| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,743,369 | C→T | 32.4% | S88S (AGC→AGT) | nadB → | quinolinate synthase, L‑aspartate oxidase (B protein) subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,743,369 | 0 | C | T | 32.4% | 72.0 / 40.7 | 83 | S88S (AGC→AGT) | nadB | quinolinate synthase, L‑aspartate oxidase (B protein) subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (19/37); new base T (6/21); total (25/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.18e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.61e-01 | |||||||||||
ATGTGGAAGACACATTGATTGCCGGGGCTGGTATTTGCGATCGCCATGCAGTTGAATTTGTCGCCAGCAATGCACGATCCTGTGTGCAATGGCTAATCGACCAGGGGGTGTTGTTTGATACC > minE/1743302‑1743423 | aTGTGGAAGACACATTGATTGCTGGGGCTGGTATTTGCGATCGCCATGCAGTTGAATTTGTCGCCAGc < 1:3048386/68‑1 (MQ=255)aTGTGGAAGACACATTGATTGCCGGGGCTGGTATTTGCGATCGCCATGCAGTTGAATTTGTCGCCAGc < 1:2133953/68‑1 (MQ=255)aTGTGGAAGACACATTGATTGCCGGGGCTGGTATTTGCGATCGCCATGCAGTTGAATTTGTCGCCAGc < 1:2603785/68‑1 (MQ=255)aTGTGGAAGACACATTGATTGCCGGGGCTGGTATTTGCGATCGCCATGCAGTTGAATTTGTCGCCAGc < 1:1754064/68‑1 (MQ=255)aTGTGGAAGACACATTGATTGCCGGGGCTGGTATTTGCGATCGCCATGCAGTTGAATTTGTCGCCAGc < 1:1292159/68‑1 (MQ=255)aTGTGGAAGACACATTGATTGCAGGGGCTGGTATTTGCGATCGCCATGCAGTTGAATTTGTCGCCAGc < 1:484090/68‑1 (MQ=255) acaTTGATTGCCGGGGCTGGTATTTGCGATCGCCATGCAGTTGAATTTGTCGCCAGTAATGCACGATcc > 1:2853277/1‑69 (MQ=255) acaTTGATTGCCGGGGCTGGTATTTGCGATCGCCATGCAGTTGAATTTGTCGCCAGTAATGCACGATcc > 1:1074688/1‑69 (MQ=255) acaTTGATTGCCGGGGCTGGTATTTGCGATCGCCATGCAGTTGAATTTGTCGCCAGTAATGCACGATcc > 1:2491322/1‑69 (MQ=255) 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1:117993/68‑1 (MQ=255) cGATCGCCATGCAGTTGAATTTGTCGCCAGCAATGCACGATCCTGTGTGCAATGGCTAATCGACCAgg < 1:2439739/68‑1 (MQ=255) gATCGCCATGCAGTTGAATTTGTCGCCAGCAATGCACGATCCTGTGTGCAATGGCTAATCGACCAggg < 1:3212265/68‑1 (MQ=255) gATCGCCATGCAGTTGAATTTGTCGCCAGCAATGCACGATCCTGTGTGCAATGGCTAATCGACCAggg < 1:2887503/68‑1 (MQ=255) gATCGCCATGCAGTTGAATTTGTCGCCAGCAATGCACGATCCTGTGTGCAATGGCTAATCGACCAggg < 1:1534641/68‑1 (MQ=255) gATCGCCATGCAGTTGAATTTGTCGCCAGCAATGCACGATCCTGTGTGCAATGGCTAATCGACCAggg < 1:513036/68‑1 (MQ=255) gATCGCCATGCAGTTGAATTTGTCGCCAGCAATGCACGATCCTGTGTGCAATGGCTAATCGACCAggg < 1:3346490/68‑1 (MQ=255) gATCGCCATGCAGTTGAATTTGTCGCCAGCAATGCACGATCCTGTGTGCAATGGCTAATCGACCAggg < 1:2470133/68‑1 (MQ=255) gATCGCCATGCAGTTGAATTTGACGCCAGCAATGCACGATGCTGTGTGCAATGGCTAATCGACCAggg < 1:123767/68‑1 (MQ=255) aTCGCCATGCAGTTGAATTTGTCGCCAGCAATGCACGATCCTGTGTGCAATGGCTAATCGACCAggggg < 1:755937/69‑1 (MQ=255) ccATGCAGTTGAATTTGTCGCCAGCAATGCACGATCCTGTGTGCAATGGCTAATCGACCAggg < 1:2465910/63‑1 (MQ=255) cAGTTGAATTTGTCGCCAGCAATGCACGATCCTGTGTGc > 1:2152728/1‑39 (MQ=255) cAGTTGAATTTGTCGCCAGCAATGCACGATCCTGTGTGc > 1:1499509/1‑39 (MQ=255) cAGTTGAATTTGTCGCCAGCAATGCACGATCCTGTGTGc > 1:70214/1‑39 (MQ=255) gAATTTGTCGCCAGCAATGCACGATCCTGTGTGCAATGGCTAATCGACCAGGGGGTGTTGTTTGATAcc < 1:3276359/69‑1 (MQ=255) gAATTTGTCGCCAGCAATGCACGATCCTGTGTGCAATGGCTAATCGACCAGAGGGTGTTGTTTGATAcc < 1:818803/69‑1 (MQ=255) tGTCGCCAGCAATGCACGATCCTGTGTGCAATGGCTAATCGACCAGGGGGTgttttt > 1:275528/1‑57 (MQ=255) tGTCGCCAGCAATGCACGATCCTGTGTGCAATGGCTAATCGACCAGGGGGTGTTGttt > 1:2533260/1‑58 (MQ=255) tGTCGCCAGCAATGCACGATCCTGTGTGCAATGGCTAATCGACCAGGGGGTGTTGttt > 1:2242859/1‑58 (MQ=255) tGTCGCCAGCAATGCACGATCCTGTGTGCAATGGCTAATCGACCAGGGGGTGTTGttt > 1:609184/1‑58 (MQ=255) tGTCGCCAGCAATGCACGATCCTGTGTGCAATGGCTAATCGACCAGGGGGTGTTGttt > 1:1680788/1‑58 (MQ=255) tGTCGCCAGCAATGCACGATCCTGTGTGCAATGGCTAATCGACCAGGGGGTGTTGttt > 1:2290642/1‑58 (MQ=255) tGTCGCCAGCAATGCACGATCCTGTGTGCAATGGCTAATCGACCAGGGGGTGTTGttt > 1:17087/1‑58 (MQ=255) tGTCGCCAGCAATGCACGATCCTGTGTGCAATGGCTAATCGACCAGGGGGTGTTGttt > 1:2830839/1‑58 (MQ=255) tGTCGCCAGCAATGCACGATCCTGTGTGCAATGGCTAATCGACCAGGGGGTGTTGttt > 1:3325014/1‑58 (MQ=255) | ATGTGGAAGACACATTGATTGCCGGGGCTGGTATTTGCGATCGCCATGCAGTTGAATTTGTCGCCAGCAATGCACGATCCTGTGTGCAATGGCTAATCGACCAGGGGGTGTTGTTTGATACC > minE/1743302‑1743423 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |