| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,793,548 | T→C | 58.8% | T138T (ACT→ACC) | gabP → | gamma‑aminobutyrate transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,793,548 | 0 | T | C | 58.8% | 25.0 / 42.3 | 63 | T138T (ACT→ACC) | gabP | gamma‑aminobutyrate transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (18/8); new base C (11/26); total (29/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.45e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
CCTGCACTCATGGGTTCCAGGCATTCCCATCTGGTTATTTTCCCTCGTCATTACCCTCGCCTTAACTGGCAGTAACTTATTAAGCGTTAAAAACTACGGCGAATTTGAGTTCTGGCTGGCGCTGTGCAAAGTC > minE/1793482‑1793614 | ccTGCACTCGTGGGTTCCAGGCATTCCCATCTGGTTATTTTCCCTCGTCATTACCCTCGCCTTAACCgg < 1:3005730/69‑1 (MQ=255)ccTGCACTCGTGGGTTCCAGGCATTCCCATCTGGTTATTTTCCCTCGTCATTACCCTCGCCTTAACCgg < 1:2295442/69‑1 (MQ=255)ccTGCACTCGTGGGTTCCAGGCATTCCCATCTGGTTATTTTCCCTCGTCATTACCCTCGCCTTAACCgg < 1:2326674/69‑1 (MQ=255)ccTGCACTCGTGGGTTCCAGGCATTCCCATCTGGTTATTTTCCCTCGTCATTACCCTCGCCTTAACCgg < 1:2256869/69‑1 (MQ=255)ccTGCACTCGTGGGTTCCAGGCATTCCCATCTGGTTATTTTCCCTCGTCATTACCCTCGCCTTAACCgg < 1:2634725/69‑1 (MQ=255)ccTGCACTCGTGGGTTCCAGGCATTCCCATCTGGTTATTTTCCCTCGTCATTACCCTCGCCTTAACCgg < 1:2723863/69‑1 (MQ=255)ccTGCACTCGTGGGTTCCAGGCATTCCCATCTGGTTATTTTCCCTCGTCATTACCCTCGCCTTAACCgg < 1:2808281/69‑1 (MQ=255)ccTGCACTCGTGGGTTCCAGGCATTCCCATCTGGTTATTTTCCCTCGTCATTACCCTCGCCTTAACCgg < 1:3069086/69‑1 (MQ=255)ccTGCACTCGTGGGTTCCAGGCATTCCCATCTGGTTATTTTCCCTCGTCATTACCCTCGCCTTAACCgg < 1:1629718/69‑1 (MQ=255)ccTGCACTCGTGGGTTCCAGGCATTCCCATCTGGTTATTTTCCCTCGTCATTACCCTCGCCTTAACCgg < 1:1622870/69‑1 (MQ=255)ccTGCACTCGTGGGTTCCAGGCATTCCCATCTGGTTATTTTCCCTCGTCATTACCCTCGCCTTAACCgg < 1:3107505/69‑1 (MQ=255)ccTGCACTCGTGGGTTCCAGGCATTCCCATCTGGTTATTTTCCCTCGTCATTACCCTCGCCTTAACCgg < 1:3150833/69‑1 (MQ=255)ccTGCACTCGTGGGTTCCAGGCATTCCCATCTGGTTATTTTCCCTCGTCATTACCCTCGCCTTAACCgg < 1:3210266/69‑1 (MQ=255)ccTGCACTCGTGGGTTCCAGGCATTCCCATCTGGTTATTTTCCCTCGTCATTACCCTCGCCTTAACCgg < 1:1264775/69‑1 (MQ=255)ccTGCACTCGTGGGTTCCAGGCATTCCCATCTGGTTATTTTCCCTCGTCATTACCCTCGCCTTAACCgg < 1:622797/69‑1 (MQ=255)ccTGCACTCGTGGGTTCCAGGCATTCCCATCTGGTTATTCTCCCTCGTCATTACCCTCGCCTTAACCgg < 1:2631195/69‑1 (MQ=255)ccTGCACTCATGGGTTCCAGGCATTCCCATCTGGTTATTTTCCCTCGTCATTACCCTCGCCTTAACt > 1:794851/1‑67 (MQ=255) cTGCACTCGTGGGTTCCAGGCATTCCCATCTGGTTATTTTCCCTCGTCATTACCCTCGCCTTAACCgg < 1:3156950/68‑1 (MQ=255) cTGCACTCGTGGGTTCCAGGCATTCCCATCTGGTTATTTTCCCTCGTCATTACCCTCGCCTTAACCgg < 1:2550927/68‑1 (MQ=255) cTGCACTCGTGGGTTCCAGGCATTCCCATCTGGTTATTTTCCCTCGTCATTACCCTCGCCTTAACCgg < 1:2345185/68‑1 (MQ=255) cTCATGGGTTCCAGGCATTCCCATCTGGTTATTTTCCCTCGTCATTACCCTCGCCTTAACTGGCAGTaa < 1:1556486/69‑1 (MQ=255) cTCATGGGTTCCAGGCATTCCCATCTGGTTATTTTCCCTCGTCATTACCCTCGCCTTAACTGGCAGTaa < 1:275204/69‑1 (MQ=255) cTCATGGGTTCCAGGCATTCCCATCTGGTTATTTTCCCTCGTCATTACCCTCGCCTTAACTGGCAGTaa < 1:2459209/69‑1 (MQ=255) cTCATGGGTTCCAGGCATTCCCATCTGGTTATTTTCCCTCGTCATTACCCTCGCCTTAACTGGCAGTaa < 1:2241429/69‑1 (MQ=255) tCATGGGTTCCAGGCATTCCCATCTGGTTATTTTCCCTCGTCATTACCCTCGCCTTAACTGGCAGTaa < 1:1161733/68‑1 (MQ=255) tGGGTTCCAGGCATTCCCATCTGGTTATTTTCCCTCGTCATTACCCTCGCCTTAACTGGCAGTaa < 1:859818/65‑1 (MQ=255) cccATCTGGTTATTTTCCCTCGTCATTACCCTCGCCTTAACTGGCAGTAACTTATTAAGCGTTAAAAAc > 1:2318302/1‑69 (MQ=255) cccATCTGGTTATTTTCCCTCGTCATTACCCTCGCCTTAACTGGCAGTAACTTATTAAGCGTTAAAAAc > 1:3358737/1‑69 (MQ=255) cccATCTGGTTATTTTCCCTCGTCATTACCCTCGCCTTAACTGGCAGTAACTTATTAAGCGTTAAAAAc > 1:3338497/1‑69 (MQ=255) cccATCTGGTTATTTTCCCTCGTCATTACCCTCGCCTTAACTGGCAGTAACTTATTAAGCGTTAAAAAc > 1:1431249/1‑69 (MQ=255) cccATCTGGTTATTTTCCCTCGTCATTACCCTCGCCTTAACTGGCAGTAACTTATTAAGCGTTAAAAAc > 1:1500965/1‑69 (MQ=255) cccATCTGGTTATTTTCCCTCGTCATTACCCTCGCCTTAACTGGCAGTAACTTATTAAGCGTTAAAAAc > 1:1734435/1‑69 (MQ=255) cccATCTGGTTATTTTCCCTCGTCATTACCCTCGCCTTAACTGGCAGTAACTTATTAAGCGTTAAAAAc > 1:2751937/1‑69 (MQ=255) cccATCTGGTTATTTTCCCTCGTCATTACCCTCGCCTTAACTGGCAGTAACTTATTAAGCGTTAAAAAc > 1:2584576/1‑69 (MQ=255) cccATCTGGTTATTTTCCCTCGTCATTACCCTCGCCTTAACTGGCAGTAACTTATTAAGCGTTAAAAAc > 1:2463978/1‑69 (MQ=255) tGGTTATTTTCCCTCGTCATTACCCTCGCCTTAACTGGCAGTAACTTATTAAGCGTTAAAAACTACgg > 1:3047236/1‑68 (MQ=255) aTTTTCCCTCGTCATTACCCTCGCCTTAACTGGCAGTAACTTATTAAGCGTTaaa > 1:1724588/1‑55 (MQ=255) tCCCTCGTCATTACCCTCGCCTTAACTGGCAGTAACTTATTAAGCGTTAAAAACTACGGCGAATTTGa > 1:2270643/1‑68 (MQ=255) tCCCTCGTCATTACCCTCGCCTTAACTGGCAGTAACTTATTAAGCGTTAAAAACTACGGCGAATTTGa > 1:1241837/1‑68 (MQ=255) tCCCTCGTCATTACCCTCGCCTTAACTGGCAGTAACTTATTAAGCGTTAAAAACTACGGCGAATTTGAg > 1:1788878/1‑69 (MQ=255) tCCCTCGTCATTACCCTCGCCTTAACTGGCAGTAACTTATTAAGCGTTAAAAACTACGGCGAATTTGAg > 1:2542712/1‑69 (MQ=255) tCCCTCGTCATTACCCTCGCCTTAACTGGCAGTAACTTATTAAGCGTTAAAAACTACGGCGAATTTGAg > 1:569431/1‑69 (MQ=255) tCCCTCGTCATTACCCTCGCCTTAACTGGCAGTAACTTATTAAGCGTTAAAAACTACGGCGAATTTGAg > 1:1419960/1‑69 (MQ=255) tACCCTCGCCTTAACTGGCAGTAACTTATTAAGCGTTAAAAACTACGGCGAATTTGAGTTCtggctggc < 1:1667118/69‑1 (MQ=255) aCCCTCGCCTTAACTGGCAGTAACTTATTAAGCGTTAAAAACTACGGCGAATTTGAGTTCTGGCTGgcg > 1:1836693/1‑69 (MQ=255) cGCCTTAACCGG‑AGTAATTTATTAAGCGTTAAAAACTACGGCGAATTTGAGTTCTGGCTGGCGCtgtgt < 1:644270/69‑2 (MQ=255) gCCTTAATCGGCAGTAATTTATTAAGCGTTAAAAACTACGGCGAATTTGAGTTCTGGCTGGCGCtgtg > 1:3101452/1‑68 (MQ=255) gCCTTAACCGGCAGTAATTTATTAAGCGTTAAAAACTACGGCGAAt > 1:1069886/1‑46 (MQ=38) gCCTTAACCGGCAGTAATTTATTAAGCGTTAAAAACTACGGCGAATTTGAGTTCTTGCTGGCGCtgtg > 1:2821661/1‑68 (MQ=255) gCCTTAACCGGCAGTAATTTATTAAGCGTTAAAAACTACGGCGAATTTGAGTTCTGGCTGGCGCtttg > 1:211517/1‑68 (MQ=255) gCCTTAACCGGCAGTAATTTATTAAGCGTTAAAAACTACGGCGAATTTGAGTTCTGGCTGGCGCtgtg > 1:517412/1‑68 (MQ=255) gCCTTAACCGGCAGTAATTTATTAAGCGTTAAAAACTACGGCGAATTTGAGTTCTGGCTGGCGCtgtg > 1:353485/1‑68 (MQ=255) gCCTTAACCGGCAGTAATTTATTAAGCGTTAAAAACTACGGCGAATTTGAGTTCTGGCTGGCGCtgtg > 1:2268817/1‑68 (MQ=255) gCCTTAACCGGCAGTAATTTATTAAGCGTTAAAAACTACGGCGAATTTGAGTTCTGGCTGGCGCtgtg > 1:554738/1‑68 (MQ=255) gCCTTAACCGGCAGTAATTTATTAAGCGTTAAAAACTACGGCGAATTTGAGTTCTGGCTGGCGCtgtg > 1:1595027/1‑68 (MQ=255) gCCTTAACCGGCAGTAATTTATTAAGCGTTAAAAACTACGGCGAATTTGAGTTCTGGCTGGCGCtgtg > 1:2554604/1‑68 (MQ=255) gCCTTAACCGGCAGTAATTTATTAAGCGTTAAAAACTACGGCGAATTTGAGTTCTGGCTGGCGCtgtg > 1:200746/1‑68 (MQ=255) cTTAACCGGCAGTAATTTATTAAGCGTTAAAAACTACGGCGAATTTGAGTTCTGGCTGGCGCtgtgt < 1:3102761/67‑2 (MQ=255) cTTAACCGGCAGTAATTTATTAAGCGTTAAAAACTACGGCGAATTTGAGTTCTGGCTGGCGCtgtgt < 1:204256/67‑2 (MQ=255) cTTAACCGGCAGTAATTTATTAAGCGTTAAAAACTACGGCGAATTTGAGTTCTGGCTGGCGCtgtgt < 1:1633996/67‑2 (MQ=255) cTTAACCGGCAGTAATTTATTAAGCGTTAAAAACTACGGCGAATTTGAGTTCTGGCTGGCGCtgtgt < 1:2906187/67‑2 (MQ=255) cTTAACCGGCAGTAATTTATTAAGCGTTAAAAACTACGGCGAATTTGAGTTCTGGCTGGCGCtgtgt < 1:1970320/67‑2 (MQ=255) cTTAACCGGCAGTAATTTATTAAGCGTTAAAAACTACGGCGAATTTGAGTTCTGGCTGGCGCtgtgt < 1:2551474/67‑2 (MQ=255) cTGGCAGTAACTTATTAAGCGTTAAAAACTACGGCGAATTTGAGTTCTGGCTGGCGCTGTGCAAAGTc < 1:2661793/68‑1 (MQ=255) | CCTGCACTCATGGGTTCCAGGCATTCCCATCTGGTTATTTTCCCTCGTCATTACCCTCGCCTTAACTGGCAGTAACTTATTAAGCGTTAAAAACTACGGCGAATTTGAGTTCTGGCTGGCGCTGTGCAAAGTC > minE/1793482‑1793614 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |