| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,726,985 | G→A | 100% | G415G (GGC→GGT) | purL ← | phosphoribosylformyl‑glycineamide synthetase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,726,985 | 0 | G | A | 85.0% | 51.3 / 1.7 | 34 | G415G (GGC→GGT) | purL | phosphoribosylformyl‑glycineamide synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/3); new base A (20/8); total (23/11) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.04e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.41e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
CAGCTTCGCACCGACGTTGATCTCGCCTTTTTGTACGTGATCGGCGCGAATGTTGCCGATCCCGCCCGCCAGCATGATCGGTTTGTGATAACCGCGCAGCTCTTCGCCGTTGTGGCTGTTC > minE/1726922‑1727042 | cAGCTTCGCACCGACGTTGATCTCGCCTTTTTGTACGTGATCGGCGCGAATGTTGCCGATcccgccc > 1:1111874/1‑67 (MQ=255)cAGCTTCGCACCGACGTTGATCTCGCCTTTTTGTACGTGATCGGCGCGAATGTTGCCGATcccgccc > 1:686741/1‑67 (MQ=255)cAGCTTCGCACCGACGTTGATCTCGCCTTTTTGTACGTGATCGGCGCGAATGTTGCCGATcccgccc > 1:57689/1‑67 (MQ=255)cAGCTTCGCACCGACGTTGATCTCGCCTTTTTGTACGTGATCGGCGCGAATGTTGCCGATcccgccc > 1:3401950/1‑67 (MQ=255)cAGCTTCGCACCGACGTTGATCTCGCCTTTTTGTACGTGATCGGCGCGAATGTTGCCGATcccgccc > 1:3091472/1‑67 (MQ=255)cAGCTTCGCACCGACGTTGATCTCGCCTTTTTGTACGTGATCGGCGCGAATGTTGCCGATcccgccc > 1:2514616/1‑67 (MQ=255)cAGCTTCGCACCGACGTTGATCTCGCCTTTTTGTACGTGATCGGCGCGAATGTTGCCGATcccgccc > 1:1819863/1‑67 (MQ=255) gTTGATCTCGCCTTTTTGTACGTGATCGGCGCGAATGTTGCCGATCCCACCCGCCAGCATGATCGGttt < 1:853156/69‑1 (MQ=255) gTTGATCTCGCCTTTTTGTACGTGATCGGCGCGAATGTTGCCGATCCCACCCGCCAGCATGATCGGttt < 1:844803/69‑1 (MQ=255) gTTGATCTCGCCTTTTTGTACGTGATCGGCGCGAATGTTGCCGATCCCACCCGCCAGCATGATCGGttt < 1:3299133/69‑1 (MQ=255) gTTGATCTCGCCTTTTTGTACGTGATCGGCGCGAATGTTGCCGATCCCACCCGCCAGCATGATCGGttt < 1:1478375/69‑1 (MQ=255) gTTGATCTCGCCTTTTTGTACGTGATCGGCGCGAATGTTGCCGATCCCACCCGCCAGCATGATCGGttt < 1:790307/69‑1 (MQ=255) gTTGATCTCGCCTTTTTGTACGTGATCGGCGCGAATGTTGCCGATCCCACCCGCCAGCATGATCGGttt < 1:1165087/69‑1 (MQ=255) gTTGATCTCGCCTTTTTGTACGTGATCGGCGCGAATGTTGCCGATCCCACCCGCCAGCATGATCGGttt < 1:3417630/69‑1 (MQ=255) ttGATCTCGCCTTTTTGTACGTGATCGGCGCGAATGTTGCCGATCCCACCCGCCAGCATGATCGGttt < 1:374615/68‑1 (MQ=255) tGATCTCGCCTTTTTGTACGTGATCGGCGCGAATGTTGCCGATCCCGCCCGCCAGCATGATCGGTTtgt < 1:572840/69‑1 (MQ=255) tGATCTCGCCTTTTTGTACGTGATCGGCGCGAATGTTGCCGATCCCGCCCGCCAGCATGATCGGTTtgt < 1:1462034/69‑1 (MQ=255) cGCCTTTTTGTACGTGATCGGCGCGAATGTTGCCGATCCCGCCCGCCAGCATGATCGGTTTGTGATAAc > 1:1804186/1‑69 (MQ=255) ttttGTACGTGATCGGCGCGAATGTTGCCGATCCCCCCCGCCa > 1:1312772/1‑43 (MQ=255) ttttGTACGTGATCGGCGCGAATGTTGCCGATCCCACCCGCGAGCATGATCGGTTTGTGATAACCgcgc > 1:3181888/1‑69 (MQ=255) ttttGTACGTGATCGGCGCGAATGTTGCCGATCCCACCCGCCAGCATGATCGGTTTGTGATAACCgcgc > 1:3131943/1‑69 (MQ=255) ttttGTACGTGATCGGCGCGAATGTTGCCGATCCCACCCGCCAGCATGATCGGTTTGTGATAACCgcgc > 1:1505291/1‑69 (MQ=255) ttttGTACGTGATCGGCGCGAATGTTGCCGATCCCACCCGCCAGCATGATCGGTTTGTGATAACCgcgc > 1:813252/1‑69 (MQ=255) ttttGTACGTGATCGGCGCGAATGTTGCCGATCCCACCCGCCAGCATGATCGGTTTGTGATAACCgcgc > 1:893751/1‑69 (MQ=255) ttttGTACGTGATCGGCGCGAATGTTGCCGATCCCACCCGCCAGCATGATCGGTTTGTGATAACCgcgc > 1:927210/1‑69 (MQ=255) ttttGTACGTGATCGGCGCGAATGTTGCCGATCCCACCCGCCAGCATGATCGGTTTGTGATAACCgcgc > 1:1392494/1‑69 (MQ=255) ttttGTACGTGATCGGCGCGAATGTTGCCGATCCCACCCGCCAGCATGATCGGTTTGTGATAACCgcgc > 1:2937084/1‑69 (MQ=255) ttttGTACGTGATCGGCGCGAATGTTGCCGATCCCACCCGCCAGCATGATCGGTTTGTGATAACCgcgc > 1:2912636/1‑69 (MQ=255) ttttGTACGTGATCGGCGCGAATGTTGCCGATCCCACCCGCCAGCATGATCGGTTTGTGATAACCgcgc > 1:2739925/1‑69 (MQ=255) ttttGTACGTGATCGGCGCGAATGTTGCCGATCCCACCCGCCAGCATGATCGGTTTGTGATAACCgcgc > 1:2449243/1‑69 (MQ=255) ttttGTACGTGATCGGCGCGAATGTTGCCGATCCCACCCGCCAGCATGATCGGTTTGTGATAACCgcgc > 1:2223875/1‑69 (MQ=255) ttttGTACGTGATCGGCGCGAATGTTGCCGATCCCACCCGCCAGCATGATCGGTTTGTGATAACCgcgc > 1:2115754/1‑69 (MQ=255) ttttGTACGTGATCGGCGCGAATGTTGCCGATCCCACCCGCCAGCATGATCGGTTTGTGATAACCgcgc > 1:2100356/1‑69 (MQ=255) ttttGTACGTGATCGGCGCGAATGTTGCCGATCCCACCCGCCAGCATGATCGGTTTGTGATAACCgcgc > 1:1934203/1‑69 (MQ=255) ttttGTACGTGATCGGCGCGAATGTTGCCGATCCCACCCGCCAGCATGATCGGTTTGTGATAACCgcgc > 1:1763943/1‑69 (MQ=255) ttttGTACGTGATCGGCGCGAATGTTGCCGATCCCACCCGCCAGCATGATCGGTTTGTGATAACCgcgc > 1:1742191/1‑69 (MQ=255) ttttGTACGTGATCGGCGCGAATGTTGCCGATCCCACCCGCCAGCATGATCGGTTTGTGATAACCgcgc > 1:17207/1‑69 (MQ=255) ttttGTACGTGATCGGCGCGAATGTTGCCGATCCCACCCGCCAGCATGATCGGTTTGTGATAACCgcgc > 1:1712474/1‑69 (MQ=255) ttttGTACGTGATCGGCGCGAATGTTGCCGATCCCACCCGCCAGCATGATCGGTTTGTGATAACCgcgc > 1:1492997/1‑69 (MQ=255) cGGCGCGAATGTTGCCGATCCCGCCCGCCAGCATGATCGGTTTGTGATAACCGCGCAGCTCTTCGCCGt < 1:933812/69‑1 (MQ=255) ttGCCGATCCCGCCCGCCAGCATGATCGGTTTGTGATAACCGCGCAGCTCTTCGCCGTTGTGGCTGTTc > 1:1091777/1‑69 (MQ=255) | CAGCTTCGCACCGACGTTGATCTCGCCTTTTTGTACGTGATCGGCGCGAATGTTGCCGATCCCGCCCGCCAGCATGATCGGTTTGTGATAACCGCGCAGCTCTTCGCCGTTGTGGCTGTTC > minE/1726922‑1727042 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |