| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,771,345 | G→A | 49.5% | G305G (GGG→GGA) | pheA → | fused chorismate mutase P and prephenate dehydratase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,771,345 | 0 | G | A | 49.5% | ‑0.9 / 86.5 | 95 | G305G (GGG→GGA) | pheA | fused chorismate mutase P and prephenate dehydratase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (33/15); new base A (16/31); total (49/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.84e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.24e-01 | |||||||||||
GGCGCGTAAAGCCATTAACGTGTCTGATCAGGTTCCGGCGAAAACCACGTTGTTAATGGCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAACCACAATCTGATTATG > minE/1771279‑1771405 | ggCGCGTAAAGCCATTAACGTGTCTTATCAGGTTCCGGCGAAAACCACGTTGTTAATGGCGACCGGGc > 1:1938850/1‑68 (MQ=255)ggCGCGTAAAGCCATTAACGTGTCTGATCAGGTTCCGGCGAAAACCACGTTGTTAATGGCGACCGGGc > 1:2159373/1‑68 (MQ=255)ggCGCGTAAAGCCATTAACGTGTCTGATCAGGTTCCGGCGAAAACCACGTTGTTAATGGCGACCGGGc > 1:2440122/1‑68 (MQ=255)ggCGCGTAAAGCCATTAACGTGTCTGATCAGGTTCCGGCGAAAACCACGTTGTTAATGGCGACCGGGc > 1:1531858/1‑68 (MQ=255)ggCGCGTAAAGCCATTAACGTGTCTGATCAGGTTCCGGCGAAAACCACGTTGTTAATGGCGACCGGGc > 1:551968/1‑68 (MQ=255)ggCGCGTAAAGCCATTAACGTGTCTGATCAGGTTCCGGCGAAAACCACGTTGTTAATGGCGACCGGGc > 1:2528540/1‑68 (MQ=255)ggCGCGTAAAGCCATTAACGTGTCTGATCAGGTTCCGGCGAAAACCACGTTGTTAATGGCGACCGGGc > 1:590305/1‑68 (MQ=255)ggCGCGTAAAGCCATTAACGTGTCTGATCAGGTTCCGGCGAAAACCACGTTGTTAATGGCGACCGGGc > 1:1217758/1‑68 (MQ=255)ggCGCGTAAAGCCATTAACGTGTCTGATCAGGTTCCGGCGAAAACCACGTTGTTAATGGCGACCGGGc > 1:2575015/1‑68 (MQ=255)ggCGCGTAAAGCCATTAACGTGTCTGATCAGGTTCCGGCGAAAACCACGTTGTTAATGGCGACCGGGc > 1:2599677/1‑68 (MQ=255)ggCGCGTAAAGCCATTAACGTGTCTGATCAGGTTCCGGCGAAAACCACGTTGTTAATGGCGACCGGGc > 1:1987940/1‑68 (MQ=255)ggCGCGTAAAGCCATTAACGTGTCTGATCAGGTTCCGGCGAAAACCACGTTGTTAATGGCGACCGGGc > 1:1460677/1‑68 (MQ=255)ggCGCGTAAAGCCATTAACGTGTCTGATCAGGTTCCGGCGAAAACCACGTTGTTAATGGCGACCGGGc > 1:2643978/1‑68 (MQ=255) aaGCCATTAACGTGTCTGATCAGGTTCCGGCGAAAACCACGTTGTTAATGGCGACCGGGCAACAAGCCg > 1:2224302/1‑69 (MQ=255) aaGCCATTAACGTGTCTGATCAGGTTCCGGCGAAAACCACGTTGTTAATGGCGACCGGGCAACAAGCCg > 1:3372630/1‑69 (MQ=255) aaGCCATTAACGTGTCTGATCAGGTTCCGGCGAAAACCACGTTGTTAATGGCGACCGGGCAACAAGCCg > 1:1188807/1‑69 (MQ=255) aaGCCATTAACGTGTCTGATCAGGTTCCGGCGAAAACCACGTTGTTAATGGCGACCGGGCAACAAGCCg > 1:1117048/1‑69 (MQ=255) aaCGTGTCTGATCAGGTTCCGGCGAAAACCACGTTGTTAATGGCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTg > 1:1968513/1‑69 (MQ=255) aaCGTGTCTGATCAGGTTCCGGCGAAAACCACGTTGTTAATGGCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTg > 1:734919/1‑69 (MQ=255) aaCGTGTCTGATCAGGTTCCGGCGAAAACCACGTTGTTAATGGCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTg > 1:1095703/1‑69 (MQ=255) cTGACCAGGTTCCGGCGAAAACGACGTTGTTAATGGCGACCGGACAACAAGCTGGTgcac < 1:1967681/60‑3 (MQ=255) cTGACCAGGTTCCGGCGAAAACGACGTTGTTAATGGCGACCGGACAACAAGCTGGTgcac < 1:269201/60‑3 (MQ=255) cTGACCAGGTTCCGGCGAAAACGACGTTGTTAATGGCGACCGGACAACAAGCTGGTgcac < 1:277542/60‑3 (MQ=255) cTGACCAGGTTCCGGCGAAAACGACGTTGTTAATGGCGACCGGACAACAAGCTGGTgcac < 1:2900506/60‑3 (MQ=255) cTGACCAGGTTCCGGCGAAAACGACGTTGTTAATGGCGACCGGACAACAAGCTGGTgcac < 1:3178099/60‑3 (MQ=255) cTGACCAGGTTCCGGCGAAAACGACGTTGTTAATGGCGACCGGACAACAAGCTGGTgcac < 1:1828267/60‑3 (MQ=255) cTGACCAGGTTCCGGCGAAAACGACGTTGTTAATGGCGACCGGACAACAAGCTGGTgcac < 1:2190951/60‑3 (MQ=255) cTGACCAGGTTCCGGCGAAAACGACGTTGTTAATGGCGACCGGACAACAAGCTGGTgcac < 1:1741580/60‑3 (MQ=255) cTGACCAGGTTCCGGCGAAAACGACGTTGTTAATGGCGACCGGACAACAAGCTGGTgcac < 1:1668904/60‑3 (MQ=255) cTGACCAGGTTCCGGCGAAAACGACGTTGTTAATGGCGACCGGACAACAAGCTGGTgcac < 1:10778/60‑3 (MQ=255) cTGACCAGGTTCCGGCGAAAACGACGTTGTTAATGGCGACCGGACAACAAGCTGGTgcac < 1:1517701/60‑3 (MQ=255) cTGACCAGGTTCCGGCGAAAACGACGTTGTTAATGGCGACCGGACAACAAGCTGGTgcac < 1:1251039/60‑3 (MQ=255) cTGACCAGGTTCCGGCGAAAACGACGTTGTTAATGGCGACCGGACAACAAGCTGGTgcac < 1:747767/60‑3 (MQ=255) cTGACCAGGTTCCGGCGAAAACGACGTTGTTAATGGCGACCGGACAACAAGCTGGTgcac < 1:836072/60‑3 (MQ=255) cTGACCAGGTTCCGGCGAAAACGACGTTGTTAATGGCGACCGGACAACAAGCTGGTgcac < 1:1328209/60‑3 (MQ=255) cTGACCAGGTTCCGGCGAAAACGACGTTGTTAATGGCGACCGGACAACAAGCTGGTgcac < 1:1313670/60‑3 (MQ=255) tGACCAGGTTCCGGCTAAAACGACGTTGTTAATGGCGACCGGACAACAAGCTGGTgcac < 1:1517943/59‑3 (MQ=255) tGACCAGGTTCCGGCGAAAACGACGTTGTTAATGGCGACCGGACAACAAGCTGGTgcac < 1:113709/59‑3 (MQ=255) cAGGTTCCGGCGAAAACCACGTTGTTAATGGCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTg > 1:1787649/1‑69 (MQ=255) cAGGTTCCGGCGAAAACCACGTTGTTAATGGCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTg > 1:1001385/1‑69 (MQ=255) cAGGTTCCGGCGAAAACCACGTTGTTAATGGCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTg > 1:883445/1‑69 (MQ=255) cAGGTTCCGGCGAAAACCACGTTGTTAATGGCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTg > 1:14571/1‑69 (MQ=255) cAGGTTCCGGCGAAAACCACGTTGTTAATGGCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTg > 1:1457783/1‑69 (MQ=255) cAGGTTCCGGCGAAAACCACGTTGTTAATGGCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTg > 1:2727331/1‑69 (MQ=255) cAGGTTCCGGCGAAAACCACGTTGTTAATGGCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTg > 1:432234/1‑69 (MQ=255) ttCCGGCGAAAACCACGTTGTTAATGGCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTGCTgg < 1:1576004/69‑1 (MQ=255) ttCCGGAGAAAACCACGTTGTTAATGGCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTGCTgg < 1:1025498/69‑1 (MQ=255) ccGGCGAAAACGACGTTGTTAATGGCGACCGGACAACAAGCTGGTgcac < 1:3250107/49‑3 (MQ=255) ggCGAAAACCACGTTGTTAATGGCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTGCTGGTAc < 1:2690177/68‑1 (MQ=255) gAAACCGACGTTGTTAATGGCGACCGGACAACAAGCTGGTGCACTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTgc > 1:852876/1‑68 (MQ=255) gAAAACGCCGTTGTTAATGGCGACCGGACAACAAGCTGGTGCACTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTgc > 1:2597290/1‑68 (MQ=255) gAAAACGACGTTGTTAATGGCGACCGGACAACAAGCTGGTGCACTGGTTGAGGCGTTGCTGGTACTgc > 1:2978361/1‑68 (MQ=255) gAAAACGACGTTGTTAATGGCGACCGGACAACAAGCTGGTGCACTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTgc > 1:918222/1‑68 (MQ=255) gAAAACGACGTTGTTAATGGCGACCGGACAACAAGCTGGTGCACTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTgc > 1:3187071/1‑68 (MQ=255) gAAAACGACGTTGTTAATGGCGACCGGACAACAAGCTGGTGCACTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTgc > 1:2999208/1‑68 (MQ=255) gAAAACGACGTTGTTAATGGCGACCGGACAACAAGCTGGTGCACTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTgc > 1:3318248/1‑68 (MQ=255) gAAAACGACGTTGTTAATGGCGACCGGACAACAAGCTGGTGCACTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTgc > 1:2868517/1‑68 (MQ=255) gAAAACGACGTTGTTAATGGCGACCGGACAACAAGCTGGTGCACTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTgc > 1:374823/1‑68 (MQ=255) gAAAACGACGTTGTTAATGGCGACCGGACAACAAGCTGGTGCACTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTgc > 1:1850802/1‑68 (MQ=255) gAAAACGACGTTGTTAATGGCGACCGGACAACAAGCTGGTGCACTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTgc > 1:1924985/1‑68 (MQ=255) gAAAACGACGTTGTTAATGGCGACCGGACAACAAGCTGGTGCACTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTgc > 1:2040256/1‑68 (MQ=255) gAAAACGACGTTGTTAATGGCGACCGGACAACAAGCTGGTGCACTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTgc > 1:1478192/1‑68 (MQ=255) gAAAACGACGTTGTTAATGGCGACCGGACAACAAGCTGGTGCACTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTgc > 1:2255611/1‑68 (MQ=255) gAAAACGACGTTGTTAATGGCGACCGGACAACAAGCTGGTGCACTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTgc > 1:1497305/1‑68 (MQ=255) gAAAACGACGTTGTTAATGGCGACCGGACAACAAGCTGGTGCACTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTg > 1:1920307/1‑67 (MQ=255) aCCACGTTGTTAATGGCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAAc < 1:1409380/69‑1 (MQ=255) aCCACGTTGTTAATGGCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAAc < 1:2307794/69‑1 (MQ=255) aCCACGTTGTTAATGGCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAAc < 1:1681917/69‑1 (MQ=255) aCCACGTTGTTAATGGCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAAc < 1:756077/69‑1 (MQ=255) aCCACGTTGTTAATGGCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAAc < 1:1413439/69‑1 (MQ=255) ggCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAACCACAATCTGATTAt > 1:3280695/1‑69 (MQ=255) ggCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAACCACAATCTGATTAt > 1:2189281/1‑69 (MQ=255) ggCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAACCACAATCTGATTAt > 1:1055888/1‑69 (MQ=255) ggCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAACCACAATCTGATTAt > 1:2695919/1‑69 (MQ=255) ggCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAACCACAATCTGATTAt > 1:3223971/1‑69 (MQ=255) ggCGACCGGACAACAAGCTGGTGCACTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAATCACAGTCTGATTAt < 1:809228/69‑1 (MQ=255) ggCGACCGGACAACAAGCTGGTGCACTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAATCACAGTCTGATTAt < 1:328031/69‑1 (MQ=255) ggCGACCGGACAACAAGCTGGTGCACTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAATCACAGTCTGATTAt < 1:2916082/69‑1 (MQ=255) ggCGACCGGACAACAAGCTGGTGCACTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAATCACAGTCTGATTAt < 1:1946027/69‑1 (MQ=255) ggCGACCGGACAACAAGCTGGTGCACTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAATCACAGTCTGATTAt < 1:2228325/69‑1 (MQ=255) ggCGACCGGACAACAAGCTGGTGCACTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAATCACAGTCTGATTAt < 1:2283863/69‑1 (MQ=255) ggCGACCGGACAACAAGCTGGTGCACTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAATCACAGTCTGATTAt < 1:2158596/69‑1 (MQ=255) ggCGACCGGACAACAAGCTGGTGCACTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAATCACAGTCTGATTAt < 1:2591925/69‑1 (MQ=255) ggCGACCGGACAACAAGCTGGTGCACTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAATCACAGTCTGATTAt < 1:2804956/69‑1 (MQ=255) ggCGACCGGACAACAAGCTGGTGCACTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAATCACAGTCTGATTAt < 1:2837372/69‑1 (MQ=255) ggCGACCGGACAACAAGCTGGTGCACTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAATCACAGTCTGATTAt < 1:1841868/69‑1 (MQ=255) ggCGACCGGACAACAAGCTGGTGCACTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAATCACAGTCTGATTAt < 1:29021/69‑1 (MQ=255) gCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAACCACAATCTGATTATg < 1:1520223/69‑1 (MQ=255) gCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAACCACAATCTGATTATg < 1:1505286/69‑1 (MQ=255) gCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAACCACAATCTGATTATg < 1:1829095/69‑1 (MQ=255) gCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAACCACAATCTGATTATg < 1:2576352/69‑1 (MQ=255) gCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAACCACAATCTGATTATg < 1:2103613/69‑1 (MQ=255) gCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAACCACAATCTGATTATg < 1:2153870/69‑1 (MQ=255) gCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAACCACAATCTGATTATg > 1:2359305/1‑69 (MQ=255) gCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAACCACAATCTGATTATg < 1:3163087/69‑1 (MQ=255) | GGCGCGTAAAGCCATTAACGTGTCTGATCAGGTTCCGGCGAAAACCACGTTGTTAATGGCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAACCACAATCTGATTATG > minE/1771279‑1771405 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |