| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,682,563 | C→G | 64.8% | R804P (CGG→CCG) | yfhM ← | conserved hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,682,563 | 0 | C | G | 64.8% | 46.7 / 41.8 | 54 | R804P (CGG→CCG) | yfhM | conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (6/13); new base G (22/13); total (28/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.54e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.06e-01 | |||||||||||
TAAATACAGATCATGACGATTCCAGGTTTTATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCC > minE/1682499‑1682631 | tAAATACAGATCATGACGATTCCAGGTTTTATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAAc > 1:272625/1‑69 (MQ=255)tAAATACAGATCATGACGATTCCAGGTTTTATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAAc > 1:2762746/1‑69 (MQ=255) gATCATGACGATTCCAGGTTTTATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAAtct < 1:3435423/69‑1 (MQ=255) gATTCCAGGTTTTATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGccac < 1:938719/68‑1 (MQ=255) ggTTTTATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCGGAAc > 1:15008/1‑45 (MQ=255) ggTTTTATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCGGAACa > 1:3323805/1‑46 (MQ=255) ggTTTTATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCGGAACa > 1:218052/1‑46 (MQ=255) ggTTTTATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCGGAACa > 1:2285791/1‑46 (MQ=255) ggTTTTATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCGGAACa > 1:2905618/1‑46 (MQ=255) ggTTTTATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCGGAACa > 1:300383/1‑46 (MQ=255) ggTTTTATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCGGAACa > 1:3007162/1‑46 (MQ=255) ggTTTTATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCGGAACa > 1:3066587/1‑46 (MQ=255) ggTTTTATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCGGAACa > 1:1093732/1‑46 (MQ=255) ggTTTTATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCGGAACa > 1:3371906/1‑46 (MQ=255) ggTTTTATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCGGAACa > 1:453420/1‑46 (MQ=255) ggTTTTATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCGGAACa > 1:630602/1‑46 (MQ=255) ggTTTTATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCGGAACa > 1:823180/1‑46 (MQ=255) ggTTTTATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCGGAACa > 1:988589/1‑46 (MQ=255) ggTTTTATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCGGAACa > 1:2072876/1‑46 (MQ=255) ggTTTTATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCGGAACa > 1:126938/1‑46 (MQ=255) ggTTTTATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCGGAACa > 1:1515174/1‑46 (MQ=255) ggTTTTATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCGGAACa > 1:1524248/1‑46 (MQ=255) ggTTTTATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCGGAACa > 1:157892/1‑46 (MQ=255) ggTTTTATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCGGAACa > 1:1729492/1‑46 (MQ=255) ggTTTTATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCGGAACa > 1:1909150/1‑46 (MQ=255) ggTTTTATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCGGAACa > 1:1992208/1‑46 (MQ=255) gTTTTATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGc < 1:2184202/69‑1 (MQ=255) gTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCg < 1:2780179/66‑1 (MQ=255) gTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCg < 1:2716400/66‑1 (MQ=255) tCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCg < 1:848840/65‑1 (MQ=255) cataTCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCa < 1:1089757/65‑1 (MQ=255) cAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCa < 1:836061/68‑1 (MQ=255) cAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCa < 1:1741027/68‑1 (MQ=255) cAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCa < 1:2501134/68‑1 (MQ=255) cAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCa < 1:2259052/68‑1 (MQ=255) cAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCa < 1:632009/68‑1 (MQ=255) cAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCa < 1:2002740/68‑1 (MQ=255) aGATCCAGCCCTTGAGCCGGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGTGGCCCTTCACTGGa < 1:939785/59‑1 (MQ=255) aGATCCAGCCCTTGAGCCGGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGa < 1:3279624/59‑1 (MQ=255) aGATCCAGCCCTTGAGCCGGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGa < 1:2113030/59‑1 (MQ=255) aGATCCAGCCCTTGAGCCGGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGa < 1:1207457/59‑1 (MQ=255) aGATCCAGCCCTTGAGCCGGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGa < 1:2244202/59‑1 (MQ=255) aGATCCAGCCCTTGAGCCGGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGa < 1:1376181/59‑1 (MQ=255) aGATCCAGCCCTTGAGCCGGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGa < 1:2273171/59‑1 (MQ=255) aGATCCAGCCCTTGAGCCGGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGa < 1:2385388/59‑1 (MQ=255) aGATCCAGCCCTTGAGCCGGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGa < 1:3268368/59‑1 (MQ=255) aGATCCAGCCCTTGAGCCGGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGa < 1:3221619/59‑1 (MQ=255) aGATCCAGCCCTTGAGCCGGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGa < 1:3101401/59‑1 (MQ=255) aGATCCAGCCCTTGAGCCGGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGa < 1:3100078/59‑1 (MQ=255) aGATCCAGCCCTTGAGCCGGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTAACTGGa < 1:28523/59‑1 (MQ=255) ccAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCAt > 1:256807/1‑69 (MQ=255) ccAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCAt > 1:1715708/1‑69 (MQ=255) ccAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCAt > 1:1798858/1‑69 (MQ=255) ccAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCAt > 1:2536299/1‑69 (MQ=255) cGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACccgcc > 1:16286/1‑69 (MQ=255) cGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACccgcc > 1:2815115/1‑69 (MQ=255) cGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACccgc > 1:2811156/1‑68 (MQ=255) | TAAATACAGATCATGACGATTCCAGGTTTTATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCC > minE/1682499‑1682631 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |