| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,728,960 | T→C | 66.3% | H112H (CAT→CAC) | yfhD → | predicted transglycosylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,728,960 | 0 | T | C | 66.3% | 51.9 / 35.4 | 68 | H112H (CAT→CAC) | yfhD | predicted transglycosylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (9/14); new base C (29/16); total (38/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.04e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CAGTATCGCCCACGTACGCTGGGCAACCTGACGGCGGAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCATGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGAAACAAAATTCCCGGAATTAAGCTGGAAGGTAGAC > minE/1728898‑1729026 | cAGTATCGCCCACGTACGCTGGGCAACCTGACGGCGGAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCTTgtggtg > 1:1508543/1‑69 (MQ=255)cAGTATCGCCCACGTACGCTGGGCAACCTGACGGCGGAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCATgtggtg > 1:3000833/1‑69 (MQ=255)cAGTATCGCCCACGTACGCTGGGCAACCTGACGGCGGAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCATgtggtg > 1:157286/1‑69 (MQ=255) gCCCACGTACGCTGGGCAACCTGACGGCGGAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCATGTGGTGGTTAACg < 1:1913995/69‑1 (MQ=255) tACGCTGGGCAACCTGACGGCGGAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCATGTGGTGGTTAACGATCTCCa > 1:909987/1‑69 (MQ=255) tACGCTGGGCAACCTGACGGCGGAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCATGTGGTGGTTAACGATCTCCa > 1:670212/1‑69 (MQ=255) tACGCTGGGCAACCTGACGCCGGAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCATGTGGTGGTTAACGATCTCCa > 1:1770184/1‑69 (MQ=255) cTGGGCAACCTGACGGCGGAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCATGTGGTGGTTAACGATCTCCAGAc < 1:1132151/68‑1 (MQ=255) cTGGGCAACCTGACGGCGGAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCATGTGGTGGTTAACGATCTCCAGAc < 1:3022391/68‑1 (MQ=255) cTGGGCAACCTGACGGCGGAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCATGTGGTGGTTAACGATCTCCAGAc < 1:1827497/68‑1 (MQ=255) cTGACGGCGGAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCATGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTgaaaga > 1:1579335/1‑68 (MQ=255) gACGGCGGAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCATGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGAAAc < 1:2409088/69‑1 (MQ=255) gACGGCGGAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCATGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGAAAc < 1:981578/69‑1 (MQ=255) gACGGCGGAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCATGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGAAAc < 1:1041104/69‑1 (MQ=255) gACGGCGGAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCATGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGAAAc < 1:2392170/69‑1 (MQ=255) ggcggAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCATGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGAAACaa < 1:1573586/68‑1 (MQ=255) ggcggAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCATGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGAAACaa < 1:3431322/68‑1 (MQ=255) ggcggAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCATGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGAAACaa < 1:3419647/68‑1 (MQ=255) ggcggAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCATGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGAAACaa < 1:3245531/68‑1 (MQ=255) ggcggAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCATGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGAAACaa < 1:1244189/68‑1 (MQ=255) cggAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACACaaa > 1:1446914/1‑67 (MQ=255) cggAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACACAAAAt > 1:492085/1‑69 (MQ=255) cggAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACACAAAAt > 1:264996/1‑69 (MQ=255) cggAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACACAAAAt > 1:2889515/1‑69 (MQ=255) cggAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACACAAAAt > 1:3199746/1‑69 (MQ=255) cggAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACACAAAAt > 1:334345/1‑69 (MQ=255) cggAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACACAAAAt > 1:3434446/1‑69 (MQ=255) cggAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACACAAAAt > 1:364676/1‑69 (MQ=255) cggAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACACAAAAt > 1:42572/1‑69 (MQ=255) cggAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACACAAAAt > 1:1596186/1‑69 (MQ=255) cggAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACACAAAAt > 1:666564/1‑69 (MQ=255) cggAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACACAAAAt > 1:669087/1‑69 (MQ=255) cggAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACACAAAAt > 1:1208336/1‑69 (MQ=255) cggAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACACAAAAt > 1:81847/1‑69 (MQ=255) cggAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACACAAAAt > 1:867099/1‑69 (MQ=255) cggAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACACAAAAt > 1:871179/1‑69 (MQ=255) cggAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACACAAAAt > 1:1043451/1‑69 (MQ=255) cggAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACACAAAAt > 1:18404/1‑69 (MQ=255) cggAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACACAAAAt > 1:1301866/1‑69 (MQ=255) cggAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACACAAAAt > 1:1948824/1‑69 (MQ=255) cggAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACACAAAAt > 1:2114776/1‑69 (MQ=255) cggAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACACAAAAt > 1:2630881/1‑69 (MQ=255) cggAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACACAAAAt > 1:232981/1‑69 (MQ=255) cggAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACA‑AAAAtt > 1:1963717/1‑69 (MQ=255) gCAACTCACCGTTGCACCTGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACACaaaa < 1:3094962/64‑1 (MQ=255) gCAACTCACCGTTGCACCTGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACACaaaa < 1:1326560/64‑1 (MQ=255) gCAACTCACCGTTGCACCGGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACACaaaa < 1:374186/64‑1 (MQ=255) gCAACTCACCGTTGCACCGGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACACaaaa < 1:1356233/64‑1 (MQ=255) gCAACTCACCGTTGCACCGGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACACaaaa < 1:1086872/64‑1 (MQ=255) gCAACTCACCGTTGCACCGGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACACaaaa < 1:900496/64‑1 (MQ=255) gCAACTCACCGTTGCACCGGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACACaaaa < 1:1917948/64‑1 (MQ=255) gCAACTCACCGTTGCACCGGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACACaaaa < 1:601818/64‑1 (MQ=255) gCAACTCACCGTTGCACCGGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACACaaaa < 1:2394630/64‑1 (MQ=255) gCAACTCACCGTTGCACCGGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACACaaaa < 1:337295/64‑1 (MQ=255) gCAACTCACCGTTGCACCGGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACACaaaa < 1:1823246/64‑1 (MQ=255) gCAACTCACCGTTGCACCGGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACACaaaa < 1:1387091/64‑1 (MQ=255) gCAACTCACCGTTGCACCGGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACACaaaa < 1:1253586/64‑1 (MQ=255) gCAACTCACCGTTGCACCGGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACACaaaa < 1:2496212/64‑1 (MQ=255) gCAACTCACCGTTGCACAGGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACACaaaa < 1:569311/64‑1 (MQ=255) cAACTCACCGTTGCACCGGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACACaaaa < 1:3257377/63‑1 (MQ=255) ttGCACCGGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACACAAAATTCCCGGAATTAAGc > 1:2236635/1‑68 (MQ=255) ttGCACCGGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACACAAAATTCCCGGAATTAAGc > 1:2407148/1‑68 (MQ=255) ttGCACCGGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACACAAAATTCCCGGAATTAAGc > 1:785514/1‑68 (MQ=255) ttGCACCGGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACACAAAATTCCCGGAATTAAGc > 1:133171/1‑68 (MQ=255) ttGCACCGGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACACAAAATTCCCGGAATTAAGc > 1:301046/1‑68 (MQ=255) gCACCGGGTCATGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGAAACAAAATTCCCGGAATTAAGCTgg < 1:884501/69‑1 (MQ=255) aTGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGAAACAAAATTCCCGGAATTAAGCTGGAAGGTAgac > 1:1516671/1‑68 (MQ=255) aTGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGAAACAAAATTCCCGGAATTAAGCTGGAAGGTAgac > 1:2158353/1‑68 (MQ=255) | CAGTATCGCCCACGTACGCTGGGCAACCTGACGGCGGAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCATGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGAAACAAAATTCCCGGAATTAAGCTGGAAGGTAGAC > minE/1728898‑1729026 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |