| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,793,557 | C→T | 37.2% | N141N (AAC→AAT) | gabP → | gamma‑aminobutyrate transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,793,557 | 0 | C | T | 37.2% | 28.8 / 29.2 | 51 | N141N (AAC→AAT) | gabP | gamma‑aminobutyrate transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (26/6); new base T (11/8); total (37/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.06e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CCCATCTGGTTATTTTCCCTCGTCATTACCCTCGCCTTAACTGGCAGTAACTTATTAAGCGTTAAAAACTACGGCGAATTTGAGTTCTGGCTGGCGCTGTGCAAAGTCATCGCTATCC > minE/1793507‑1793624 | cccATCTGGTTATTTTCCCTCGTCATTACCCTCGCCTTAACTGGCAGTAACTTATTAAGCGTTAAAAAc > 1:3358737/1‑69 (MQ=255)cccATCTGGTTATTTTCCCTCGTCATTACCCTCGCCTTAACTGGCAGTAACTTATTAAGCGTTAAAAAc > 1:3338497/1‑69 (MQ=255)cccATCTGGTTATTTTCCCTCGTCATTACCCTCGCCTTAACTGGCAGTAACTTATTAAGCGTTAAAAAc > 1:1431249/1‑69 (MQ=255)cccATCTGGTTATTTTCCCTCGTCATTACCCTCGCCTTAACTGGCAGTAACTTATTAAGCGTTAAAAAc > 1:1500965/1‑69 (MQ=255)cccATCTGGTTATTTTCCCTCGTCATTACCCTCGCCTTAACTGGCAGTAACTTATTAAGCGTTAAAAAc > 1:2751937/1‑69 (MQ=255)cccATCTGGTTATTTTCCCTCGTCATTACCCTCGCCTTAACTGGCAGTAACTTATTAAGCGTTAAAAAc > 1:2584576/1‑69 (MQ=255)cccATCTGGTTATTTTCCCTCGTCATTACCCTCGCCTTAACTGGCAGTAACTTATTAAGCGTTAAAAAc > 1:2463978/1‑69 (MQ=255)cccATCTGGTTATTTTCCCTCGTCATTACCCTCGCCTTAACTGGCAGTAACTTATTAAGCGTTAAAAAc > 1:2318302/1‑69 (MQ=255)cccATCTGGTTATTTTCCCTCGTCATTACCCTCGCCTTAACTGGCAGTAACTTATTAAGCGTTAAAAAc > 1:1734435/1‑69 (MQ=255) tGGTTATTTTCCCTCGTCATTACCCTCGCCTTAACTGGCAGTAACTTATTAAGCGTTAAAAACTACgg > 1:3047236/1‑68 (MQ=255) aTTTTCCCTCGTCATTACCCTCGCCTTAACTGGCAGTAACTTATTAAGCGTTaaa > 1:1724588/1‑55 (MQ=255) tCCCTCGTCATTACCCTCGCCTTAACTGGCAGTAACTTATTAAGCGTTAAAAACTACGGCGAATTTGa > 1:1241837/1‑68 (MQ=255) tCCCTCGTCATTACCCTCGCCTTAACTGGCAGTAACTTATTAAGCGTTAAAAACTACGGCGAATTTGa > 1:2270643/1‑68 (MQ=255) tCCCTCGTCATTACCCTCGCCTTAACTGGCAGTAACTTATTAAGCGTTAAAAACTACGGCGAATTTGAg > 1:1419960/1‑69 (MQ=255) tCCCTCGTCATTACCCTCGCCTTAACTGGCAGTAACTTATTAAGCGTTAAAAACTACGGCGAATTTGAg > 1:569431/1‑69 (MQ=255) tCCCTCGTCATTACCCTCGCCTTAACTGGCAGTAACTTATTAAGCGTTAAAAACTACGGCGAATTTGAg > 1:1788878/1‑69 (MQ=255) tCCCTCGTCATTACCCTCGCCTTAACTGGCAGTAACTTATTAAGCGTTAAAAACTACGGCGAATTTGAg > 1:2542712/1‑69 (MQ=255) tACCCTCGCCTTAACTGGCAGTAACTTATTAAGCGTTAAAAACTACGGCGAATTTGAGTTCtggctggc < 1:1667118/69‑1 (MQ=255) aCCCTCGCCTTAACTGGCAGTAACTTATTAAGCGTTAAAAACTACGGCGAATTTGAGTTCTGGCTGgcg > 1:1836693/1‑69 (MQ=255) cGCCTTAACCGG‑AGTAATTTATTAAGCGTTAAAAACTACGGCGAATTTGAGTTCTGGCTGGCGCtgtgt < 1:644270/69‑2 (MQ=255) gCCTTAATCGGCAGTAATTTATTAAGCGTTAAAAACTACGGCGAATTTGAGTTCTGGCTGGCGCtgtg > 1:3101452/1‑68 (MQ=255) gCCTTAACCGGCAGTAATTTATTAAGCGTTAAAAACTACGGCGAAt > 1:1069886/1‑46 (MQ=38) gCCTTAACCGGCAGTAATTTATTAAGCGTTAAAAACTACGGCGAATTTGAGTTCTTGCTGGCGCtgtg > 1:2821661/1‑68 (MQ=255) gCCTTAACCGGCAGTAATTTATTAAGCGTTAAAAACTACGGCGAATTTGAGTTCTGGCTGGCGCtttg > 1:211517/1‑68 (MQ=255) gCCTTAACCGGCAGTAATTTATTAAGCGTTAAAAACTACGGCGAATTTGAGTTCTGGCTGGCGCtgtg > 1:353485/1‑68 (MQ=255) gCCTTAACCGGCAGTAATTTATTAAGCGTTAAAAACTACGGCGAATTTGAGTTCTGGCTGGCGCtgtg > 1:517412/1‑68 (MQ=255) gCCTTAACCGGCAGTAATTTATTAAGCGTTAAAAACTACGGCGAATTTGAGTTCTGGCTGGCGCtgtg > 1:554738/1‑68 (MQ=255) gCCTTAACCGGCAGTAATTTATTAAGCGTTAAAAACTACGGCGAATTTGAGTTCTGGCTGGCGCtgtg > 1:1595027/1‑68 (MQ=255) gCCTTAACCGGCAGTAATTTATTAAGCGTTAAAAACTACGGCGAATTTGAGTTCTGGCTGGCGCtgtg > 1:2554604/1‑68 (MQ=255) gCCTTAACCGGCAGTAATTTATTAAGCGTTAAAAACTACGGCGAATTTGAGTTCTGGCTGGCGCtgtg > 1:2268817/1‑68 (MQ=255) gCCTTAACCGGCAGTAATTTATTAAGCGTTAAAAACTACGGCGAATTTGAGTTCTGGCTGGCGCtgtg > 1:200746/1‑68 (MQ=255) cTTAACCGGCAGTAATTTATTAAGCGTTAAAAACTACGGCGAATTTGAGTTCTGGCTGGCGCtgtgt < 1:2551474/67‑2 (MQ=255) cTTAACCGGCAGTAATTTATTAAGCGTTAAAAACTACGGCGAATTTGAGTTCTGGCTGGCGCtgtgt < 1:1633996/67‑2 (MQ=255) cTTAACCGGCAGTAATTTATTAAGCGTTAAAAACTACGGCGAATTTGAGTTCTGGCTGGCGCtgtgt < 1:2906187/67‑2 (MQ=255) cTTAACCGGCAGTAATTTATTAAGCGTTAAAAACTACGGCGAATTTGAGTTCTGGCTGGCGCtgtgt < 1:204256/67‑2 (MQ=255) cTTAACCGGCAGTAATTTATTAAGCGTTAAAAACTACGGCGAATTTGAGTTCTGGCTGGCGCtgtgt < 1:3102761/67‑2 (MQ=255) cTTAACCGGCAGTAATTTATTAAGCGTTAAAAACTACGGCGAATTTGAGTTCTGGCTGGCGCtgtgt < 1:1970320/67‑2 (MQ=255) cTGGCAGTAACTTATTAAGCGTTAAAAACTACGGCGAATTTGAGTTCTGGCTGGCGCTGTGCAAAGTc < 1:2661793/68‑1 (MQ=255) cAGTAATTTATTAAGCGTTAAAAACTACGGCGAATTTGAGTTCTGGCTGGCGCtgtgt < 1:2306432/58‑2 (MQ=255) gTAACTTATTAAGCGTTAAAAACTACGGCGAATTTGAGTTCTGGCTGGCGCTGTGCAAAGTCATCGCTa < 1:2077188/69‑1 (MQ=255) gTAACTTATTAAGCGTTAAAAACTACGGCGAATTTGAGTGCTGGCTGGCGCTGTGCAAAGTCATCGCTa < 1:1993000/69‑1 (MQ=255) tAACTTATTAAGCGTTAAAAACTACGGCGAATTTGAGTTCTGGCTGGCGCTGTGCAAAGTCATCGCTa < 1:2237463/68‑1 (MQ=255) tAACTTATTAAGCGTTAAAAACTACGGCGAATTTGAGTTCTGGCTGGCGCTGTGCAAAGTCATCGCTAt < 1:3271089/69‑1 (MQ=255) aaCTTATTAAGCGTTAAAAACTACGGCGAATTTGAGTTCTGGCTGGCGCTGTGCAAAGTCATCGCTAt > 1:1262105/1‑68 (MQ=255) aaCTTATTAAGCGTTAAAAACTACGGCGAATTTGAGTTCTGGCTGGCGCTGTGCAAAGTCATCGCTATc > 1:738081/1‑69 (MQ=255) aaCTTATTAAGCGTTAAAAACTACGGCGAATTTGAGTTCTGGCTGGCGCTGTGCAAAGTCATCGCTATc > 1:3338930/1‑69 (MQ=255) aaCTTATTAAGCGTTAAAAACTACGGCGAATTTGAGTTCTGGCTGGCGCTGTGCAAAGTCATCGCTATc > 1:322433/1‑69 (MQ=255) aaCTTATTAAGCGTTAAAAACTACGGCGAATTTGAGTTCTGGCTGGCGCTGTGCAAAGTCATCGCTATc > 1:2645748/1‑69 (MQ=255) aCTTATTAAGCGTTAAAAACTACGGCGAATTTGAGTTCTGGCTGGCGCTGTGCAAAGTCATCGCTATcc > 1:428372/1‑69 (MQ=255) aCTTATTAAGCGTTAAAAACTACGGCGAATTTGAGTTCTGGCTGGCGCTGTGCAAAGTCATCGCTATcc > 1:1560035/1‑69 (MQ=255) aCTTATTAAGCGTTAAAAACTACGGCGAATTTGAGTTCTGGCTGGCGCTGTGCAAAGTCATCGCTATcc > 1:1887967/1‑69 (MQ=255) | CCCATCTGGTTATTTTCCCTCGTCATTACCCTCGCCTTAACTGGCAGTAACTTATTAAGCGTTAAAAACTACGGCGAATTTGAGTTCTGGCTGGCGCTGTGCAAAGTCATCGCTATCC > minE/1793507‑1793624 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |