| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,749,239 | A→T | 40.2% | intergenic (‑104/‑201) | yfiD ← / → ung | pyruvate formate lyase subunit/uracil‑DNA‑glycosylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,749,239 | 0 | A | T | 40.2% | 48.3 / 82.0 | 87 | intergenic (‑104/‑201) | yfiD/ung | pyruvate formate lyase subunit/uracil‑DNA‑glycosylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (22/30); new base T (18/17); total (40/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.11e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATTGGTAAAACCATTGTTGCTTGAGTGTATATATACTCCTCAAACACCCTTGAATCTTTGATTTAAATCAATAAAAACCACACATCAAGTATGGTCGCAAATGGATTTTATTGTTTTACATC > minE/1749186‑1749307 | aTTGGTAAAACCATTGTTGCTTGAGTGTATATATACTCCTCAAACACCCTTGATTCTTTGATTTAAATc < 1:2577567/69‑1 (MQ=255)aTTGGTAAAACCATTGTTGCTTGAGTGTATATATACTCCTCAAACACCCTTGATTCTTTGATTTAAATc < 1:968960/69‑1 (MQ=255)aTTGGTAAAACCATTGTTGCTTGAGTGTATATATACTCCTCAAACACCCTTGATTCTTTGATTTAAATc < 1:652516/69‑1 (MQ=255)aTTGGTAAAACCATTGTTGCTTGAGTGTATATATACTCCTCAAACACCCTTGATTCTTTGATTTAAATc < 1:402969/69‑1 (MQ=255)aTTGGTAAAACCATTGTTGCTTGAGTGTATATATACTCCTCAAACACCCTTGATTCTTTGATTTAAATc < 1:3416599/69‑1 (MQ=255)aTTGGTAAAACCATTGTTGCTTGAGTGTATATATACTCCTCAAACACCCTTGATTCTTTGATTTAAATc < 1:3121405/69‑1 (MQ=255)aTTGGTAAAACCATTGTTGCTTGAGTGTATATATACTCCTCAAACACCCTTGATTCTTTGATTTAAATc < 1:2735191/69‑1 (MQ=255)aTTGGTAAAACCATTGTTGCTTGAGTGTATATATACTCCTCAAACACCCTTGATTCTTTGATTTAAATc < 1:2691779/69‑1 (MQ=255)aTTGGTAAAACCATTGTTGCTTGAGTGTATATATACTCCTCAAACACCCTTGATTCTTTGATTTAAATc < 1:219385/69‑1 (MQ=255)aTTGGTAAAACCATTGTTGCTTGAGTGTATATATACTCCTCAAACACCCTTGATTCTTTGATTTAAATc < 1:2106834/69‑1 (MQ=255)aTTGGTAAAACCATTGTTGCTTGAGTGTATATATACTCCTCAAACACCCTTGATTCTTTGATTTAAATc < 1:2058849/69‑1 (MQ=255)aTTGGTAAAACCATTGTTGCTTGAGTGTATATATACTCCTCAAACACCCTTGATTCTTTGATTTAAATc < 1:204632/69‑1 (MQ=255)aTTGGTAAAACCATTGTTGCTTGAGTGTATATATACTCCTCAAACACCCTTGATTCTTTGATTTAAATc < 1:1097322/69‑1 (MQ=255) ttGGTAAAACCATTGTTGCTTGAGTGTATATATACTCCTCAAACACCCTTGATTCTTTGATTTAAATc < 1:2310537/68‑1 (MQ=255) tGGTAAAACCATTGTTGCTTGAGTGTATATATACTCCTCAAACACCCTTGATTCTTTGATTTAAATc < 1:2796426/67‑1 (MQ=255) cATTGTTGCTTGAGTGTATATATACTCCTCAAACACCCTTGAATCTTTGATTTAAATCAATAAAAACca < 1:1639673/69‑1 (MQ=255) cATTGTTGCTTGAGTGTATATATACTCCTCAAACACCCTTGAATCTTTGATTTAAATCAATAAAAACca < 1:2874176/69‑1 (MQ=255) cATTGTTGCTTGAGTGTATATATACTCCTCAAACACCCTTGAATCTTTGATTTAAATCAATAAAAACca < 1:1736565/69‑1 (MQ=255) cATTGTTGCTTGAGTGTATATATACTCCTCAAACACCCTTGAATCTTTGATTTAAATCAATAAAAACca < 1:1879644/69‑1 (MQ=255) 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> 1:2777936/1‑67 (MQ=255) tGAGTCTATATATACTCCTCAAACACCATTGATTCTTTGATTTAAATc < 1:1305329/48‑1 (MQ=255) tataCTCCTCAAACACCCTTGAATCTTTGATTTAAATCAATAAAAACCACACATCAAGTATGGTCGCa < 1:1374064/68‑1 (MQ=255) tataCTCCTCAAACACCCTTGAATCTTTGATTTAAATCAATAAAAACCACACATCAAGTATGGTCGCa < 1:2030792/68‑1 (MQ=255) tataCTCCTCAAACACCCTTGAATCTTTGATTTAAATCAATAAAAACCACACATCAAGTATGGTCGCa < 1:3027781/68‑1 (MQ=255) tataCTCCTCAAACACCCTTGAATCTTTGATTTAAATCAATAAAAACCACACATCAAGTATGGTCGCa < 1:3020953/68‑1 (MQ=255) taCTCCTCAAACACCCTTGAATCTTTGATTTAAATCAATAAAAACCACACATCAAGTATGGTCGCaaa > 1:158758/1‑68 (MQ=255) taCTCCTCAAACACCCTTGAATCTTTGATTTAAATCAATAAAAACCACACATCAAGTATGGTCGCaaa > 1:1913260/1‑68 (MQ=255) taCTCCTCAAACACCCTTGAATCTTTGATTTAAATCAATAAAAACCACACATCAAGTATGGTCGCaaa > 1:1096865/1‑68 (MQ=255) taCTCCTCAAACACCCTTGAATCTTTGATTTAAATCAATAAAAACCACACATCAAGTATGGTCGCaaa > 1:1905027/1‑68 (MQ=255) taCTCCTCAAACACCCTTGAATCTTTGATTTAAATCAATAAAAACCACACATCAAGTATGGTCGCaaa > 1:1263958/1‑68 (MQ=255) 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ATTGGTAAAACCATTGTTGCTTGAGTGTATATATACTCCTCAAACACCCTTGAATCTTTGATTTAAATCAATAAAAACCACACATCAAGTATGGTCGCAAATGGATTTTATTGTTTTACATC > minE/1749186‑1749307 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |