| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,771,324 | C→G | 33.6% | T298T (ACC→ACG) | pheA → | fused chorismate mutase P and prephenate dehydratase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,771,324 | 0 | C | G | 33.6% | 106.3 / 79.6 | 104 | T298T (ACC→ACG) | pheA | fused chorismate mutase P and prephenate dehydratase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (31/38); new base G (16/19); total (47/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
CCGATTTGTGGTGTTGGCGCGTAAAGCCATTAACGTGTCTGATCAGGTTCCGGCGAAAACCACGTTGTTAATGGCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAAC > minE/1771264‑1771390 | ccGATTTGTGGTGTTTGCGCGTAAAGCCATTAACGTGTCTGATCAGGTTCCGGCGAAAACCACgttgtt < 1:2754477/69‑1 (MQ=255)ccGATTTGTGGTGTTGGCGCGTAAAGCCATTAACGTGTCTGATCAGGTTCCGGCGAAAACCACgttgtt < 1:1785911/69‑1 (MQ=255)ccGATTTGTGGTGTTGGCGCGTAAAGCCATTAACGTGTCTGATCAGGTTCCGGCGAAAACCACgttgtt < 1:1998288/69‑1 (MQ=255)ccGATTTGTGGTGTTGGCGCGTAAAGCCATTAACGTGTCTGATCAGGTTCCGGCGAAAACCACgttgtt < 1:2002308/69‑1 (MQ=255)ccGATTTGTGGTGTTGGCGCGTAAAGCCATTAACGTGTCTGATCAGGTTCCGGCGAAAACCACgttgtt < 1:2096426/69‑1 (MQ=255)ccGATTTGTGGTGTTGGCGCGTAAAGCCATTAACGTGTCTGATCAGGTTCCGGCGAAAACCACgttgtt < 1:211654/69‑1 (MQ=255)ccGATTTGTGGTGTTGGCGCGTAAAGCCATTAACGTGTCTGATCAGGTTCCGGCGAAAACCACgttgtt < 1:212174/69‑1 (MQ=255)ccGATTTGTGGTGTTGGCGCGTAAAGCCATTAACGTGTCTGATCAGGTTCCGGCGAAAACCACgttgtt < 1:2733098/69‑1 (MQ=255)ccGATTTGTGGTGTTGGCGCGTAAAGCCATTAACGTGTCTGATCAGGTTCCGGCGAAAACCACgttgtt < 1:3229258/69‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |