| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,793,884 | A→G | 56.5% | L250L (TTA→TTG) | gabP → | gamma‑aminobutyrate transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,793,884 | 0 | A | G | 56.5% | 16.3 / 45.4 | 62 | L250L (TTA→TTG) | gabP | gamma‑aminobutyrate transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (20/7); new base G (27/8); total (47/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 | |||||||||||
CCGGAAAAACATATTGTCCGCGCCACCAACTCGGTTATCTGGCGTATTTCTATCTTCTATTTATGTTCTATTTTTGTCGTCGTGGCATTAATTCCGTGGAATATGCCCGGACTAAAAGCCGTC > minE/1793822‑1793944 | ccGGAAAAACATATTGACCGCGCCACCAACTCGGTTATCTGGCGTATTTCTATCTTCTATTTATGTTCt > 1:1706613/1‑69 (MQ=255) aaaaaCATATTGTCCGCGCCACCAACTCGGTTATCTGGCGTATCTCTATTTTCTATTTGTGTTCTAttt < 1:2652593/69‑1 (MQ=255) aaaaaCATATTGTCCGCGCCACCAACTCGGTTATCTGGCGTATCTCTATTTTCTATTTGTGTTCTAttt < 1:185291/69‑1 (MQ=255) aaaaaCATATTGTCCGCGCCACCAACTCGGTTATCTGGCGTATCTCTATTTTCTATTTGTGTTCTAttt < 1:3242604/69‑1 (MQ=255) aaaaaCATATTGTCCGCGCCACCAACTCGGTTATCTGGCGTATCTCTATTTTCTATTTGTGTTCTAttt < 1:2897817/69‑1 (MQ=255) aaaaaCATATTGTCCGCGCCACCAACTCGGTTATCTGGCGTATCTCTATTTTCTATTTGTGTTCTAttt < 1:2222281/69‑1 (MQ=255) aaaaaCATATTGTCCGCGCCACCAACTCGGTTATCTGGCGTATCTCTATTTTCTATTTGTGTTCTAttt < 1:2786184/69‑1 (MQ=255) aaaaaCATATTGTCCGCGCCACCAACTCGGTTATCTGGCGTATCTCTATTTTCTATTTGTGTTCTAttt < 1:1187310/69‑1 (MQ=255) aaaaaCATATTGTCCGCGCCACCAACTCGGTTATCTGGCGTATCTCTATTTTCTATTTGTGTTCTAttt < 1:2771632/69‑1 (MQ=255) aaCTCGGTTATCTGGCGTATTTCTATCTTCTATTTATGTTCTATTTTTGTCGTCGTGGCATTAATTCCg > 1:628850/1‑69 (MQ=255) aaCTCGGTTATCTGGCGTATTTCTATCTTCTATTTATGTTCTATTTTTGTCGTCGTGGCATTAATTCCg > 1:799859/1‑69 (MQ=255) aaCTCGGTTATCTGGCGTATTTCTATCTTCTATTTATGTTCTATTTTTGTCGTCGTGGCATTAATTCCg > 1:2534380/1‑69 (MQ=255) aaCTCGGTTATCTGGCGTATTTCTATCTTCTATTTATGTTCTATTTTTGTCGTCGTGGCATTAATTCCg > 1:1769849/1‑69 (MQ=255) aaCTCGGTTATCTGGCGTATTTCTATATTCTATTTATGTTCTATTTTTGTcgtcgt > 1:165012/1‑56 (MQ=255) ttATCTGGCGTATTTCTATCTTCTATTTATGTTCTATTTTTGTCGTCGTGGCATTAATTCCGTGGaa < 1:1040027/67‑1 (MQ=255) ttATCTGGCGTATTTCTATCTTCTATTTATGTTCTATTTTTGTCGTCGTGGCATTAATTCCGTGGaa < 1:3036435/67‑1 (MQ=255) ttATCTGGCGTATTTCTATCTTCTATTTATGTTCTATTTTTGTCGTCGTGGCATTAATTCCGTGGAata < 1:2298867/69‑1 (MQ=255) ttATCTGGCGTATTTCTATCTTCTATTTATGTTCTATTTTTGTCGTCGTGGCATTAATTCCGTGGAata < 1:1685975/69‑1 (MQ=255) tATCTGGCGTATTTCTATCTTCTATTTATGTTCTATTTTTGTCGTCGTGGCATTAATTCCGTGGaa > 1:186815/1‑66 (MQ=255) tATCTGGCGTATTTCTATCTTCTATTTATGTTCTATTTTTGTCGTCGTGGCATTAATTCCGTGGaa > 1:1105606/1‑66 (MQ=255) tATCTGGCGTATTTCTATCTTCTATTTATGTTCTATTTTTGTCGTCGTGGCATTAATTCCGTGGaa > 1:1793133/1‑66 (MQ=255) tATCTGGCGTATTTCTATCTTCTATTTATGTTCTATTTTTGTCGTCGTGGCATTAATTCCGTGGaa > 1:1672850/1‑66 (MQ=255) tATCTGGCGTATTTCTATCTTCTATTTATGTTCTATTTTTGTCGTCGTGGCATTAATTCCGTGGaa > 1:15352/1‑66 (MQ=255) tGGCGTATTTCTATCTTCTATTTATGTTCTATTTTTGTCGTCGTGGCATTAATTCCGTGGAATATGcc > 1:3393629/1‑68 (MQ=255) tGGCGTATTTCTATCTTCTATTTATGTTCTATTTTTGTCGTCGTGGCATTAATTCCGTGGAATATGcc > 1:2689591/1‑68 (MQ=255) tctattttctatttGTGTTCTATTTTTGTCGTTGTTGCa > 1:1118394/1‑39 (MQ=25) tctattttctatttGTGTTCTATTTTTGTCGTTGTGGCa > 1:1834504/1‑39 (MQ=37) tctattttctatttGTGTTCTATTTTTGTCGTTGTGGCa > 1:1149135/1‑39 (MQ=37) tctattttctatttGTGTTCTATTTTTGTCGTTGTGGCa > 1:1220562/1‑39 (MQ=37) tctattttctatttGTGTTCTATTTTTGTCGTTGTGGCa > 1:234945/1‑39 (MQ=37) tctattttctatttGTGTTCTATTTTTGTCGTTGTGGCa > 1:797251/1‑39 (MQ=37) tctattttctatttGTGTTCTATTTTTGTCGTTGTGGCa > 1:1413555/1‑39 (MQ=37) tctattttctatttGTGTTCTATTTTTGTCGTTGTGGCa > 1:648896/1‑39 (MQ=37) tctattttctatttGTGTTCTATTTTTGTCGTTGTGGCa > 1:2150904/1‑39 (MQ=37) tctattttctatttGTGTTCTATTTTTGTCGTTGTGGCa > 1:2150645/1‑39 (MQ=37) tctattttctatttGTGTTCTATTTTTGTCGTTGTGGCa > 1:346375/1‑39 (MQ=37) tctattttctatttGTGTTCTATTTTTGTCGTTGTGGCa > 1:1740033/1‑39 (MQ=37) tATCTTCTATTTATGTTCTATTTTTGTCGTCGTGGCATTaa < 1:2790792/41‑1 (MQ=255) tATCTTCTATTTATGTTCTATTTTTGTCGTCGTGGCATTaa < 1:2247031/41‑1 (MQ=255) tATCTTCTATTTATGTTCTATTTTTGTCGTCGTGGCATTaa < 1:12373/41‑1 (MQ=255) ttctATTTATGTTCTATTTTTGTCGTCGTGGCATTAATTCCGTGGAATATGCCCGGACTAAAAg > 1:1498268/1‑64 (MQ=255) ttctATTTATGTTCTATTTTTGTCGTCGTGGCATTAATTCCGTGGAATATGCCCGGACTAAAAGCCGTc > 1:920187/1‑69 (MQ=255) ttctATTTATGTTCTATTTTTGTCGTCGTGGCATTAATTCCGTGGAATATGCCCGGACTAAAAGCCGTc > 1:1137310/1‑69 (MQ=255) ttctATTTATGTTCTATTTTTGTCGTCGTGGCATTAATTCCGTGGAATATGCCCGGACTAAAAGCCGTc > 1:2216360/1‑69 (MQ=255) ttctATTTATGTTCTATTTTTGTCGTCGTGGCATTAATTCCGTGGAATATGCCCGGACTAAAAGCCGTc > 1:292643/1‑69 (MQ=255) ttctATTTATGTTCTATTTTTGTCGTCGTGGCATTAATTCCGTGGAATATGCCCGGACTAAAAGCCGTc > 1:1563273/1‑69 (MQ=255) ttctATTTATGTTCTATTTTTGTCGTCGTGGCATTAATTCCGTGGAATATGCCCGGACTAAAAGCCGTc > 1:3321347/1‑69 (MQ=255) tATTTGTGTTCTATTTTTGTCGTTGTGGCATTAATCCCGTGGAATATGCTAGGGCTGAAAg > 1:3104130/1‑61 (MQ=255) tATTTGTGTTCTATTTTTGTCGTTGTGGCATTAATCCCGTGGAATATGCCAGGGCTGAAAg > 1:3131537/1‑61 (MQ=255) tATTTGTGTTCTATTTTTGTCGTTGTGGCATTAATCCCGTGGAATATGCCAGGGCTGAAAg > 1:684205/1‑61 (MQ=255) tATTTGTGTTCTATTTTTGTCGTTGTGGCATTAATCCCGTGGAATATGCCAGGGCTGAAAg > 1:1460998/1‑61 (MQ=255) tATTTGTGTTCTATTTTTGTCGTTGTGGCATTAATCCCGTGGAATATGCCAGGGCTGAAAg > 1:1795484/1‑61 (MQ=255) tATTTGTGTTCTATTTTTGTCGTTGTGGCATTAATCCCGTGGAATATGCCAGGGCTGAAAg > 1:1855380/1‑61 (MQ=255) tATTTGTGTTCTATTTTTGTCGTTGTGGCATTAATCCCGTGGAATATGCCAGGGCTGAAAg > 1:3240411/1‑61 (MQ=255) tATTTGTGTTCTATTTTTGTCGTTGTGGCATTAATCCCGTGGAATATGCCAGGGCTGAAAg > 1:2358676/1‑61 (MQ=255) tATTTGTGTTCTATTTTTGTCGTTGTGGCATTAATCCCGTGGAATATGCCAGGGCTGAAAg > 1:309162/1‑61 (MQ=255) tATTTGTGTTCTATTTTTGTCGTTGTGGCATTAATCCCGTGGAATATGCCAGGGCTGAAAg > 1:3082812/1‑61 (MQ=255) tATTTGTGTTCTATTTTTGTCGTTGTGGCATTAATCCCGTGGAATATGCCAGGGCTGAAAg > 1:1958803/1‑61 (MQ=255) tATTTGTGTTCTATTTTTGTCGTTGTGGCATTAATCCCGTGGAATATGCCAGGGCTGAAAg > 1:3014029/1‑61 (MQ=255) tATTTGTGTTCTATTTTTGTCGTTGTGGCATTAATCCCGTGGAATATGCCAGGGCTGAAAg > 1:286556/1‑61 (MQ=255) tATTTGTGTTCTATTTTTGTCGTTGTGGCATTAATCCCGTGGAATATGCCAGGGCTGAAAg > 1:2219276/1‑61 (MQ=255) tATTTGTGTTCTATTTTTGTCGTTGTGGCATTAATCCCGTGGAATATGCCAGGGCTGAAAg > 1:2350424/1‑61 (MQ=255) | CCGGAAAAACATATTGTCCGCGCCACCAACTCGGTTATCTGGCGTATTTCTATCTTCTATTTATGTTCTATTTTTGTCGTCGTGGCATTAATTCCGTGGAATATGCCCGGACTAAAAGCCGTC > minE/1793822‑1793944 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |