| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,766,035 | T→C | 58.1% | L275L (CTA→CTG) | clpB ← | protein disaggregation chaperone |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,766,035 | 0 | T | C | 58.1% | 39.2 / 72.2 | 100 | L275L (CTA→CTG) | clpB | protein disaggregation chaperone |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (30/12); new base C (29/29); total (59/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.00e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.06e-01 | |||||||||||
GTTTCCGGCGTCCATTGCGCCATCGGCTTTACCCGCGCCGACCATGGTATGTAATTCGTCGATAAATAGGATGACGTTGCCTTCCTGTTTGGCAAGATCGTTAAGCACGCCTTTTAAACGTTCTTCAAACTC > minE/1765969‑1766100 | gTTTCCGGCGTCCATTGCGCCATCGGCTTTACCCGCGCCGACCATGGTATGTAATTCGTCGATAAATAg < 1:3114935/69‑1 (MQ=255) tttCCGGCGTCCATTGCGCCATCGGCTTTACCCGCGCCGACCATGGTATGTAATTCGTCGATAAATAg > 1:1139186/1‑68 (MQ=255) gCGTCCATTGCGCCATCGGCTTTACCCGCGCCGACCATGGTATGTAATTCGTCGATAAATAGGATGAc < 1:2113079/68‑1 (MQ=255) gTCCATTGCGCCATCGGCTTTACCCGCGCCGACCATGGTATGTAATTCGTCGATAAATAGGATGACGtt < 1:863308/69‑1 (MQ=255) gTCCATTGCGCCATCGGCTTTACCCGCGCCGACCATGGTATGTAATTCGTCGATAAATAGGATGACGtt < 1:1682243/69‑1 (MQ=255) gTCCATTGCGCCATCGGCTTTACCCGCGCCGACCATGGTATGTAATTCGTCGATAAATAGGATGACGtt < 1:31858/69‑1 (MQ=255) gTCCATTGCGCCATCGGCTTTACCCGCGCCGACCATGGTATGTAATTCGTCGATAAATAGGATGACGtt < 1:135350/69‑1 (MQ=255) gTCCATTGCGCCATCGGCTTTACCCGCGCCGACCATGGTATGTAATTCGTCGATAAATAGGATGACGtt < 1:3017676/69‑1 (MQ=255) cATTGTATGTAATTCGTCGATAAACAGGATGACGTTGCCTTCCTg > 1:799273/1‑45 (MQ=38) cATGGTATGTAATTCGTCGATAAACAGGATGACGTTGcctgcctg > 1:1685435/1‑45 (MQ=38) cATGGTATGTAATTCGTCGATAAACAGGATGACGTTGCCTTCCt > 1:48434/1‑44 (MQ=255) cATGGTATGTAATTCGTCGATAAACAGGATGACGTTGCCTTCCTg > 1:3227461/1‑45 (MQ=255) cATGGTATGTAATTCGTCGATAAACAGGATGACGTTGCCTTCCTg > 1:1929160/1‑45 (MQ=255) cATGGTATGTAATTCGTCGATAAACAGGATGACGTTGCCTTCCTg > 1:3013947/1‑45 (MQ=255) cATGGTATGTAATTCGTCGATAAACAGGATGACGTTGCCTTCCTg > 1:2995104/1‑45 (MQ=255) cATGGTATGTAATTCGTCGATAAACAGGATGACGTTGCCTTCCTg > 1:3303212/1‑45 (MQ=255) cATGGTATGTAATTCGTCGATAAACAGGATGACGTTGCCTTCCTg > 1:1786611/1‑45 (MQ=255) cATGGTATGTAATTCGTCGATAAACAGGATGACGTTGCCTTCCTg > 1:1933261/1‑45 (MQ=255) cATGGTATGTAATTCGTCGATAAACAGGATGACGTTGCCTTCCTg > 1:2996076/1‑45 (MQ=255) cATGGTATGTAATTCGTCGATAAACAGGATGACGTTGCCTTCCTg > 1:3374876/1‑45 (MQ=255) cATGGTATGTAATTCGTCGATAAACAGGATGACGTTGCCTTCCTg > 1:2092503/1‑45 (MQ=255) cATGGTATGTAATTCGTCGATAAACAGGATGACGTTGCCTTCCTg > 1:2132301/1‑45 (MQ=255) cATGGTATGTAATTCGTCGATAAACAGGATGACGTTGCCTTCCTg > 1:2882155/1‑45 (MQ=255) cATGGTATGTAATTCGTCGATAAACAGGATGACGTTGCCTTCCTg > 1:2355723/1‑45 (MQ=255) cATGGTATGTAATTCGTCGATAAACAGGATGACGTTGCCTTCCTg > 1:2574188/1‑45 (MQ=255) cATGGTATGTAATTCGTCGATAAACAGGATGACGTTGCCTTCCTg > 1:2461997/1‑45 (MQ=255) cATGGTATGTAATTCGTCGATAAACAGGATGACGTTGCCTTCCTg > 1:2441343/1‑45 (MQ=255) cATGGTATGTAATTCGTCGATAAACAGGATGACGTTGCCTTCCTg > 1:500507/1‑45 (MQ=255) cATGGTATGTAATTCGTCGATAAACAGGATGACGTTGCCTTCCTg > 1:103913/1‑45 (MQ=255) cATGGTATGTAATTCGTCGATAAACAGGATGACGTTGCCTTCCTg > 1:1199733/1‑45 (MQ=255) cATGGTATGTAATTCGTCGATAAACAGGATGACGTTGCCTTCCTg > 1:1374401/1‑45 (MQ=255) cATGGTATGTAATTCGTCGATAAACAGGATGACGTTGCCTTCCTg > 1:1755312/1‑45 (MQ=255) cATGGTATGTAATTCGTCGATAAACAGGATGACGTTGCCTTCCTg > 1:1461967/1‑45 (MQ=255) cATGGTATGTAATTCGTCGATAAACAGGATGACGTTGCCTTCCTg > 1:1476489/1‑45 (MQ=255) cATGGTATGTAATTCGTCGATAAACAGGATGACGTTGCCTTCCTg > 1:1522108/1‑45 (MQ=255) cATGGTATGTAATTCGTCGATAAACAGGATGACGTTGCCTTCCTg > 1:420669/1‑45 (MQ=255) cATGGTATGTAATTCGTCGATAAACAGGATGACGTTGCCTTCCTg > 1:407288/1‑45 (MQ=255) tGTAATTCGTCGATAAATAGGATGACGTTGCCTTCCTGTTTGGCAAGATCGTTAAGCACGCCTTTTaaa > 1:430537/1‑69 (MQ=255) tGTAATTCGTCGATAAATAGGATGACGTTGCCTTCCTGTTTGGCAAGATCGTTAAGCACGCCTTTTaaa > 1:422188/1‑69 (MQ=255) tGTAATTCGTCGATAAATAGGATGACGTTGCCTTCCTGTTTGGCAAGATCGTTAAGCACGCCTTTTaaa > 1:1801326/1‑69 (MQ=255) tAATTCGTCGATAAATAGGATGACGTTGCCTTCCTGTTTGGCAAGATCGTTAAg > 1:1580401/1‑54 (MQ=255) tAATTCGTCGATAAATAGGATGACGTTGCCTTCCTGTTTGGCAAGATCGTTAAg > 1:3208737/1‑54 (MQ=255) tAATTCGTCGATAAATAGGATGACGTTGCCTTCCTGTTTGGCAAGATCGTTAAg > 1:1353953/1‑54 (MQ=255) tAATTCGTCGATAAATAGGATGACGTTGCCTTCCTGTTTGGCAAGATCGTTAAg > 1:562491/1‑54 (MQ=255) tAATTCGTCGATAAATAGGATGACGTTGCCTTCCTGTTTGGCAAGATCGTTAAg > 1:2294978/1‑54 (MQ=255) tAATTCGTCGATAAATAGGATGACGTTGCCTTCCTGTTTGGCAAGATCGTTAAg > 1:705508/1‑54 (MQ=255) tAATTCGTCGATAAATAGGATGACGTTGCCTTCCTGTTTGGCAAGATCGTTAAg > 1:873150/1‑54 (MQ=255) tAATTCGTCGATAAATAGGATGACGTTGCCTTCCTGTTTGGCAAGATCGTTAAGCACGCCTTTTAAAc > 1:2644834/1‑68 (MQ=255) 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gATAAATAGGATGACGTTGCCTTCCTGTTTGGCAAGATCGTTAAGCACGCCTTTTAAACGTTCTTCaaa > 1:724875/1‑69 (MQ=255) gATAAATAGGATGACGTTGCCTTCCTGTTTGGCAAGATCGTTAAGCACGCCTTTTAAACGTTCTTCaaa > 1:698008/1‑69 (MQ=255) gATAAATAGGATGACGTTGCCTTCCTGTTTGGCAAGATCGTTAAGCACGCCTTTTAAACGTTCTTCaaa > 1:1665402/1‑69 (MQ=255) gATAAATAGGATGACGTTGCCTTCCTGTTTGGCAAGATCGTTAAGCACGCCTTTTAAACGTTCTTCaaa > 1:1786673/1‑69 (MQ=255) gATAAATAGGATGACGTTGCCTTCCTGTTTGGCAAGATCGTTAAGCACGCCTTTTAAACGTTCTTCaaa > 1:3259443/1‑69 (MQ=255) gATAAATAGGATGACGTTGCCTTCCTGTTTGGCAAGATCGTTAAGCACGCCTTTTAAACGTTCTTCaaa > 1:1805162/1‑69 (MQ=255) gATAAATAGGATGACGTTGCCTTCCTGTTTGGCAAGATCGTTAAGCACGCCTTTTAAACGTTCTTCaaa > 1:1887813/1‑69 (MQ=255) gATAAATAGGATGACGTTGCCTTCCTGTTTGGCAAGATCGTTAAGCACGCCTTTTAAACGTTCTTCaaa > 1:2356312/1‑69 (MQ=255) gATAAATAGGATGACGTTGCCTTCCTGTTTGGCAAGATCGTTAAGCACGCCTTTTAAACGTTCTTCaa > 1:546415/1‑68 (MQ=255) gATAAATAGGATGACGTTGCCTTCCTGTTTGGCAAGATCGTTAAGCACGCCTTTTAAACGTTCTTCaa > 1:1706425/1‑68 (MQ=255) gATAAATAGGATGACGTTGCCTTCCTGTTTGGCAAGATCGTTAAGCACGCCTTTTAAACGTTCTTCaa > 1:2127379/1‑68 (MQ=255) aaaTAGGATGACGTTGCCTTCCTGTTTGGCAAGATCGTTAAGCACGCCTTTTAAACGTTCTTCAAACTc < 1:2925690/69‑1 (MQ=255) | GTTTCCGGCGTCCATTGCGCCATCGGCTTTACCCGCGCCGACCATGGTATGTAATTCGTCGATAAATAGGATGACGTTGCCTTCCTGTTTGGCAAGATCGTTAAGCACGCCTTTTAAACGTTCTTCAAACTC > minE/1765969‑1766100 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |