Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA minE 1,771,360 G→A 48.3% A310A (GCG→GCA pheA → fused chorismate mutase P and prephenate dehydratase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*minE1,771,3600GA48.3% 0.3 / 51.1 60A310A (GCG→GCApheAfused chorismate mutase P and prephenate dehydratase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (16/15);  new base A (16/13);  total (32/28)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.02e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.18e-01

AACGTGTCTGATCAGGTTCCGGCGAAAACCACGTTGTTAATGGCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAACCACAATCTGATTATG  >  minE/1771295‑1771405
                                                                 |                                             
aaCGTGTCTGATCAGGTTCCGGCGAAAACCACGTTGTTAATGGCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTg                                            >  1:1095703/1‑69 (MQ=255)
aaCGTGTCTGATCAGGTTCCGGCGAAAACCACGTTGTTAATGGCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTg                                            >  1:1968513/1‑69 (MQ=255)
aaCGTGTCTGATCAGGTTCCGGCGAAAACCACGTTGTTAATGGCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTg                                            >  1:734919/1‑69 (MQ=255)
            cAGGTTCCGGCGAAAACCACGTTGTTAATGGCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTg                                >  1:432234/1‑69 (MQ=255)
            cAGGTTCCGGCGAAAACCACGTTGTTAATGGCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTg                                >  1:2727331/1‑69 (MQ=255)
            cAGGTTCCGGCGAAAACCACGTTGTTAATGGCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTg                                >  1:1787649/1‑69 (MQ=255)
            cAGGTTCCGGCGAAAACCACGTTGTTAATGGCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTg                                >  1:1457783/1‑69 (MQ=255)
            cAGGTTCCGGCGAAAACCACGTTGTTAATGGCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTg                                >  1:14571/1‑69 (MQ=255)
            cAGGTTCCGGCGAAAACCACGTTGTTAATGGCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTg                                >  1:883445/1‑69 (MQ=255)
            cAGGTTCCGGCGAAAACCACGTTGTTAATGGCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTg                                >  1:1001385/1‑69 (MQ=255)
                ttCCGGCGAAAACCACGTTGTTAATGGCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTGCTgg                            <  1:1576004/69‑1 (MQ=255)
                ttCCGGAGAAAACCACGTTGTTAATGGCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTGCTgg                            <  1:1025498/69‑1 (MQ=255)
                    ggCGAAAACCACGTTGTTAATGGCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTGCTGGTAc                         <  1:2690177/68‑1 (MQ=255)
                       gAAACCGACGTTGTTAATGGCGACCGGACAACAAGCTGGTGCACTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTgc                      >  1:852876/1‑68 (MQ=255)
                       gAAAACGCCGTTGTTAATGGCGACCGGACAACAAGCTGGTGCACTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTgc                      >  1:2597290/1‑68 (MQ=255)
                       gAAAACGACGTTGTTAATGGCGACCGGACAACAAGCTGGTGCACTGGTTGAGGCGTTGCTGGTACTgc                      >  1:2978361/1‑68 (MQ=255)
                       gAAAACGACGTTGTTAATGGCGACCGGACAACAAGCTGGTGCACTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTgc                      >  1:2255611/1‑68 (MQ=255)
                       gAAAACGACGTTGTTAATGGCGACCGGACAACAAGCTGGTGCACTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTgc                      >  1:918222/1‑68 (MQ=255)
                       gAAAACGACGTTGTTAATGGCGACCGGACAACAAGCTGGTGCACTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTgc                      >  1:2868517/1‑68 (MQ=255)
                       gAAAACGACGTTGTTAATGGCGACCGGACAACAAGCTGGTGCACTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTgc                      >  1:2999208/1‑68 (MQ=255)
                       gAAAACGACGTTGTTAATGGCGACCGGACAACAAGCTGGTGCACTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTgc                      >  1:3187071/1‑68 (MQ=255)
                       gAAAACGACGTTGTTAATGGCGACCGGACAACAAGCTGGTGCACTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTgc                      >  1:3318248/1‑68 (MQ=255)
                       gAAAACGACGTTGTTAATGGCGACCGGACAACAAGCTGGTGCACTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTgc                      >  1:374823/1‑68 (MQ=255)
                       gAAAACGACGTTGTTAATGGCGACCGGACAACAAGCTGGTGCACTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTgc                      >  1:1850802/1‑68 (MQ=255)
                       gAAAACGACGTTGTTAATGGCGACCGGACAACAAGCTGGTGCACTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTgc                      >  1:2040256/1‑68 (MQ=255)
                       gAAAACGACGTTGTTAATGGCGACCGGACAACAAGCTGGTGCACTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTgc                      >  1:1478192/1‑68 (MQ=255)
                       gAAAACGACGTTGTTAATGGCGACCGGACAACAAGCTGGTGCACTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTgc                      >  1:1497305/1‑68 (MQ=255)
                       gAAAACGACGTTGTTAATGGCGACCGGACAACAAGCTGGTGCACTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTgc                      >  1:1924985/1‑68 (MQ=255)
                       gAAAACGACGTTGTTAATGGCGACCGGACAACAAGCTGGTGCACTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTg                       >  1:1920307/1‑67 (MQ=255)
                           aCCACGTTGTTAATGGCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAAc                 <  1:1681917/69‑1 (MQ=255)
                           aCCACGTTGTTAATGGCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAAc                 <  1:1409380/69‑1 (MQ=255)
                           aCCACGTTGTTAATGGCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAAc                 <  1:1413439/69‑1 (MQ=255)
                           aCCACGTTGTTAATGGCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAAc                 <  1:2307794/69‑1 (MQ=255)
                           aCCACGTTGTTAATGGCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAAc                 <  1:756077/69‑1 (MQ=255)
                                         ggCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAACCACAATCTGATTAt   >  1:1055888/1‑69 (MQ=255)
                                         ggCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAACCACAATCTGATTAt   >  1:3223971/1‑69 (MQ=255)
                                         ggCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAACCACAATCTGATTAt   >  1:2695919/1‑69 (MQ=255)
                                         ggCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAACCACAATCTGATTAt   >  1:3280695/1‑69 (MQ=255)
                                         ggCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAACCACAATCTGATTAt   >  1:2189281/1‑69 (MQ=255)
                                         ggCGACCGGACAACAAGCTGGTGCACTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAATCACAGTCTGATTAt   <  1:328031/69‑1 (MQ=255)
                                         ggCGACCGGACAACAAGCTGGTGCACTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAATCACAGTCTGATTAt   <  1:809228/69‑1 (MQ=255)
                                         ggCGACCGGACAACAAGCTGGTGCACTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAATCACAGTCTGATTAt   <  1:29021/69‑1 (MQ=255)
                                         ggCGACCGGACAACAAGCTGGTGCACTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAATCACAGTCTGATTAt   <  1:1841868/69‑1 (MQ=255)
                                         ggCGACCGGACAACAAGCTGGTGCACTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAATCACAGTCTGATTAt   <  1:2158596/69‑1 (MQ=255)
                                         ggCGACCGGACAACAAGCTGGTGCACTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAATCACAGTCTGATTAt   <  1:2228325/69‑1 (MQ=255)
                                         ggCGACCGGACAACAAGCTGGTGCACTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAATCACAGTCTGATTAt   <  1:2283863/69‑1 (MQ=255)
                                         ggCGACCGGACAACAAGCTGGTGCACTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAATCACAGTCTGATTAt   <  1:2837372/69‑1 (MQ=255)
                                         ggCGACCGGACAACAAGCTGGTGCACTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAATCACAGTCTGATTAt   <  1:2804956/69‑1 (MQ=255)
                                         ggCGACCGGACAACAAGCTGGTGCACTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAATCACAGTCTGATTAt   <  1:1946027/69‑1 (MQ=255)
                                         ggCGACCGGACAACAAGCTGGTGCACTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAATCACAGTCTGATTAt   <  1:2916082/69‑1 (MQ=255)
                                         ggCGACCGGACAACAAGCTGGTGCACTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAATCACAGTCTGATTAt   <  1:2591925/69‑1 (MQ=255)
                                          gCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAACCACAATCTGATTATg  <  1:1520223/69‑1 (MQ=255)
                                          gCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAACCACAATCTGATTATg  <  1:2153870/69‑1 (MQ=255)
                                          gCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAACCACAATCTGATTATg  >  1:2359305/1‑69 (MQ=255)
                                          gCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAACCACAATCTGATTATg  <  1:2576352/69‑1 (MQ=255)
                                          gCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAACCACAATCTGATTATg  <  1:1505286/69‑1 (MQ=255)
                                          gCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAACCACAATCTGATTATg  <  1:2103613/69‑1 (MQ=255)
                                          gCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAACCACAATCTGATTATg  <  1:3163087/69‑1 (MQ=255)
                                          gCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAACCACAATCTGATTATg  <  1:1829095/69‑1 (MQ=255)
                                                          ctggTGCACTGGTTGAAGCGTTTCTGGTACTGCGCAATCACAGTCTGATTAt   <  1:317354/50‑1 (MQ=255)
                                                                 |                                             
AACGTGTCTGATCAGGTTCCGGCGAAAACCACGTTGTTAATGGCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAACCACAATCTGATTATG  >  minE/1771295‑1771405

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: