| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,683,726 | C→T | 59.4% | A416A (GCG→GCA) | yfhM ← | conserved hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,683,726 | 0 | C | T | 59.4% | 21.7 / 42.7 | 63 | A416A (GCG→GCA) | yfhM | conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (12/13); new base T (16/21); total (29/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.97e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.78e-01 | |||||||||||
AACGACGCTCCTGAGTACCTGCCCATCGGGTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATTGGGCAACGCTTTACCGTCTGCATCACGCAGCAAACCATTGAGGATT > minE/1683660‑1683765 | aaCGACGCTCCTGAGTACCTGCCCATCGTGTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATTGGGCAACGc < 1:2459179/69‑1 (MQ=255)aaCGACGCTCCTGAGTACCTGCCCATCGGGTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATTGGGCAACGc < 1:614646/69‑1 (MQ=255)aaCGACGCTCCTGAGTACCTGCCCATCGGGTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATTGGGCAACGc < 1:2653533/69‑1 (MQ=255)aaCGACGCTCCTGAGTACCTGCCCATCGGGTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATTGGGCAACGc < 1:694354/69‑1 (MQ=255) gacgCTCCTGAGTACCTGCCCATCGGGTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATTGGGCAACGCt < 1:969753/67‑1 (MQ=255) gacgCTCCTGAGTACCTGCCCATCGGGTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATTGGGCAACGCt < 1:2418070/67‑1 (MQ=255) gacgCTCCTGAGTACCTGCCCATCGGGTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATTGGGCAACGCt < 1:2311864/67‑1 (MQ=255) gacgCTCCTGAGTACCTGCCCATCGGGTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATTGGGCAACGCt < 1:460696/67‑1 (MQ=255) gacgCTCCTGAGTACCTGCCCATCGGGTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATTGGGCAACGCt < 1:196901/67‑1 (MQ=255) gacgCTCCTGAGTACCTGCCCATCGGGTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATTGGGCAACGCt < 1:606665/67‑1 (MQ=255) gacgCTCCTGAGTACCTGCCCATCGGGTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATTGGGCAACGCt < 1:698084/67‑1 (MQ=255) gAGTACCTGCCCATCGGGTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATTGGGCAACGCTTTACCGTCTg > 1:2429865/1‑68 (MQ=255) gggTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATCGGGCAATGCTTTACCGt < 1:3356685/50‑1 (MQ=255) gggTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATCGGGCAATGCTTTACCGt < 1:336591/50‑1 (MQ=255) gggTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATCGGGCAATGCTTTACCGt < 1:3335237/50‑1 (MQ=255) gggTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATCGGGCAATGCTTTACCGt < 1:2826283/50‑1 (MQ=255) gggTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATCGGGCAATGCTTTACCGt < 1:2928834/50‑1 (MQ=255) gggTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATCGGGCAATGCTTTACCGt < 1:926350/50‑1 (MQ=255) gggTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATCGGGCAATGCTTTACCGt < 1:3290775/50‑1 (MQ=255) gggTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATCGGGCAATGCTTTACCGt < 1:2422457/50‑1 (MQ=255) gggTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATCGGGCAATGCTTTACCGt < 1:3246325/50‑1 (MQ=255) gggTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATCGGGCAATGCTTTACCGt < 1:2380464/50‑1 (MQ=255) gggTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATCGGGCAATGCTTTACCGt < 1:212967/50‑1 (MQ=255) gggTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATCGGGCAATGCTTTACCGt < 1:2038813/50‑1 (MQ=255) gggTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATCGGGCAATGCTTTACCGt < 1:489777/50‑1 (MQ=255) gggTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATCGGGCAATGCTTTACCGt < 1:1865500/50‑1 (MQ=255) gggTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATCGGGCAATGCTTTACCGt < 1:177394/50‑1 (MQ=255) gggTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATCGGGCAATGCTTTACCGt < 1:655386/50‑1 (MQ=255) gggTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATCGGGCAATGCTTTACCGt < 1:1665748/50‑1 (MQ=255) gggTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATCGGGCAATGCTTTACCGt < 1:952189/50‑1 (MQ=255) gggTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATCGGGCAATGCTTTACCGt < 1:1457626/50‑1 (MQ=255) gggTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATCGGGCAATGCTTTACCGt < 1:1348538/50‑1 (MQ=255) gggTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATCGGGCAATGCTTTACCGt < 1:1187174/50‑1 (MQ=255) gggTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATCGGGCAATGCTTTACCGTCTGCATCa > 1:2728039/1‑58 (MQ=255) gggTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATCGGGCAATGCTTTACCGTCTGCATCACGCAGCAAAcc > 1:485662/1‑69 (MQ=255) gggTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATCGGGCAATGCTTTACCGTCTGCATCACGCAGCAAAcc > 1:556391/1‑69 (MQ=255) gggTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATCGGGCAATGCTTTACCGTCTGCATCACGCAGCAAAcc > 1:841929/1‑69 (MQ=255) gggTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATCGGGCAATGCTTTACCGTCTGCATCACGCAGCAAAcc > 1:3164124/1‑69 (MQ=255) gggTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATCGGGCAATGCTTTACCGTCTGCATCACGCAGCAAAcc > 1:724698/1‑69 (MQ=255) gggTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATCGGGCAATGCTTTACCGTCTGCATCACGCAGCAAAcc > 1:2673069/1‑69 (MQ=255) gggTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATCGGGCAATGCTTTACCGTCTGCATCACGCAGCAAAcc > 1:2669791/1‑69 (MQ=255) gggTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATCGGGCAATGCTTTACCGTCTGCATCACGCAGCAAAcc > 1:2669137/1‑69 (MQ=255) gggTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATCGGGCAATGCTTTACCGTCTGCATCACGCAGCAAAcc > 1:2365343/1‑69 (MQ=255) gggTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATCGGGCAATGCTTTACCGTCTGCATCACGCAGCAAAcc > 1:1974177/1‑69 (MQ=255) gggTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATCGGGCAATGCTTTACCGTCTGCATCACGCAGCAAAcc > 1:1851685/1‑69 (MQ=255) gggTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATCGGGCAATGCTTTACCGTCTGCATCACGCAGCAAAcc > 1:928296/1‑69 (MQ=255) gggTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATCGGGCAATGCTTTACCGTCTGCATCACGCAGCAAAcc > 1:935295/1‑69 (MQ=255) gggTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATCGGGCAATGCTTTACCGTCTGCATCACGCAGCAAAcc > 1:1293189/1‑69 (MQ=255) gggTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATCGGGCAATGCTTTACAGTCTGCATCACGCAGGAAAcc > 1:332482/1‑69 (MQ=255) tAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATTGGGCAACGCTTTACCGTCTGCATCACGCAGCAAACCATTg > 1:2755689/1‑68 (MQ=255) tAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATTGGGCAACGCTTTACCGTCTGCATCACGCAGCAAACCATTg > 1:645717/1‑68 (MQ=255) tAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATTGGGCAACGCTTTACCGTCTGCATCACGCAGCAAACCATTg > 1:636895/1‑68 (MQ=255) tAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATTGGGCAACGCTTTACCGTCTGCATCACGCAGCAAACCATTg > 1:420240/1‑68 (MQ=255) tAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATTGGGCAACGCTTTACCGTCTGCATCACGCAGCAAACCATTg > 1:3061600/1‑68 (MQ=255) tAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATTGGGCAACGCTTTACCGTCTGCATCACGCAGCAAACCATTg > 1:111165/1‑68 (MQ=255) tAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATTGGGCAACGCTTTACCGTCTGCATCACGCAGCAAACCATTg > 1:2597501/1‑68 (MQ=255) tAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATTGGGCAACGCTTTACCGTCTGCATCACGCAGCAAACCATTg > 1:1693937/1‑68 (MQ=255) tAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATTGGGCAACGCTTTACCGTCTGCATCACGCAGCAAACCATTg > 1:1648877/1‑68 (MQ=255) tAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATTGGGCAACGCTTTACCGTCTGCATCACGCAGCAAACCATTg > 1:1127240/1‑68 (MQ=255) tAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATTGGGCAAAGCTTTACCGTCTGCATCACGCAGCAAACCATTg > 1:1622591/1‑68 (MQ=255) tCACGTCTAACTTGATGGGTTGATTGGGCAACGCTTTACCGTCTGCATCACGCAGCAAACCATTGAgg < 1:581583/68‑1 (MQ=255) aCGTCTAACTTGATGGGTTGATTGGGCAACGCTTTACCGTCTGCATCa < 1:2648740/48‑1 (MQ=255) aCGTCTAACTTGATGGGTTGATTGGGCAACGCTTTACCGTCTGCATCCCGCAGCAAACCATTGAGGAtt > 1:874393/1‑69 (MQ=255) | AACGACGCTCCTGAGTACCTGCCCATCGGGTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATTGGGCAACGCTTTACCGTCTGCATCACGCAGCAAACCATTGAGGATT > minE/1683660‑1683765 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |