| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,687,119 | C→T | 54.0% | P167P (CCG→CCA) | sseB ← | rhodanase‑like enzyme, sulfur transfer from thiosulfate |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,687,119 | 0 | C | T | 54.0% | 7.2 / 63.2 | 76 | P167P (CCG→CCA) | sseB | rhodanase‑like enzyme, sulfur transfer from thiosulfate |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (10/25); new base T (25/16); total (35/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.96e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CCAATAAGTAAATTAGGCTGTGCCTCTTCGTTCTCTTTAATTGAACAAATAAAAGCACGCTTCACCGGCTTAATGGTTTTAAATAAGGTGGTGAGTGAATCAATCATTTGTGCTGGCGGCTCTGCG > minE/1687054‑1687179 | ccAATAAGTAAATTAGGCTGTGCCTCTTCGTTCTCTTTAATTGAACAAATAAAAGCACGCTTCACCgg > 1:830394/1‑68 (MQ=255)ccAATAAGTAAATTAGGCTGTGCCTCTTCGTTCTCTTTAATTGAACAAATAAAAGCACGCTTCACCgg > 1:2830397/1‑68 (MQ=255)ccAATAAGTAAATTAGGCTGTGCCTCTTCGTTCTCTTTAATTGAACAAATAAAAGCACGCTTCACCgg > 1:3146249/1‑68 (MQ=255) tAAATTAGGCTGTGCCTCTTCGTTCTCTTTAATTGAACAAATAAAAGCACGCTTCACCGGCTTAATgg < 1:1030440/68‑1 (MQ=255) tAAATTAGGCTGTGCCTCTTCGTTCTCTTTAATTGAACAAATAAAAGCACGCTTCACCGGCTTAATgg < 1:2141816/68‑1 (MQ=255) tAAATTAGGCTGTGCCTCTTCGTTCTCTTTAATTGAACAAATAAAAGCACGCTTCACCGGCTTAATgg < 1:307934/68‑1 (MQ=255) tAAATTAGGCTGTGCCTCTTCGTTCTCTTTAATTGAACAAATAAAAGCACGCTTCACCGGCTTAATgg < 1:400199/68‑1 (MQ=255) aaaTTAGGCTGTGCCTCTTCGTTCTCTTTAATTGAACAAATAAAAGCACGCTTCACCGGCTTAATgg < 1:1522614/67‑1 (MQ=255) gCTGTGCCTCTTCGTTCTCTTTAATTGAACAAATAAAAGCACGCTTCACCGGCTTAATGGTTTTAAAt < 1:2164210/68‑1 (MQ=255) gCTGTGCCTCTTCGTTCTCTTTAATTGAACAAATAAAAGCACGCTTCACCGGCTTAATGGTTTTAAAt < 1:661289/68‑1 (MQ=255) ccTCTTCGTTCTCTTTAATTGAACAAATAAAAGCACGCTTCACCGGCTTAATGGTTTTAAATAAggtg > 1:762609/1‑68 (MQ=255) ccTCTTCGTTCTCTTTAATTGAACAAATAAAAGCACGCTTCACCGGCTTAATGGTTTTAAATAAggtg > 1:2978985/1‑68 (MQ=255) ccTCTTCGTTCTCTTTAATTGAACAAATAAAAGCACGCTTCACCGGCTTAATGGTTTTAAATAAggtg > 1:1151105/1‑68 (MQ=255) ccTCTTCGTTCTCTTTAATTGAACAAATAAAAGCACGCTTCACCGGCTTAATGGTTTTAAATAAggt < 1:2982598/67‑1 (MQ=255) tctTCGTTCTCTTTAATTGAACAAATAAAAGCACGCTTCACCGGCTTAATGGTTTTAAATAAGgtggtg < 1:498359/69‑1 (MQ=255) tctTCGTTCTCTTTAATTGAACAAATAAAAGCACGCTTCACCGGCTTAATGGTTTTAAATAAGgtggtg < 1:2562051/69‑1 (MQ=255) tctTCGTTCTCTTTAATTGAACAAATAAAAGCACGCTTCACCGGCTTAATGGTTTTAAATAAGgtggtg < 1:1079694/69‑1 (MQ=255) tctTCGTTCTCTTTAATTGAACAAATAAAAGCACGCTTCACCGGCTTAATGGTTTTAAATAAGgtggtg < 1:2958389/69‑1 (MQ=255) tctTCGTTCTCTTTAATTGAACAAATAAAAGCACGCTTCACCGGCTTAATGGTTTTAAATAAGgtggtg < 1:3238436/69‑1 (MQ=255) tctTCGTTCTCTTTAATTGAACAAATAAAAGCACGCTTCACCGGCTTAATGGTTTTAAATAAGgtggtg < 1:1571111/69‑1 (MQ=255) tctTCGTTCTCTTTAATTGAACAAATAAAAGCACGCTTCACCGGCTTAATGGTTTTAAATAAGgtggtg < 1:3243675/69‑1 (MQ=255) tctTCGTTCTCTTTAATTGAACAAATAAAAGCACGCTTCACCGGCTTAATGGTTTTAAATAAGgtggtg < 1:3284930/69‑1 (MQ=255) tctTCGTTCTCTTTAATTGAACAAATAAAAGCACGCTTCACCGGCTTAATGGTTTTAAATAAGgtggtg < 1:1509170/69‑1 (MQ=255) ctTCGCTCTCTTTAATTAAACAAATAAAAGCACGCTTCACTTGCTTAATGGt > 1:2327922/1‑52 (MQ=37) ctTCGCTCTCTTTAATTAAACAAATAAAAGCACGCTTCACTGGCTTTATGGtt > 1:401431/1‑53 (MQ=37) ctTCGCTCTCTTTAATTAAACAAATAAAAGCACGCTTCACTGGCTTAATGGtt > 1:855242/1‑53 (MQ=38) ctTCGCTCTCTTTAATTAAACAAATAAAAGCACGCTTCACTGGCTTAATGGtt > 1:3435121/1‑53 (MQ=38) ctTCGCTCTCTTTAATTAAACAAATAAAAGCACGCTTCACTGGCTTAATGGtt > 1:356982/1‑53 (MQ=38) ctTCGCTCTCTTTAATTAAACAAATAAAAGCACGCTTCACTGGCTTAATGGtt > 1:364442/1‑53 (MQ=38) ctTCGCTCTCTTTAATTAAACAAATAAAAGCACGCTTCACTGGCTTAATGGtt > 1:656591/1‑53 (MQ=38) ctTCGCTCTCTTTAATTAAACAAATAAAAGCACGCTTCACTGGCTTAATGGtt > 1:2646152/1‑53 (MQ=38) ctTCGCTCTCTTTAATTAAACAAATAAAAGCACGCTTCACTGGCTTAATGGtt > 1:45460/1‑53 (MQ=38) ctTCGCTCTCTTTAATTAAACAAATAAAAGCACGCTTCACTGGCTTAATGGtt > 1:2599791/1‑53 (MQ=38) ctTCGCTCTCTTTAATTAAACAAATAAAAGCACGCTTCACTGGCTTAATGGtt > 1:638336/1‑53 (MQ=38) ctTCGCTCTCTTTAATTAAACAAATAAAAGCACGCTTCACTGGCTTAATGGtt > 1:252414/1‑53 (MQ=38) ctTCGCTCTCTTTAATTAAACAAATAAAAGCACGCTTCACTGGCTTAATGGtt > 1:1547706/1‑53 (MQ=38) ctTCGCTCTCTTTAATTAAACAAATAAAAGCACGCTTCACTGGCTTAATGGtt > 1:1024710/1‑53 (MQ=38) ctTCGCTCTCTTTAATTAAACAAATAAAAGCACGCTTCACTGGCTTAATGGtt > 1:2389343/1‑53 (MQ=38) ctTCGCTCTCTTTAATTAAACAAATAAAAGCACGCTTCACTGGCTTAATGGtt > 1:1766937/1‑53 (MQ=38) ctTCGCTCTCTTTAATTAAACAAATAAAAGCACGCTTCACTGGCTTAATGGtt > 1:1176590/1‑53 (MQ=38) ctTCGCTCTCTTTAATTAAACAAATAAAAGCACGCTTCACTGGCTTAATGGtt > 1:2098999/1‑53 (MQ=38) ctTCGCTCTCTTTAATTAAACAAATAAAAGCACGCTTCACTGGCTTAATGGtt > 1:1233346/1‑53 (MQ=38) ctTCGCTCTCTTTAATTAAACAAATAAAAGCACGCTTCACTGGCTTAATGGtt > 1:2012175/1‑53 (MQ=38) ctTCGCTCTCTTTAATTAAACAAATAAAAGCACGCTTCACTGGCTTAATGGtt > 1:2005167/1‑53 (MQ=38) ctTCGCTCTCTTTAATTAAACAAATAAAAGCACGCTTCACTGGCTTAATGGt > 1:2308446/1‑52 (MQ=38) ctTCGCTCTCTTTAATTAAACAAATAAAAGCACGCTTCACTGGCTTAATGGt > 1:630532/1‑52 (MQ=38) ctTCGCTCTCTTTAATTAAACAAATAAAAGCACGCTTCACTGGCTTAATGGt > 1:618942/1‑52 (MQ=38) ctTCGCTCACTTTAATTAAACAAATAAAAGCACGCTTCACTGGCTTAATGGtt > 1:1369907/1‑53 (MQ=37) ttCGTTCTCTTTAATTGAACAAATAAAAGCACGCTTCACCGGCTTAATGGTTTTAAATAAGgtggtg > 1:2969928/1‑67 (MQ=255) tAATTGAACAAATAAAAGCACGCTTCACCGGCTTAATGGTTTTAAATAAGGTGGTGAGTGAatcaatca > 1:1533930/1‑69 (MQ=255) tAATTGAACAAATAAAAGCACGCTTCACCGGCTTAATGGTTTTAAATAAGGTGGTGAGTGAatcaatca > 1:1255228/1‑69 (MQ=255) tAATTGAACAAATAAAAGCACGCTTCACCGGCTTAATGGTTTTAAATAAGGTGGTGAGTGAatcaatca > 1:2632376/1‑69 (MQ=255) aCAAATAAAAGCACGCTTCACTGTCTTAATGGTTTTAAATAAGGTGGTGAGTGAATCAATCAt < 1:1115742/63‑1 (MQ=255) aCAAATAAAAGCACGCTTCACTGGCTTAATGGTTTTAAATAAGGTGGTGAGTGAATCAATCAt < 1:1275153/63‑1 (MQ=255) aCAAATAAAAGCACGCTTCACTGGCTTAATGGTTTTAAATAAGGTGGTGAGTGAATCAATCAt < 1:127641/63‑1 (MQ=255) aCAAATAAAAGCACGCTTCACTGGCTTAATGGTTTTAAATAAGGTGGTGAGTGAATCAATCAt < 1:37344/63‑1 (MQ=255) aCAAATAAAAGCACGCTTCACTGGCTTAATGGTTTTAAATAAGGTGGTGAGTGAATCAATCAt < 1:1003483/63‑1 (MQ=255) aCAAATAAAAGCACGCTTCACTGGCTTAATGGTTTTAAATAAGGTGGTGAGTGAATCAATCAt < 1:1764271/63‑1 (MQ=255) aCAAATAAAAGCACGCTTCACTGGCTTAATGGTTTTAAATAAGGTGGTGAGTGAATCAATCAt < 1:3080911/63‑1 (MQ=255) aCAAATAAAAGCACGCTTCACTGGCTTAATGGTTTTAAATAAGGTGGTGAGTGAATCAATCAt < 1:2533088/63‑1 (MQ=255) aCAAATAAAAGCACGCTTCACTGGCTTAATGGTTTTAAATAAGGTGGTGAGTGAATCAATCAt < 1:2315326/63‑1 (MQ=255) aCAAATAAAAGCACGCTTCACTGGCTTAATGGTTTTAAATAAGGTGGTGAGTGAATCAATCAt < 1:2145851/63‑1 (MQ=255) aCAAATAAAAGCACGCTTCACTGGCTTAATGGTTTTAAATAAGGTGGTGAGTGAATCAATCAt < 1:1882833/63‑1 (MQ=255) aCAAATAAAAGCACGCTTCACTGGCTTAATGGTTTTAAATAAGGTGGTGAGTGAATCAATCAt < 1:3055564/63‑1 (MQ=255) aCAAATAAAAGCACGCTTCACTGGCTTAATGGTTTTAAATAAGGTGGTGAGTGAATCAATCAt < 1:1866774/63‑1 (MQ=255) aCAAATAAAAGCACGCTTCACTGGCTTAATGGTTTTAAATAAGGTGGTGAGTGAATCAATCAt < 1:1370260/63‑1 (MQ=255) cAAATAAAAGCACGCTTCACTGGCTTAATGGTTTTAAATAAGGTGGTGAGTGAATCAATCAt < 1:1245560/62‑1 (MQ=255) aCGCTTCACTGGCTTAATGGTTTTAAATAAGGTGGTGAGTGAATCAATCAt < 1:2968036/51‑1 (MQ=255) aCGCTTCACCGGCTTAATGGTTTTAAATAAGGTGGTGAGTGAATCAATCATTTGTGCTGGCGGCTCTGc < 1:580047/69‑1 (MQ=255) cGCTTCACCGGCTTAATGGTTTTAAATAAGGTGGTGAGTGAATCAATCATTTGTGCTGGCGGCTCTGCg < 1:1259598/69‑1 (MQ=255) cGCTTCACCGGCTTAATGGTTTTAAATAAGGTGGTGAGTGAATCAATCATTTGTGCTGGCGGCTCTGCg < 1:2978127/69‑1 (MQ=255) cGCTTCACCGGCTTAATGGTTTTAAATAAGGTGGTGAGTGAATCAATCATTTGTGCTGGCGGCTCTGCg < 1:285449/69‑1 (MQ=255) cGCTTCACCGGCTTAATGGTTTTAAATAAGGTGGTGAGTGAATCAATCATTTGTGCTGGCGGCTCTGCg < 1:2841343/69‑1 (MQ=255) cGCTTCACCGGCTTAATGGTTTTAAATAAGGTGGTGAGTGAATCAATCATTTGTGCTGGCGGCTCTGCg < 1:700437/69‑1 (MQ=255) cGCTTCACCGCCTTAATGGTTTTAAATAAGGTGGTGAGTGAATCAATCATTTGTGCTGGCGGCTCTGCg < 1:2550302/69‑1 (MQ=255) gCTTCACCGGCTTAATGGTTTTAAATAAGGTTGTGAGTGAATCAATCATTTGTGCTGGCGGCTCTGCg < 1:1337590/68‑1 (MQ=255) | CCAATAAGTAAATTAGGCTGTGCCTCTTCGTTCTCTTTAATTGAACAAATAAAAGCACGCTTCACCGGCTTAATGGTTTTAAATAAGGTGGTGAGTGAATCAATCATTTGTGCTGGCGGCTCTGCG > minE/1687054‑1687179 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |