| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,786,551 | T→G | 34.0% | T87T (ACT→ACG) | smpA → | small membrane lipoprotein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,786,551 | 0 | T | G | 34.0% | 77.3 / 78.3 | 100 | T87T (ACT→ACG) | smpA | small membrane lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (27/39); new base G (13/21); total (40/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.32e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CCATTTGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTG > minE/1786489‑1786615 | ccATTTGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCaa > 1:1929715/1‑69 (MQ=255)ccATTTGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCaa > 1:308385/1‑69 (MQ=255)ccATTTGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCaa > 1:591666/1‑69 (MQ=255) tttGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAac < 1:394346/68‑1 (MQ=255) tttGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAac < 1:1823852/68‑1 (MQ=255) tttGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAac < 1:1995113/68‑1 (MQ=255) tttGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAac < 1:547222/68‑1 (MQ=255) tttGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAac < 1:1120652/68‑1 (MQ=255) tGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAacgct > 1:2354095/1‑69 (MQ=255) tGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAacgct > 1:2554585/1‑69 (MQ=255) tGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAacgct > 1:855611/1‑69 (MQ=255) tGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAacgct > 1:202786/1‑69 (MQ=255) tACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAacgctga < 1:1408317/68‑1 (MQ=255) tACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAacgctga < 1:2851288/68‑1 (MQ=255) tACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAacgctga < 1:2742299/68‑1 (MQ=255) tACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAacgctga < 1:1485094/68‑1 (MQ=255) tACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAacgctga < 1:1026728/68‑1 (MQ=255) tACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAacgctga < 1:1977656/68‑1 (MQ=255) tACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAacgctga < 1:2655963/68‑1 (MQ=255) caaaTACCTGGTTCTATGTCTTCC‑CCAGCAACCTGGTCATGAAGGTGTAACGCAGCAAacgctgacgct < 1:2345983/67‑1 (MQ=255) cGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAacgctga < 1:2968638/66‑1 (MQ=255) aaTACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCTGGTCATGAAGGTGTAACGCAGCAAacgctgacgct < 1:1941971/68‑1 (MQ=255) aaTACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCTGGTCATGAAGGTGTAACGCAGCAAacgctgacgct < 1:318492/68‑1 (MQ=255) aaTACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCTGGTCATGAAGGTGTAACGCAGCAAacgctgacgct < 1:2672425/68‑1 (MQ=255) aaTACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCTGGTCATGAAGGTGTAACGCAGCAAacgctgacgct < 1:2082605/68‑1 (MQ=255) aaTACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCTGGTCATGAAGGTGTAACGCAGCAAacgctgacgct < 1:2118481/68‑1 (MQ=255) aaTACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCTGGTCATGAAGGTGTAACGCAGCAAacgctgacgct < 1:3074326/68‑1 (MQ=255) aaTACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCTGGTCATGAAGGTGTAACGCAGCAAacgctgacgct < 1:2900309/68‑1 (MQ=255) aaTACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCTGGTCATGAAGGTGTAACGCAGCAAacgctgacgct < 1:1624062/68‑1 (MQ=255) aaTACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCTGGTCATGAAGGTGTAACGCAGCAAacgctgacgct < 1:739563/68‑1 (MQ=255) aaTACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCTGGTCATGAAGGTGTAACGCAGCAAacgctgacgct < 1:1586329/68‑1 (MQ=255) aaTACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCTGGTCATGAAGGTGTAACGCAGCAAacgctgacgct < 1:1672207/68‑1 (MQ=255) aaTACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCTGGTCATGAAGGTGTAACGCAGCAAacgctgacgct < 1:1328485/68‑1 (MQ=255) aaTACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCTGGTCATGAAGGTGTAACGCAGCAAacgctgacgct < 1:467840/68‑1 (MQ=255) aaTACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCTGGTCATGAAGGTGTAACGCAGCAAacgctgacgct < 1:467418/68‑1 (MQ=255) aaTACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCTGGTCATGAAGGTGTAACGCAGCAAacgctgacgct < 1:466072/68‑1 (MQ=255) aaTACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCTGGTCATGAAGGTGTAACGCAGCAAacgctgacgct < 1:935203/68‑1 (MQ=255) aaTACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCTGGTCATGAAGGTGTAACGCAGCAAacgctgacgct < 1:4242/68‑1 (MQ=255) aaTACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCTGGTCACGAAGGTGTAACGCAGCAAacgctgacgct < 1:2940136/68‑1 (MQ=255) aaTACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAacgctgacgct < 1:1477509/68‑1 (MQ=255) aTACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCTTGTCATGAAGGTGTAACGCAGCAAacgctgacgct < 1:729578/67‑1 (MQ=255) aCCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGAcc < 1:2853609/69‑1 (MQ=255) tCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAacgctgacgct < 1:2314776/58‑1 (MQ=255) tCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAacgctgacgct < 1:2542756/58‑1 (MQ=255) tCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAacgctgacgct < 1:1441569/58‑1 (MQ=255) tCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAacgctgacgct < 1:2284788/58‑1 (MQ=255) tCCGCCGGCAACCTGGTCATGAAGGTGTAACGCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGgtg > 1:435396/1‑69 (MQ=255) tCCGCCAGCAACCTGGTCATGAAGGTGTAACGCAGCAAacgctgacgct > 1:2277104/1‑49 (MQ=255) tCCGCCAGCAACCTGGTCATGAAGGTGTAACGCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGgtg > 1:2555855/1‑69 (MQ=255) tCCGCCAGCAACCTGGTCATGAAGGTGTAACGCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGgtg > 1:762289/1‑69 (MQ=255) tCCGCCAGCAACCTGGTCATGAAGGTGTAACGCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGgtg > 1:804350/1‑69 (MQ=255) tCCGCCAGCAACCTGGTCATGAAGGTGTAACGCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGgtg > 1:490502/1‑69 (MQ=255) tCCGCCAGCAACCTGGTCATGAAGGTGTAACGCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGgtg > 1:937989/1‑69 (MQ=255) tCCGCCAGCAACCTGGTCATGAAGGTGTAACGCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGgtg > 1:2732891/1‑69 (MQ=255) tCCGCCAGCAACCTGGTCATGAAGGTGTAACGCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGgtg > 1:2693833/1‑69 (MQ=255) tCCGCCAGCAACCTGGTCATGAAGGTGTAACGCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGgtg > 1:1242715/1‑69 (MQ=255) tCCGCCAGCAACCTGGTCATGAAGGTGTAACGCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGgtg > 1:1394818/1‑69 (MQ=255) tCCGCCAGCAACCTGGTCATGAAGGTGTAACGCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGgtg > 1:1749177/1‑69 (MQ=255) tCCGCCAGCAACCTGGTCATGAAGGTGTAACGCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGgtg > 1:1973051/1‑69 (MQ=255) gCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGgtgtg < 1:2766505/68‑1 (MQ=255) gCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGgtgtg < 1:121878/68‑1 (MQ=255) gCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGgtgtg < 1:713364/68‑1 (MQ=255) ccAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAacgctga < 1:2876811/41‑1 (MQ=255) ccAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGgtgtg < 1:231396/67‑1 (MQ=255) aGCAACCTGGTCATGAAGGTGTAACGCAGCAAacgctgacgct < 1:278456/43‑1 (MQ=38) cAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAacgctga < 1:2276853/37‑1 (MQ=255) aCCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCaa < 1:2689461/69‑1 (MQ=255) aCCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCaa < 1:1774082/69‑1 (MQ=255) ccAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGTCCaa < 1:977086/68‑1 (MQ=255) cATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAatat > 1:1962513/1‑65 (MQ=255) cATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGa > 1:713902/1‑68 (MQ=255) cATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGa > 1:2867829/1‑68 (MQ=255) cATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGa > 1:2986486/1‑68 (MQ=255) cATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGAt > 1:2260312/1‑69 (MQ=255) cATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGAt > 1:202945/1‑69 (MQ=255) cATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGAt > 1:710534/1‑69 (MQ=255) cATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGAt > 1:2947306/1‑69 (MQ=255) taGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACa < 1:3367319/68‑1 (MQ=255) aaGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACa < 1:2387552/69‑1 (MQ=255) aaGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACa < 1:2995856/69‑1 (MQ=255) aaGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACa < 1:232929/69‑1 (MQ=255) aaGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACa < 1:3390324/69‑1 (MQ=255) aaGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACa < 1:1223883/69‑1 (MQ=255) tAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACaaa > 1:1881748/1‑65 (MQ=255) tAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCt > 1:1445683/1‑68 (MQ=255) tAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCt > 1:247507/1‑68 (MQ=255) tAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCt > 1:935084/1‑68 (MQ=255) tAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTg > 1:1388450/1‑69 (MQ=255) tAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTg > 1:1736065/1‑69 (MQ=255) tAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTg > 1:2831629/1‑69 (MQ=255) tAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTg > 1:2483425/1‑69 (MQ=255) tAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTg > 1:1495768/1‑69 (MQ=255) tAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTg > 1:1699486/1‑69 (MQ=255) tAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTg > 1:3267174/1‑69 (MQ=255) tAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTg > 1:3000938/1‑69 (MQ=255) aCTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACaa < 1:1455680/62‑1 (MQ=255) aCTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACaa < 1:16992/62‑1 (MQ=255) aCTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACaa < 1:1883309/62‑1 (MQ=255) aCTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACaa < 1:3427811/62‑1 (MQ=255) aCTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACaa < 1:306466/62‑1 (MQ=255) | CCATTTGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTG > minE/1786489‑1786615 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |