| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,793,300 | C→T | 41.4% | L56L (CTA→TTA) | gabP → | gamma‑aminobutyrate transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,793,300 | 0 | C | T | 41.4% | 18.9 / 35.4 | 53 | L56L (CTA→TTA) | gabP | gamma‑aminobutyrate transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (16/15); new base T (8/14); total (24/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.01e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.86e-01 | |||||||||||
CGCCATCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGGCTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGCCACGCCCGA > minE/1793248‑1793355 | cGCCATCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGGCTACTGGTGGTTATGAt < 1:1765834/69‑1 (MQ=255) gCCGAAGCGGGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGATTACTGGTGGTTATGAtt > 1:1565705/1‑63 (MQ=255) gCCGAAGCGGGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGATTACTGGTGGTTATGATTATGCgg > 1:204303/1‑69 (MQ=255) gCCGAAGCGGGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGATTACTGGTGGTTATGATTATGCgg > 1:2768576/1‑69 (MQ=255) gCCGAAGCGGGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGATTACTGGTGGTTATGATTATGCgg > 1:3152403/1‑69 (MQ=255) gCCGAAGCGGGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGATTACTGGTGGTTATGATTATGCgg > 1:585354/1‑69 (MQ=255) gCCGAAGCGGGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGATTACTGGTGGTTATGATTATGCgg > 1:448382/1‑69 (MQ=255) gCCGAAGCGGGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGATTACTGGTGGTTATGATTATGCgg > 1:1727062/1‑69 (MQ=255) gCCGAAGCGGGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGATTACTGGTGGTTATGATTATGCgg > 1:3371841/1‑69 (MQ=255) cGAAGCGGGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGGCTACTGGTGGTTATGAt < 1:2220495/60‑1 (MQ=255) cccGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGGCTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGa < 1:454351/69‑1 (MQ=255) cccGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGGCTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGa < 1:673025/69‑1 (MQ=255) cggTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGATTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATgg < 1:3405652/69‑1 (MQ=255) cggTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGATTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATgg < 1:3224027/69‑1 (MQ=255) cggTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGATTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATgg < 1:3197497/69‑1 (MQ=255) cggTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGATTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATgg < 1:596449/69‑1 (MQ=255) cggTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGATTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATgg < 1:634496/69‑1 (MQ=255) cggTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGATTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATgg < 1:2634759/69‑1 (MQ=255) cggTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGATTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATgg < 1:963704/69‑1 (MQ=255) cggTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGATTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATgg < 1:1500750/69‑1 (MQ=255) cggTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGATTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATgg < 1:1330263/69‑1 (MQ=255) cggTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGATTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATgg < 1:1253400/69‑1 (MQ=255) cggTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGATTACTGGTGGTTATCATTATGCGGATGTTGGCGGAAATgg < 1:2155411/69‑1 (MQ=255) cggTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGATTACAGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATgg < 1:2131551/69‑1 (MQ=255) ggTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGATTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATgg < 1:834727/68‑1 (MQ=255) aTTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGGCTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGt > 1:2143955/1‑69 (MQ=255) aTTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGGCTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGt > 1:572331/1‑69 (MQ=255) aTTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGGCTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGt > 1:132342/1‑69 (MQ=255) ttACTGGCCTATCTGTTCGCCGGATTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGGGGAAATgg < 1:731030/64‑1 (MQ=255) aCTGGCCTATCTGTTCGCCGGGCTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGa < 1:1640945/57‑1 (MQ=255) aCTGGCCTATCTGTTCGCCGGGCTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTg > 1:2037947/1‑68 (MQ=255) aCTGGCCTATCTGTTCGCCGGGCTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGc > 1:1260233/1‑69 (MQ=255) aCTGGCCTATCTGTTCGCCGGGCTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGc > 1:108795/1‑69 (MQ=255) aCTGGCCTATCTGTTCGCCGGGCTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGc > 1:726023/1‑69 (MQ=255) aCTGGCCTATCTGTTCGCCGGGCTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGc > 1:831604/1‑69 (MQ=255) aCTGGCCTATCTGTTCGCCGGGCTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGc < 1:35694/69‑1 (MQ=255) aCTGGCCTATCTGTTCGCCGGGCTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGc > 1:1502819/1‑69 (MQ=255) aCTGGCCTATCTGTTCGCCGGGCTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGc > 1:187436/1‑69 (MQ=255) aCTGGCCTATCTGTTCGCCGGGCTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGc > 1:3061652/1‑69 (MQ=255) aCTGGCCTATCTGTTCGCCGGGCTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGc > 1:305632/1‑69 (MQ=255) aCTGGCCTATCTGTTCGCCGGGCTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGc > 1:279021/1‑69 (MQ=255) aCTGGCCTATCTGTTCGCCGGGCTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGc > 1:2333263/1‑69 (MQ=255) aCTGGCCTATCTGTTCGCCGGGCTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGc > 1:2237394/1‑69 (MQ=255) aCTGGCCTATCTGTTCGCCGGGCTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGAGGTTGc < 1:3997/69‑1 (MQ=255) tCTGTTCGCCGGGCTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGCCACGCCCGa > 1:2093913/1‑69 (MQ=255) cTGTTCGCCGGGCTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGc < 1:3300759/59‑1 (MQ=255) cTGTTCGCCGGGCTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGc < 1:1858895/59‑1 (MQ=255) cTGTTCGCCGGGCTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGc < 1:3199387/59‑1 (MQ=255) cTGTTCGCCGGGCTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGc < 1:478828/59‑1 (MQ=255) cTGTTCGCCGGGCTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGc < 1:2038161/59‑1 (MQ=255) cTGTTCGCCGGGCTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGc < 1:2396520/59‑1 (MQ=255) cTGTTCGCCGGGCTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGc < 1:800193/59‑1 (MQ=255) cTGTTCGCCGGGCTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGc < 1:1013874/59‑1 (MQ=255) | CGCCATCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGGCTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGCCACGCCCGA > minE/1793248‑1793355 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |