg > 1:296380/1‑68 (MQ=255) gcggatAACCGCTGGCATCCATACGCAACCATAACGGCTGATCGCCACTGTTGCTCACCTGCAAGGTg > 1:786375/1‑68 (MQ=255) gcggatAACCGCTGGCATCCATACGCAACCATAACGGCTGATCGCCACTGTTGCTCACCTGCAAGGTg > 1:1082857/1‑68 (MQ=255) aaCCGCTGGCATCCACACGCAGCCATAACGGCTGAT‑‑CCACTGTTGGTCACCTGCAAGGTGGCAAGTTGa < 1:984209/69‑1 (MQ=255) cGCTGGCATCCACACGCAGCCATAACGGCTGATCGCCACTGTTGGTCACCTGCAAGGTGGCAAGTTGa < 1:3276389/68‑1 (MQ=255) cGCTGGCATCCACACGCAGCCATAACGGCTGATCGCCACTGTTGGTCACCTGCAAGGTGGCAAGTTGa < 1:2975892/68‑1 (MQ=255) cGCTGGCATCCACACGCAGCCATAACGGCTGATCGCCACTGTTGGTCACCTGCAAGGTGGCAAGTTGa < 1:2884621/68‑1 (MQ=255) cGCTGGCATCCACACGCAGCCATAACGGCTGATCGCCACTGTTGGTCACCTGCAAGGTGGCAAGTTGa < 1:940804/68‑1 (MQ=255) cGCTGGCATCCACACGCAGCCATAACGGCTGATCGCCACTGTTGGTCACCTGCAAGGTGGCAAGTTGa < 1:2678465/68‑1 (MQ=255) cGCTGGCATCCACACGCAGCCATAACGGCTGATCGCCACTGTTGGTCACCTGCAAGGTGGCAAGTTGa < 1:2672436/68‑1 (MQ=255) cGCTGGCATCCACACGCAGCCATAACGGCTGATCGCCACTGTTGGTCACCTGCAAGGTGGCAAGTTGa < 1:2493122/68‑1 (MQ=255) cGCTGGCATCCACACGCAGCCATAACGGCTGATCGCCACTGTTGGTCACCTGCAAGGTGGCAAGTTGa < 1:1073083/68‑1 (MQ=255) cGCTGGCATCCACACGCAGCCATAACGGCTGATCGCCACTGTTGGTCACCTGCAAGGTGGCAAGTTGa < 1:2315802/68‑1 (MQ=255) cGCTGGCATCCACACGCAGCCATAACGGCTGATCGCCACTGTTGGTCACCTGCAAGGTGGCAAGTTGa < 1:1854918/68‑1 (MQ=255) cGCTGGCATCCACACGCAGCCATAACGGCTGATCGCCACTGTTGGTCACCTGCAAGGTGGCAAGTTGa < 1:1807321/68‑1 (MQ=255) cGCTGGCATCCACACGCAGCCATAACGGCTGATCGCCACTGTTGGTCACCTGCAAGGTGGCAAGTTGa < 1:1771258/68‑1 (MQ=255) cGCTGGCATCCACACGCAGCCATAACGGCTGATCGCCACTGTTGGTCACCTGCAAGGTGGCAAGTTGa < 1:2438868/68‑1 (MQ=255) cGCTGGCATCCACACGCAGCCATAACGGCTGATCGCCACTGTTGGTCACCTGCAAGGTGGCAAGTTGa < 1:115245/68‑1 (MQ=255) cGCTGGCATCCACACGCAGCCATAACGGCTGATCGCCACTGTTGGTCACCTGCAAGGTGGCAAGTTGa < 1:1638464/68‑1 (MQ=255) cGCTGGCATCCACACGCAGCCATAACGGCTGATCGCCACTGTTGGTCACCTGCAAGGTGGCAAGTTGa < 1:1559184/68‑1 (MQ=255) cGCTGGCATCCACACGCAGCCATAACGGCTGATCGCCACTGTTGGTCACCTGCAAGGTGGCAAGTTGa < 1:120479/68‑1 (MQ=255) cGCTGGCATCCACACGCAGCCATAACGGCTGATCGCCACTGTTGGTCACCTGCAAGGTGGCAAGTTGa < 1:1637584/68‑1 (MQ=255) gCTGGCATCCACACGCAGCCATAACGGCTGATCGCCACTGTTGGTCACCTGCAAGGTGGCAAGTTGa < 1:1391552/67‑1 (MQ=255) tGGCATCCATACGCAACCATAACGGCTGATCGCCACTGTTGCTCACCTGCAAGGTGACAAGTTGATCGc < 1:1084908/69‑1 (MQ=255) tGGCATCCATACGCAACCATAACGGCTGATCGCCACTGTTGCTCACCTGCAAGGTGACAAGTTGATCGc < 1:1290848/69‑1 (MQ=255) tGGCATCCATACGCAACCATAACGGCTGATCGCCACTGTTGCTCACCTGCAAGGTGACAAGTTGATCGc < 1:1965859/69‑1 (MQ=255) tGGCATCCATACGCAACCATAACGGCTGATCGCCACTGTTGCTCACCTGCAAGGTGACAAGTTGATCGc < 1:3020711/69‑1 (MQ=255) tGGCATCCATACGCAACCATAACGGCTGATCGCCACTGTTGCTCACCTGCAAGGTGACAAGTTGATCGc < 1:2222294/69‑1 (MQ=255) tGGCATCCATACGCAACCATAACGGCTGATCGCCACTGTTGCTCACCTGCAAGGTGACAAGTTGATCGc < 1:58859/69‑1 (MQ=255) tGGCATCCATACGCAACCATAACGGCTGATCGCCACTGTTGCTCACCTGCAAGGTGACAAGTTGATCGc < 1:230676/69‑1 (MQ=255) tGGCATCCATACGCAACCATAACGGCTGATCGCCACTGTTGCTCACCTGCAAGGTGACAAGTTGATCGc < 1:2546047/69‑1 (MQ=255) ccATACGCAACCATAACGGCTGATCGCCACTGTTGCTCACCTGCAAGGTGACAAGTTGATCGCTATTCa < 1:3418691/69‑1 (MQ=255) ccATACGCAACCATAACGGCTGATCGCCACTGTTGCTCACCTGCAAGGTGACAAGTTGATCGCTATTCa < 1:490225/69‑1 (MQ=255) ccATACGCAACCATAACGGCTGATCGCCACTGTTGCTCACCTGCAAGGTGACAAGTTGATCGCTATTCa < 1:2031353/69‑1 (MQ=255) cATACGCAACCATATCGGCTGATCGCCACTGTTGCTCACCTGCAAGGTGACAAGTTGATCGCTATTCAg > 1:2936162/1‑69 (MQ=255) cATACGCAACCATAACGGCTGATCGCCACTGTTGCTCACCTGCACGGTGAc < 1:441434/51‑1 (MQ=255) cATACGCAACCATAACGGCTGATCGCCACTGTTGCTCACCTGCAAGGTGAc < 1:1572722/51‑1 (MQ=255) cATACGCAACCATAACGGCTGATCGCCACTGTTGCTCACCTGCAAGGTGAc < 1:24394/51‑1 (MQ=255) cATACGCAACCATAACGGCTGATCGCCACTGTTGCTCACCTGCAAGGTGAc < 1:315440/51‑1 (MQ=255) cATACGCAACCATAACGGCTGATCGCCACTGTTGCTCACCTGCAAGGTGAc < 1:13408/51‑1 (MQ=255) cATACGCAACCATAACGGCTGATCGCCACTGTTGCTCACCTGCAAGGTGAc < 1:2682271/51‑1 (MQ=255) cATACGCAACCATAACGGCTGATCGCCACTGTTGCTCACCTGCAAGGTGAc < 1:2147845/51‑1 (MQ=255) cATACGCAACCATAACGGCTGATCGCCACTGTTGCTCACCTGCAAGGTGAc < 1:2924345/51‑1 (MQ=255) cATACGCAACCATAACGGCTGATCGCCACTGTTGCTCACCTGCAAGGTGACAAGTTg > 1:2878141/1‑57 (MQ=255) cATACGCAACCATAACGGCTGATCGCCACTGTTGCTCACCTGCAAGGTGACAAGTTg > 1:1856276/1‑57 (MQ=255) cATACGCAACCATAACGGCTGATCGCCACTGTTGCTCACCTGCAAGGTGACAAGTTg > 1:804600/1‑57 (MQ=255) cATACGCAACCATAACGGCTGATCGCCACTGTTGCTCACCTGCAAGGTGACAAGTTg > 1:2337065/1‑57 (MQ=255) cATACGCAACCATAACGGCTGATCGCCACTGTTGCTCACCTGCAAGGTGACAAGTTg > 1:2233902/1‑57 (MQ=255) cATACGCAACCATAACGGCTGATCGCCACTGTTGCTCACCTGCAAGGTGACAAGTTg > 1:1534627/1‑57 (MQ=255) cATACGCAACCATAACGGCTGATCGCCACTGTTGCTCACCTGCAAGGTGACAAGTTg > 1:1549046/1‑57 (MQ=255) cATACGCAACCATAACGGCTGATCGCCACTGTTGCTCACCTGCAAGGTGACAAGTTg > 1:795794/1‑57 (MQ=255) cATACGCAACCATAACGGCTGATCGCCACTGTTGCTCACCTGCAAGGTGACAAGTTg > 1:231525/1‑57 (MQ=255) cATACGCAACCATAACGGCTGATCGCCACTGTTGCTCACCTGCAAGCTGACAAGTTg > 1:1562701/1‑57 (MQ=255) cATAACGGCTGATCGCCACTGTTGCTCACCTGCAAGGTGACAAGTTGATCGCTATTCAGATTGCTGttt < 1:2812084/69‑1 (MQ=255) aTAACGGCTGATCGCCACTGTTGGTCACCTGCAAGGTGGCAAGTTGATCGCTATTCAGATTGCTGgttt > 1:535648/1‑69 (MQ=255) aTAACGGCTGATCGCCACTGTTGGTCACCTGCAAGGTGGCAAGTTGATCGCTATTCAGATTGCTGgttt > 1:782745/1‑69 (MQ=255) aTAACGGCTGATCGCCACTGTTGGTCACCTGCAAGGTGGCAAGTTGATCGCTATTCAGATTGCTGgttt > 1:375963/1‑69 (MQ=255) aTAACGGCTGATCGCCACTGTTGGTCACCTGCAAGGTGGCAAGTTGATCGCTATTCAGATTGCTGgttt > 1:3431623/1‑69 (MQ=255) aTAACGGCTGATCGCCACTGTTGGTCACCTGCAAGGTGGCAAGTTGATCGCTATTCAGATTGCTGgttt > 1:1771819/1‑69 (MQ=255) aTAACGGCTGATCGCCACTGTTGGTCACCTGCAAGGTGGCAAGTTGATCGCTATTCAGATTGCTGgttt > 1:3203811/1‑69 (MQ=255) aTAACGGCTGATCGCCACTGTTGGTCACCTGCAAGGTGGCAAGTTGATCGCTATTCAGATTGCTGgttt > 1:3062129/1‑69 (MQ=255) aTAACGGCTGATCGCCACTGTTGGTCACCTGCAAGGTGGCAAGTTGATCGCTATTCAGATTGCTGgttt > 1:2858118/1‑69 (MQ=255) aTAACGGCTGATCGCCACTGTTGGTCACCTGCAAGGTGGCAAGTTGATCGCTATTCAGATTGCTGgttt > 1:1449309/1‑69 (MQ=255) aTAACGGCTGATCGCCACTGTTGGTCACCTGCAAGGTGGCAAGTTGATCGCTATTCAGATTGCTGgttt > 1:2634178/1‑69 (MQ=255) aTAACGGCTGATCGCCACTGTTGGTCACCTGCAAGGTGGCAAGTTGATCGCTATTCAGATTGCTGgttt > 1:226992/1‑69 (MQ=255) aTAACGGCTGATCGCCACTGTTGGTCACCTGCAAGGTGGCAAGTTGATCGCTATTCAGATTGCTGgttt > 1:2251698/1‑69 (MQ=255) aTAACGGCTGATCGCCACTGTTGGTCACCTGCAAGGTGGCAAGTTGATCGCTATTCAGATTGCTGgttt > 1:168742/1‑69 (MQ=255) aTAACGGCTGATCGCCACTGTTGGTCACCTGCAAGGTGGCAAGTTGATCGCTATTCAGATTGCTGgttt > 1:1695328/1‑69 (MQ=255) aCGGCTGATCGCCACTGTTGCTCACCTGCAAGGTGACAAGTTGATCGCTATTCAGATTGCTGTTTTgcg > 1:3375013/1‑69 (MQ=255) aCGGCTGATCGCCACTGTTGCTCACCTGCAAGGTGACAAGTTGATCGCTATTCAGATTGCTGTTTTgcg > 1:3083090/1‑69 (MQ=255) aCGGCTGATCGCCACTGTTGCTCACCTGCAAGGTGACAAGTTGATCGCTATTCAGATTGCTGTTTTgcg > 1:1426422/1‑69 (MQ=255) aCGGCTGATCGCCACTGTTGCTCACCTGCAAGGTGACAAGTTGATCGCTATTCAGATTGCTGTTTTgcg > 1:991023/1‑69 (MQ=255) aCGGCTGATCGCCACTGTTGCTCACCTGCAAGGTGACAAGTTGATCGATATTCAGATTGCTGTTTTgcg > 1:2210371/1‑69 (MQ=255) | AAAGGTGCGGATTGCGGATAACCGCTGGCATCCATACGCAACCATAACGGCTGATCGCCACTGTTGCTCACCTGCAAGGTGACAAGTTGATCGCTATTCAGATTGCTGTTTTGCG > minE/1680478‑1680592 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |