| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,698,225 | C→T | 44.2% | T35T (ACC→ACT) | csiE → | stationary phase inducible protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,698,225 | 0 | C | T | 44.2% | 24.8 / 73.6 | 95 | T35T (ACC→ACT) | csiE | stationary phase inducible protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (15/38); new base T (19/23); total (34/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.31e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CAGCGCCGCTGCCAGATCTTGCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCTTGATATCAGCGAAACAGGACGGGAGA > minE/1698163‑1698292 | cAGCGCCGCTGCCAGATCTTGCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCa < 1:278649/67‑1 (MQ=255)cAGCGCCGCTGCCAGATCTTGCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCa < 1:1073574/67‑1 (MQ=255)cAGCGCCGCTGCCAGATCTTGCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCa < 1:283024/67‑1 (MQ=255)cAGCGCCGCTGCCAGATCTTGCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCa < 1:3109477/67‑1 (MQ=255)cAGCGCCGCTGCCAGATCTTGCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCa < 1:1514569/67‑1 (MQ=255)cAGCGCCGCTGCCAGATCTTGCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCa < 1:159975/67‑1 (MQ=255)cAGCGCCGCTGCCAGATCTTGCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCa < 1:679193/67‑1 (MQ=255) tGCCAGATCTTGCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTAAt < 1:775617/69‑1 (MQ=255) gCCAGATCTTGCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTa < 1:2399732/66‑1 (MQ=255) gCCAGATCTTGCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTa < 1:56534/66‑1 (MQ=255) gCCAGATCTTGCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTa < 1:182599/66‑1 (MQ=255) gCCAGATCTTGCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTAAt < 1:82838/68‑1 (MQ=255) aTCTTGCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGtgtg < 1:1867979/69‑1 (MQ=255) aTCTTGCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGtgtg < 1:2787177/69‑1 (MQ=255) aTCTTGCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGtgtg < 1:2993812/69‑1 (MQ=255) aTCTTGCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGtgtg < 1:206933/69‑1 (MQ=255) aTCTTGCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGtgtg < 1:72933/69‑1 (MQ=255) tCTTGCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGtgtg < 1:3267193/68‑1 (MQ=255) cTTGCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGTGTgg > 1:1768887/1‑68 (MQ=255) cTTGCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGTGTgg > 1:80640/1‑68 (MQ=255) cTTGCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGTGTgg > 1:3161994/1‑68 (MQ=255) cTTGCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGTGTgg > 1:1887797/1‑68 (MQ=255) gCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCACGGCAACTTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGgatg > 1:371387/1‑68 (MQ=255) gCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCACGGCAACTTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGgatg > 1:889370/1‑68 (MQ=255) gCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCACGGCAACTTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGgatg > 1:2980520/1‑68 (MQ=255) gCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCACGGCAACTTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGgatg > 1:1252874/1‑68 (MQ=255) gCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCACGGCAACTTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGgatg > 1:3048362/1‑68 (MQ=255) gCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCACGGCAACTTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGgatg > 1:2418420/1‑68 (MQ=255) gCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCACGGCAACTTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGgatg > 1:1295756/1‑68 (MQ=255) gCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCACGGCAACTTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGgatg > 1:1005007/1‑68 (MQ=255) gCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCACGGCAACTTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGgatg > 1:3398553/1‑68 (MQ=255) gCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCACGGCAACTTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGgatg > 1:766208/1‑68 (MQ=255) gCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCACGGCAACTTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGgatg > 1:1362287/1‑68 (MQ=255) gCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCACGGCAACTTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGgatg > 1:1518968/1‑68 (MQ=255) gCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCACGGCAACTTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGgatg > 1:1719946/1‑68 (MQ=255) gCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCACGGCAACTTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGgatg > 1:1743503/1‑68 (MQ=255) gCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCACGGCAACTTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGgatg > 1:1800767/1‑68 (MQ=255) gCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCACGGCAACTTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGgatg > 1:182815/1‑68 (MQ=255) gCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCACGGCAACTTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGgatg > 1:1901517/1‑68 (MQ=255) gCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCACGGCAACTTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGgatg > 1:2723023/1‑68 (MQ=255) gCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCACGGCAACTTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGgatg > 1:187448/1‑68 (MQ=255) tGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGgatgat < 1:450523/68‑1 (MQ=255) tGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGgatg < 1:489891/66‑1 (MQ=255) tGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGgatg < 1:544439/66‑1 (MQ=255) tGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGgatg < 1:2323350/66‑1 (MQ=255) tGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGgatg < 1:2422248/66‑1 (MQ=255) tGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGgatg < 1:1766157/66‑1 (MQ=255) tGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGgatg < 1:2709550/66‑1 (MQ=255) gACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGgatgatga < 1:1828157/69‑1 (MQ=255) gCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGgatgatgat < 1:2557560/67‑1 (MQ=255) gCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGgatgatgat < 1:2685891/67‑1 (MQ=255) gCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGgatgatgat < 1:640904/67‑1 (MQ=255) gCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGgatgatgat < 1:2092542/67‑1 (MQ=255) ctctTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATAtt < 1:1022661/69‑1 (MQ=255) tCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGc > 1:311105/1‑37 (MQ=255) cGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTAAt < 1:338615/41‑1 (MQ=255) ggggTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCTTGa < 1:370907/69‑1 (MQ=255) ggggTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCTTGa < 1:939377/69‑1 (MQ=255) ggggTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCTTGa < 1:1210430/69‑1 (MQ=255) ggggTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCTTGa < 1:2462976/69‑1 (MQ=255) ggggTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCTTGa < 1:147632/69‑1 (MQ=255) gggTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCTTGa < 1:1925777/68‑1 (MQ=255) gTTGACCGGCACCACGGCAACTTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCt < 1:2431148/63‑1 (MQ=255) tGACCGCCACCACGGCAACTTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCt < 1:1358162/61‑1 (MQ=255) tGACCGCCACCACGGCAACTTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCt < 1:1984454/61‑1 (MQ=255) tGACCGCCACCACGGCAACTTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCt < 1:454367/61‑1 (MQ=255) tGACCGCCACCACGGCAACTTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCt < 1:1863976/61‑1 (MQ=255) tGACCGCCACCACGGCAACTTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCt < 1:16319/61‑1 (MQ=255) tGACCGCCACCACGGCAACTTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCt < 1:723776/61‑1 (MQ=255) tGACCGCCACCACGGCAACTTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCt < 1:2520638/61‑1 (MQ=255) tGACCGCCACCACGGCAACTTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCt < 1:1331117/61‑1 (MQ=255) tGACCGCCACCACGGCAACTTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCt < 1:1295470/61‑1 (MQ=255) tGACCGCCACCACGGCAACTTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCt < 1:853240/61‑1 (MQ=255) tGACCGCCACCACGGCAACTTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCt < 1:884228/61‑1 (MQ=255) tGACCGCCACCACGGCAACTTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCt < 1:110041/61‑1 (MQ=255) tGACCGCCACCACGGCAACTTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCt < 1:1072561/61‑1 (MQ=255) tGACCGCCACCACGGCAACTTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCt < 1:283019/61‑1 (MQ=255) tGACCGCCACCACGGCAACTTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCt < 1:2085136/61‑1 (MQ=255) tGACCGCCACCACGGCAACTTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCt < 1:3060123/61‑1 (MQ=255) tGACCGCCACCACGGCAACTTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCt < 1:3378776/61‑1 (MQ=255) tGACCGCCACCACGGCAACTTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCt < 1:3101983/61‑1 (MQ=255) tGACCGCCACCACGGCAACTTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCt < 1:2310057/61‑1 (MQ=255) tGACCGCCACCACGGCAACTTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCt < 1:2295096/61‑1 (MQ=255) tGACCGCCACCACGGCAACTTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCt < 1:2213504/61‑1 (MQ=255) cGCCACCACGGCAACTTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCt < 1:1952742/57‑1 (MQ=255) aTGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCTTGATATCAGCGAAACAGGa > 1:1853637/1‑69 (MQ=255) aTGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCTTGATATCAGCGAAACAGGa > 1:561987/1‑69 (MQ=255) aTGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCTTGATATCAGCGAAACAGGa > 1:2143622/1‑69 (MQ=255) aTGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCTTGATATCAGCGAAACAGGa > 1:2993554/1‑69 (MQ=255) gCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCTTGATATCAGCGaa > 1:2480280/1‑60 (MQ=255) gCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCTTGATATCAGCGAAACAGGAc > 1:1857384/1‑67 (MQ=255) gCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCTTGATATCAGCGAAACAGGAc > 1:77749/1‑67 (MQ=255) gCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCTTGATATCAGCGAAACAGGAc > 1:2474331/1‑67 (MQ=255) gCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCTTGATATCAGCGAAACAGGAc > 1:2506952/1‑67 (MQ=255) gCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCTTGATATCAGCGAAACAGGAc > 1:2780897/1‑67 (MQ=255) ccTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCTTGATATCAGCGAAACAGGACGGgaga < 1:1527008/69‑1 (MQ=255) ccTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCTTGATATCAGCGAAACAGGACGGgaga < 1:3412211/69‑1 (MQ=255) | CAGCGCCGCTGCCAGATCTTGCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCTTGATATCAGCGAAACAGGACGGGAGA > minE/1698163‑1698292 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |