| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,779,750 | G→A | 64.7% | G244G (GGC→GGT) | ffh ← | Signal Recognition Particle (SRP) component with 4.5S RNA (ffs) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,779,750 | 0 | G | A | 64.7% | 52.3 / 47.5 | 82 | G244G (GGC→GGT) | ffh | Signal Recognition Particle (SRP) component with 4.5S RNA (ffs) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (8/21); new base A (26/27); total (34/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.61e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TAGAGAGCGCCGCACCGCCGCGGGCATCGCCGTCCACTTTGGTCAACACTACGCCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTGAATGCTTTTGCCGTATTGGCCGCATCCTGACCGGTC > minE/1779698‑1779810 | tAGAGAGCGCCGCACCGCCGCGGGCATCGCCGTCCACTTTGGTCAACACTACGCCGGTAAGCGGTAACg > 1:113974/1‑69 (MQ=255)tAGAGAGCGCCGCACCGCCGCGGGCATCGCCGTCCACTTTGGTCAACACTACGCCGGTAAGCGGTAACg > 1:2001543/1‑69 (MQ=255) agCGCCGCACCGCCGCGGGCATCGCCGTCCACTTTGGTCAACACTACGCCGGTAAGCGGTAACGCTTCa < 1:2030864/69‑1 (MQ=255) gcgcCGCACCGCCGCGGGCATCGCCGTCCACTTTGGTCAACACTACGCCGGTAAGCGGTAACGCTTCa < 1:3149740/68‑1 (MQ=255) cgccgcACCGCCGCGGGCATCGCCGTCCACTTTGGTCAACACTACGCCGGTAAGCGGTAACGCTTCAt > 1:2191876/1‑68 (MQ=255) cgccgcACCGCCGCGGGCATCGCCGTCCACTTTGGTCAACACTACGCCGGTAAGCGGTAACGCTTCAt > 1:3149333/1‑68 (MQ=255) cgccgcACCGCCGCGGGCATCGCCGTCCACTTTGGTCAACACTACGCCGGTAAGCGGTAACGCTTCAt > 1:1720809/1‑68 (MQ=255) gccgcACCGCCGCGGGCATCGCCGTCCACTTTGGTCAACACTACGCCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTg < 1:126383/69‑1 (MQ=255) gccgcACCGCCGCGGGCATCGCCGTCCACTTTGGTCAACACTACGCCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTg < 1:2411917/69‑1 (MQ=255) gccgcACCGCCGCGGGCATCGCCGTCCACTTTGGTCAACACTACGCCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTg < 1:3293439/69‑1 (MQ=255) gccgcACCGCCGCGGGCATCGCCGTCCACTTTGGTCAACACTACGCCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTg < 1:1918240/69‑1 (MQ=255) gccgcACCGCCGCGGGCATCGCCGTCCACTTTGGTCAACACTACGCCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTg < 1:2156151/69‑1 (MQ=255) ggCATCGCCGTCCACTTTGGTCAACACTACGCCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTGAATGCTTTTGCCGt < 1:2243498/69‑1 (MQ=255) ggCATCGCCGTCCACTTTGGTCAACACTACGCCGGTAAGCGGTAACGCTCCATTGAATGCTTTTGCCGt < 1:3363775/69‑1 (MQ=255) cGTCCACTTTGGTCAACACTACGCCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTGAATGCTTTTGCCGTATTGGCCg < 1:171860/69‑1 (MQ=255) cGTCCACTTTGGTCAACACTACGCCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTGAATGCTTTTGCCGTATTGGCCg < 1:2454878/69‑1 (MQ=255) cGTCCACTTTGGTCAACACTACGCCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTGAATGCTTTTGCCGTATTGGCCg < 1:633482/69‑1 (MQ=255) cGTCCACTTTGGTCAACACTACGCCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTGAATGCTTTTGCCGTATTGGCCg < 1:2467614/69‑1 (MQ=255) cGTCCACTTTGGTCAACACTACGCCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTGAATGCTTTTGCCGTATTGGCCg < 1:1785109/69‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |