| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,781,070 | C→T | 45.4% | A166A (GCC→GCT) | ypjD → | predicted inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,781,070 | 0 | C | T | 45.4% | 19.5 / 80.9 | 99 | A166A (GCC→GCT) | ypjD | predicted inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (21/33); new base T (8/37); total (29/70) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.71e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.34e-01 | |||||||||||
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
GCTACGCCTGGGATGCTGGTGCACATTGGCTTATCGCTCTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCGCCGCCCTGTACGCGCTGCAACTGGCGTGGATTGATTACCAACTGAAGAACAAGAAGCTGGCGTTTAAC > minE/1781005‑1781136 | gCTACGCCTGGGATGCTGGTGCACATTGGCTTATCGCTCTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCgccgcc > 1:1009646/1‑69 (MQ=255)gCTACGCCTGGGATGCTGGTGCACATTGGCTTATCGCTCTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCgccgcc > 1:1114685/1‑69 (MQ=255)gCTACGCCTGGGATGCTGGTGCACATTGGCTTATCGCTCTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCgccgcc > 1:601106/1‑69 (MQ=255)gCTACGCCTGGGATGCTGGTGCACATTGGCTTATCGCTCTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCgccgcc > 1:404393/1‑69 (MQ=255) aCGCCTGGGATGCTGGTGCACATTGGCTTATCGCTCTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCGCCGCCCTg < 1:3201159/69‑1 (MQ=255) aCGCCTGGGATGCTGGTGCACATTGGCTTATCGCTCTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCGCCGCCCTg < 1:3018435/69‑1 (MQ=255) tGCTGGTGCACATTGGCTTATCGCTCTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCGCCGCCCTGTACGCGCTGc < 1:2869436/69‑1 (MQ=255) tGCTGGTGCACATTGGCTTATCGCTCTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCGCCGCCCTGTACGCGCTGc < 1:2026113/69‑1 (MQ=255) gCTGGTGCACATTGGCTTATCGCTTTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCGCTGCCCTGTACGCGCTGc < 1:1879720/68‑1 (MQ=255) gCTGGTGCACATTGGCTTATCGCTTTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCGCTGCCCTGTACGCGCTGc < 1:3179680/68‑1 (MQ=255) gCTGGTGCACATTGGCTTATCGCTTTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCGCTGCCCTGTACGCGCTGc < 1:2022293/68‑1 (MQ=255) gCTGGTGCACATTGGCTTATCGCTTTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCGCTGCCCTGTACGCGCTGc < 1:2094875/68‑1 (MQ=255) gCTGGTGCACATTGGCTTATCGCTTTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCGCTGCCCTGTACGCGCTGc < 1:2212314/68‑1 (MQ=255) gCTGGTGCACATTGGCTTATCGCTTTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCGCTGCCCTGTACGCGCTGc < 1:2263502/68‑1 (MQ=255) gCTGGTGCACATTGGCTTATCGCTTTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCGCTGCCCTGTACGCGCTGc < 1:2400669/68‑1 (MQ=255) gCTGGTGCACATTGGCTTATCGCTTTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCGCTGCCCTGTACGCGCTGc < 1:2440929/68‑1 (MQ=255) gCTGGTGCACATTGGCTTATCGCTTTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCGCTGCCCTGTACGCGCTGc < 1:2559698/68‑1 (MQ=255) gCTGGTGCACATTGGCTTATCGCTTTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCGCTGCCCTGTACGCGCTGc < 1:2578881/68‑1 (MQ=255) gCTGGTGCACATTGGCTTATCGCTTTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCGCTGCCCTGTACGCGCTGc < 1:303843/68‑1 (MQ=255) gCTGGTGCACATTGGCTTATCGCTTTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCGCTGCCCTGTACGCGCTGc < 1:2831551/68‑1 (MQ=255) gCTGGTGCACATTGGCTTATCGCTTTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCGCTGCCCTGTACGCGCTGc < 1:2835343/68‑1 (MQ=255) gCTGGTGCACATTGGCTTATCGCTTTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCGCTGCCCTGTACGCGCTGc < 1:2871720/68‑1 (MQ=255) gCTGGTGCACATTGGCTTATCGCTTTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCGCTGCCCTGTACGCGCTGc < 1:1638810/68‑1 (MQ=255) gCTGGTGCACATTGGCTTATCGCTTTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCGCTGCCCTGTACGCGCTGc < 1:1199458/68‑1 (MQ=255) gCTGGTGCACATTGGCTTATCGCTTTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCGCTGCCCTGTACGCGCTGc < 1:850913/68‑1 (MQ=255) gCTGGTGCACATTGGCTTATCGCTTTTTTCCTATACCACGCTAATTATCGCTGCCCTGTACGCGCTGc < 1:935277/68‑1 (MQ=255) gCTGGTGCACATTGGCTTATCGCTCTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCGCCGCCCTTTACGCGCTGCa < 1:3428333/69‑1 (MQ=255) gCTGGTGCACATTGGCTTATCGCTCTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCGCCGCCCTGTACGCGCTGCa < 1:307785/69‑1 (MQ=255) gCTGGTGCACATTGGCTTATCGCTCTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCGCCGCCCTGTACGCGCTGCa < 1:303466/69‑1 (MQ=255) gCTGGTGCACATTGGCTTATCGCTCTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCGCCGCCCTGTACGCGCTGCa < 1:2298001/69‑1 (MQ=255) gCTGGTGCACATTGGCTTATCGCTCTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCGCCGCCCTGTACGCGCTGCa < 1:2296235/69‑1 (MQ=255) cTGGTGCACATTGGCTTATCGCTCTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCGCCGCCCTGTACGCGCTGCaa > 1:1827503/1‑69 (MQ=255) cTGGTGCACATTGGCTTATCGCTCTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCGCCGCCCTGTACGCGCTGCaa > 1:1858716/1‑69 (MQ=255) cTGGTGCACATTGGCTTATCGCTCTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCGCCGCCCTGTACGCGCTGCaa > 1:3343976/1‑69 (MQ=255) cTGGTGCACATTGGCTTATCGCTCTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCGCCGCCCTGTACGCGCTGCaa > 1:3099513/1‑69 (MQ=255) gTGCACATTGGCTTATCGCTCTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCGCCGCCCTGTACGCGCTGCa > 1:75750/1‑65 (MQ=255) gTGCACATTGGCTTATCGCTCTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCGCCGCCCTGTACGCGCTGCa > 1:79737/1‑65 (MQ=255) gTGCACATTGGCTTATCGCTCTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCGCCGCCCTGTACGCGCTGCa > 1:390671/1‑65 (MQ=255) gTGCACATTGGCTTATCGCTCTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCGCCGCCCTGTACGCGCTGCa > 1:343673/1‑65 (MQ=255) gTGCACATTGGCTTATCGCTCTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCGCCGCCCTGTACGCGCTGCa > 1:1125380/1‑65 (MQ=255) gTGCACATTGGCTTATCGCTCTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCGCCGCCCTGTACGCGCTGCa > 1:341733/1‑65 (MQ=255) tGCACATTGGCTTATCGCTCTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCGCCGCCCTGTACGCGCTGCAACTgg > 1:3180076/1‑69 (MQ=255) tGCACATTGGCTTATCGCTCTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCGCCGCCCTGTACGCGCTGCAACTgg > 1:3043508/1‑69 (MQ=255) ggCTTATCGCTTTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCGCTGCCCTGTACGCGCTGc < 1:2300678/55‑1 (MQ=255) tATCGCTCTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCGCCGCCCTGTACGCGCTGCAACTGGCGTGgattgatt < 1:2877588/69‑1 (MQ=255) cGCTCTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCGCCGCCCTGTACGCGCTGCAACTGGCGTGGATTGATTa < 1:2932526/67‑1 (MQ=255) cGCTCTTTTACTATGCCACGCTAATTATCGCCGCCCTCTACGCGCTGCAACTGGCGTGGATTGATTa < 1:863916/67‑1 (MQ=255) gCTCTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCGCCGCCCTGTACGCGCTGCAACTGGCGTGGATTGATTAcc < 1:3298707/68‑1 (MQ=255) ataccACGCTAATTATCGCTGCCCTGTACGCGCTGCAACTGGCGTGGATTGAATACCAACt > 1:2583736/4‑61 (MQ=255) aTGCCACGCTAATTATCGCTGCCCTGTACGCGCTGCAACTGGCGTGGATTGATTACCAACt > 1:620296/1‑61 (MQ=255) aTGCCACGCTAATTATCGCTGCCCTGTACGCGCTGCAACTGGCGTGGATTGATTACCAACt > 1:246940/1‑61 (MQ=255) aTGCCACGCTAATTATCGCTGCCCTGTACGCGCTGCAACTGGCGTGGATTGATTACCAACt > 1:228820/1‑61 (MQ=255) aTGCCACGCTAATTATCGCTGCCCTGTACGCGCTGCAACTGGCGTGGATTGATTACCAACt > 1:2731580/1‑61 (MQ=255) aTGCCACGCTAATTATCGCTGCCCTGTACGCGCTGCAACTGGCGTGGATTGATTACCAACt > 1:2268057/1‑61 (MQ=255) aTGCCACGCTAATTATCGCTGCCCTGTACGCGCTGCAACTGGCGTGGATTGATTACCAACt > 1:2234568/1‑61 (MQ=255) aTGCCACGCTAATTATCGCTGCCCTGTACGCGCTGCAACTGGCGTGGATTGATTACCAACt > 1:2891938/1‑61 (MQ=255) aTGCCACGCTAATTATCGCCGCCCTGTACGCGCTGCAACTGGCGTGGATTGATTACCAACTGAAGAACa < 1:608267/69‑1 (MQ=255) aTGCCACGCTAATTATCGCCGCCCTGTACGCGCTGCAACTGGCGTGGATTGATTACCAACTGAAGAACa < 1:1050643/69‑1 (MQ=255) aTGCCACGCTAATTATCGCCGCCCTGTACGCGCTGCAACTGGCGTGGATTGATTACCAACTGAAGAACa < 1:2985197/69‑1 (MQ=255) aTGCCACGCTAATTATCGCCGCCCTGTACGCGCTGCAACTGGCGTGGATTGATTACCAACTGAAGAACa < 1:3259993/69‑1 (MQ=255) aTGCCACGCTAATTATCGCCGCCCTGTACGCGCTGCAACTGGCGTGGATTGATTACCAACTGAAGAACa < 1:1417811/69‑1 (MQ=255) aTGCCACGCTAATTATCGCCGCCCTGTACGCGCTGCAACTGGCGTGGATTGATTACCAACTGAAGAACa < 1:2512347/69‑1 (MQ=255) aTGCCACGCTAATTATCGCCGCCCTGTACGCGCTGCAACTGGCGTGGATTGATTACCAACTGAAGAACa < 1:1708105/69‑1 (MQ=255) ccACGCTATTTATCGCCGCCCTGTACGCGCTGCAACTGGCGTGGATTGATTACCAACTGAAGAACaag < 1:2667744/68‑1 (MQ=255) ccACGCTAATTATCGCCGCCCTGTACGCGCTGCAACTGGCGTGGATTGATTACCAACTGAAGAACaaga < 1:1376427/69‑1 (MQ=255) ccACGCTAATTATCGCCGCCCTGTACGCGCTGCAACTGGCGTGGATTGATTACCAACTGAAGAACaaga < 1:1480328/69‑1 (MQ=255) ccACGCTAATTATCGCCGCCCTGTACGCGCTGCAACTGGCGTGGATTGATTACCAACTGAAGAACaaga < 1:2072796/69‑1 (MQ=255) ccACGCTAATTATCGCCGCCCTGTACGCGCTGCAACTGGCGTGGATTGATTACCAACTGAAGAACaag < 1:299339/68‑1 (MQ=255) ccACGCTAATTATCGCCGCCCTGTACGCGCTGCAACTGGCGTGGATTGATTACCAACTGAAGAACaag < 1:711691/68‑1 (MQ=255) ccACGCTAATTATCGCCGCCCTGTACGCGCTGCAACTGGCGTGGATTGATTACCAACTGAAGAACaag < 1:1621847/68‑1 (MQ=255) ccACGCTAATTATCGCCGCCCTGTACGCGCTGCAACTGGCGTGGATTGATTACCAACTGAAGAACaag < 1:2015531/68‑1 (MQ=255) ccACGCTAATTATCGCCGCCCTGTACGCGCTGCAACTGGCGTGGATTGATTACCAACTGAAGAACaag < 1:3161594/68‑1 (MQ=255) ccACGCTAATTATCGCCGCCCTGTACGCGCTGCAACTGGCGTGGATTGATTACCAACTGAAGAACaag < 1:2166345/68‑1 (MQ=255) cACGCTAATTATCGCCGCCCTGTACGCGCTGCAACTGGCGTGGATTGATTACCAACTGAAGAACaaga < 1:2582531/68‑1 (MQ=255) gCTAATTATCGCCGCCCTGTACGCGCTGCAACTGGCGTGGATTGATTACCAACTGAAGAACAAGAAGCt < 1:3158721/69‑1 (MQ=255) tATCGCTGCCCTGTACGCGCTGCAACTGGCGTGGATTGATTACCAACTGAAGAACAAGAAGCTGGCg < 1:2601873/67‑1 (MQ=255) tATCGCTGCCCTGTACGCGCTGCAACTGGCGTGGATTGATTACCAACTGAAGAACAAGAAGCTGGCg < 1:760612/67‑1 (MQ=255) tATCGCTGCCCTGTACGCGCTGCAACTGGCGTGGATTGATTACCAACTGAAGAACAAGAAGCTGGCg < 1:1460818/67‑1 (MQ=255) tATCGCTGCCCTGTACGCGCTGCAACTGGCGTGGATTGATTACCAACTGAAGAACAAGAAGCTGGCg < 1:74429/67‑1 (MQ=255) tATCGCTGCCCTGTACGCGCTGCAACTGGCGTGGATTGATTACCAACTGAAGAACAAGAAGCTGGCg < 1:2553691/67‑1 (MQ=255) tATCGCTGCCCTGTACGCGCTGCAACTGGCGTGGATTGATTACCAACTGAAGAACAAGAAGCTGGCg < 1:1492387/67‑1 (MQ=255) tATCGCTGCCCTGTACGCGCTGCAACTGGCGTGGATTGATTACCAACTGAAGAACAAGAAGCTGGCg < 1:848288/67‑1 (MQ=255) tATCGCTGCCCTGTACGCGCTGCAACTGGCGTGGATTGATTACCAACTGAAGAACAAGAAGCTGGCg < 1:1368707/67‑1 (MQ=255) tATCGCTGCCCTGTACGCGCTGCAACTGGCGTGGATTGATTACCAACTGAAGAACAAGAAGCTGGCg < 1:1571742/67‑1 (MQ=255) tATCGCTGCCCTGTACGCGCTGCAACTGGCGTGGATTGATTACCAACTGAAGAACAAGAAGCTGGCg < 1:358228/67‑1 (MQ=255) tATCGCTGCCCTGTACGCGCTGCAACTGGCGTGGATTGATTACCAACTGAAGAACAAGAAGCTGGCg < 1:170803/67‑1 (MQ=255) tATCGCTGCCCTGTACGCGCTGCAACTGGCGTGGATTGATTACCAACTGAAGAACAAGAAGCTGGCg < 1:3411476/67‑1 (MQ=255) tATCGCTGCCCTGTACGCGCTGCAACTGGCGTGGATTGATTACCAACTGAAGAACAAGAAGCTGGCg < 1:1776440/67‑1 (MQ=255) tATCGCTGCCCTGTACGCGCTGCAACTGGCGTGGATTGATTACCAACTGAAGAACAAGAAGCTGGCg < 1:1807550/67‑1 (MQ=255) tATCGCTGCCCTGTACGCGCTGCAACTGGCGTGGATTGATTACCAACTGAAGAACAAGAAGCTGGCg < 1:1900028/67‑1 (MQ=255) atagccgccCTGTACGCGCTGCAACTGGCGTGGATTGATTACCAACTGAAGAACAAGAAGCTGTCGttt > 1:21400/4‑69 (MQ=255) aTCGCTGCCCTGTACGCGCTGCAACTGGCGTGGATTGATTACCAACTGAAGAACAAGAAGCTGGCg < 1:1584189/66‑1 (MQ=255) aTCGCCGCCCTGTACGCGCTGGAACAGGCGTGGATTGATTACCAACTGAAGAACAAGAAGCTgg > 1:1264544/1‑64 (MQ=255) aTCGCCGCCCTGTACGCGCTGCAACTGGCGTGGATTGATTACCAACTGAAGAACAAGAAGCTGGCGttt > 1:806533/1‑69 (MQ=255) aTCGCCGCCCTGTACGCGCTGCAACTGGCGTGGATTGATTACCAACTGAAGAACAAGAAGCTGGCGttt > 1:846120/1‑69 (MQ=255) aTCGCCGCCCTGTACGCGCTGCAACTGGCGTGGATTGATTACCAACTGAAGAACAAGAAGCTGGCGttt > 1:1495733/1‑69 (MQ=255) aTCGCCGCCCTGTACGCGCTGCAACTGGCGTGGATTGATTACCAACTGAAGAACAAGAAGCTGGCGttt > 1:2885707/1‑69 (MQ=255) aTCGCCGCCCTGTACGCGCTGCAACTGGCGTGGATTGATTACCAACTGAAGAACAAGAAGCTGGCGttt > 1:907542/1‑69 (MQ=255) aTCGCCGCCCTGTACGCGCTGCAACTGGCGTGGATTGATTACCAACTGAAGAACAAGAAGCTGGCGttt > 1:3236097/1‑69 (MQ=255) gccgccCTGTACGCGCTGCAACTGGCGTGGATTGATTACCAACTGAAGAACAAGAAGCTGGCGTTTAAc < 1:532665/69‑1 (MQ=255) | GCTACGCCTGGGATGCTGGTGCACATTGGCTTATCGCTCTTTTCCTATGCCACGCTAATTATCGCCGCCCTGTACGCGCTGCAACTGGCGTGGATTGATTACCAACTGAAGAACAAGAAGCTGGCGTTTAAC > minE/1781005‑1781136 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |